羽柴秀吉平定四國島后，把目標轉向了最后的九州島。然而背后的德川家康和佐佐成政，仍然是讓他擔心的不安因素。家康雖然交出了人質，但一直沒有上洛拜見秀吉，行臣從之禮。成政自從上次被前田利家打敗后，仍然在固守城池，囤積實力。1585年8月，秀吉命織田信雄為總大將，集結了7萬兵力，討伐越中國的佐佐成政。8月4日織田信雄從京都出發，6日作為先鋒的前田利家部隊已經和佐佐軍開戰，7日秀吉親統大軍也從京都出陣。佐佐成政雖然邀請了飛驒國的姊小路賴綱和越后國的上杉景勝出兵相助，但姊小路賴綱剛出兵沒多久就被羽柴方的金森長近打敗，上杉景勝更是明確表示了站在秀吉一方，成政處于孤立無援的狀態。但是佐佐成政鎮守的富山城易守難攻，更引入神通川河水作為護城河，有著“浮城”的外號。秀吉本想再玩一次水攻，結果突然來了一場加急的暴風雨，正在修筑工事的秀吉部隊損傷慘重。8月26日，成政自知城內的2萬人馬難敵秀吉的7萬大軍，遂通過織田信雄向秀吉投降。成政剃發著僧衣前來請降，秀吉念過去同為織田老臣，免去成政一死，收為御伽眾（類似參謀，由從第一線退下來隱居的重臣、沒落的大名、以及商人、茶人、商人組成。主要工作是陪聊。），帶回了大坂城。武家出身的足利義昭、織田信雄、織田信包、織田有樂齋、六角承禎、六角義治、山名堯熙、山名豐國、斯波義銀、赤松則房、宮部繼潤、細川昭元、瀧川雄利、古田織部、金森長近等人，百姓出身的千利休、今井宗薰、曾呂利新左衛門、大村由己都是御伽眾的代表人物。

德川家康之所以在秀吉討伐四國的時候沒有行動，是因為經過了小牧山長久手一戰，國力消耗過度，再加上地震和大雨頻發，使得領內田地荒廢、領民饑不擇食，更出現了老少自決性命的情況。1585年9月，秀吉多次派出派使者催促德川家康上洛，家康派石川數正為使者，多次婉拒。德川家中也分成了以酒井忠次、本多忠勝為首的強硬派和石川數正為首的和睦派。直到1585年11月13日，德川家老臣石川數正被秀吉以優厚的待遇挖了墻角，德川家康才不得不佩服秀吉的手段。德川家更是因為此次事件，將軍制改革為武田軍制。

1586年秀吉不僅繼續通過織田信雄對家康展開外交攻勢，也不斷向朝廷進貢，擴大自己的影響力。1586年4月23日，對于拒絕臣從的德川家康，羽柴秀吉將自己的妹妹朝日姬許配給了他。5月14日，德川家康迎娶了朝日姬，成為了秀吉的妹夫。1586年9月9日，羽柴秀吉被正親町天皇賜姓“豐臣”，改名豐臣秀吉，并預定于12月25日就任太政大臣，豐臣政權從此確立。同時，為了更深度的拉攏德川家康，秀吉于10月18日將自己的親生母親作為人質送到了家康身邊。德川家康深感秀吉的器量，終于答應上洛。10月26日，德川家康到達大坂，居住在豐臣秀長的府邸。沒想到豐臣秀吉微服當夜殺到，兩人秉燭夜談。秀吉特意懇求家康，明日一定要當著眾人的面對自己行臣從之禮，家康十分感動。10月27日德川家康在眾人面前向豐臣秀吉宣誓效忠，并索要秀吉的陣羽織，言道：“今后只要有我德川家康在，就不會讓豐臣大人在親臨前線指揮戰斗?！毙慵笙?，推舉家康為正三位的官員，還推舉井伊直政、神原康政、大久保忠鄰等德川家臣獲得官位。

九州島是日本第二大島，在戰國時代這片土地也幾經戰亂，已經漸漸地形成了三股勢力。他們是九州島北部的龍造寺氏和大友氏，以及九州島南部的島津氏。起初島津勢弱，只有薩摩一國的領地，但島津貴久的四個兒子十分爭氣，個個能征慣戰文武雙全。島津義久、島津義弘、島津歲久、島津家久，提起島津四兄弟，沒有人不數大拇指的。1572年接任家督的島津義久，于木崎原打敗了日向國的伊東氏，史稱“九州的桶狹間”。最終于1576年擁有了薩摩、日向、大隅三國之地。

1578年10月逃跑投奔大友家的伊東義佑請求大友宗麟出兵，奪回日向國。大友宗麟派田原紹忍為總大將，帶領田北鎮周、佐伯惟教等將出兵4萬3千人討伐島津氏。被稱為“雷神”的大友家名將立花道雪曾極力反對出兵，認為此時與島津家開戰時期尚早，但遭到了拒絕。大友軍向著由島津家山田有信防守的高城進軍。身在佐土原的四弟島津家久聞訊，急忙率兵進駐高城，與山田有信一起御敵，守城兵將約3000余人。大友軍的行軍速度十分緩慢，首先作為基督教的瘋狂信徒，大友宗麟在行軍的同時，還下令軍隊沿途拆除所有的寺廟，使得士兵的疲勞度大大增加。其次，田北鎮周多次主張出戰，而總大將田原紹忍則背后和島津軍進行議和，以此二人為代表，將兵也都分成了主戰、主和兩派，所以高城久攻不下。直到11月，島津義久的2萬援兵趕到，與大友軍在耳川隔河相對。島津義久使用誘敵埋伏殲滅的戰術，多次向大友軍營叫罵、挑釁。由于大友宗麟沒在，田北鎮周沒有稟告田原紹忍就擅自與島津軍交戰，并追擊渡過了耳川。誰知道剛一過河就遭到島津義弘、義久、家久的三面夾擊……之后，大友軍的佐伯惟教、吉弘鎮信、齋藤鎮實、蒲池鑑盛也相繼中計，被島津軍誘過耳川一一殲滅。大友軍軍師角隈石宗聽到這么多將領不聽指揮冒然進兵，氣得把正在寫的兵書扔進了火中，苦嘆道：“兵將離心，不聽命令，未到交戰之機就盲目進兵，要兵法何用？”說完也沖入亂軍之中戰死。之后島津軍又展開追擊，大友軍大敗。龍造寺見有利可圖也開始侵占大友家領土。大友宗麟無奈，只能求助于本州島勢力最大的織田信長，并由信長斡旋與島津家議和。

大友家失勢，龍造寺家抬頭。當主龍造寺隆信趁機攻取了筑前、筑后、豐前等地大友氏的領地。但是龍造寺隆信為人多疑且嗜殺成性，十分殘暴。曾將投降的蒲池鎮漣一族200人殺害，就因為蒲池鎮漣之前傾向島津家。而且還因為懷疑赤星統家暗通敵人隈部親永，就殺害了統家送來的兩名人質，一個是其14歲的兒子，另一個是其8歲的女兒。這使得之前向龍造寺家表示降服的勢力紛紛不安。1584年3月18日，肥前國日野江城城主有馬晴信反龍造寺而投降島津，激怒了龍造寺隆信。隆信親率大軍2萬5千人，帶領名將鍋島直茂和龍造寺五天王：成松信勝、百武賢兼、木下昌直、江里口信常、圓城寺信胤（史書上稱四天王，但人物都不一樣，這里5人都算上合成五天王）向日野江城殺來。有馬晴信急忙向島津家求援。此時島津家也已經發展到了肥后國的南部，先后攻取了相良家和阿蘇家的領地。龍造寺隆信信心滿滿，根本沒有把有馬家放在眼里，鍋島直茂擔心島津家會派出援兵，多次諫言要急速進軍。然而隆信非常傲慢，聲稱島津根本沒有足夠的兵力前來救援，所以大軍于3月23日才到達島原。如龍造寺隆信所料，島津家的主力一直在提防大友家再度南下，同時還要防范沒有降服的阿蘇惟光、甲斐宗運，所以沒有多少人馬能夠派出。兵在精，不在多，島津義久派遣自己的弟弟島津家久為總大將，率領穎娃久虎、新納忠元、猿渡信光、伊集院忠棟、川上忠智等名將援救有馬氏，雖然只有3000人馬，但行軍速度十分迅速。島津軍于3月22日到達島原，比龍造寺軍提前了一天。

8000人對25000人，有馬、島津聯軍明顯弱勢，有馬晴信雖然主張拼死決戰，但遭到了家久的拒絕。島津家久深得三位兄長的真傳，在查看完日野江城附近的地形后就下定決心，要積極防御，使用島津家最擅長的誘敵深入戰法殲敵。并將決戰地點選定在島原北部的沖田畷，該地區濕地和沼澤縱橫，從前山到森岳城道路越來越狹窄，非常適合埋伏。家久急忙下令，在森岳城前設置障礙，修筑防御工事，工程于3月23日深夜完工。龍造寺軍遲緩的進軍速度，幫了家久大忙，有馬、島津聯軍的布陣也在同日完成。有馬晴信率3000人駐守森岳城、伊集院忠棟率1000人潛伏在海岸線、新納忠元率1000人埋伏在前山、島津家久率3000人埋伏在森岳城后，另有赤星統家率領族人50作為誘餌鎮守大木戶。

龍造寺軍于3月24日未明開始向沖田畷進軍，鍋島直茂在山手，龍造寺隆信次男江上家種、三男后藤家信在濱手，隆信自己在中央。準備一口氣突破沖田畷，拿下森岳城。在大木戶，赤星統家僅僅50人的奇襲就給了龍造寺軍一個下馬威。赤星族人個個舍命奮戰，殺紅了眼，只要是龍造寺的士兵就是殺害主公兒女的仇人。龍造寺軍先鋒受阻，開始后撤，而后隊聽到喊殺聲發起沖鋒，結果反到將自己人馬踩踏死傷多數，現場極為混亂。島津家久聽說赤星統家居然占據了優勢，悄悄帶領鐵炮隊繞到了大木戶，對排隊準備通過的龍造寺軍發動了齊射。沖到前方的龍造寺士兵，正在拆除竹竿和柵欄等妨礙行軍的工事，基本是在無防備的情況下遭到了射擊。龍造寺軍的先鋒死傷多數幾乎全滅，后續部隊繼續跟上，但也遭到了鐵炮的洗禮。終于察覺到中了埋伏的龍造寺軍開始左右迂回，但都陷入泥田行軍緩慢。家久見時機已到，下令全軍從大木戶殺出，已經陷入混亂的龍造寺軍大敗。

另一方面在山手，鍋島直茂與新納忠元展開激戰。新納忠元盡管只有1000人馬，但是也殺得鍋島直茂隊損傷過半，無力再去救援其他友軍。在濱手，從森岳城出陣的有馬晴信匯合了伊集院忠棟的部隊將龍造寺隆信的兩個兒子江上、后藤擊敗，并直接奔隆信本陣而來。這時，隆信正在遭受島津家久的猛攻，部隊陷入混亂，潰不成軍。不久，晴信、忠棟趕到，隆信準備逃跑，多虧手下成松信勝以死相救才得以逃脫。但，也許是天意，隆信身體肥胖無法騎馬，只能徒步逃往農家，結果被島津軍的川上忠堅發現斬首。

戰后，龍造寺家連主君在內，五天王、龍造寺康房、石井信易等多數重臣戰死。鍋島直茂僅僅帶了7人逃回了佐賀城，擁立隆信的嫡子龍造寺政家（28歲）繼位。政家體弱多病，龍造寺家的實權其實已經握在了鍋島直茂的手里。直茂以無法抵御島津軍北進為由，勸政家向島津降服，龍造寺向島津稱臣。島津家連續打敗大友和龍造寺，大有統一九州之勢，然而豐臣秀吉……