《隋書·經(jīng)籍志》所記“黃帝甲乙經(jīng)十卷”條下未注明作者，《舊唐書·經(jīng)籍志》則注曰“皇甫謐撰”。而先于此，初唐時楊上善、楊玄操已明確指出《甲乙經(jīng)》一書的編者為皇甫謐。關(guān)于《甲乙經(jīng)》的成書年代，據(jù)傳世本序文，當(dāng)成于魏甘露年間（256~259年）。

宋林億校本《甲乙經(jīng)》自北宋刊行后，南宋、金、元均未見重刊，現(xiàn)存最早刊本為明萬歷吳勉學(xué)?？夺t(yī)學(xué)六經(jīng)》本。此本于萬歷二十九年（1601）收入?yún)敲銓W(xué)?？夺t(yī)統(tǒng)正脈》叢書中，現(xiàn)存此書多系清代書坊重修本，斷版缺字較多，并可見較多的補版。又有明代藍格抄本，與“六經(jīng)本”非出自同一底本，可校補前者脫誤之處頗多，但此本非精抄本，前后體例不一，錯亂、殘缺之處也不少。《四庫全書》本與余云岫所引之所謂“嘉靖本”相吻合，也有一定參考價值。故?？薄都滓医?jīng)》一書，當(dāng)以“六經(jīng)本”為底本，以“明抄本”作主校本，以“四庫本”作參校本。至于所謂“抄正統(tǒng)本”者，問題很多，作偽充古之跡顯然，不宜再作為校勘《甲乙經(jīng)》的依據(jù)。

該書前六卷主要論述臟腑、陰陽、氣血、經(jīng)脈、腧穴、診法、刺法刺禁等，相當(dāng)于基礎(chǔ)理論，可視為全書的總論，其中卷三“腧穴”輯自《明堂》，其他各篇多輯自《素問》、《靈樞》；后6卷則以病證為綱，論述各科諸疾的針灸治療，可視為全書的各論部分。