三、學說紛呈，花團錦簇
新安儒醫創新意識強烈，思維活躍，“于書無不讀，讀必具特異之見”“獨創之巧”“推求闡發”“駁正發明”“意有獨見”“發群賢未有之論，破千古未決之疑”，敢于突破、大膽創新，在醫著編撰中提出了一系列富有科學價值的學術命題和創新觀點。
程松厓提出“雜病準《傷寒》治法”，闡發了《傷寒論》辨證治法的普適性；又提出“心肺當同歸一治”說，闡明了一張藥方可以通治心和肺兩臟疾病，現代醫學肺循環與體循環的辯證關系，心肺生理病理上的相關性，肺心病、肺炎合并急性心衰等病的治療實踐，都為心肺同治提供了有力的支持，頗有先見之明。
汪機以“營衛一氣”說闡明人體營衛陰陽相通互涵的辯證關系，以“參芪雙補”闡明人參和黃芪既補氣又補陰的雙重價值，前者可以從血管內白細胞的免疫性、穿透性并需要營養支持等生理中得到印證，后者也得到中藥雙向免疫、正常化和適應原樣作用等現代藥理的支持，均極具實證性；又明確提出“新感溫病”說，突破了“溫病不越傷寒”傳統觀念的束縛，為后世溫病學的發展奠定了理論基礎。
陳嘉謨以“治療用氣味”論倡說藥物寒熱溫涼四性和酸苦甘辛咸五味的綜合靈活運用，以“制造資水火”論闡明把握炮制程度、發揮藥效又不失藥性作用之法度，言簡意賅，濃縮的都是精華。
徐春甫提出“五臟之脾胃病”的新概念和“調理脾胃，以安五臟”的治療新思路，對增強和調節人體免疫功能具有重要意義；其“無往不郁”說強調了心理因素在慢性病中的重要價值，現代已得到心理神經免疫學的支持。
孫一奎“命門動氣”說對生命本原和生長發育演化過程的探索，符合生命科學的復雜性和統一性，與現代基因學理論等有驚人的相似之處，極具超前性；與“三焦相火正火說”相結合，揭開了命門學說及三焦辨證指導臨床的新篇章。
方有執踐行“錯簡重訂”說，重新編排《傷寒論》的篇章條文秩序，既增強了原書的系統性和條理性，又反映了傷寒發生發展、傳變轉歸的規律。
羅周彥“元陰元陽說”首次將元氣分為元陰、元陽，并強化先后天之分，賦予元氣以細胞生命所具有的物質性（功能性）、遺傳性、可變性三個特征，提高了元氣的臨床實用價值。
吳崐持“針藥補元”觀，提出“針寡藥補”說，指出“藥之多不如針之寡，針之補不如藥之長”，點明了針刺簡捷而難達藥物之補益作用的特點，針藥各有長短，取長補短則優勢明顯。
汪昂倡說金正希提出的“腦主記憶”說，補充和發展了“心主思維”的傳統思想；提出“胃乃分金之爐”說，以金屬冶煉提純比喻脾胃消化吸收水谷營養，形象生動；提出并后經葉天士推廣運用而形成的“暑必兼濕”說，反映了我國尤其江南地區夏季悶熱潮濕、人易中暑的客觀性。
吳楚提出“脾胃分治”說，強調從胃論治，改變了以往“治脾統治胃”的局面，彌補了中醫脾胃學說的不足，拓寬了從脾胃論治的臨床思路。
程鐘齡發明“八字辨證”說，以寒、熱、虛、實、表、里、陰、陽八字為辨證總綱來分析歸類病情；發明“醫門八法”說，以汗、和、下、消、吐、清、溫、補八法綜合歸納治法，構建起了中醫辨證治法的新體系和新模式，成為中醫臨床辨證立法的主要依據。
葉天士創立“衛氣營血辨證”說，揭示了溫病由表入里的傳變途徑和規律，標志著中醫溫病學辨治體系的形成，得到了現代實踐的驗證和動物實驗各項客觀指征的印證，與現代西醫將感染性疾病過程分為前驅期、明顯期、極盛期、衰竭期4個時期也是一致的；其“養胃陰”說以救治疫病、急救胃陰為重心，推衍至內傷雜病養胃陰法，進一步完善了脾胃學說、拓寬了診療思路；又提出“久病入絡”說，揭示內傷雜病由淺入深而成頑癥痼疾的病機，以“蟲介藥通絡”論治，是內傷雜病治法上的一大創新。
吳師朗提出“外損致虛說”，認為機體長期被外因損害、疾病纏綿日久可致內傷虛損，極具預見性，現代發現的艾滋病，其全稱為“獲得性免疫缺陷綜合征”，為這一學說作了最好的注解和說明；又有“虛損理論”，認為脾胃易傷、易虛，治療勿忘健脾、健脾重在養脾陰，與葉天士“養胃陰”說相輔相成，又為臨床開辟了一條新的治療途徑。
汪紱提出了用藥“補瀉相兼”說，闡明了成分復雜的中藥“無藥不補，無藥不瀉”、具有補此瀉彼的雙向調節作用。
鄭梅澗、鄭樞扶父子以“養陰清肺”說論治肺熱陰虛之證，卓有成效地治愈了白喉這一烈性傳染病。
余國珮與眾不同地提出“燥濕為綱”說，從外感時疫辨燥邪推及內外各科病癥辨燥濕，抓住了水是生命之源這一要害所在，確屬“醫家病家從來未見未聞”之說。
汪宏發明“相氣十法”說，通過望面部“氣色”判斷病情及其變化規律。
王樂匋提出傷寒理論與溫病理論“根葉相連”說，精確傳神地表達了這兩大理論體系的客觀發展歷程和相互補充、互相促進的密切關系。
此外，五運六氣學說是唐宋時期以天干地支推衍氣候周期變化的學說，新安醫家從明代汪機質疑開始，到清代羅浩根據事實修正為“運氣應常不應變”說，認為一年四時常令可以應驗，六十年久遠之變難以推演，前者得到了現代醫學物候學、時間醫學研究的論證，后者得到了天文學“木星超辰現象”的印證，提高了運用運氣學說分析氣候、觀察病情、合理用藥的科學價值。
脈診是扁鵲發明的中醫特色診法，新安醫家從北宋時期張擴、張揮兄弟開始普遍精于脈診，徐春甫認為“脈為醫之關鍵”，吳崐指出“一指之下，千萬人命脈所關”，中醫正是通過把脈來把握氣血盛衰、把握脈搏和血壓、把握“生命指征”的，現代研究證明脈診有血流動力學依據，疑難雜病的診治以脈診為第一依據至關重要。
歷史上的新安醫家既不是現代意義上的生理學家、病理學家、藥理學家，也不可能是天文學家、地理學家、生物學家，他們對生命和疾病等的認識并不具有現代生理病理等科學理論的基礎，但他們的創新見解卻總能與現代最新的科學理論相契合，這就是新安醫學的神奇與魅力之處。
這些創新見解深說博論，觀點鮮明，立論獨特，議論有理有據，涉及生理病理、病因病機、診斷辨證、治法用藥、藥性藥效等各個環節，開拓了學術領域，填補了學術空白，是中醫學術發展進程中的重大理論創新，現早已融入中醫學理論體系之中。