《甲乙經》是所有中醫經典中傳世版本問題最多的，因此學習該書一定選擇權威可靠的校勘本。經考察，唐代《外臺秘要·明堂》輯錄自《甲乙經》“明堂”條文，而《外臺秘要》現存有宋版，錯誤較少，因此對于《甲乙經》這部分內容，應注意參照《外臺秘要》相關條文。

《甲乙經》在編排上有一些特殊的體例，如果不了解這些體例，則無法正確理解與利用該書。《甲乙經》卷首自序后載有“序例”一篇，全文如下：

諸問，黃帝及雷公皆曰“問”；其對也，黃帝曰答，岐伯之徒皆曰“對”。上章問及對，已有名字者，則下章但言“問”、言“對”，亦不更說名字也；若人異則重復更名字，此則其例也。諸言“主之”者，可灸可刺；其言“刺之”者，不可灸；言“灸之”者，不可刺，亦其例也。

經考察，該“序例”系原書舊有，非林億新增。宋以前醫書所引《甲乙經》之文體例多與此“序例”相吻合；宋本《甲乙經》仍與“序例”基本相符，而傳世本頗與此“序例”不同者，系后人，特別是宋以后人所刪改。

根據“序例”，可容易地辨識出其他醫書中所引《甲乙經》之文，例如《千金要方》一書中載錄了大量《甲乙經》之文，既有原書編者孫思邈直接引錄者，也有孫氏間接引自別書者，更有大量宋人校正時所增補者，這些引文大多未注明出處，若不借助“序例”，則不易識別。

此“序例”更重要的作用是可用來校勘現行本《甲乙經》中的錯誤。由于《甲乙經》一書宋代以后主要靠抄寫流傳，后人在傳抄時因不明“序例”，多將卷七至卷十二所載禁刺、禁灸穴主治條文形式改成與一般腧穴主治條文完全相同的形式，例如“絲竹空”系禁灸穴，其主治條文形式當作“……刺絲竹空”，而“六經本”現存三條、“明抄本”所載四條“絲竹空”主治條文均被改成“……刺絲竹空主之”。這類錯誤均可據“序例”加以識別并予以改正，此不一一舉例。

關于《甲乙經》一書的其他編集體例，原書序文中雖曾提及，但未作具體說明；還有一些重要的編集體例，“序例”及原序中均未言及，而這些原書中未加說明的體例對于閱讀、研究《甲乙經》具有更為重要的價值，其中與一般讀者關系最密切的是腧穴證治條文排列序例：

《甲乙經》卷七至卷十二所載腧穴主治條文均集自《明堂經》，而各篇的腧穴主治條文的排列并非雜亂無章，如果將卷七至卷十二任一篇（無《明堂》之文者除外）所有腧穴主治條文中的腧穴依次排列，其順序恰好與卷三的腧穴排列次序相同；如果某一病癥后所主之穴為兩穴以上者，其腧穴排列先后也與卷三同。例如卷七第一中篇所有病癥主治條文后所主之穴依次排列如下：

神庭　曲差　本神　上星　承光　通天　玉枕　臨泣　承靈　腦空　率谷　啞門　天柱　風池　大椎　陶道　神道　命門　大杼　風門　膈俞　上髎　魄戶　神堂　 　膈俞　懸顱　魂門　頷厭　懸厘　陽白　攢竹　承漿　顱息　天牖　巨闕　上脘　陰都　少商　魚際　太淵　列缺

以上42穴中只有“ ”之后的“膈俞”、“懸顱”兩穴與卷三腧穴排列次序不符，而此“膈俞”穴與前文重，顯然有誤，《醫學綱目》卷二十二引作“膈關”，與《外臺》、《醫心方》并同（此次整理已據此改為“膈關”）；而“懸顱主之”條，“明抄本”中作注文。因此本篇所有腧穴排列次序均與卷三完全相同。又如卷七第五云：“痎瘧，取完骨及風池、大杼、心俞、上髎、 、陰都、太淵、三間、合谷、陽池、少澤、前谷、后溪、腕骨、陽谷、俠溪、至陰、通谷、京骨皆主之。”此條病癥后所有腧穴的排列次序也與卷三完全相同。

了解《甲乙經》這一規律，對于閱讀與校勘《甲乙經》具有極為重要的意義：

其一，可以輕易解決《甲乙經》中同名穴辨識這一千古難題。《甲乙經》中有五對同名異穴，即：（頭）臨泣——（足）臨泣；（腹）通谷——（足）通谷；（頭）竅陰——（足）竅陰；（手）三里——（足）三里；（手）五里——（足）五里。這五對同名穴在卷7~12共出現39次，如果不了解《甲乙經》腧穴排列序例，則對這39條中同名穴難以辨識。事實上，從初唐之后的歷代針灸書中對于《甲乙經》同名穴辨識均出現了不少失誤。例如《甲乙經》卷七第五云：“瘧，日西發，臨泣主之”，該條文之前后均是足部穴主之條文，可知此條中“臨泣”顯為足部穴，而非頭部穴。而《千金要方》卷十卻于此穴下注作“穴在目眥上入發際五分陷者”，將此穴誤為頭部穴。又如《甲乙經》卷十一第二云：“癲疾嘔沫，神庭及兌端、承漿主之；其不嘔沫……尺澤、陽溪、外丘、當上脘旁五分通谷、金門、承筋、合陽主之。”如果了解上述《甲乙經》腧穴排列序例，一眼便可看出此條中“通谷”系足部太陽經穴，而古人不察，誤辨為腹部穴，遂于該穴前注以“當上脘旁五分”六字。《醫學綱目》引宋本此條時此六字也作大字，則此注系宋以前人所注，誤在宋以前也。可見，不了解《甲乙經》腧穴排列規律，便無法讀懂原書，也就不能對其進行科學的校注。

其二，也是最重要的作用是，用于《甲乙經》一書的校勘。由于年代久遠，《甲乙經》卷七至卷十二有不少字形相近的穴名被抄混了（如“小海”誤作“少海”，“天溪”誤作“太溪”，“箕門”誤作“期門”，“中注”誤作“中渚”等），或因脫簡使兩條腧穴主治文字混作一條，對于這類錯誤，特別是那些已見于《外臺》所引早期傳本的錯誤，如果不了解上述腧穴排列序例，是很難、甚至是不可能被發現而予以改正的。但只要了解此規律，便能很容易地發現這類錯誤，再結合他書資料則可糾正這些錯誤。

其三，可以發現錯簡。由于宋本并宋以前舊本《甲乙經》均不存，傳世本《甲乙經》版本較差，且只有一種異本可供參照，對卷七至卷十二腧穴主治條文中大量錯簡現象，若不了解上述腧穴排列序例，則很難發現。