想想也知道，豐臣秀吉開出的割讓朝鮮四道的和談條件，明朝根本不可能答應(yīng)。同是商人出身的沈惟敬和小西行長準(zhǔn)備在中日和談中撈上一筆，所以開始在和談條件上大作文章。石田三成和小西行長建議秀吉應(yīng)派使者前往大明以示禮尚往來，秀吉遂派小西行長家臣內(nèi)藤如安前往北京。明朝的宋應(yīng)昌對(duì)秀吉的7大條件根本置之不理，一直管日方索要降書。小西行長無奈，讓內(nèi)藤如安照著秀吉的“納款表”偽造了一份“關(guān)白降表”準(zhǔn)備帶去北京。1593年6月28日，內(nèi)藤如安和明朝使者團(tuán)一同起身返回朝鮮，7月中旬到達(dá)釜山，日方將朝鮮王子交給了沈惟敬等人。內(nèi)藤于1594年12月到達(dá)北京。

豐臣秀吉一方面在進(jìn)行著和談，一方面又下令在朝鮮的日軍對(duì)晉州城發(fā)起進(jìn)攻，以確保朝鮮南部地區(qū)。1592年10月4日，日軍第九隊(duì)的細(xì)川忠興、長谷川秀一、糟屋武則、木村重茲等人曾率2萬人攻打朝鮮南部重鎮(zhèn)晉州城，守將金時(shí)敏寧死不降指揮3800人堅(jiān)守抗戰(zhàn)。10月7日，日本攻城部隊(duì)遭到了城外郭再佑、崔慶會(huì)、任啟英率領(lǐng)的3700人朝鮮游擊義軍的攻擊而大敗。1593年6月21日，日軍吸取了第一次攻擊失敗的教訓(xùn)，集結(jié)了4萬多的兵力，由宇喜多秀家、加藤清正、小西行長正面攻城，毛利秀元、小早川隆景來對(duì)付城外游擊部隊(duì)，再一次向晉州開來。晉州城內(nèi)明、朝聯(lián)軍對(duì)于是打是撤意見極其不統(tǒng)一，守將金千鎰主張守城，明軍將領(lǐng)則對(duì)城防計(jì)劃不滿，朝鮮內(nèi)部也分裂為主戰(zhàn)派和主撤派，最后只留下7000朝軍守城。另外，日軍為了防止在晉州東北方星州一帶的明將劉綎所部增援，派出立花宗茂和小早川秀包領(lǐng)4000人馬在半路埋伏。

6月22日，日軍正式包圍晉州城，不僅在周圍修建箭樓，還挖通水渠將護(hù)城河水引入南江。6月27日，守將金千鎰拒絕了宇喜多秀家的勸降，遭到日軍的猛攻。6月29日，日軍使用龜甲車攻破了城墻，黑田長政部下后藤基次，加藤清正部下森本一久爭(zhēng)先沖入城中。倡議使金千鎰、其子金象乾、慶尚右兵使崔慶會(huì)、忠清兵使黃進(jìn)、晉州府使徐禮元、義軍將領(lǐng)高從厚、金海府使李宗仁、巨濟(jì)縣令金俊民等朝軍將領(lǐng)全部戰(zhàn)死，全城百姓亦無一人生還。拿下晉州的日軍，之后又向全羅道進(jìn)軍，7月5日到達(dá)求禮，7月7日進(jìn)入谷城，路上連勝明、朝聯(lián)軍。但是日軍到了南原后，發(fā)現(xiàn)南原城守衛(wèi)森嚴(yán)，于7月9日又退回了晉州。之后，日軍放棄了晉州城，為了長居朝鮮南部，開始在周圍筑城。1593年9月2日，小早川秀包軍先鋒間注所統(tǒng)景、正白兄弟在晉州城外西南遭遇到了明將劉綎的部隊(duì)大敗，立花宗茂率兵前來救援與明軍交戰(zhàn)，之后劉綎退回晉州城。

1593年8月3日，在朝鮮戰(zhàn)事陷入膠著狀態(tài)的同時(shí)，豐臣秀吉老來得子，側(cè)室淀殿為其產(chǎn)下一名男嬰，取名為阿拾。豐臣秀吉喜出望外，但之前被秀吉當(dāng)做繼承人培養(yǎng)的現(xiàn)任關(guān)白豐臣秀次就十分尷尬了。一直想向秀吉復(fù)仇的淀殿也認(rèn)為機(jī)會(huì)到了，一方面老讓秀吉立阿拾為接班人，一方面和秀吉寵信的石田三成打得火熱，讓其幫忙。1595年6月，石田三成舉報(bào)豐臣秀次有謀反的嫌疑。秀吉讓石田三成、前田玄以、增田長盛、宮部繼潤、富田一白5名奉行前去質(zhì)問。沒想到秀次人都沒出來，只留下書信說自己發(fā)誓沒有反心。6月8日，在5人的催促下秀次準(zhǔn)備前往伏見城面見秀吉，但遭到了秀吉的拒絕，并于當(dāng)晚要求其剃發(fā)出家流放高野山青巖寺。6月15日，福島正則、池田秀氏、福原長堯前來拜望秀次并傳秀吉旨意賜死。同日，豐臣秀次切腹自盡，家臣和侍童紛紛殉死。8月2日，在京都三條河原，豐臣秀吉將秀次全家29口處以極刑，與秀次的首級(jí)埋入一冢。這件事傳到了秀吉原配寧寧的耳朵里，不由得讓其對(duì)淀殿產(chǎn)生了懷疑。寧寧賢良淑德、聰明過人，但無法生育，秀吉之前與其非常恩愛，而且不敢納側(cè)室。寧寧非常喜歡孩子，平日還負(fù)責(zé)照顧、教育親戚和家臣的子女，甚至還包括作為人質(zhì)送來的各大名的兒女，豐臣秀次就是其中之一。

1594年12月內(nèi)藤如安到達(dá)大明首都北京，拜見神宗皇帝朱翊鈞并把偽造的“關(guān)白降表”遞交了上去。上面只寫著秀吉開出的7個(gè)條件中的1條，恢復(fù)兩國貿(mào)易。神宗皇帝誤認(rèn)為日本投降大喜，準(zhǔn)許日本封貢，并授予豐臣秀吉日本國王（順化王）的稱號(hào)，賜金印，但并未同意重開兩國貿(mào)易。沈惟敬作為使者再次前往日本進(jìn)行冊(cè)封。

1596年9月1日，日本伊予地區(qū)發(fā)生了M7.0級(jí)的地震。3日后的9月4日，豐后地區(qū)發(fā)生了M7.8級(jí)的大地震，死者710人，瓜生島、久光島兩島沉沒。9月5日作為日本政治文化中心伏見地區(qū)發(fā)生了M7.1級(jí)的地震，京都與堺港的死者達(dá)到了1000多人。伏見城的天守和石垣、方廣寺的大佛都在地震中倒塌，余震不斷，弄得人心惶惶。豐臣秀吉更是擔(dān)心這是老天對(duì)自己的懲罰，因?yàn)樽约涸鵁o辜?xì)⒑α饲Ю荨⒇S臣秀次，并發(fā)動(dòng)朝鮮戰(zhàn)爭(zhēng)令無數(shù)生靈喪生。有一次，伏見城發(fā)生余震波及到了秀吉所在的書房，被石田三成、小西行長告發(fā)擅自攻擊女真族正在禁閉期的加藤清正急忙舍身救駕，贏回了秀吉的信任，獲準(zhǔn)重返朝鮮戰(zhàn)場(chǎng)。之后豐臣秀吉決定把年號(hào)從文祿改為慶長，以求天恕。然而明朝的使者沈惟敬也于9月中旬到底了日本，面見秀吉。小西行長自知紙包住火，死期將至，立刻給前田利家和淀殿送禮求助。果然，秀吉看到大明賜給的金印大發(fā)雷霆，下令抓捕小西行長，準(zhǔn)備問斬。多虧前田利家和淀殿說情，小西行長才撿了一條命。秀吉怒發(fā)沖冠準(zhǔn)備再戰(zhàn)朝鮮，明朝使者沈惟敬回國后也因欺君之罪被殺。

慶長2年（1597年）2月21日，豐臣秀吉向全軍發(fā)布命令首先占領(lǐng)全羅道，之后再向忠清道等地進(jìn)軍，打一處占一處，穩(wěn)扎穩(wěn)打。作戰(zhàn)目標(biāo)達(dá)成后，指定九州的大名作為在朝鮮領(lǐng)地的城主，其他眾將回國。這次，日軍動(dòng)用了九州、四國、中國地區(qū)的兵力，總計(jì)14萬人，再次向釜山集結(jié)。對(duì)于之前讓日本水軍頭疼的朝鮮水軍都督李舜臣，豐臣秀吉授意黑田官兵衛(wèi)使用離間計(jì)，讓朝鮮國王自毀長城。朝鮮宣祖李昖得知日軍再次行動(dòng)，下令李舜臣率領(lǐng)朝鮮水軍攻擊釜山的日軍。李舜臣深知日軍來勢(shì)兇猛，釜山易守難攻，多次違抗命令拒絕出兵。這時(shí)，日本潛伏在朝鮮的奸細(xì)抓住機(jī)會(huì)買通朝鮮重臣，中傷李舜臣功高過主，懷有二心。李昖遂罷免了李舜臣官職，由元均統(tǒng)領(lǐng)朝鮮水師。元均接任后也畏首畏尾遲遲不敢出兵。

直到1597年6月18日，元均奉都體察使李元翼之命向加德島方向進(jìn)軍，遭遇日本水軍，大敗，退回閑山島附近。7月元均重整水軍，決定分兩路再度出擊。7月7日朝鮮水軍為了補(bǔ)充淡水，在加德島登陸，遭到日本守軍高橋統(tǒng)增和筑紫廣門的攻擊。朝鮮三軍元帥權(quán)粟得知后大怒，不僅嚴(yán)厲斥責(zé)元均不懂水戰(zhàn)，還進(jìn)行了杖責(zé)。7月14日，朝鮮水軍從閑山島出發(fā)，于15日凌晨在巨濟(jì)島海峽的漆川梁附近停靠。得到消息的日軍，準(zhǔn)備水陸并進(jìn)對(duì)朝鮮水師進(jìn)行偷襲。7月16日拂曉，藤堂高虎、脅坂安治、加藤嘉明等人率領(lǐng)水軍，從側(cè)面包圍而上。陸上島津義弘、小西行長率領(lǐng)鐵炮部隊(duì)進(jìn)行援護(hù)。此戰(zhàn)日軍占據(jù)了絕對(duì)的兵力優(yōu)勢(shì)和地形優(yōu)勢(shì)，朝鮮水軍被完全壓制。據(jù)記載，此戰(zhàn)日軍共斬殺朝軍數(shù)千人，擒獲船只160多艘，跳入大海淹死著不計(jì)其數(shù)。之后日軍放火燒毀了漆川梁附近方圓15里內(nèi)的所有船只。朝鮮水軍指揮官元均、李億祺、崔湖戰(zhàn)死，僅剩慶尚右水使裴楔率領(lǐng)的12艘戰(zhàn)船得以僥幸逃出。朝鮮水軍遭到了毀滅性的打擊。