方世祖將即位時，明使左懋第、馬紹愉、陳洪范奉金幣求和，為割地偏安計。不報。既繼位后，逾兩旬，以十月二十五日己卯，命豫親王多鐸為定國大將軍，進取江南。先清河南北未服軍民屯堡，所過悉平。閱數日，以英親王阿濟格為靖遠大將軍，西討李自成。兩王皆攝政王同母兄弟。英王直由綏德取延安、鄜州，斷自成軍西竄之路。豫王自河南破自成軍于潼關，連敗之，至西安，自成被迫東走出陜。乃命豫王移師向江南，英王專事自成，時在順治二年四月。以是月十八日庚午，豫王師至揚州，諭明督師閣部史可法等降，不從。二十五日丁丑，克揚州，可法不屈見殺。五月初五日丙戌，清師渡江，明守將鄭鴻逵等舟師潰，遂陷鎮江，由丹陽、句容抵南京。初十日辛卯，明弘光帝先遁。翌日，馬士英亦遁。南都士民擁獄中所囚崇禎太子出監國。十五日丙申，豫王至南京，勛臣趙之龍、閣臣王鐸、部臣錢謙益等以城降。南都既下，明所以系人心者略盡。以后隆武之在閩，魯監國之在海上，永歷之在兩粵、滇、黔，奔迸流離，保存名號而已。
崇禎太子之獄，始于是年三月。弘光及馬、阮，以北來之太子為偽，下之獄，而朝士多信為真。士民不慊于時政，亦誹議君相。其先于上年十二月，北都先見崇禎太子，清廷以為偽，殺之，并殺認太子為真者。至南中復見太子，史可法得北使左懋第等訊，知太子已被害于北，不附和繼至之太子，朝士則謂可法受馬、阮脅制而然。然余考之，北都太子實不偽，即南都太子非真也。余別有專論，于此不復贅。六月，明總兵田雄、馬得功等執弘光獻于豫王。閏六月，英王追李自成至湖廣，勢窮入通城之九宮山，自縊死。是時，明唐王聿鍵即帝位于閩，建元隆武，魯王以海稱監國于浙。豫王多鐸既克南京，并下杭州，旋召還，以貝勒勒克德渾代將。三年正月，又以太宗長子肅親王豪格為靖遠大將軍，征四川。
至冬十一月，清軍平閩，隆武帝殉。豪格入川，張獻忠戰死于西充。會明遺臣復立桂王由榔于肇慶，改元永歷。自成、獻忠余部巨萬數，先后歸之。南明之兵多為歸附之眾，自隆武倚鄭芝龍立國，鄭氏即前時受撫之海寇，至永歷又盡收張、李余部，不收則無兵可作聲勢，收之亦無彈壓之力，非唯不足圖功，亦且備受屈辱。清對南明，亦用漢人為前驅。使相屠殺，是為吳、尚、耿、孔四王之兵。吳三桂原為明將，所統為明之官軍，尚可喜、耿仲明、孔有德皆毛文龍舊部，實盜類也。清用此諸軍，自有八旗為中堅，以監督之，其勢自不敵。然猶亙十余年，終世祖之世，未能悉平南方。圣祖即位后，永歷帝乃為緬甸所縛獻，魯王亦卒于臺灣。自是無與清對立之明。以國統言，自康熙元年以后，始為真統一中國。在述清史者可認為主體，不復以清與明為分別之詞矣。
世祖開國之制度，除兵制自有八旗為根本外，余皆沿襲明制，幾乎無所更改。明之積重難返，失其祖宗本意者，清能去其泰甚，頗修明明代承平故事。順治三年三月，翻譯明《洪武寶訓》成，世祖制序頒行天下，直自認繼明統治，與天下共遵明之祖訓。此古來易代時所未有。清以為明復仇號召天下，不以因襲前代為嫌，反有收拾人心之用。明祖立法，亦實有可以修明之價值，若閉關之世不改，雖至今遵行可也。故明之代元，史家極應研究其制作。清之代明，綱紀仍舊，唯有節目之遷流，自非詳考不足標其大異之點。八旗制已有詳考，余從略。其馭宮廷閹宦之法，清實大勝于明。
但在世祖開創時，亦已模仿明制，十年六月，設內十三衙門，嚴為限制，令宦官不得過四品。十三年六月，又仿明祖立鐵牌，禁內宮干政。此皆有復蹈明閹禍覆轍之漸。十五年三月，有大學士陳之遴、前恭順侯吳唯華賄結內監吳良輔之獄。之遴、唯華流徙籍沒，之遴遂死貶所。吳監被旨嚴飭，而世祖卒愛昵之，崩前五日，《實錄》已書不豫，而是日尚幸憫忠寺觀吳監祝發，其為自知不起，令吳監避禍耶？抑自恐命促，令所愛代為出家以媚佛求佑耶？二者必居一于此。要之世祖御世時，無改革閹寺之計，其處斬吳良輔及廢十三衙門，乃世祖崩后太后及輔政諸臣之意。此《清史》之所不詳，見余《三大疑案考實》。
清入關創業，為多爾袞一手所為。世祖沖齡，政由攝政王出。當順治七年以前，事皆攝政專斷，其不為帝者，攝政自守臣節耳。屢飭廷臣致敬于帝，且自云：“太宗深信諸子弟之成立，唯予能成立之。”以翼戴沖人自任，其功高而不干帝位，為自古史冊所僅見。薨于順治七年十二月初九日戊子，當時猶用帝禮，祔廟上謚，稱成宗義皇帝，以稱其實。乃未幾以屬下首告，王曾制八補黃袍，令與大東珠朝珠、黑貂褂潛置棺內等事，坐以悖逆之罪。夫既以帝號加之，凡形式上之帝制，何者為不可犯？此與追尊之詔豈非矛盾？唯王與肅王不合；囚王致死，而又取其福晉，肅王為世祖長兄，于此事不無懷憤。又于順治五年冬至，初次郊天恩詔，尊稱王為皇父，世乃傳太后有下嫁攝政王之事。今見之筆墨者，唯明遺臣張煌言之《蒼水詩集》，有“春官昨進新儀注，大禮恭逢太后婚”之句，確為當時人語。然蒼水以鄰敵在遠，仇恨所敵，因傳聞而作揶揄之詞，難為信史。
世所傳則謂春官指禮部尚書，而其人則坐以錢謙益，以附會謙益之所以為高宗深惡，且傳有謙益撰太后大婚詔文，清亡后頓見傳播，而故老亦多信之。余考謙益未為禮部尚書，多爾袞稱皇父時，謙益去國已久。且考《朝鮮實錄》，當時有“擬議攝政稱皇父”之語，并不涉及太后之下嫁，即其未奉大婚詔之明證。唯舊《東華錄》議多爾袞罪時，有“身到皇宮內院”一語，或可為事有曖昧之據，但不必為太后有私，且有私亦與下詔大婚公然稱慶有別。以其坦然尊為皇父，轉信其非有曖昧之慚，直如古者尚父、仲父之君尊其臣而已。此事詳見余《三大疑案考實》，不具錄。攝政王之身后獲咎，因緣世祖之心有不平，亦因鄭親王濟爾哈郎始本同為攝政，后以多爾袞功高，己為所掩，后于四年七月又停其輔政之職，而代以多爾袞之同母弟多鐸。多鐸于定天下實亦功高，先攝政而死，至攝政死后，鄭王再起輔政，有報怨之心，益構攝政之罪。觀高宗之為攝政昭雪，極道世祖沖年受惑，誣此賢王，則其子孫自有公論，要為開創時之一大反復，不可不紀者也。
當世祖時，南方尚未悉定，然朝廷已見開明之象。前七年為攝政代行，親政以后，雖有攻異端，寵側妃，不無太過之失，然資稟英明，不至妨政。世傳世祖之崩御非實，乃緣愛寵董鄂妃，妃死而帝為僧以殉之，蓋以媚佛、寵妾并為一談。余別有《世祖出家考實》，為三疑案之一，有以深明其不然。要其媚佛而不以布施土木病民，寵妾而不以女謁苞苴干政，唯見其理解之超，情感之篤，蕭然忘其萬乘之尊，真美質也。自攝政王好延攬漢人，用陳名夏，而南方名士多所薦起。親政以后，政策仍前，由八旗掌握實力，天子則樂就漢人文學之士，書恩對命，綽有士大夫之風，居然明中葉以前氣象。正、嘉以后，童昏操切之習略無存者，天下忘其為夷狄之君焉。順治朝，通攝政、親政兩時期觀之，其有君人之度，略無更改。摘數事為例：
二年五月壬午朔，河道總督楊方興進濟寧州瑞麥，有三四歧者，有八歧、十歧者。得旨：“時和年豐，人民樂業，即是禎祥，不在瑞麥。當惠養元元，益加撫輯。”
是月丁酉，故明中書張朝聘輸木千章，助建宮殿，自請議敘。諭以“用官唯賢，無因輸納授官之理”，令所司給直。
三年七月壬戌，江西巡撫李翔鳳進正一真人張應景符四十幅。得旨：“凡致福之道，唯在敬天勤民，安所事此？朝廷一用，天下必致效尤，其置之。”
四年正月丙午，河南巡撫吳景道以芝草產于嵩山，表賀。得旨：“政教修明，時和年稔，方為祥瑞。芝草何必稱奇？”
八年正月已未，世祖將親政之前一日，戶部尚書覺羅巴哈納等入奏事畢，上問曰：“外間錢糧，有無益之費否？”巴哈納等奏曰：“有。京師營建，用臨清磚，土質堅細，遣官一員燒造，分派漕船裝載抵通，又由五閘撥運至京，給與腳價。”上曰：“營造宮殿，京師燒磚，盡可應用，又費錢糧撥運，甚屬無益。漕船遠涉波濤，已稱極苦，用令裝載帶運，益增苦累。臨清燒造城磚，著永行停止，原差官撤回。”越三日壬戌，江西進額造龍碗。得旨：“朕方思節用，與民休息。燒造龍碗，自江西解京，動用人夫，苦累驛遞，造此何益？以后永行停止。”
此可知入關以后，攝政與親政時代無殊，皆能用中國賢明之君為法，定天下固自有氣度也。明季習于苛斂，攝政時用范文程言，一切厘革。然亂世宵人，伎倆百出，嘗試不已，非有明決之識、真實之意，輒為群小所眩惑。“與其有聚斂之臣，寧有盜臣”，真知此意者少矣。順治朝不肖疆臣，時時有規復加派之請，輒廢黜不行。舉例如下：
清《國史·土國寶傳》：五年五月，仍授江寧巡撫。蘇、松、常三府白糧，明季僉民戶輸運，民以為苦。至是復明初官運制。國寶言：“民戶一遇僉點，往往傾家，今改官運，一切皆給于官，而經費不敷。請計畝均派運費，民皆樂從。”諭曰：“金點固屬累民，加派豈容輕議。”下部察核，官運經費果不敷否。部臣官：“經費未嘗不敷，唯嚴絕克減虛冒諸弊，則用自裕。”黜國寶奏不行。華亭縣有義田四萬八百余畝，明光祿寺署丞顧正心置以膳宗族助差徭者。國寶初撫吳，即令有司收其米四萬三千余石給兵餉。及國寶降調，以擅殺非陣擒之吳易黨降調。周伯達代為巡撫，以改充織造匠糧入奏。戶部議：“令察勘義田在明時曾否題明，創置者有無子孫。”至是國寶以實覆奏。戶都尚書巴哈納、謝啟光等核議：“義田所以恤貧助徭，非入官之產，宜仍令顧正心子孫收獲。至兵餉匠糧，皆有正項取給，其擅用義田米，貴國寶償還。”六年，國寶疏請加派民賦佐軍需。給事中李化麟官：“加派乃明季弊政，民窮盜起，大亂所由。我朝東征西討，興師百萬，未嘗累民間一絲一粟，今國寶遽議加派，開數年未有之例，滋異日無窮之累。”上復黜國寶奏不行。
此皆攝政時事，后亦持之甚謹，終清一代，以永不加賦為大訓，真所謂殷鑒不遠，以實心行之，非高呼愛民、圖一時宣傳之用者比矣。明之余弊，窟穴于其中者迭試不已，能受善言，乃能撲滅之。復舉廠衛緝事之弊。再見一例：
《清史稿·季開生傳》附《張國憲》：疏言：“前朝廠衛之弊，如虎如狼，如鬼如蜮。今易錦衣為鑾儀，此輩無能，逞其故智。乃臣聞有緝事員役在內院門首，訪察賜畫。賜畫特典，內院重地，安所用其訪察？城狐社鼠，小試其端。臣竊謂宜大為之防也。”疏入，下廷臣議禁止，得旨：“鑾儀衛專司扈從，訪役緝事，一概禁止。”廠衛之禍始患。
世祖善畫，得自天授，侍從之臣，往往蒙賜，具見諸家紀載。此賜畫自必指此，亦見其稟質之美。
世祖朝為人詬病之政事，莫如圈地、逃人兩事。此為國初瞻徇滿人，不得不行之策。圈地尚止一時，督捕逃人歷時較久，相傳為清朝之罪惡，不可不一述其真相。
（一）圈地。據《東華錄》及《史稿·世祖紀》，諭戶部清查無主荒地，給八旗軍士，事始元年十二月丁丑。然在前十余日己未，順天巡按柳寅東奏已言清查無主地，面條陳其圈換五便。則朝議當已發動在前。考是年七月癸卯，太監吳添壽等請照舊例遣內員征收涿州寶坻縣皇莊錢糧。攝政王諭：“差官必致擾民，著歸并有司另項起解。”是為畿輔原有明代不屬民有之地，發動于內監，思擅其弊藪，有此自效，而攝政王不從。近畿皇室及勛貴本系占奪民間之地，已經積久，取以給入關之旗軍，未為不合。自朝議將定，柳寅東始以圈換為請，則紛擾起矣，然亦圖一勞永逸耳。寅東奏言：
無主之地與有主之地犬牙相錯，勢必與漢民雜處，不唯今日履畝之難，日后爭端易生。臣以為莫若先將州縣大小，定用地多寡，使滿洲自占一方，而后以察出無主地與有主地互相兌換，務使滿、漢界限分明，疆理各別而后可。蓋滿人共聚一處，阡陌在于斯，廬舍在于斯，耕作牧放，各相友助，其便一；滿人漢人，我疆我理，無相侵奪，爭端不生，其便二；里役田賦，各自承辦，滿、漢各官，無相干涉，亦無可委卸，其便三；處分當，經界明，漢民不至竄避驚疑，得以保業安生，耕耘如故，賦役不缺，其便四；可仍者仍，可換者換，漢人樂從，其中有主者歸并，自不容無主者隱匿，其便五。