正當漢城的朝鮮官員建議明朝守將棄城逃跑的時候，全部日軍卻悄悄地退回了朝鮮半島南岸。按照豐臣秀吉的戰略，為實現朝鮮領地永久化，所有在日的部隊都開始了筑城。漢城守將連連感謝老天，但由于不明日軍虛實也未敢貿然追擊。1597年10月8日，李舜臣率領12艘戰船回到了全羅右水營，但此處已被日軍完全破壞。李舜臣不得不將水軍基地移至莞島郡的古今島，在此重建朝鮮水軍。之后長達一年多的時間內，朝鮮水軍未能出動參與任何作戰。
得知日軍在瘋狂地修筑城池，明、朝聯軍大驚，迅速集結可以出動的所有兵力，準備對正在修建的蔚山城發動進攻。1597年12月22日，明、朝聯軍來到了慶尚道的蔚山城，明軍由楊鎬、麻貴統帥4萬4千400人，朝軍由權粟統帥1萬2千500人，合計5萬6千900人。負責筑城的日軍大將毛利秀元這時正走在去釜山的路上，而且心情十分高興，因為大概還有40天城池就可以完工了。按照豐臣秀吉的指示，修完城后他就可以回國了，所以其正在把多余的武器和兵糧運回釜山。加藤清正也因為前往西生浦出差，沒在蔚山城中。首先接戰的日軍將領是在蔚山城外駐防的淺野幸長、太田一吉，兩人遭到了明軍先鋒擺寨指揮的1000輕騎的突襲。日軍慌亂過后，擺寨假裝后退，淺野幸長、太田一吉率軍緊追不放，后李如梅、楊登山帶人從兩旁殺出，三面進攻，日軍大敗，戰死460余人，太田一吉負傷。之后兩人敗回蔚山城準備堅守城池，兵力大概有1萬左右。
得知蔚山城遭到進攻，加藤清正急忙坐戰船從西生浦趕了回來，擔任守城總指揮。12月23日，明、朝聯軍攻占了還未建好的外丸，日軍660人戰死，退回內城防守。12月24日清晨明、朝聯軍從四面發動進攻，但日本人建造的城池非常適合鐵炮隊的埋伏，子彈如雨點般密集，聯軍傷亡慘重被迫撤退。12月25日，楊鎬叫來朝軍元帥權粟說今天明軍需要休整，請朝鮮軍單獨攻城。權粟無奈只能帶領朝鮮軍繼續攻城，但在日軍的彈幕下，死傷多數撤退。12月26日，天降大雨，聯軍趁著風雨再次從四面發動猛攻，日軍的鐵炮雖然受風雨影響戰斗力大減，但依然抵抗頑強。27日，繼續攻城不破。28日，聯軍準備讓士兵沖到城下堆積柴草使用火攻，但士兵們還沒沖到城下就紛紛中彈倒地……就這樣聯軍連續數日攻城，都沒有取得實質性的進展，反而使自軍人數銳減。日軍雖然能將聯軍擊退，但天氣寒冷和兵糧短缺成為了加藤清正最頭疼的問題，“寒冬已至”。城內許多守軍因為嚴寒和饑餓而病倒。29日，加藤清正以交出城池保全日軍全體將士性命為條件向聯軍提出議和。聯軍遂派出2名降將岡本越后守和田原七左衛門為使者，與加藤清正談判。清正拒絕了聯軍開城迎接的條件，但同意交換俘虜。可是淺野幸長怕交換俘虜時聯軍有詐，出言勸阻，使和談陷入了僵局。
就在這時，讓明、朝聯軍最擔心的事情發生了。1598年1月3日，日方毛利秀元、黑田長政率領的援軍到達了蔚山城南方的高地。同時，長宗我部元親也率領水軍趕到了蔚山城附近。聯軍得知消息后，十分焦急。當晚，明軍統帥楊鎬和麻貴親自督戰，對陣前逃跑的士兵一律格殺勿論，向蔚山城發動了最后的進攻。但是加藤清正率領的守軍得知援軍已到，士氣大振，用密集交錯的火力網封鎖住了聯軍的道路。聯軍就像白白送死一樣，傷亡極大，結果攻城失敗。1月4日，楊鎬、麻貴見勢不妙留擺寨、楊登山、吳推忠、茅國器四人殿后，之后向慶州撤退。作為援軍的毛利秀元部將吉川廣家身先士卒沖向聯軍，明軍不敵，全軍潰敗。此時，加藤清正下令打開蔚山城門，一起追擊明軍。日軍總共追擊了30余里，就連16歲的小早川秀秋都親自出馬斬殺了許多逃跑中的明軍，日軍大勝。第一次蔚山城之戰，明、朝聯軍死傷近2萬人，日方死亡1120人。明軍將領中，游擊楊萬金、千總麻來、千總周道繼、千總李洞賓、把總郭安民、千總王子和、哨總湯文瓚、千總錢應太、張應元、陳觀策戰死，游擊陳寅、游擊陳遇沖負傷。
1598年2月，逃回漢城的楊鎬和總都督邢玠同謀謊報軍情，稱明軍大勝。神宗皇帝大喜，并稱贊其大顯國威！但是于6月遭到了邢玠部下丁應泰的揭發，楊鎬因欺君之罪遭到罷免。而日軍這邊雖然戰勝，也出現了很大的分歧。以宇喜多秀家、毛利秀元、蜂須賀家政、黑田長政為首的13名將領于1月26日聯名向豐臣秀吉上疏，稱應該縮小戰線，放棄蔚山、順天、梁山三地。但遭到了小西行長、宗義智、加藤嘉明和立花宗茂等人的反對。兩派爭論不下。期間豐臣秀吉又收到了監軍福原長堯、熊谷直盛、垣見一直的密報稱蜂須賀家政、黑田長政見蔚山城被攻擊但沒來救援，遂對兩人不滿。特別是蜂須賀家政連續放棄三座城池不戰而退，秀吉大怒命其返回領國禁閉。就這樣，這三位監軍因為揭發有功，得到了豐后國新的領地。之后秀吉身邊的文官就開始通過三人不斷中傷在朝作戰的各個武將。其中的石田三成，更是因此得到了筑后、筑前國的領地，但三成怕眾將非議，只能辭去。秀吉沒辦法，只能先任命其為筑前國名島城的城主，并成為當地的代官。此事引起了在朝作戰諸將的不滿，最后導致豐臣文武兩派的激斗。隨后日軍防線上的各個城池分別建造完畢，而且火器配備和兵糧儲蓄也在不斷增加。為整頓各城的防御體系，除九州大名留守各城外，四國大名、中國大名及小早川秀秋按次序返回國內，并準備于次年以后再行率軍前往朝鮮。
1598年3月，已經61歲的豐臣秀吉心血來潮，想與家人一起賞一次櫻花。遂命人在京都的醍醐寺修建庭院，將全日本各地的700株櫻花移植到這里。3月15日，以豐臣秀賴、北政所（寧寧）、淀殿、阿松（前田利家正室）為首的豐臣氏親族和諸大名的家眷1300多人，在京都醍醐寺把酒賞櫻。醍醐賞花和北野大茶湯是豐臣秀吉的兩次驚世之舉，彰顯了豐臣氏的實力。但是，就像落櫻一樣，豐臣秀吉從5月后就一病不起。面對只有5歲的豐臣秀賴（阿拾），秀吉心中十分擔憂，頭發幾乎一夜就全白了。終于，秀吉想出了五大老、五奉行的制度來幫助秀賴坐好天下。5月15日，秀吉宣見德川家康、前田利家、宇喜多秀家、毛利輝元、上杉景勝以及淺野長政、石田三成、增田長盛、長束正家、前田玄以10人，并讓10人在自己的遺言上按血手印，宣誓遵守遺言上的十一項條例，不許背叛豐臣氏。
五大老：
徳川家康（關東256萬石）
前田利家（北陸地方、加賀83萬石）
宇喜多秀家（中國地方、備前57萬石）
上杉景勝（東北地方、會津120萬石）
毛利輝元（中國地方120萬石）
五奉行：
司法擔當–淺野長政（筆頭、甲斐22萬石）
行政擔當–石田三成（近江佐和山19萬石）
土木擔當–増田長盛（大和郡山22萬石）
財政擔當–長束正家（近江水口5萬石）
宗教擔當–前田玄以（丹波龜山5萬石）
眾人紛紛答應，并與秀吉商量后事。秀吉稱自己死后要成為八幡神，不許燒毀遺體，直接埋葬。7月4日，秀吉知自己大限將至，又把諸大名召集到伏見城，參拜只有5歲的豐臣秀賴，并向其宣誓。同時，指定前田利家為秀賴的監護人。8月18日，繼織田信長之后的又一位天下人豐臣秀吉去世，號稱太陽之子的日吉丸終于燒盡了自己的能量，辭世句為：“我如朝露，飄渺隨夢，大坂叱咤風云，繁華如夢一場。”
豐臣秀吉死后，迎來短暫和平的日本暗潮涌動，一場新的戰亂即將開始。更多精彩內容請繼續關注《我的微戰國》第三卷“征夷大將軍”。