該書共收載《明堂經》針灸腧穴349個，其中肘膝以下穴按十二經分類，而其余穴則分部按線排列，是一種分經與分部相結合的腧穴分類方法。唐代楊上善將《明堂經》所有349穴分別歸于十二經和奇經八脈，宋代王惟一分別采用了《甲乙經》腧穴分類法和按經脈分類法，其中按經統穴法經元代滑伯仁的提倡，自明代始漸漸流行，然而《甲乙經》腧穴分類法一直沿用到清代，與按經分類法并行，而且在按經屬穴法廣為流行的現代，人們對于《甲乙經》腧穴分類法的優點反而認識得更加深刻。

從大量古今腧穴文獻記載來看，腧穴主治與經脈相關的同一性僅僅表現在四肢肘膝以下的五輸穴及絡穴上，其他部位的腧穴多只是主治局部病癥，并沒有反映出其與相關的經脈、內臟間的聯系。另一方面，如果同一經脈上的腧穴主治在很大程度上是統一的，那么腧穴歸經的過程就非常簡單，而事實上在《內經》中只是將四肢肘膝以下的五輸穴歸經，至《甲乙經》也只將四肢肘膝以下穴歸經，這種狀況一直持續到唐中葉，唐代雖然開始將《明堂經》349穴全部歸經，但各家歸經的情況各不相同，宋代官修針灸典籍《銅人腧穴針灸圖經》則兼收了這兩種歸經方法。為什么這么長的時期內古人就一直不肯將四肢部以外的腧穴歸經呢？恐怕與軀干部穴主治局部病癥的特點密切相關，將這些穴統一歸經后，并不能對針灸臨床診療起指導作用。古人所謂“循經取穴”主要還是指循經取肘膝以下十二經穴，故這種腧穴歸經沒有體現出相應的臨床指導意義。另一方面，《甲乙經》的腧穴分類法便于相鄰部位腧穴的對比學習掌握和臨床應用。這也是這種腧穴分類法廣為流行的重要因素之一。

考察腧穴歸經的歷史不難發現，在宋以前只有《甲乙經》所傳之“黃帝明堂”一家腧穴被不斷地歸經，其他諸家明堂文獻所載之腧穴并沒有被歸入“經穴”之列。自宋代王惟一始，雖不斷有別家腧穴被歸經，但這一過程極其緩慢，自宋至今近一千年也只有12穴歸經。這可能因為在諸家“明堂”中，只有“黃帝明堂”腧穴下記有“脈氣所發”內容，這是后來各家進行腧穴歸經的主要依據。

《甲乙經》是最早對于《素問》、《靈樞》、《明堂》進行分類研究的成果。一部類書的學術價值，主要體現在編者對于原文獻的理解以及分類系統的合理性。由于《甲乙經》編者所處時代與三部經典成書年代不遠，其對于經文的理解和處理對于后人的啟迪與借鑒之處頗多。編者的學術思想主要體現在對于經文剪輯、分類、注解以及篇題的概括諸方面。

例如《內經》以及漢以前諸子書所載五臟配五竅有不同的記載，這種不同學說出現在不同的篇中并不要緊，而像《甲乙經》這樣的類書，相同問題的不同學說皆類集于同一篇，如不作說明，讀者就難以理解。對于舌與五臟的關系，皇甫謐作了如下解釋：

夫心者火也，腎者水也，水火既濟。心氣通于舌，舌非竅者，其通于竅者，寄在于耳。

然則腎氣上通于耳，下通于陰也（《針灸甲乙經》卷一第四）。

以往《甲乙經》中的這類文字被當作所謂后人所添加的“大字注文”，經考證實為《甲乙經》編者的原始注文。這類注文在《甲乙經》雖不多，但表現了編者的鮮明學術觀點，是研究皇甫謐學術思想的重要素材。

又如對于《素問》所載之三陰三陽厥內容，后世醫家多理解為厥病。可是，皇甫謐編《甲乙經》時，將此段原文編入脈診篇，說明編者將經文的“脈厥”理解脈診的論述。那么，這種理解是否符合經文原意呢？《太素·經脈厥》載第二種十二脈厥原文均明確指明具體“脈”字，例如“足厥陰脈厥，攣腰虛滿，前閉……”《諸病源候論》則講得更加明確，該書卷十六曰：

診其脈，太陽（陰）脈厥逆，骭急攣，心痛引于腹。

太陰厥逆，骭急攣，心痛引腹，治主病者（《素問·厥論》）。

《諸病源候論》將《素問》“太陰厥逆”直接寫作“診其脈，太陰脈厥逆”，明明白白地告訴我們，《素問》的三陰三陽之厥是脈候。由此可見，皇甫謐的理解更符合經文本意。

此外，《甲乙經》某些篇名對于理解經文也很有幫助。例如：

手陽明少陽厥逆發喉痹嗌腫（《素問·厥論》）。

手足陽明少陽脈動發喉痹咽痛（《甲乙經》卷十二第八篇名）。

這里，直接將經文的“厥逆”翻譯成“脈動”，與其對《素問》脈厥的理解前后一貫。此外，《素問·陽明脈解》注解足陽明脈“是動”病時也曰：“陽明厥則喘而惋，惋則惡人。”而且，《素問·厥論》所載六脈厥病癥多見于“是動”病。這些足以說明“脈動”、“脈厥”所言均為脈診病候。

再如，對于《靈樞·經脈》經文的“是動則病”，歷代醫家的理解分歧很大，皆未得其旨。而皇甫謐對此問題的理解也鮮明地反映在篇名中：

足太陽陽明手少陽脈動發目病（卷十二第四篇名）

手太陽少陽脈動發耳病（卷十二第五篇名）

手足陽明脈動發口齒病（卷十二第六篇名）

以上篇名中都明確指出了“脈動”二字。而王冰也直接將《靈樞·經脈》經脈病候中“是動”翻譯成“脈動”二字。例如其注《素問·診要經終》曰：“《靈樞經》曰：足太陰之脈動，則病食則嘔，腹脹善噫也。”至此“是動則病”的原意昭然若揭：是者，此也；動者，變動也，即異常搏動；“病”字用作動詞，意即患病。

《素問》、《靈樞》雖然對于針灸治療原則有總體論述，但多不系統，特別是缺乏具體的辨癥選穴治療。《黃帝明堂經》雖然載有349穴的主治病癥，但缺乏對于相關病癥的病因、病機、治療原則的總體論述，不便于臨床應用。而皇甫謐合三部為一書，以病癥為綱重新編排，使各病之下有論、有法、有方，特別是三者呼應，示人以規矩，十分便于臨床應用。例如卷九“腎小腸受病發腹脹腰痛引背少腹控睪第八”，在類輯《靈樞》、《素問》5篇有關腰痛的不同臟腑、經脈所致腰痛的癥狀特點、病因病機以及治療原則之后，具體輯錄了《明堂》治療腰痛的腧穴條文。難能可貴的是，皇甫謐在從《明堂》輯錄相關主治條文時，保留了具有辨癥特征的典型癥狀，與前引之《靈樞》、《素問》之總論形成有機的整體，展示出較為清晰的符合針灸臨床特征的辨癥施治框架。同樣是腰痛，根據其表現出的不同的經脈病候特點和病位特點選取不同經脈或不同部位的腧穴，從而將《內經》中的治療原則大法落到了實處：

腰痛上寒，實則脊急強，長強主之。

……

腎腰痛不可俯仰，陰陵泉主之。

腰痛少腹滿，小便不利如癃狀，羸瘦，意恐懼，氣不足，腹中悒悒，太沖主之。

腰痛，少腹痛，陰包主之。

腰痛大便難，涌泉主之。（《千金》云腰脊相引如解。）

實則閉癃，凄凄腰脊痛，宛轉，目循循然，嗜臥，口中熱，虛則腰痛，寒厥，煩心悶，大鐘主之。

腰痛引脊內廉，復溜主之，春無見血，若太多，虛不可復。（是前足少陰痛也。）

腰痛不能舉足，少坐若下車躓地，脛中 然，申脈主之。

腰痛如小錘居其中，怫然腫痛，不可以咳，咳則筋縮急，諸節痛，上下無常，寒熱，陽輔主之。

腰痛不可舉足，跟中踝后痛，腳痿，仆參主之。

腰痛夾脊至頭幾幾然，目 ，委中主之。（是前刺足太陽郄中出血者。）

腰痛得俯不得仰，仰則恐仆，得之舉重，惡血歸之，殷門主之。（是前衡絡之脈腰痛者。）

腰脊痛尻臀股陰寒大痛，虛則血動，實則并熱痛，痔痛，尻 中腫，大便直出，扶承主之。

再如卷七“太陽中風感于寒濕發痙第四”，在輯錄《靈樞》、《金匱要略》有關痙病的論述之后，類集《明堂》有關主治痙病的條文：

痙，取囟會、百會及天柱、膈俞、上關、光明主之。痙，目不眴，刺腦戶。

痙，脊強反折，瘛疭，癲疾，頭重，五處主之。痙互引，善驚，天沖主之。

痙反折，心痛，形氣短，尻 澀，小便黃閉，長強主之。

脊強互引反折，汗不出，腰俞主之。

痙，脊強互引，惡風時振栗，喉痹，大氣滿喘，胸中郁郁，身熱，目 ，項強，寒熱，僵仆，不能久立，煩滿里急，身不安席，大杼主之。

痙，筋痛急互引，肝俞主之。

熱痙，脾俞及腎俞主之。

熱痙互引，汗不出，反折，尻臀內痛似癉瘧狀，膀胱俞主之。

痙，反折互引，腹脹腋攣，背中怏怏引脅痛，內引心，中膂俞主之。又刺陽明。從項而數背椎，夾脊膂而痛，按之應手者，刺之尺澤，三痏立已。

……

這些條文中有關痙病的典型癥狀與所引《靈樞》、《金匱要略》之文相合，而且同樣是痙病，根據其表現出不同部位或經脈的發病特點選取不同的穴，從而給臨床辨癥取穴做出了示范。這是《甲乙經》指導臨床的突出體現。