以上表格當中的機構僅僅是軍統的常設機構，在所有機構之外，還有一個負責督察考核特務工作的督察室。督察室對特務的考核和審查極其嚴格，除了公開的考核監督之外，還設有秘密督察，并且骨干特務還輪流擔任“周督察”（即負責一周的督察工作），一旦哪個特務的言行稍有不妥，就會被督察查處，輕則打罵，重則關禁閉。

督察室下面還設立了一個防奸股，專門負責監視軍統內的可疑人員以及從其他組織叛變過來的叛徒，同時防范其他組織的間諜打入軍統。一旦發現行為異常的軍統特務，就會先關押，再嚴密審訊和調查。軍統的訓練班中曾有一個女生，僅僅因為在給朋友的信件中說了幾句同情共產黨的話，就被關了一年多的禁閉。

因為軍統直接受蔣介石領導，所以很多非常設機構都是隨時設立、隨時取消的。在相當長的一段時間內，連軍統的人事處處長都說不清軍統到底有多少個部門。

1938年4月，叛徒張國燾加入軍統后，組建了特種政治問題研究室、特種政治工作人員訓練班等機構，專門研究如何滲透、分裂、拉攏共產黨和進步組織。為了配合這一系列機構，戴笠還下令建立了一個特種技術研究室，專門研究毒鏢、毒匕首、毒彈、定時炸彈、特種地雷等暗殺用具。

除了常設和非常設機構外，軍統局內還有特務總隊、集中營、特別偵察組、外事偵察組等機構，這些機構只聽從戴笠個人指揮。

除了上述在軍統總部之內的單位，軍統還在全國各地設置了分站與辦事處，還在一些地區設置了特區，例如渝特區、川康區、沿海區等。

除了國內的分站，軍統還在海外設置了多個分站，向各國的使領館派遣特工。例如：軍統在印度設置了德里站和孟買站；在緬甸設置了仰光站、臘戍站；在泰國設置了曼谷站；在越南設置了海防站和西貢站；在英國設置了倫敦站；在法國設置了巴黎站，此外還設置了新加坡站、菲律賓站、美國站等等眾多的海外機構。

就這樣，軍統特工遍布了整個中國以及有大量中國人的海外地區。