1988年8月11日，國務院通知，中央愛國衛生運動會改名為全國愛國衛生運動委員會。11月24日，全國愛衛會召開第八次全體委員擴大會議，組成新一屆委員會，國務委員、全國愛衛會主任李鐵映主持會議并講話。1989年3月7日，國務院發出《國務院關于加強愛國衛生工作的決定》。決定指出，愛國衛生工作是具有中國特色的衛生工作方式，應當在總結經驗的基礎上，切實加強這一工作。1989年10月19日，全國愛衛會發出《關于開展創建國家衛生城市活動的通知》，同時下發《國家衛生城市標準》。要求各地在各級政府的領導下，以衛生治本建設為主，動員全社會力量，有計劃、有步驟地進行創建活動。

在創建活動中，各級愛衛會要發揮統一領導、統一協調作用，各委員部門要按照職責分工，積極完成本部門承擔的任務。1990年6月17日，全國愛衛會命名山東威海市為“國家衛生城市”，同時，在該市召開創建國家衛生城市現場經驗交流會。會議部署了創建國家衛生城市和開展全國城市衛生檢查評比工作，國務委員、全國愛衛會主任李鐵映作了重要講話。

1990年8月至10月，國務院批準開展第一次全國城市衛生檢查評比活動。全國愛衛會組織11個衛生檢查團，省、自治區組織92個衛生檢查團，按全國統一標準對455個城市進行衛生檢查。評出了51個衛生城市，其中有30個城市分別評為“十佳衛生城市”。1991年1月27日，全國愛衛會召開第九次全體委員擴大會議暨全國城市衛生檢查評比表彰會議。總結交流了全國愛衛會第八次全體委員擴大會議以來的工作經驗，表彰了榮獲1990年度“衛生城市”“十佳衛生城市”及“十佳衛生城市”的市長和城市衛生檢查單項獎項目。國務委員、全國愛衛會主任李鐵映作了重要講話。

1992年3月26日，為了推動創建活動的深入開展，全國愛衛辦在湖南省岳陽市召開了全國鞏固城市衛生檢查評比成果研討會，時任全國愛衛會委員、全國愛衛辦常務副主任朱慶生主持會議并講話。有38個省、自治區、直轄市和地、縣級市的愛衛辦主任及有關部門負責人員出席會議。會上，上海、哈爾濱、成都、深圳、大連、威海、岳陽、沙市、江陰、萊州等十個城市介紹鞏固城市衛生檢查評比成果，深入開展創建國家衛生城市活動的經驗。會議還討論研究了第二次全國城市檢查評比方案。同年8～9月，開展了第二次全國城市衛生檢查評比活動。通過檢查評比命名了十二個城市為國家衛生城市，即：深圳、珠海、三明、張家港、江陰、成都、佛山、煙臺、大連、烷州、萊州、馬鞍山市。還從評定的57個衛生城市中分別評出了30個“十佳衛生城市”。第三次和第四次全國城市衛生檢查評比活動，分別在1995年和1998年進行。至2006年4月，已命名70個國家衛生城市。

為了不斷總結交流創建經驗，全國愛衛辦于1995年3月19日，在廣東佛山市召開了創建國家衛生城市理論研討會。1997年12月24日在福建省廈門市召開紀念愛國衛生運動45周年理論研討會。2001年4月16日，在廣東省中山市召開創建國家衛生城市（鎮）研討會，總結交流10年來開展創建活動對城（鎮）經濟和社會發展所起的作用，研究如何貫徹中央領導的指示，繼續做好新時期的創建衛生城市、衛生鎮的工作。通過上述研討會議，從理論和實際的結合上，不斷提高了對創建活動的認識，不斷豐富和發展了具有中國特色的愛國衛生運動理論。

歷時十多年的全國城市衛生檢查評比活動，對促進城市的規劃、建設和管理起到了重要作用，越來越引起各級黨政領導的重視。各地普遍把創建衛生城市活動作為加快改革開放和經濟發展的迫切需要，作為加強城市社會主義精神文明建設的重要舉措，作為黨和政府密切聯系人民群眾的實際步驟。多數市通過加大資金投入，完善城市基礎設施建設，組織發動人民群眾，進行專項整治，健全法制，落實隊伍，強化管理等措施，市容環境衛生面貌有了很大改善，提高了城市居民的生活質量，促進了經濟、社會的協調發展，使創建衛生城市工作顯現出強大的生命力。

但是，創建成功后，往往對鞏固成果不夠重視，出現滑坡和被動局面，因此需要有關部門定期進行暗訪復查，改變重創建、輕鞏固的觀念，使鞏固衛生城市成果工作邁上健康發展的軌道。如何使創建衛生城市工作更加深入扎實，避免形式主義，是今后工作中一個值得研究和探討的問題。“衛生靠檢查”已得到廣大干部群眾的公認。檢查方法是否科學合理，直接關系到檢查結果的客觀公正性。以往在城市衛生檢查中所采用推薦和抽查相結合的方法，作為創建的初級階段是可行的，符合當時的實際情況。但這種方法的弊端也是明顯的。因為是明查，所推薦的單位都是當地的“盆景”，肯定是好的，即使抽查到的街巷和單位，經事先告知，仍有突擊的時間，可以做好準備。這樣做盡管有促進作用，但所反映的情況已不是平時的水平。如抽查到的街巷和單位，經過一個晚上的突擊，沒有硬化的也己硬化，廁所的瓷磚已貼好，化糞池已改建，農貿市場也徹底改變了面貌；有的搞形式，應付檢查，在檢查人員到來前，農貿市場不讓市民去買菜，公廁不讓群眾進，不給攤販出攤，市民早點買不到，給群眾的生活帶來不便，群眾意見較大。更有甚者，在為調查鼠密度所布的粉塊處派人看守，有的在粉塊上加蓋臉盆等物，不讓老鼠通行，所測的鼠密度也就不真實了。還有些基層工作人員，怕一些小吃店、小理發店、小旅店等檢查時過不了關，下令關門，干脆不接受檢查等。

通過近十年的實踐，廣大人民群眾對創建本身是擁護的，希望通過創建，切實改變工作環境，提高生活質量。但對城市衛生檢查中做表面文章、搞形式主義則堅決反對。1998年，李嵐清同志在全國愛衛會報送的《關于調整對省會以上城市衛生檢查時間的請示》上批示：一是決不能影響“三講”；二是不能擾民；三是不能搞形式主義。并要求創建衛生城市要樹立“精品”意識，切實改變檢查方法。這些指示切中了時弊，是對創建衛生城市工作的極大關懷和愛護。全國愛衛會為認真執行李嵐清同志的指示，在組織開展第四次全國城市衛生檢查評比中，明確規定除必查項目（如垃圾填埋場、糞便處理場、污水處理廠、窗口單位等）外，一律采取隨機抽查方式，抽查范圍應覆蓋整個建成區，使檢查結果基本能反映一個城市的整體衛生水平。隨機檢查一般根據被檢市提供的地圖、當年的電話號碼簿和本底資料，確定檢查地段和單位，不得事先告知被檢市，而是在檢查前，告知車子往哪里開，有時也可以檢查完上一站，再告訴下一站。這樣做的好處是，有利于廣大干部，尤其是基層干部樹立持之以恒，實行長效管理的思想，從根本上克服突擊迎查、做表面文章的老辦法；有利于檢查人員對一個城市的整體衛生水平作出客觀公正的評價；有利于增強群眾對檢查工作的信任感，從而密切檢查人員和人民群眾的聯系；有利于克服和減少形式主義，真正做到不擾官、不擾民，讓人民群眾得到更多的實惠。

創衛工作開展20多年來，各地加強和創新社會管理，推動城市基礎設施建設，改善環境衛生面貌，強化衛生防病工作，提高群眾文明衛生意識，取得了顯著成效。一些原來環境臟亂差、污染嚴重的老舊城市，通過創建活動，一躍成為舒適、衛生、宜居的新型城市，使群眾生產生活環境得到顯著改善，促進了經濟發展和社會和諧，受到廣大人民群眾的普遍歡迎。經過多年的不斷規范和發展，國家衛生城鎮已深入人心，成為一個城市綜合管理水平和衛生文明程度的重要標志，是愛國衛生工作的知名品牌。

截至2011年底，全國愛衛會已累計命名了153個國家衛生城市（因浙江杭州的蕭山、江蘇的吳縣、廣東的南海3個縣級市撤市設區，并入地級市，2007年不再重新確認，現有國家衛生城市150個），32個國家衛生區，456個國家衛生鄉鎮（縣城），約占全國城市總數的22%。

通過查閱文獻發現開展創建國家衛生城市活動意義深遠。一是密切了黨群、干群關系。創建國家衛生城市是一項“民心工程”和“實事工程”，它解決的均是群眾關心的、迫切需要解決的問題，與群眾生產生活休戚相關，始終體現以民為本的宗旨，有利于凝心聚力，密切黨群、干群關系，樹立黨和政府的良好形象。二是提升了城市綜合實力。環境是城市綜合競爭力提升的關鍵。通過創建國家衛生城市創造良好的城市環境，可以吸引人才，吸納資金，引進項目。只有達到“硬環境上水平，軟環境創一流”的要求，形成“政府抓環境，環境留人才，人才強經濟”模式，實現環境與經濟的良性互動，才有利于城市快速發展。三是提高了城市管理水平。政府以創衛為抓手，不斷厘清管理職能，完善管理體制機制，并立足更高平臺，確立更高目標，建立長效管理工作機制，促進城市管理科學化、精細化。四是促進了人民群眾身心健康。通過打掃衛生、消滅四害、控制疾病、健康教育，凈化了居住環境，提高了人民群眾健康意識和自我保健能力，人均期望壽命從新中國成立時的35歲提高到2010年的74.8歲，翻了一倍。嬰兒死亡率和孕產婦的死亡率都是大幅度下降，達到了中等發達國家的水平。

但是，國家衛生城市創建工作也面臨了新的問題，主要表現在：一是對創建國家衛生城市意義認識還不到位，甚至出現了完全相反的理解和看法，認為創衛是勞民傷財的事情；二是有的城市創建工作脫離經濟實力和衛生基礎條件，注重形式，缺乏內涵建設，反而造成新的衛生隱患，影響了創建國家衛生城市的工作質量和形象；三是個別城市把創建國家衛生城市當作面子工程，存在形式主義，甚至弄虛作假；四是公眾參與創建國家衛生城市工作的渠道有限，缺乏參與評價的機會，影響了公眾的工作熱情；五是有的城市重創建、輕鞏固，未建立長效管理機制，導致反彈明顯。