永歷六年，曾德事件導致施瑯與鄭成功公開決裂。自從鄭芝龍降清后，曾德似乎不大得志，在鄭成功軍中受施瑯節制。施瑯既被削去兵權，曾德為求出頭之日，利用過去在鄭氏家族軍隊中的關系投入成功營中充當親隨。施瑯聽到消息后，大為憤慨，派人把曾德捉回斬首。鄭成功“馳令勿殺”，施瑯卻悍然不顧，“促令殺之”。

鄭成功見施瑯違令擅殺鄭氏舊將，斷定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右鎮黃山以商量出軍機宜為名逮捕施瑯之弟施顯，同時命右先鋒黃廷帶領兵丁包圍施瑯住宅，將施瑯和他的父親施大宣拘捕。施瑯被捕后，在一些親信部將和當地居民的掩護和幫助下逃到大陸。鄭成功獲悉施瑯已經逃入清方管轄區后，怒不可遏，在七月間把施大宣、施顯處斬。施瑯得知父親和弟弟被殺的消息，對鄭成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同鄭氏為敵。

永歷五年下半年，鄭軍在閩南小盈嶺、海澄（今龍海市）等地戰斗，獲得了磁灶戰役、錢山戰役和小盈嶺戰役的勝利，克復平和、漳浦、詔安、南靖等地。年底，包括定西侯張名振等人皆來投靠，使鄭軍的聲勢愈形高漲。

這期間，張煌言與張焜言一直帶領自己麾下的義軍跟隨鄭成功南征北戰，然陳氏在英秀兒死后，頗受刺激，沒過多久，便染病身亡了。臨死前，她握住張焜言的手，說道：“一定要……找到那個小妖婦，親手殺了她，為娘、為英秀兒報仇！”張焜言含淚不語，陳氏緊緊攥住張焜言的手，咬緊了牙關，說道：“答應娘，啊，你答應娘啊。”張焜言點了點頭，說道：“娘，我記住了。”陳氏這才放心，長舒了一口氣，撒手人寰。

永歷六年正月，清海澄守將赫文興向鄭成功投降。二月，鄭軍攻長泰，清朝派遣陳錦率大軍前往救援；兩軍于江東橋展開大戰。鄭成功仗著對閩南地形較為熟識，在江東橋附近安排了許多伏兵，大敗陳錦，殲滅多數清軍，取得江東橋戰役的勝利。攻克長泰之后，鄭成功集結大軍進攻漳州府城，將之層層包圍。同年九月，清軍將領固山額真金礪率領了萬人大軍開抵福建，進入泉州府；鄭成功才下令解除漳州之圍以待敵軍。鄭成功將部隊布置于漳州龍溪古縣，欲用擊敗陳錦的同樣方式，來伏擊金礪軍，誰想卻遭金礪固山識破，兩軍展開混戰。

混戰之中，張煌言見陣型散亂，號令不行，已無秩序可言。為整頓行伍，帶兵殺出重圍，張煌言身先士卒，沖在頭陣，不期敵方一陣炮火襲來，張煌言須發皆被燎光。