宋金元時期，學術思想十分活躍，學術爭鳴風氣極盛，是中醫流派逐漸形成的非常時期。宋代朝廷成立了“御藥院”、“尚藥局”、“惠民局”、“廣惠局”等機構，都屬于國家統一管理藥品的職能部門。宋代太醫局編寫并出版了《太平惠民和劑局方》，促進了中藥成藥的發展，并逐漸形成了一些固定成方，由官方就當時太醫院搜羅的各家驗方匯編而成，是宋代的醫方大成。金元時期，各個醫家因地、因人、因時制宜，從不同的臨床實踐角度，不同的臨證體會闡發，各自總結所特有的學術見解和診療經驗，產生了歷史頗具盛名的金元四大家，出現了以李東垣為代表的補土派，以朱丹溪為代表的滋陰派，以劉河間為代表的寒涼派，以張從正為代表的攻下派。其中東垣丹溪補土、滋陰不僅為扶正培本增添新的內容，而且擴展了治療方法。

1170年，東軒居士在《衛濟寶書》中第一次用“癌”字，在《癰疽五發》篇中說：“一曰癌，二曰瘭，三曰疽，四曰痼，五曰癰”，將“癌”作為一個特定的病名。竇漢卿《瘡瘍經驗全書》對乳癌描述說：“捻捻如山巖，故名之，早治得生，遲則內潰肉爛見五臟而死。”“癌”字的應用，說明醫家們對惡性腫瘤有了基本的認識。

《太平圣惠方》可反映宋代以前中醫對有關腫瘤方面的認識概況和研究成果。書中認為，虛勞積聚的發生是由于陰陽虛損，血氣凝澀，以致經絡不宣通而致。“夫虛勞積聚者，臟腑之病也。積者臟病也，陰氣所生也；聚者腑病也，陽氣所成也。虛勞之人，陰陽氣傷損血氣凝澀不宣通于經絡，故成積聚于內也。”提示治療上應該以調和陰陽，補虛與活血為主虛勞癥瘕的成因為人體虛弱，加之脾胃氣弱，復為寒冷所乘而致，治療應以溫補脾胃為主“夫虛勞癥瘕病者，皆由久寒積滯，冷飲食不能消化所致也。結聚牢強，按之不轉動者為癥推之轉移則為瘕也。今虛勞之人，脾胃氣弱，不能消化水谷，復為寒冷所乘，故結成此病也。”作者對癖癥做了進一步闡述，“夫五臟調和，則榮衛氣理，榮衛氣理，則津液通流，雖復多飲水漿，不能為病。若攝養乖方，則三焦否隔，三焦否隔，則腸胃不能宣行內飲水漿，便令停滯不散，更遇寒氣，即聚而成癖也。癖者，謂僻側在于兩脅之間，有時而痛是也。”說明了五臟調和在腫瘤預防中的重要作用。同時，書中也提到“痰毒”：“夫痰毒者，由肺臟壅熱，過飲水漿，積聚在于胸膈，冷熱之氣相搏，結實不消。”

金元四大家的學術思想對腫瘤證治起到很大影響，促進了治療的發展。

寒涼派劉河間以火熱致病說，為腫瘤的清熱解毒治療提供了依據，臨床表明惡性腫瘤的中、晚期患者，常有發熱、疼痛、腫瘤增大、局部灼熱疼痛、口渴、便秘、黃苔、舌質紅絳脈數等熱性證候，即有熱毒內蘊表現，宜以清熱解毒治療。大量中草藥篩選表明，抗腫瘤活性物質也以清熱解毒類中藥為多。

攻下派張從正在《儒門事親》中明確提到“積之成也，或因暴怒喜悲思恐之氣”。把精神因素作為病因之一，而這種關系只是近年才引起西醫的重視。張從正認為：“病之一物，非人身素有之也，或自外而入，或由內而生，皆邪氣也。邪氣加諸身，速攻可也，速去之可也。腫瘤是邪毒瘀結于內，所以臨床用以毒攻毒、破堅散結等方藥。張元素言：“壯人無積，虛人則有之。”此雖泛指一切積滯，然也包括腫瘤在內。羅天益師承張元素、李東垣，故所撰《衛生寶鑒》強調“凡人脾胃虛弱，或飲食過常，或生冷過度不能生化，致成積聚結塊”。

李東垣認為元氣最重要，而元氣又賴胃氣以灌養，故補益元氣須從脾胃下手，據此建立了以補脾胃為主的學派，并提出通過調理脾胃不但能治療脾胃病，也能治療其他臟腑的多種虛弱證。指出內傷疾病的形成是脾胃受損，耗傷元氣的結果。在治療上，重視健脾益氣升陽益氣的法則，創制了著名的補中益氣湯等。癌癥患者多為老年人，老年患者脾胃氣虛者居多，加之腫瘤的惡性消耗，不可專用攻削損其正氣，故“扶正固本”為治癌一大要法。扶正固本，相當重要的就是補脾胃之氣，這對延緩病程，提高生存率，為病人爭取到更多治療時機非常有益。

朱丹溪倡陽有余，陰不足論。他根據《素問·陰陽應象大論》“年四十而陰氣自半也，起居衰矣”，又鑒于當時“局方”多用辛香燥烈之流弊，提出了人身“陽常有余，陰常不足”的論點，強調保存陰精，勿動“相火”。提出了陰虛火盛補腎陰的治療方法。另外，朱丹溪也重視攻邪。《丹溪心法》認為積聚痞塊是由痰飲、血塊積滯而成，所以治療當用“淬火、清痰、行死血塊，塊去須大補，不可用下藥，徒損真氣，病亦不去，當用消積藥使之融化，則根除矣”。朱丹溪大補喜用人參，消積行血常用大黃、樸硝（制成膏丸，軟堅而不瀉）、三棱、莪術、桃仁、紅花、水蛭、鱉甲、硇砂、南星等。朱丹溪所謂痞塊，雖非專指腫瘤，但確也包括腫瘤。現在治療食管癌用硇砂，治肝癌用鱉甲，治宮頸癌用三棱、莪術等皆有一定療效。上述用藥大多與朱丹溪用藥有一定淵源。

這個時期對腫瘤的病機有更深的認識，同時對各種不同的腫瘤有了更加清楚的描述和發微。如嚴用和《濟生方·五臟門》中有五臟六腑虛實論治，對五臟六腑虛證論治頗為豐富，并提出了“補脾不如補腎”的治療原則；《圣濟總錄·癭瘤門》從氣血流行的角度作了論述，認為“瘤之為義，留滯而不去也。氣血流行不失其常，則形體和平，無或余贅。及郁結壅塞，則乘虛投隙，病所以生。”初為小核，寢以長大，若杯盂然，不癢不痛，亦不結強。強調“瘤”與氣血流行關系密切，因此行氣、活血亦為治療腫瘤兩大重要方法。

總的看來，金元時期的醫家對腫瘤的認識、腫瘤證治體系在逐漸完善。