清代的官制，大體沿襲明代，但在官員的實(shí)際任務(wù)上，也有因時(shí)因地而變革出入、名同實(shí)異的。如清代的一省或幾省的最高軍政長(zhǎng)官為總督，也即擁有一方的封疆大員，為常設(shè)的實(shí)官；明代卻是臨時(shí)性的差使，用關(guān)防（長(zhǎng)方形）不用印（方形），任務(wù)完畢即回京師，期限不太久長(zhǎng)。“總督”原指一種行為，如“總督薊遼保定等處軍務(wù)兼理糧餉”，其中包括管轄事宜。總督、巡撫奉派之前，皆先命為兵部尚書(shū)、侍郎及都御史，其本職（今所謂“編制”）為部院；所到之處，按欽差部院官之體制相待，也就是代天巡狩的欽差大臣了，略如民國(guó)后期的中央特派員。清代的總督，初期也是專(zhuān)派，后成定員，例兼右都御史銜，正二品，其兼兵部尚書(shū)銜的為正一品。清代總督以直隸及兩江二缺最重要，故由重臣任之，而直隸總督居各省總督之首席。直隸本非正式省區(qū)，明以直隸于京師地區(qū)者稱(chēng)“直隸”；兩江指今江蘇、安徽與江西。直督駐保定，晚清時(shí)又授北洋大臣；江督駐江寧，授南洋大臣。總督有節(jié)制（調(diào)度管束）地方文武之權(quán)，明清皆通稱(chēng)制臺(tái)、制軍。

明代的巡撫，也指一種行為，如“巡撫浙江等處地方兼提督軍務(wù)”。《明會(huì)要》卷三十四：“巡撫之名，起于（洪武二十四年）懿文太子陜西之行。其分遣大臣，自永樂(lè)十九年始。”按《明史·成祖本紀(jì)》：永樂(lè)十九年夏四月，“蹇義等二十六人巡行天下，安撫軍民”，巡行、安撫，不等于官制上的正式巡撫。《歷代職官表》卷五十，亦以王彰奉敕為明設(shè)巡撫之始，亦非[2]。宣德時(shí)，升監(jiān)察御史于謙等為侍郎，巡撫兩京、山東等地。自此一省乃有一名或數(shù)名巡撫，但仍是差使。

明巡撫本身無(wú)品秩，品秩皆依出差前的原官，如都御史、侍郎等，即是朝廷（中央）的派出大員。如海瑞出巡時(shí)的布告：“欽差總理糧儲(chǔ)提督軍務(wù)兼巡撫應(yīng)天等處地方都察院右僉都御史海瑞為巡撫事。照得本院謬膺簡(jiǎn)命，督撫南畿。”其自稱(chēng)固為“本院”（都察院）。又如嘉靖十二年王相奏疏亦云：“都御史列銜內(nèi)臺(tái)，奉敕巡撫一方，非在外守土之臣可比。”

明代以舉人而仕至巡撫者，隆慶朝只有一個(gè)海瑞，萬(wàn)歷朝為張守中、艾穆。崇禎朝破格求才，得丘民仰、陳新甲等十人。

清代的巡撫為固定的地方實(shí)官。直隸地區(qū)初設(shè)順天巡撫、正保巡撫、宣府巡撫，后并為直隸巡撫，然后裁撤，僅設(shè)總督，這以后直隸只有總督而無(wú)巡撫。清代中期，有八督十二撫，后期復(fù)有增減。如光緒十一年（1885），臺(tái)灣建行省，乃改福建巡撫為臺(tái)灣巡撫，兼學(xué)政事，其福建巡撫事歸閩浙總督兼管。

巡撫的品級(jí)雖稍次于總督，但屬平行，非上司與下屬的關(guān)系。有些省份，有巡撫而無(wú)總督，巡撫固可自主大計(jì)，但若一省之內(nèi)，有督、撫而又同駐一城，權(quán)限區(qū)分不甚明確，就容易相互摩擦。總督有提督軍務(wù)之權(quán)，巡撫加兵部侍郎銜的同樣有軍權(quán)。據(jù)薛福成《敘督撫同城之損》所記，清代督撫同城者有四處：閩浙總督與福建巡撫同駐福州，湖廣總督與湖北巡撫同駐武昌，兩廣總督與廣東巡撫同駐廣州，云貴總督與云南巡撫同駐云南府（故城在今昆明市。但至光緒十三年裁撤，由總督兼管巡撫事）。薛氏又云：“厥初總督不常設(shè)，值其時(shí)其地用兵者設(shè)之，軍事既平遂不復(fù)罷，亦俾與巡撫互相稽察，所以示維制防恣橫也。然一城之中，主大政者二人，志不齊，權(quán)不壹，其勢(shì)不得不出于爭(zhēng)。”總督官秩較尊，敕書(shū)中又有節(jié)制巡撫之文，巡撫之強(qiáng)硬或有后盾者間能相抗，余者雖隱忍自安，而意氣未平，仍有齟齬。

同治五年，郭嵩燾有《督撫同城急宜酌量變通疏》云：“大致以兵事歸總督，以民事歸巡撫，此國(guó)家定制也。而巡撫例歸總督節(jié)制，督撫同城，巡撫無(wú)敢自專(zhuān)者，于是一切大政悉聽(tīng)主持，又各開(kāi)幕府，行文書(shū)，不能如六部尚書(shū)侍郎同治一事也（堯注：侍郎雖為尚書(shū)的副職，明清皆為正二品，與尚書(shū)同為堂官），而參差杌隉之意常多。”嵩燾于同治二年署廣東巡撫時(shí)，因與總督瑞麟不合而被黜，此疏自有感而發(fā)。他罷官后曾作《由粵東歸述懷留別》詩(shī)云：“積雨翻成曀曀陰，刺桐拂檻影蕭森。粵臺(tái)嬰洞龍蛇窟，虞苑銷(xiāo)沉草木林。無(wú)蹤詭隨民疾亟，是何濡滯主恩深。誰(shuí)言肺腑戈矛起，慚愧平生感友心。”嵩燾與左宗棠為湘陰同鄉(xiāng)。宗棠在湘幕被劾時(shí)，嵩燾營(yíng)救甚力；至嵩燾被瑞麟所劾時(shí)，朝廷命宗棠核實(shí)，宗棠因避嫌不敢直白，嵩燾由是罷黜，遂成私憾。此詩(shī)末二句的“誰(shuí)言”云云，即隱喻宗棠事。劉成禺《洪憲紀(jì)事詩(shī)本事簿注》卷二云：“葉遐翁（恭綽）先生曰：元代鑒于唐藩鎮(zhèn)跋扈，宋州郡積弱，乃師古羅馬制度，設(shè)各路中書(shū)行省（堯注：意即中央派出機(jī)構(gòu)），統(tǒng)大權(quán)于中書(shū)省。明仍其舊，各省委主權(quán)于藩司，而以巡撫加其上，懼尾大也。明代設(shè)總督管兵，與巡撫同等。清設(shè)總督、巡撫于各省，而以兵部都察各銜領(lǐng)之，大權(quán)仍在中樞，可謂善師羅馬制度者，辜說(shuō)甚當(dāng)云。”附錄于此，亦可供談督撫掌故者之助。