根據南傳佛教的說法，現存的巴利文是摩揭陀方言，也就是佛陀所使用的語言。但是古印度語言學研究者認為，巴利文應該是來自印度西部的方言，與源自東部的摩揭陀語不同，但它很可能受到摩揭陀語的影響，從而接受了它的某些特征。
佛教的理論是關于解脫的理論，語言只是工具而不是目的，所以佛陀拒絕弟子要求依婆羅門傳統以梵文為統一語言的傳教語言，而允許弟子以自己的母語來傳播佛教。因此早期的佛教經典也不以梵文寫成。根據這些經典教授學習禪定方法的僧人，被稱為禪師。他們可以被視為中國禪宗的先驅，但是真正的禪宗建立者，則是菩提達摩。
禪宗早期的先驅者是南朝宋中天竺僧求那跋陀羅及其門下所建立的楞伽宗，在宗義上，他們與南印度的如來藏學派有密切的關系，在修持上，他們重視頭陀行與禪定。菩提達摩為求那跋陀羅門下，為最早的楞伽師之一。他將楞伽宗傳播至中國北方，落地生根，成為一個獨特的門派。
禪宗另一個源流則是受到三論宗與天臺宗影響，在中國南方地區所發展出的般若南宗，其領導者為牛頭法融，因此又稱牛頭宗。禪宗四祖道信，結合了楞伽宗的清凈佛性說與牛頭宗的中觀看法，遂后形成了中國獨特的宗派——禪宗。
從中國歷史上看，禪宗的發展可一分為四個時期：由菩提達摩至中國開始，到六祖慧能大師大宏禪宗為止，此為禪宗的開始，可稱為早期禪宗。由六祖慧能門下，洪州、石頭二宗，進而發展為五宗七派，此為禪宗的發展期，時間約由晚唐至南宋初。自南宋初年臨濟宗大慧宗杲起而倡話頭禪，曹洞宗宏智正覺倡導默照禪，至于明朝中晚期，此為禪宗的成熟期，又可稱為中期禪宗。至于明朝中葉凈土宗興起，此時佛教的特色為禪凈合一，儒、釋、道三教合一，禪凈合一的影響，使得當時的僧人唯以念佛坐禪為務，禪宗逐漸失去創新的生命力，為禪宗的衰落期，又稱為晚期禪宗，始于晚明至清朝結束為止。清末民初之際，有鑒于佛教的衰微，虛云大師起而中興禪宗，為近代禪宗中興之祖。直至現代，禪宗仍在隨著時代的進步而不斷進步。
早期禪宗：
楞伽宗（又稱南天竺一乘宗、南宗，胡適稱為楞伽宗），始于南朝宋中天竺僧求那跋陀羅（又稱跋陀）譯出《楞伽阿跋多羅寶經》四卷，當時以楞伽經為傳授經典的僧侶被稱為楞伽師。后菩提達摩以此四卷《楞伽》傳授門徒，為禪宗的開端。
東山法門（又稱黃梅禪），傳自菩提達摩。至四祖道信，于黃梅雙峰山傳授禪法，道信法師受三論宗、天臺宗的影響，一改以楞伽印心的傳統，開始以《文殊說般若經》傳授門徒。門下五祖弘忍，住憑墓山傳法，因憑墓山在雙峰山之東，故號稱東山法門。弘忍大師開始以《金剛般若波羅蜜經》及《大乘起信論》傳授門人。后由慧能大師承繼其禪法，為六祖，又稱南宗，曹溪宗，為禪門正宗。別傳神秀大師，稱北宗。北宗，始于神秀大師。后神會大師將南宗傳至洛陽，此宗遂衰。南宗，始于慧能大師，大弘頓法，因為起初在南方流傳，故稱南宗，又稱曹溪禪。曹溪禪分為曹溪北宗和曹溪南宗。
曹溪北宗主要指荷澤宗，始于神會大師，承繼六祖法脈，又被尊為禪宗七祖，但他的地位不被南宗各派所承認，因荷澤宗在洛陽一帶傳布，因此又被石頭、洪州認為是曹溪禪中的北宗。
曹溪南宗：
石頭禪，始于石頭希遷法師。希遷法師先于曹溪六祖門下出家為沙彌，慧能去世時，年僅十四歲，后依于六祖門下青原行思，于是成為禪宗大師。荊州的天皇道悟，澧州的藥山惟儼，潮州的西山大顛，皆出于希遷門下。云門宗，法眼宗，曹洞宗，傳說都是從石頭系統出來的。
洪州禪，始于南岳懷讓，但是真正光大南岳門下的，為洪州道一。道一大師住江西洪州開元寺，故稱洪州宗。其門下懷海，出了溈山靈祐，黃蘗希運，為溈仰與臨濟二宗的根元。
保唐宗，始于成都保唐寺無住禪師。無住禪師未出家時，從居士陳楚璋學頓教法，陳楚璋為五祖弘忍門下老安和尚（嵩山慧安）弟子。無住后從六祖弟子并洲自在受法出家，又從學于凈眾寺無相（又稱金和尚），無相為弘忍門下智詵的再傳弟子。所以宗密認為他是由五祖門下分出的，但保唐宗《歷代法寶記》則自認為六祖曹溪門下。
牛頭宗，為三論宗的旁支，始于法融大師，其為牛頭初祖。牛頭宗傳至六祖慧忠，鶴林玄素，徑山法欽時牛頭禪大盛，與洛陽荷澤神會，江南的洪州道一、石頭希遷，并為禪宗重鎮。后逐漸為曹溪宗所吸收。
中期禪宗：
六祖慧能門下悟道者共四十三人，各化一方，所謂“一花開五葉，結果自然成”，晚唐至北宋初期，共分臨濟宗、曹洞宗、云門宗、法眼宗、溈仰宗五宗，再加上臨濟門下分出的黃龍、楊歧兩派，合稱五宗七派（或稱五家七派），為唐朝以后的佛教主流。但宋朝后，僅存臨濟與曹洞二宗。
“五家七派”，主要出于石頭、洪州二宗。溈仰、臨濟二宗出于洪州道一門下，曹洞、云門、法眼皆出于石頭希遷門下，主要為：
溈仰宗。百丈懷海門下溈山靈祐及其弟子仰山慧寂創立于湖南寧鄉溈山密印寺，慧寂治所在棲隱寺（今江西宜春的太平興國寺）。
臨濟宗。百丈懷海門下黃蘗希運禪師住持黃蘗寺（在今江西宜豐縣）初露端倪，臨濟義玄從希運學法33年之后往鎮州（今河北正定）滹沱河畔建臨濟院創立。臨濟宗傳至石霜楚圓（986－1039）門下，又分出黃龍派、楊岐派。
黃龍派。慧南創立。因其住黃龍山（在今江西南昌市）而得名。
楊岐派。方會創立。因住楊岐山（在今江西萍鄉上栗縣）而得名。后由大慧宗杲光大，傳授話頭禪法，大行于世。
曹洞宗。由洞山良價與其弟子曹山本寂創立，良價禪師治所在今江西宜豐縣洞山，良價的弟子本寂（840－901）在洞山普利院學法數年，后到曹山（今江西宜黃境內）統揚師法，遂使宗風大舉。由于良價住洞山，本寂居曹山，所以禪林中把師徒兩人創立、弘揚的新禪宗稱為“曹洞宗”。后傳于宏智正覺禪師，建立默照禪法。
云門宗。文偃創立。因文偃住韶州云門山（在今廣東乳源瑤族自治縣北）光泰禪院而得名。
法眼宗。文益創立。南唐中主李璟賜謚其為“大法眼禪師”而得名。
至南北宋之際，曹洞宗門下宏智正覺禪師，鑒于臨濟宗叫人看話頭、看公案，流于空疏，故起而倡以靜坐為主的默照禪，但大慧宗杲認為曹洞宗只教人靜坐，不求妙悟，是“默照邪禪”，對此宗大加批評。宏智正覺門下也后繼無人，在南宋后，影響力就變得非常的小。
臨濟楊歧派門下的大慧宗杲對當時的禪宗，提出兩大弊病：一種是好打高空，在公案及言語機鋒上逞能，另一則是只知靜坐觀心的“默照邪禪”。《大慧普覺禪師語錄·卷二十》中載：“時學道人，不問僧俗，皆有二種大病，一種多學言句，于言句中做奇特想。一種不能見月亡指，于言句悟入。而聞說佛法禪道。不在言句上。便盡撥棄。一向閉眉合眼。做死模樣。謂之靜坐觀心默照。更以此邪見。誘引無識庸流曰。靜得一日。便是一日工夫。苦哉。殊不知。盡是鬼家活計。去得此二種大病。始有參學分。”他進而提倡所謂的話頭禪（又稱看話禪）以參趙州禪師的無字話頭。“只這一（無）字，便是斷生死路頭底刀子也。妄念起時，但舉個無字，舉來舉去，驀地絕消息，便是歸家穩坐處也。”“千疑萬疑，只是一疑。話頭上疑破，則千疑萬疑一時破，話頭不破，則且就上面與之廝崖。若棄了話頭，卻去別文字上起疑、經教上起疑、古人公案上起疑、日用塵勞中起疑，皆是邪魔眷屬。”
大慧宗杲的話頭禪后成禪宗主流，但是到了明清之后，凈土宗興起，禪宗逐漸與凈土宗合流，形成一股新的趨勢。
晚期禪宗：
自南宋之后，禪宗衰微，明末憨山德清大師已有禪宗五家不振之嘆，稱臨濟宗風，獨有紫柏真可大師可承續，然后繼無人。至于民間，則以因蓮池祩宏、藕益智旭大師的倡導，以三教合一、禪凈雙修為主流。雖然說禪凈雙修，但實以凈土宗稱名念佛求往生為主，已經不是原有禪宗宗風了。
明末臨濟宗的高僧密云圓悟法師，在浙江天童寺傳授臨濟禪法。其弟子漢月法藏，作《五宗原》介紹禪宗五家，以圓相為萬佛之祖，臨濟為正宗，但遭到圓悟法師反對，作《辟妄七書》、《辟妄三錄》以反駁。法藏弟子潭吉弘忍作《五宗救》，為法藏申辨，并認為《辟妄》諸書為偽書，加以批判。清初，法藏一派在南方得到一些人的支持。清雍正皇帝，自許為禪宗血脈，編集《雍正御選語錄》，并撰寫《揀魔辨異錄》，以上諭要求各地地方官對法藏、弘忍一系的僧人嚴加調查取締。表面上是為了維護佛門正統，實則是對各地僧人進行清查與思想控制，于是禪宗大衰。
清末民初之際，有鑒于佛教的衰微，虛云大師起而中興禪宗，為近代禪宗中興之祖。
禪宗至如今仍然在不斷地隨著時代變遷而改變和發展著。
關于禪宗的發展，林清玄先生有著獨到的見解，他認為佛教是將“此岸世界”與“彼岸世界”分離的，現實世界很苦難，理想中的極樂世界則是無瑕的。因此，信仰佛教乃是對現實世界不滿，轉而寄希望于來生。這就在“今生”與“來世”間筑起一道墻，從苦難的這一邊越過墻頭，能達到無憂無慮的世界。但是，多數人都寧可在現實世界生活，不一定渴望到極樂世界去，對于這些人，怎么有界限呢？而禪宗主張極樂就在現實中，把生死、心佛、煩惱與菩提、現實與來世的界限打破，注重的是現實中身心的安放，主張今生今世與來生來世都是一樣的安放。正是因為禪者這種活潑直觀的體驗，及其追求身心澄明的愿望，中國禪宗才能在歷史顯出勃勃的生機和氣貫山河的威勢。
禪到去處去
我們從歷史上禪宗的革新與變化，可以知道即使是禪這樣激揚踔厲、卓越不群的法門也是隨著時代在變化的，因于人心不同的需要，禪的修法展現了不同的面目。這使我們知道，古代有古代的修行方法，今人要有今人的修行態度，不可泥古執著、僵化呆板，否則不但修行難以成就，反使修行走向閉門造車之路。
因為，現代人和古代人在生活方式、思想習慣、居住環境、社會結構都已經大有不同了，我們也就無法和古人用相同的方式修行。
——《現代人的禪》
禪宗在中國佛教各宗派中流傳時間最長，影響甚廣，至今仍延綿不絕，在中國哲學思想及藝術思想上有著重要的影響。二次世界大戰后，日本鈴木大拙至美國弘法。因受嬉皮士運動影響，歐美人士向往東方文化，禪宗在歐美大受歡迎，遂將日本禪宗的影響力推至世界。禪宗在歐美大多被認為是日本的產物，至于中國禪宗反而湮沒不彰。其實日本禪宗正是由中國發展而去的。
1187年，日僧明庵榮西在天臺山受法，遂將臨濟宗黃龍派禪法帶至日本；由于獲得鐮倉幕府支持，形成日本特有的佛教禪宗系統。以武士身分取代平安時代的貴族執政，幕府將軍崇尚以“忠君、節義、廉恥、勇武、堅忍”為核心的思想，結合儒學、佛教禪宗、神道教，形成日本武士階層的道德規范“武士道”。日本的茶道、插花、武術、傳統文學等，皆受到日本禪宗很大的影響。
1246年，中國僧人蘭溪道隆東渡日本，又傳去臨濟宗楊岐派禪法。
1223年日本道元禪師入宋，從學于天童山曹洞宗如凈禪師門下，傳回日本，1246年建立永平寺，提倡“只管打坐”，為日本曹洞宗的開始。今人圣嚴法師，即為曹洞傳人。
日本禪宗現主要有曹洞宗、臨濟宗、黃檗宗（1654年福建臨濟宗黃蘗山萬福寺隱元隆琦應邀赴日所傳）。
20世紀初，鈴木大拙向西方傳播禪宗思想。但總的來說，鈴木大拙所傳播的禪宗思想更多是一種生活哲學，而非世界觀哲學，更適合大眾口味，因此也被一些禪宗人士認為是“皮毛禪”。
東南亞各國也受到了禪宗的影響。越南禪宗最早為滅喜禪派，為從三祖僧璨受禪法之天竺三藏毗尼多流支（Vinitaruci，又譯“滅喜”）所創。后又有中國無言通禪派（觀壁派）、云門宗、曹洞宗禪派等傳至越南。
除了傳統的宗教、哲學研究之外，日本還有一批民間的文藝界人士宣揚他們理解的“禪”，例如地下音樂界的噪音禪等。
可以說，現在禪學在日本的發展更為廣大。
林清玄先生在日本逛書店的時候，驚訝的發現在書店中有大量的佛教書籍，講禪的書更是多到難以計算，并且大多既暢銷又長銷，鈴木大拙的書，雖經過了幾十年，還頻頻出現在年度暢銷書榜上。由此他觀察出，日本禪學在國際上如此出名，絕非偶然，日本佛學發展驚人，有六千萬以上的居民都自稱為佛教徒，就算不是佛教徒的人，也對禪學深感興趣，禪學早已深入日本的思想文化，成為了一種民族特質。
他進而又讀了很多日本的禪學著作，發現了一些不同于中國禪的、極特殊的地方。