沒(méi)有了朝鮮水軍的阻礙，日軍于1597年8月分兵兩路向慶尚道和全羅道進(jìn)軍。左路軍由宇喜多秀吉統(tǒng)帥有藤堂高虎、小西行長(zhǎng)、島津義弘、蜂須賀家政、太田一吉、宗義智、脅坂安治、竹中重利、加藤嘉明、毛利吉成、生駒一正等人，大約6萬(wàn)兵力。右路軍由毛利秀元統(tǒng)帥有吉川廣家、安國(guó)寺惠瓊、長(zhǎng)宗我部元親、長(zhǎng)宗我部盛親（元親四子）、鍋島直茂、鍋島勝茂（直茂長(zhǎng)子）、加藤清正、黑田長(zhǎng)政、中川秀成等人，大約7萬(wàn)人馬。左路軍向全羅道之前日朝邊境的南原城開(kāi)來(lái)。

明、朝聯(lián)軍得知消息，派總兵楊元迅速趕往南原城駐防。楊元趕到后，搶修城墻加高了一丈左右，深挖護(hù)城河加深了二丈左右，并對(duì)城外的防馬欄鑿出射擊孔，同時(shí)還在城門處配備了三門大炮。但是之前朝鮮士兵只有1000人，楊元帶來(lái)了3000人，只有4000人守城。8月12日，兵力15倍于明、朝聯(lián)軍的日軍將南原城團(tuán)團(tuán)圍住。戰(zhàn)斗開(kāi)始，雙方的鐵炮隊(duì)猛烈交鋒，但由于朝鮮裝備落后，使用的是叫勝字火槍的老式火器，對(duì)于接近城下的日軍命中率極低。守城士兵盡管占據(jù)高處，但接二連三的被日軍鐵炮手擊斃，城池告急。楊元派人突圍向正在全州附近游擊的明朝將領(lǐng)陳愚衷求援，陳愚衷只有3000人馬，以不足抵抗日軍為由對(duì)楊元見(jiàn)死不救。終于在8月16日，攻城的第4天，日軍使用箭樓向城內(nèi)猛射，趁機(jī)填平了護(hù)城河，架起登城梯開(kāi)始向城內(nèi)猛攻。最終，楊元在一名家將的陪伴下終于殺出重圍，而朝鮮將士全部戰(zhàn)死，南原城陷落。楊元回國(guó)后被提督麻貴以戰(zhàn)敗之罪斬首。

與此同時(shí)，日軍右路軍對(duì)慶尚道的黃石山城也發(fā)動(dòng)了進(jìn)攻。黃石山城地處慶尚道、全羅道咽喉，地勢(shì)險(xiǎn)易守難攻要。守將郭駿得知日軍來(lái)襲迅速召集附近安陰、居昌、咸陽(yáng)3郡的朝鮮軍民千余人前來(lái)支援，其中包括武官出身的金海府使白士霖和前咸陽(yáng)郡守趙宗道。郭駿對(duì)白士霖十分倚重，將東面和北面的防御完全交給了他，自己負(fù)責(zé)西面和南面，趙宗道負(fù)責(zé)游擊。8月15日，日軍7萬(wàn)大軍完成了對(duì)黃石山城的包圍，并于16日夜間趁著月色開(kāi)始攻城。戰(zhàn)爭(zhēng)剛一打響，白士霖就不戰(zhàn)而逃。郭駿罵道：“呸，什么東西！”郭駿的兩個(gè)兒子郭履常、郭履厚請(qǐng)命去鎮(zhèn)守東面和北面，但等兩人趕到，日軍已經(jīng)攻上了城來(lái)。郭駿堅(jiān)守南門，最后被加藤清正手下神田對(duì)馬殺害。趙宗道、郭履常、郭履厚也全部戰(zhàn)死，日軍收繳首級(jí)350多顆，黃石山城陷落。

8月19日日軍左右兩路在全州會(huì)師，全州城明軍守將不戰(zhàn)而逃，日軍占領(lǐng)全州。之后豐臣秀吉派使者到全州主持軍議，一方面聽(tīng)取兩路軍的報(bào)告，一方面決定之后的作戰(zhàn)計(jì)劃。最后決定，由毛利秀元、加藤清正、黑田長(zhǎng)政分別率領(lǐng)三隊(duì)人馬約4萬(wàn)兵力，由太田一吉、竹中重利為監(jiān)軍，北上攻入公州；長(zhǎng)宗我部元親父子、鍋島直茂父子、吉川廣家、池田秀氏、中川秀成等劃歸左路軍進(jìn)攻忠清、全羅兩道。戰(zhàn)端再開(kāi)，日軍進(jìn)展依然非常神速，全羅道、忠清道各地旋即為日軍所攻取。

日軍北上，明軍本想放棄漢城北撤，但最終還是下定決心南下與日軍決戰(zhàn)。之前從全州不戰(zhàn)而逃的明將陳愚衷在公州遇到了提督麻貴派來(lái)增援公州的牛伯英。陳愚衷稱日軍來(lái)勢(shì)兇猛有10萬(wàn)之眾，鼓動(dòng)牛伯英放棄公州，一起逃往漢城。兩人合兵一處沒(méi)有迎敵反而倉(cāng)皇逃跑。之后，陳愚衷因不戰(zhàn)而逃霍亂軍心之罪被斬。9月1日明朝援朝軍務(wù)經(jīng)略楊鎬從平壤到達(dá)漢城，催促麻貴出兵，阻止日軍北上。麻貴隨后遣副總兵解生、游擊牛伯英、楊登山、頗貴四將率精騎2000于6日向稷山前進(jìn)。朝鮮方面亦派出李元翼率兵自竹山方向扼制清州路，為明軍左翼做掩護(hù)。

9月7日凌晨，黑田長(zhǎng)政軍先鋒黑田直之、栗山利安率2000人馬開(kāi)道，于稷山山野發(fā)現(xiàn)了正在迫近的明軍。眾人立刻隱蔽并召開(kāi)緊急會(huì)議決定是戰(zhàn)是退，在這緊要的關(guān)頭，黑田二十四騎之一的毛屋武久說(shuō)道：“如今敵眾我寡。我若退一步，敵必進(jìn)一步，這樣我軍必被敵軍全滅。如果我軍團(tuán)結(jié)一致，殊死一戰(zhàn)，則敵必為我所破。趁敵混亂之際撤退，則可保全軍。就像武田勝賴于長(zhǎng)筱敗戰(zhàn)后，馬場(chǎng)信春殺入敵軍以阻止敵人追擊一樣。”在他說(shuō)完這番話后，黑田軍諸將都認(rèn)為很對(duì)，且戰(zhàn)意大增。之后，毛屋武久指揮所有鐵炮手向著正在行進(jìn)的明軍一齊射擊，隨后黑田直之、栗山利安率領(lǐng)全軍高聲吶喊著殺出。明軍頓時(shí)陣腳大亂，向后退去。黑田直之馬上收兵撤退，這時(shí)黑田長(zhǎng)政聽(tīng)到槍聲，也率領(lǐng)本隊(duì)3000人馬前來(lái)救援。混亂的明軍恢復(fù)后發(fā)現(xiàn)日軍沒(méi)有追擊，便知是上當(dāng)了，開(kāi)始玩了命地追趕日軍。眼看黑田軍前鋒被明軍包圍，已經(jīng)危在旦夕。黑田一成言道：“先鋒若敗，我軍恐難支撐，如不救援，此地將成為我軍葬身之地！”言罷率軍向明軍側(cè)翼發(fā)動(dòng)進(jìn)攻。這時(shí)，后藤基次隊(duì)也趕到了戰(zhàn)場(chǎng)，占領(lǐng)附近高地。后藤基次向下觀望見(jiàn)敵眾我寡，遂讓士兵大喊：“一成殿下！不可逞匹夫之勇！快點(diǎn)接應(yīng)先鋒部隊(duì)撤退，等少主到來(lái)再做計(jì)較！”一成聞之停止了沖鋒，收容先鋒敗退回來(lái)的士兵，退守高地。

這時(shí)黑田長(zhǎng)政也到達(dá)了戰(zhàn)場(chǎng)，親自來(lái)到東面的高地觀察敵情。之后重新部署了部隊(duì)，將右路第一隊(duì)改由母里友信、栗山利安、黑田利高擔(dān)任，第二隊(duì)由井上九郎兵衛(wèi)、野村市右衛(wèi)門擔(dān)任；左路第一隊(duì)由后藤基次、黑田一成擔(dān)任，第二隊(duì)由黑田直之、桐山孫兵衛(wèi)擔(dān)任。長(zhǎng)政本人親率余下的2000兵馬作為本隊(duì)。而這時(shí)明朝將領(lǐng)解生率領(lǐng)的2000援軍也從水原方向趕到，明軍士氣大振，再度對(duì)日軍發(fā)起猛烈進(jìn)攻。雙方激戰(zhàn)數(shù)次，未分勝負(fù)。之后，身在天安的毛利秀元，聽(tīng)聞稷山戰(zhàn)況緊急，派先鋒穴戶元續(xù)、吉見(jiàn)廣行率5000人馬前去支援，自己的2萬(wàn)大軍隨后就到。元續(xù)率領(lǐng)的援軍一路急行，到達(dá)戰(zhàn)場(chǎng)后從明軍背后開(kāi)始突擊。明軍不敵，于下午3點(diǎn)開(kāi)始向水原方向敗退。黑田軍戰(zhàn)死29人，明軍死亡200余人。日軍由于本隊(duì)未到，沒(méi)有對(duì)明軍展開(kāi)追擊，休整后退回了天安。

另一方面，經(jīng)過(guò)漆川梁海戰(zhàn)的失敗，朝鮮朝廷不得不重新啟用李舜臣。站在港口看著朝鮮水軍僅剩下的12艘大型戰(zhàn)船，李舜臣心中此起彼伏，長(zhǎng)嘆了一口氣后，終于再次登上了甲板。而日軍在全羅道的攻勢(shì)十分順利，朝鮮僅剩下全羅道南部沿海地區(qū)還在抵抗。宇喜多秀家遂命令已經(jīng)登陸的日本水軍返回海上，呼應(yīng)從北向南進(jìn)攻的陸軍，準(zhǔn)備完全占領(lǐng)全羅道。李舜臣得知日本水軍行動(dòng)的消息后，帶領(lǐng)朝鮮水軍從南原南下后，轉(zhuǎn)向西進(jìn)。9月7日，由藤堂高虎、加藤嘉明、脅坂安治、來(lái)島通總等人率領(lǐng)的日本水軍到達(dá)蘭浦沖。停泊在珍島東北端碧波津的李舜臣決定帶領(lǐng)朝鮮水軍發(fā)動(dòng)攻擊。可跟日軍一照面，李舜臣就慌了，面對(duì)敵方數(shù)百艘戰(zhàn)船，自己的這12只船一陣炮擊就沒(méi)了，只能不戰(zhàn)而退。得知日水軍還在不斷集結(jié)的消息，李舜臣退回了鳴梁海峽，并于9月15日移師到全羅道右水營(yíng)駐扎。

藤堂高虎發(fā)現(xiàn)朝鮮僅剩的船只都是大船，便想全部俘獲。但礙于全羅道右水營(yíng)地形復(fù)雜，所以只選拔出10艘中型關(guān)船展開(kāi)進(jìn)攻。9月16日，兩軍在鳴梁海峽相遇。李舜臣以自己的旗艦誘敵，將日軍引入了包圍圈。頓時(shí)，鑼鼓齊鳴喊殺聲四起，足有100只朝鮮戰(zhàn)船從四周殺出。原來(lái)李舜臣為壯聲勢(shì)，將百姓的漁船、商船一切能用的船只都偽裝成了戰(zhàn)船。日軍頓時(shí)慌了手腳，藤堂高虎掰著手指頭：“不可能啊！朝鮮水軍不可能還有那么多船啊。”之后，朝鮮12只大型戰(zhàn)船在偽裝船的掩護(hù)下，對(duì)日本水軍發(fā)動(dòng)猛烈的攻擊。戰(zhàn)至傍晚時(shí)分，朝鮮12艘戰(zhàn)船只是輕微損傷，而日軍就慘了，來(lái)島通總在戰(zhàn)斗中陣亡（唯一一個(gè)戰(zhàn)死在朝鮮的日本大名），藤堂高虎負(fù)傷，損失了8艘戰(zhàn)船。李舜臣見(jiàn)好就收，率領(lǐng)朝鮮水軍于當(dāng)日傍晚撤退至新安郡巖泰附近的唐笥島。9月17日藤堂高虎、脅坂安治率大隊(duì)返回前來(lái)報(bào)仇，結(jié)果發(fā)現(xiàn)朝鮮水軍已經(jīng)全部離開(kāi)了戰(zhàn)場(chǎng)，之后又占領(lǐng)了全羅道右水營(yíng)。終于，豐臣秀吉占領(lǐng)全羅道、忠清道穩(wěn)固日本在朝鮮南部領(lǐng)地的戰(zhàn)略目的達(dá)成。同時(shí)北上的日軍，在漢江與明、朝聯(lián)軍對(duì)峙，漢城里人心惶惶，百姓紛紛開(kāi)始逃亡。