古代醫家對于肛瘺病因病機的認識是由淺入深，由偏及全的，在內治的方法上表現為以下三個發展過程：補法，攻補兼施，內外同治。

元·朱震亨《丹溪心法》云：“漏瘡，先須服補藥生氣血，用參、術、芪、芍、歸為主，大劑服之”。明·薛己提出肛門病的發生與局部氣血運行不足有關，其《外科發揮》中多用“八珍湯”“四物湯”“四君子湯”之類的補益氣血之方劑。《外科正宗》曰：“虛弱者兼服養血健脾之藥，最為穩當。然而痔與漏治法不同，治痔必須治血為主……漏瘡須服補藥，以生氣血……。”此類代表方有四君子、四物湯、八珍湯、芍歸湯等。

明清以來，醫家們認識到肛瘺是元氣既虛，毒邪又去而未盡。治療中，補益之中又輔以清熱利濕、殺蟲之法，攻補兼施。明朝李梴《醫學入門》云：“漏流膿血，初是濕熱，久是濕寒。初起宜涼血清熱燥濕，病久則宜澀竅、殺蟲溫補。”宋·楊士嬴《仁齋直指方論》認為：“治法溫散風冷為急”。故其方多以溫腎散寒之藥，溫散漏瘡風冷。此類代表方用豬腎丸、乳香丸、溫腎丹等。

明清醫家還特別注重外科疾病的全身辨證，整體與局部并重。如明代竇夢麟的《瘡瘍經驗全書·痔漏癥并圖說》說：“單漏，治之須以溫暖之劑補其內，生肌之藥敷其外。”清代沈金鰲的《雜病源流犀燭》亦曰：“治漏之法，初宜涼血清熱，久宜澀竅殺蟲，兼于溫散。若久而孔竅，必用毒藥腐蝕，而后新肉可生，治其大略也。”