肛瘺的患者常有膿腫引流病史，可以是手術引流或自發引流。患者常常主訴溢液、排便疼痛、內口處肉芽組織增生導致的出血、局部隆起或引流后疼痛減輕。

流膿：膿液的多少、性質與瘺管形成的時間、瘺管的長短、粗細、內口大小有關。若忽然膿液增多表示由新膿腔的生成。新生的肛瘺流膿較多，膿稠味臭，色黃，以后逐漸減少，時有時無，呈白色。

疼痛：如果瘺管引流通暢，一般不感到疼痛，若外口閉合或者引流不通暢，膿液積聚，可出現局部脹痛。若內口較大，糞便進入瘺管，會發生疼痛。

瘙癢：肛周皮膚因為分泌物的刺激，感覺潮濕瘙癢，繼而容易引起肛周濕疹，出現皮膚丘疹或者表皮脫落，甚至長久失治形成皮膚苔蘚樣變。

肛瘺在不同階段由不同的臨床表現，肛瘺靜止期時內口暫時閉合，管道引流通暢，局部炎癥消散，可以無任何癥狀或只有輕微不適，但是原發病灶沒有消除，在一定條件下會再次發作。肛瘺的慢性活動期，因由感染物不斷從內口進入，或管道引流不暢，呈持續感染狀態，有肛瘺的典型的流膿、肛門潮濕、瘙癢等癥狀。肛瘺的急性炎癥期則是因外口閉合，或引流不暢，感染物不斷由內口進入，膿液積聚而形成，癥狀體征與膿腫相似，有紅腫熱痛癥狀。