肛瘺由肛周膿腫發展而來，弄清肛周膿腫的病原菌對充分了解肛周膿腫和肛瘺的發生機制也是很重要的。根據肛門腺感染學說，肛門腺的感染是由糞便中的細菌侵入肛門腺引起的，從腸道細菌構成來看，分離出來的細菌應該以類桿菌為多，但結果卻以大腸埃希菌為最多，這可能與該細菌的毒力、肛管和肛門腺的解剖學特點有關。并且，膿腫越深，厭氧菌的感染率就越高。