腧穴各有一定的部位和名稱，因為這些腧穴皆分布在一定經絡線上，故稱經穴。從腧穴的命名反映一定的理論概念。孫思邈《千金翼方》說：“凡諸孔穴，名不徒設，皆有深意。”楊上善撰注《黃帝內經明堂》，曾對經穴名稱逐一詮釋。惜原書散佚，現僅存手太陰肺經一卷。以后張介賓等醫家對腧穴名義續有解釋。清代程知（扶生）著《醫經理解》對腧穴命名意義曾做了如下概括：“經曰：肉之大會為谷，小會為溪，謂經氣會于孔穴，如水流之行而會于溪谷也。海，言其所歸也。淵、泉，言其深也。狹者為溝、瀆。淺者為池、渚也。市、府，言其所聚也。道、里，言其所由也。室、舍。言其所居也。門、戶，言其所出入也。尊者為闕、堂。要會者為關、梁也。丘、陵，言其骨肉之高起者也。髎，言其骨之空闊者也。俞，言其氣之傳輸也。天以言乎其上；地以言乎其下也……”言簡意賅，深得命名要旨。

腧穴的命名，始于《黃帝內經》，《素問·陰陽應象大論》說：“氣穴所發，各有處名”。古代勞動人民及醫務工作者，根據腧穴的分布特點、作用、主治等內容，在實踐中反復認識，逐漸地歸納、概括，從而賦予腧穴一定的名稱。古人對腧穴的命名，取義十分廣泛，可謂上察天文，下觀地理，中通人事，遠取諸物，近取諸身，歸納起來，腧穴命名的依據及方法大致有以下幾種：

1.以天文學上的日月星辰命名，如日月、上星、璇璣、華蓋、太乙、太白、天樞等。

2.以地理名稱結合腧穴的形象而命名

1）以山、陵、丘、墟來比喻腧穴的形象，如承山、大陵、梁丘、商丘、丘墟等。

2）以溪、谷、溝、瀆來比喻腧穴的形象，如后溪、陽溪、合谷、陷谷、水溝、支溝、中瀆等。

3）以海、澤、池、泉、渠、淵來比喻腧穴的氣血流注，如少海、小海、尺澤、曲澤、曲池、陽池、曲泉、涌泉、經渠、太淵、清冷淵等。

4）以街、道、沖、處、市、廊來比喻腧穴的通路或處所，如氣街、水道、關沖、五處、風市、步廊等。

1.以動物名稱來比喻某些腧穴的部位，如魚際、鳩尾、伏兔、鶴頂、犢鼻等。

2.以植物名稱來比喻某些腧穴的部位，如攢竹、禾髎等。

3.以建筑物來形容某些腧穴的部位，如天井、玉堂、巨闕、內關、曲垣、庫房、府舍、天窗、地倉、梁門、紫宮、內庭、氣戶等。

4.以生活用具來形容某些腧穴的部位，如大杼、地機、頰車、陽輔、缺盆、天鼎、懸鐘等。

1.以人體解剖部位來命名

1）以人體解剖名稱來命名，如腕骨、完骨、大椎、曲骨、京骨、巨骨等。

2）以內臟解剖名稱來命名，如心俞、肝俞、肺俞、脾俞、胃俞、腎俞、膽俞、膀胱俞、大腸俞、小腸俞等。

2.以人體生理功能來命名

1）以一般生理功能來命名，如承漿、承泣、聽會、勞宮、廉泉、關元等。

2）以氣血臟腑功能來命名，如氣海、血海、神堂、魄戶、魂門、意舍、志室等。

3.以治療作用來命名，如光明、水分、通天、迎香、交信、歸來、筋縮等。

4.以人體部位和經脈分屬陰陽來命名

1）以內外分陰陽來命名，如陽陵泉（外）、陰陵泉（內）等。

2）以腹背分陰陽來命名，如陰都（腹）、陽綱（背）等。

3）以經脈交會分陰陽來命名，如三陰交（陰經）、三陽絡（陽經）等。