一、本書的通假字和生僻字注音用小括號標明，如冥（溟）、摶（tuán）。對于存在爭議的讀音，則采納較為通行的讀音。

二、其他版本對本書所用版本有增補且作者認可的，以下劃線標明，如“搶榆枋而止”；其他版本認為本書所用版本的某字為多余且作者認可的，以中括號標明，如“唯松柏獨也[正]”；其他版本與本書所用版本存在不同且作者認可的，以大括號注明，如“亦若是則｛而｝已矣”。除此之外，其他版本與所用版本不同，一律標注在該段注釋的后面，如（注1）摶。

三、如果不同的版本對某些字詞的注釋不盡相同，作者就根據自己的理解采用最適當的注釋，或者直接給出自己的解釋。

四、譯文部分是作者在參照不同著作、自我領會的基礎上進行寫作的。

五、解說部分是本書的核心內容。作者將《莊子》原文劃分成小的段落（用阿拉伯數字標注），逐段進行解說。

六、每篇開頭的主旨與結構是為了幫助讀者從整體上掌握該篇的觀點以及寫作思路，從而更清晰、準確地把握《莊子》思想。