1587年元旦，諸大名來為豐臣秀吉祝賀，同時秀吉下達(dá)了進(jìn)攻九州的軍事部署。之前雖然大友宗麟多次催促秀吉出馬，但由于軍隊(duì)人數(shù)眾多，糧草難以籌集，一直未動。經(jīng)過一個多月的準(zhǔn)備，小西隆佐、石田三成、大谷吉繼、長束正家四人籌集了足夠30萬人、2萬匹馬一年的吃用，輸送到了尼崎港。秀吉準(zhǔn)備與弟弟秀長一起，分兵兩路攻向九州，總兵力20萬。當(dāng)然，武將的陣容也十分豪華：

肥后方向出陣表：

一番隊(duì)毛利吉成、高橋元種、城井朝房

二番隊(duì)前野長康、赤松廣英、明石則實(shí)、別所重宗

三番隊(duì)中川秀政、福島正則、高山長房

四番隊(duì)細(xì)川忠興、岡本宗憲

五番隊(duì)丹羽長重、生駒親正

六番隊(duì)池田輝政、林為忠、稻葉貞通

七番隊(duì)長谷川秀一、木村重茲、太田一吉

八番隊(duì)堀秀政、村上義明

九番隊(duì)蒲生氏鄉(xiāng)

十番隊(duì)前田利家

十一番隊(duì)豐臣秀勝

（總大將豐臣秀吉）

日向方向出陣表：

一番隊(duì)黑田孝高(官兵衛(wèi))、蜂須賀家政

二番隊(duì)小早川隆景、吉川元長

三番隊(duì)毛利輝元

四番隊(duì)宇喜多秀家、宮部繼潤、龜井茲矩、木下重堅、垣屋光成、南條元續(xù)

五番隊(duì)小早川秀秋

（番外筒井定次、溝口秀勝、森忠政、大友義統(tǒng)、脅坂安治、加藤嘉明、九鬼嘉隆、長宗我部元親）

（總大將豐臣秀長）

島津義久得知豐臣秀吉出兵，急忙下令放棄之前占領(lǐng)的所有九州北部的城池，準(zhǔn)備固守薩摩、日向、大隅三國。3月上旬豐臣秀長大軍沒有遇到什么抵抗就已經(jīng)殺到了被島津奪取的府內(nèi)城。這時，島津義弘已經(jīng)來到府內(nèi)與島津家久匯合。秀長派遣僧人木食應(yīng)其作為使者前去和談，但遭到了島津義弘的拒絕。之后兩人開始向日向國撤退，并于3月18日在豐后和日向國境遭到了大友家臣志賀親次和佐伯惟定的追擊。19日島津義弘在高城擊退了敵軍，與家久一起撤到了日向國的都於郡城。3月20日島津義久來到城內(nèi)，三兄弟商議對策，決定在日向與豐臣軍一戰(zhàn)。

豐臣秀長方面軍的先鋒毛利輝元、宇喜多秀家、宮部繼潤于3月29日攻下了日向國北部重鎮(zhèn)松尾城，但是在由勇將山田有信把守的高城面前受阻。4月6日秀長大軍將高城進(jìn)行了二十重的包圍，采取斷糧的攻城戰(zhàn)略。同時，為了防止島津義久從都於郡城發(fā)來援軍，在根白坂修筑城塞阻擊援軍。4月17日，島津三兄弟果然率領(lǐng)2萬人前來營救高城，加上山田有信守城的1萬5千人，總計3萬5千人。而豐臣秀長旗下有10萬大軍，有著壓倒性的優(yōu)勢。根白坂要塞守將宮部繼潤率領(lǐng)1萬士兵，修筑了非常堅固的防御工事，陷馬坑、絆馬索、柵欄、陷阱不計其數(shù)。島津三兄弟幾次沖鋒都無法突破，戰(zhàn)斗陷入了膠著狀態(tài)。豐臣秀長正想率本隊(duì)前去增援，但沒想到被監(jiān)軍尾藤知宣勸阻說這是島津誘敵之計，恐有埋伏。一向慎重的秀長，決定不發(fā)援軍。藤堂高虎得知消息后，罵道：“什么狗屁監(jiān)軍。島津已窮途末路，何詐之有。我領(lǐng)本部500人前去救援！”，剛出大門就遇到宇喜多秀家手下的大將戶川達(dá)安?！案呋⒌钕?，您這是？”“我想率兵前去營救宮部大人，不知道將軍愿否同去?！薄昂?，我與大人同去?！?

藤堂高虎與戶川達(dá)安不到1000人的軍馬從島津軍側(cè)翼殺出，島津軍頓時大亂。但島津三兄弟指揮有方，很快部隊(duì)就回復(fù)了狀態(tài)?？勺?shí)u津義久萬萬沒想到的是，后方又殺出了黑田官兵衛(wèi)和小早川隆景的人馬。本想包圍根白坂要塞，結(jié)果反被敵方包圍。幸虧島津忠鄰、猿渡信光舍命斷后，才讓三兄弟逃出重圍。監(jiān)軍尾藤知宣后被秀吉斬首。

相對于豐臣秀長，秀吉在筑前和肥后的戰(zhàn)斗輕松很多。秀吉于3月29日向島津方秋月種實(shí)鎮(zhèn)守的巖石城發(fā)動進(jìn)行。豐臣秀勝、蒲生氏鄉(xiāng)、前田利長僅僅用了1天就將城池攻下，城兵死傷4000余人。秋月種實(shí)退守居城古初山城，秀吉命細(xì)川忠興、中川秀政、堀秀政率5萬人馬進(jìn)攻。細(xì)川忠興先是包圍城池，之后于半夜讓士兵向城內(nèi)投擲火把進(jìn)行恐嚇。同時，花了一夜時間，將之前因戰(zhàn)亂破損的益富城修繕完畢。當(dāng)秋月種實(shí)第二天看到遠(yuǎn)處修好的益富城時，深感財力和物力的不足，頓時戰(zhàn)意全失。4月3日秋月種實(shí)剃發(fā)出家，和兒子秋月種長一起向秀吉降服。1日攻陷巖石城，3日讓秋月種實(shí)降服。這么卓越的戰(zhàn)績，讓秀吉大做文章，展開了強(qiáng)大的宣傳攻勢。不久島津方面的諸將都不戰(zhàn)而降，紛紛向秀吉表示臣從。4月19日秀吉大軍到達(dá)了肥后國的八代城，早就向秀吉示好的鍋島直茂帶領(lǐng)龍造寺政家前來拜見秀吉。同時，島原方面有馬晴信也對秀吉表示降服。在肥后高田地區(qū)駐守的島津忠辰，面對秀吉的大軍選擇了向薩摩國撤退。

島津義久原本推測豐臣軍戰(zhàn)線拉的過長，補(bǔ)給會有問題，所以不會急忙向薩摩本國進(jìn)軍，但是再次失算。秀吉的部隊(duì)于4月27日就向島津家的本國薩摩國發(fā)起了進(jìn)攻，出水城城主島津忠辰、宮之城城主島津忠長紛紛降服。同時，秀吉還特意請來了退出本愿寺的法主——本愿寺顯如前來，動員當(dāng)?shù)貎敉琳孀诘膭萘?，攻下了獅子島城。4月28日，豐臣方先鋒小西行長、脅坂安治、九鬼嘉隆、加藤嘉明在平佐城遭到了最后的抵抗。城主桂忠詮率領(lǐng)武士80人、雜兵300人與豐臣軍7000人展開了殊死奮戰(zhàn)。經(jīng)過8個小時的攻防，城池也沒有陷落，城兵死亡20余人，豐臣軍戰(zhàn)死300余人。

豐臣秀吉在九州征討的路上接見了受毛利家庇護(hù)的足利義昭，兩人談起往事都十分感慨。豐臣秀吉遂安排足利義昭隨軍，在秀長帳下?lián)瓮饨还ぷ鳎⒃试S其在戰(zhàn)后回歸京都生活。將近50歲的足利義昭，也不再幻想重振足利家的雄風(fēng)，同意辭去將軍一職，并出家。4月21日，島津義久通過足利義昭，將手下伊集院忠棟和平田增宗作為人質(zhì)向豐臣秀長提出和睦申請。4月29日繼續(xù)在高城抵抗的山田有信得知主君義久已經(jīng)降服，也放棄了抵抗。同日，平佐城城主桂忠詮也接到了主君義久的書信，向秀吉請降。5月1日，秀吉將本陣移到泰平寺，接受桂忠詮的請降，因?yàn)槠湮溆沦p賜名刀寶壽。5月6日島津義久在前往泰平寺途中的雪窗院剃發(fā)出家，改名島津龍伯。5月8日，島津龍伯以一身黑衣來見秀吉，請求以自己一命赦免其他眾人。秀吉說道：“既然龍伯殿下已經(jīng)出家脫離俗世，我豈敢再行加害?！敝蟊阍谒轮刑幚響?zhàn)后事宜，直到5月18日才起身返回筑前國。

義久投降之后，還在飯野城據(jù)守的島津義弘和島津歲久依然持續(xù)抵抗。5月22日，經(jīng)過義久親自陳述利害，島津義弘也交出兒子島津久保為人質(zhì)向秀吉投降。6月7日，秀吉本隊(duì)到達(dá)了筑前國的筥崎八幡宮，在那里頒布了九州島領(lǐng)地的分封命令。島津氏之前打下來的大部分土地被沒收，只剩下兩國一郡之地。薩摩國由島津龍伯掌管、大隅國和日向國的諸縣郡由島津義弘和其子久保掌管。島津家久在交出佐土原城后，與豐臣秀長一起前去拜見秀吉，但在路上猝死，有人說是毒殺。之后，由其嫡子島津豐久繼承佐土原城和都於郡。秀吉原本給秀長下達(dá)命令本想將日向一國封給大友宗麟和伊東祐兵，大隅國的一郡封給伊集院忠棟、其他全部分給喪子的長宗我部元親。但遭到了兩人的推辭，大友宗麟更是在5月23日去世。

肥后國大半封給了佐佐成政，其他國人勢力和家臣團(tuán)舊領(lǐng)不變。入吉城在相良家臣深水長智的交涉下，封給了相良賴房。小早川隆景獲得了筑前、筑后、肥前1郡約37萬石的領(lǐng)地，黑田孝高獲得了豐前國6郡12.5萬石的領(lǐng)地，森吉成獲得豐前國2郡約6萬石領(lǐng)地，立花宗茂獲得筑后柳川城13.2萬石的領(lǐng)地，毛利勝信獲得豐前國小倉城約6萬石領(lǐng)地。之后，小早川隆景將自己的筑前3郡轉(zhuǎn)讓給了自己的養(yǎng)子毛利秀包（其實(shí)也是弟弟，毛利元就的第9子）。宗麟之子大友義統(tǒng)獲得了豐后一國和豐前宇佐半郡之地。龍造寺政家、大村純忠之子大村喜前、松浦鎮(zhèn)信以及對馬國的宗義智所領(lǐng)安堵。秋月種實(shí)和伊東祐兵被轉(zhuǎn)封到了日向國。

在九州的這段時間，秀吉發(fā)現(xiàn)了基督教神父強(qiáng)制當(dāng)?shù)鼐用窀淖冃叛?，并到處迫害神道教和佛教教徒的行為。同時還接到了葡萄牙商人將日本人作為奴隸賣到國外的報告。秀吉大怒，于6月19日發(fā)布“神父追放令”，限日本國內(nèi)的傳教士于20天全部回國，但是不限制外國商人。