武帝“御駕親征”之前，留下自己的四弟朱聿粵在福州留守。隆武二年八，福州陷落，朱聿粵倉惶乘船逃往廣州。不久，隆武帝死訊傳出。十月，瞿式耜、丁魁楚等人在肇慶擁立永明王朱由榔（即后來的永歷帝）于肇慶“監國”。

隆武朝的大學士蘇觀生與丁魁楚素有過節，福州陷落時他正在廣東募兵，出于個人恩怨，他提出“兄終弟及”之說，于十一月在廣州擁立朱聿粵為“監國”。三天后，就舉行登基大典，改元紹武。不到半個月，永明王也在肇慶稱帝，改元永歷。隆武帝時就有魯王朱以海稱監國，至此，南明再次出現二帝并存的局面。

清兵鐵騎步步逼近，大敵當前，南明眾臣仍未吸取滅國的教訓，不斷重蹈明后期的積習，互結朋黨，各援黨系。最為可嘆的是，蘇觀生還下令殺掉永歷朝的來使，激得永歷帝派兵部右侍郎林佳鼎舉兵“討伐”，同時，紹武帝也派陳際泰向肇慶出發，旗號也是“討伐”。

十一月底，兩支南明“討伐軍”相遇于廣東三水，永歷軍先獲勝利，攻殺八百多紹武兵，陳際泰狼狽而逃。林佳鼎得意忘形，揮軍直殺廣州而來。紹武帝一下子著慌，蘇觀生倒有主意，他派林察率數萬海盜（現已招安為紹武軍）前往迎敵。林察與林佳鼎本是舊相識，就派人詐降。林佳鼎信以為真，置林察兵于不顧，徑自帶領戰船追擊往海口方向竄逃的紹武殘軍。林察所率的昔日海盜個個勇于海戰，又富于經驗，暗中設伏，突然向永歷軍船施放火器，永歷軍大驚潰敗，不是被水淹死、被火燒死，就是被自家明軍殺死，林佳鼎本人也受炮擊，死無全尸。永歷軍只有三十余騎人馬逃出此厄。

“窩里斗”中大獲全勝，紹武帝飄飄然，自以為“天授帝位”，開始搞那套郊天、祭地、幸學、閱兵的花架子。君臣上下，又大肆封賞，胡亂賜官，究其實也，他只是廣州一個城的“皇帝”而已，“七門之外，號令不行”[引用自黃宗羲《行朝錄》。]。

永歷、紹武兩軍在海口血戰之際，李成棟、佟養甲的清軍已在漢奸辜朝薦[潮州人，退休明官。]帶領下攻取漳州，又襲取潮州，并誘降大盜陳耀，攻克惠州。李成棟的清軍一路上最大的障礙是山路崎嶇的天險，真正來自南明官兵的抵抗幾乎沒有遇到。每當李成棟揮師兵臨城下，南明守軍就城門大開，府縣守官拿著簿冊恭謹獻降。為了麻痹廣州的紹武帝和蘇觀生，李成棟還讓各地官員書寫信件送遞廣州，報告說沒有任何清兵到來，致使廣州的紹武君臣相安泰然，自以為沒有任何迫近的危險。

隆武二年十二月，李成棟派三百精騎兵從惠州出發，連夜西行，從增城潛入廣州北。清軍十多人化裝成艄公，從水路大搖大擺乘船入城，然后上岸，直到布政司府前他們才在眾人面前掀掉頭上包布，露出剃青前額的滿人發式，揮刀亂砍，大呼“大清兵到！”

“韃子來了！”一句驚呼，滿城皆沸，百姓民眾爭相躲避。此也南明一怪，能征善戰如李自成的“大順軍”，殺人如麻如張獻忠的“大西軍”，即使是出生入死、血斗沖殺無數的明軍勇兵武將，只要一聲“韃子來了”，個個亡魂皆冒，立時潰散。

紹武帝正和蘇觀生等人在國子監“視學”，忽然有衛士急報清兵入城。蘇觀生大怒，心道昨日潮州還有信報說一切無恙，今天怎么會有清兵來此！他揮手讓左右殺掉報信衛士。

入城的清兵很快殺掉廣州東門守衛，大開城門，數百清兵策馬沖入，大紅頂笠滿街馳奔。紹武君臣這才知道清兵真的殺到，無奈大兵都西出和永歷軍交戰未返，宿衛禁兵也一時召集不全，一時間作鳥獸散。

情急之下，紹武帝易服化裝外逃，但最終在城外被清兵抓住，關押在府院。李成棟這次既沒下令屠城，也沒有立刻殺掉紹武帝，還派人送食物飲水給紹武帝。這位平素昏庸無能的紹武帝此時倒是彰顯了錚錚鐵骨，堅拒不受，道：“我若飲汝一勺水，何以見先人于地下！”夜間，趁守兵不備，朱聿粵用衣帶自縊而死，和他哥哥一樣，做到了“國君死社稷”。

射死一帝，又生擒一帝，至此，李成棟的滅明之功臻至高峰。