腧穴的作用，古今文獻論述頗多，概括起來不外輸注氣血、反映病證、協助診斷和防治疾病四個方面。

經絡能夠運行氣血，協調陰陽，而腧穴是作為臟腑經絡氣血轉輸出入的特殊部位，其功能與臟腑經絡有著不可分割的關系。人體臟腑以及皮肉筋骨、四肢百骸所以能維持其正常的功能，都需要氣血的滋養滋潤。而氣血的輸注輸布，主要是通過經絡系統而實現的，經脈和絡脈都是氣血輸注的徑路。經絡與腧穴本是一體，分之可二，合之為一，腧穴同樣具有經絡輸注氣血的功能。《素問·氣穴論》說：“肉之大會為谷，肉之小會為溪，肉分之間，溪谷之會，以行營衛，以會大氣。”高士宗《素問直解》指出：“溪谷之會，內外相通，內通經脈，以行營衛，外通皮毛，以會大氣，大氣宗氣也。”《靈樞·九針十二原》說得更加明白。“所言節者，神氣之所游行出入也，非皮肉筋骨也。”《靈樞·平人絕谷》說：“神者，水谷之精氣也。”《靈樞·營衛生會》又說：“營衛者，精氣也，血者，神氣也。”由此可見，營衛氣血是水谷精微所化生，它又是轉化為神氣的物質基礎；同時說明腧穴是氣血通行出入的部位，并非指一般的皮肉筋骨。因此，人體氣血的虛實盈虧，必將通過經絡反映到腧穴，這就是所謂腧穴“通營衛”“溢奇邪”的作用。所以《備急千金要方》說：“凡孔穴在身，皆是臟腑榮衛血脈流通，表里往來，各有所主”。

經絡腧穴與臟腑息息相關。腧穴與機體的內臟、器官有著密切的聯系，在疾病的情況下，相應的腧穴范圍出現壓痛、酸楚、結節、腫脹、瘀血、丘疹、虛陷等現象。疾病的發生必取決于邪正的盛衰，邪盛則可以導致氣血失調，氣血失調可以通過經絡的功能直接反映于與之有關的“脈氣所發”的部位。《靈樞·邪客》說：“肺心有邪，其氣留于兩肘；肝有邪，其氣留于兩腋；脾有邪，其氣留于兩髀；腎有邪，其氣留于兩腘。”《素問·風論》說：“風中五臟六腑之俞，亦為臟腑之風，各入其門戶，所中則為偏風。風氣循風府而上，則為腦風。”風寒濕邪，可由穴位處乘虛而入，深入臟腑而致病。張介賓在《類經》注：“凡病邪久留不移者，必于四肢八溪之間有所結聚，故當于節之會處索而刺之。”結聚，指氣血凝滯、脈絡不通，或由此而形成的硬結等。這就是《素問·氣穴論》所以說的“溢奇邪”。但這種情況的出現并不限定于四肢，臨床上更多見于軀干。它既可以反映局部的軟組織疾患，如經筋病變；也可以反映臟腑疾患，如軀干部的背俞穴和募穴，是反映臟腑病痛的重要腧穴。當然，四肢部的腧穴也同樣可以反映臟腑病證，如原穴與五臟病、下合穴與六腑病等。對于腧穴的這種作用，近年有不少新的發現，如呼吸系統病證多在中府、肺俞、孔最處出現反應；肝膽系統的病證多在肝俞、膽俞、膽囊穴處出現壓痛等。

人是一個有機的整體，人體各個組織、器官的功能是彼此協調統一的。腧穴作為人體的一個特殊部位，通過經絡與機體各部緊密聯系，因此某一個組織、器官發生疾病時，也可以通過經脈在其相關腧穴上出現異常反應。這種反應的出現對疾病的診斷具有重要意義。《靈樞·官能》說：“察其所痛，左右上下，知其寒溫，何經所在。”就是利用“滎輸異處”診察疾病。在這方面，中醫學積累了豐富的經驗，且近年又有較快的發展。望、聞、問、切是中醫診病的主要方法，其中望診、切診更是離不開經絡腧穴。望診包括診察絡脈色澤，近代多用于耳廓視診。脈診中的切寸口、切人迎、切三部九候、切腎間動氣等無不以腧穴作為依據。《靈樞·背腧》記載了背俞穴的位置與取法。切其所異，可以作為定向診治臟腑疾患的重要參考。募穴也具有相同的作用，如《圣惠方》利用募穴的壓痛及局部變異診斷臟腑“癰”“疽”之患。除上述內容外，四肢部腧穴對部分疾病的診斷也具有重要意義。如闌尾穴出現壓痛表明有患闌尾炎的可能，膽囊穴的壓痛則有患膽囊炎或膽結石的可能。以上這些內容都應結合臨床征象綜合考慮，才能完整了解病情，做出合理判斷。近年，應用光、聲、電、磁等物理學方法，對腧穴的某些變異還可以用儀器進行檢測，如經絡穴位測定儀、生命信息診斷儀等。總之，檢查有關經絡腧穴部位的病理反應，測定腧穴的電位、電阻和導電量的變化，有助于病位和虛實狀態的診斷。另一方面，腧穴協助診斷還體現在可以協同現代醫療儀器對某些疾病進行鑒別診斷。如采用針刺足三里的方法，在X線下對胃竇部變形、蠕動消失的患者進行觀察，如胃竇部變形部分重新出現蠕動，而且輪廓、寬度發生改變者，說明胃壁柔軟，正常收縮擴張功能存在，一般為良性的炎癥；如在同樣條件下，胃壁無收縮、擴張功能，說明胃壁增厚僵硬，是癌細胞沿胃壁生長的結果。

腧穴不僅是氣血輸注、邪氣所客的處所，同時又是針灸防治疾病的部位。運用各種治療性刺激作用于腧穴，可以預防和治療疾病。《素問·五臟生成》在解釋腧穴的特點時說：“此皆衛氣之所留止，邪氣之所客也，針石緣而去之。”指出腧穴不僅是氣血輸注的部位，而且是邪氣所客的處所，也是針灸用以補虛瀉實的部位。針灸預防疾病，主要就是提高機體的抗病能力。《備急千金要方》說：“凡入吳蜀地游官（宦），體上常須三兩處灸之，勿令瘡暫差，則瘴癘溫瘧毒氣不能著人也。”這是關于用艾灸腧穴預防時疫傳染的早期記載。《扁鵲心書》推崇灸法，有不少關于艾灸腧穴健身防病的論述。如“灸氣海、丹田、關元，各三百壯，固其脾腎。夫脾為五臟之母，腎為一身之根。”充分體現了扶正固本、祛邪卻病的學術思想。近年，利用針刺足三里能提高機體免疫功能的特點，用來預防感冒；針刺合谷穴預防痄腮；經常按摩中脘、建里，可以幫助消化；按摩眼區周邊腧穴，可以恢復眼肌疲勞、防止近視等，都是應用腧穴預防疾病的具體體現。

通過腧穴以治療疾病，早見于帛書《五十二病方》。《內經》記述疾病治療大多也是采用這種方法。以后歷代醫家在實踐中積累了豐富的經驗，成為中醫治法中的主要手段，實踐證明，臨床各科都有大量適于刺激腧穴治療的病證，包括許多功能性疾病、傳染性疾病和某些器質性疾病。特別是對各種痛證、感覺障礙和各種功能失調的病證，尤其適合刺激腧穴進行治療。1980年，世界衛生組織提出43種疾病，建議各國采用針灸治療，這是國際上對針灸腧穴防治疾病的具有重要意義的推廣運用。

腧穴防治疾病的機理，在于接受適當的刺激后，可以調整經絡氣血，達到扶正祛邪的目的。腧穴是經絡傳導感應、調整虛實的部位；經絡亦是腧穴治療的基礎。人的衛氣是抵抗外邪侵襲的屏障，如果衛氣不足，邪氣就會乘虛而入，發生病變；病時所出現的各種反應，也是衛氣與邪氣抗爭的表現。所以臨床常常據此而循經取穴，按經論治。針灸推拿等治療疾病，就是通過腧穴來調氣，補虛瀉實扶正祛邪。