臨床疼痛診斷的建立離不開正確、認真的病史采集和體格檢查，雖然當前的臨床輔助檢查日趨增多與精確，但不論這些檢查是如何精密與細致，畢竟只是診斷過程中的一個步驟，那種把獲得診斷的希望完全寄托在檢查項目的陽性結果上的想法，顯然是不當的，這等于取消了一個更重要的診斷步驟—邏輯思維過程。

疼痛診斷的建立需要一段認識過程，因為引起疼痛的疾病狀態常常不是靜止的，由于新的病情出現，可能否定原來的初步診斷，新的印象又需要做另一些檢查來證實。即使初步證實了診斷，也需在病情變化的情況下再進一步檢查或以治療效果去檢驗，以至最后獲得能夠反映疾病本質的正確診斷。

對于比較復雜的病情，必要時應組織有關科室共同會診討論，防止發生誤診、漏診而貽誤患者治療。必要時也可以利用神經阻滯對某些疾病做出鑒別診斷，例如對上腹部疼痛的患者，行肋間或腹腔神經叢阻滯，可以鑒別疼痛的部位究竟位于腹壁淺層還是腹腔內。