明代是中國歷史上一個獨特時期，這個時期的大多數皇朝國勢不振，演至明末甚至有非常黑暗的情形。但明代又是整個社會近世化最為廣泛、最為迅速的時期。由于生產技術的進步，工商業的發展，城市規模的擴大，市民階層不斷增長，市民生活成了整個社會注目的中心。明代的科舉考試在歷史上最為典型，在科舉的推動下，理學以前所未有的深度和廣度影響著社會生活的各個方面。佛教道教疲敝已甚，不得不附儒學驥尾以求生存。在佛教道教內部，三教統合的趨勢十分強勁。所有這些，都影響著明代哲學的形態，使它呈現出不同于前朝的獨特面貌。

明代學術的主流是理學。明代理學的一個特點是理氣論的褪色，心性論成為思想家的學說重心。這是因為，經過宋元諸大儒的推闡，理學發展到爛熟，越來越成為一種價值性學說，探究萬物的終極實在已經變成了實證問題而逐漸居于人們視域的次要位置。理氣問題已經沒有多少繼續深入挖掘的空間。而心性問題代表著哲學家對人的本質、對人與宇宙的關系的根本理解。特別是在佛教道教與儒學經過長期的互相吸收、沖突、融合，已經水乳交融地結合在一起之后，心性問題更有它獨特的重要性和深刻性。另一方面，明代經學極敝，經學與理學分途。經學在新的方法、新的社會需要確立之前，已經很難再有發展。科舉的影響使義理之學牢牢占據著思想舞臺的中心，而義理之學的創新和發展在于心性體驗。心性論最能體現一個思想家的根本識度。從思想方法上說，理氣論是把描述對象作為一個在心之外的存在系統，用的是主客二分的方法；客體本身的法則，客體各部分之間的關系，仍是在我之外的。心性論則不然，它指向的是主體與客體的關系，客體作為主體境界的投射物已經打上了主體的烙印。理學所謂心，主要不是理智主體，而是理智、直覺、體驗、覺解等的綜合體，主體世界與客體世界不可分割地關聯在一起。所謂性，也不是理智地獲得的外在原則，而是天人合一坐標中的自我設定。它代表著理學家對宇宙的本質、人在宇宙中的地位、人與人的關系的根本看法。對這些問題的見解，對宇宙萬象的意義論的、價值論的把握，不是單純的理智分析所能奏效的。理智是思維的重要方面，并且無論用何種方式把握對象，表達研究者的見解，傳遞研究者關于對象的信息都是不能離開理智的，但在理學，特別是在以心性為中心的明代理學中，僅有理智這一個工具是不夠的。

本書所用的方法，是在全面閱讀原始資料的基礎上，先確定被研究、被描述的思想家的問題域，然后找出與這個問題域相關的全部概念范疇；依邏輯與歷史統一的原則，以中心范疇為綱，構成一個概念范疇的框架；理出這個框架中的邏輯關系，然后將這個框架依照其邏輯順序敘述出來；在這一程序中，重點對這個框架中主要概念的形成及與其他概念的關系加以說明。這里比較困難的是確定一個思想家所要解決的問題。受傳統的影響，宋明思想家的著作多非有系統的、首尾一貫的，他們的中心概念往往零散地包裹在講學語錄和論學書信中，論證也多東鱗西爪，需要在大量資料中提要鉤玄。問題域確定了，還要對他們所用的概念加以辨析。明代思想家所用概念大多沿襲前人，且《明儒學案》多已將重要思想家的中心范疇標揭出來，困難的是分辨相同語詞所表達的不同意思。本書在這方面做了較多的工作，因為只有首先理清了概念的真實的、獨特的義旨，哲學家的思想脈絡才能揭示出來。把一個哲學家的思想安排成一個邏輯框架來處理，這個方法近年來不斷遭到質疑，認為有強拉古人以就范的缺點。但若是一個思想家的思想是有系統的，思想的各部分是有清晰的邏輯關聯的，他的思想就可以按照一個框架來處理。研究思想史，要使一個思想家在我的筆下是鮮活豐滿的，是層次清晰、提綱挈領的，不是散漫平鋪、不得要領的，最好是把研究對象變為我的思辨的重構物。研究者不是改鑄古人，強拉古人就范，而是在充分占有材料的基礎上，把思想家思想過程中的架構形式重現出來，即使被研究者的思想在形式上沒有嚴整的系統，也要找出他的思想各部分的結構關聯。研究者的工作就在于把這個結構關聯展現出來。陳寅恪先生曾經說過，研究古人的思想就像欣賞古代繪畫雕刻那樣，研究者要讓駁蝕的地方復原，讓模糊的地方清晰起來。這種修補的精粗工拙全賴研究者把握一個已經逝去的思想體系的能力。

要達到這個目的，體驗的方法是必不可少的。體驗是研究中國哲學尤其是理學一個非常重要的方法。理學家大都強調氣象，強調境界，這是他們的學術的有機組成部分。他們的境界、他們的氣象有時體現在文字中，有時在文字之外；有些是思想內容上的，有些是風格特點上的。氣象、境界和思想內容是統一的。研究中國思想家，特別是理學家，只有把握了他們的氣象、他們的境界，才算真正把握了他們，而氣象、境界要靠體驗。體驗不僅是和研究對象處在同一立場，用同情的理解的態度去解讀他們，更重要的是體察他們的氣象，他們在字里行間所表達的情感，這種情感在構成他們的思想中所起的作用。哲學不僅是義理的表達，同時也是一種情感的宣泄，不過這種宣泄不像文學那樣直接、那樣外露。研究者應該在他的研究中把這種情感揭示出來。

本書以揭示被研究者的思想本身為主要任務。哲學是社會生活的總括的、曲折的理論反映，這是沒有問題的，但哲學本身又是一種綜合的思維活動。這個綜合指思辨地、直覺地、體驗地把握對象的方式。哲學思維活動本身就是自足的。哲學家特別是中國的哲學家與現實政治的關聯很緊密，但中國哲學家大多不以他的哲學思想影射、比附現實政治。由于中國思想家的亦官吏亦學者的身份，他們有發抒政見的渠道；即使在言路阻塞時不得已采取影射的方式，這些內容也是非主流的。另外，明代相當多的思想家仍然采取傳統的注經方式發揮他們的思想。注經是較為純粹的理論活動。本書選取較為純粹的哲學內容加以論述，不把思想活動歸結為政治主張的曲折、隱晦的表現。除了重要的思想家之外，一般不特別涉及產生思想的社會生活土壤，而較多注意思想本身的邏輯結構。這樣做的目的是為了使內容更為顯豁，更有一貫性。在一些較為重要的思想觀點上，不僅要說出當時討論的具體問題，還要進一步說明這個問題所蘊涵的一般哲學意義，以加深對思想的意義、價值的把握。

本書有專章敘述佛教、道教哲學及天主教傳入時與中國本土文化的碰撞。前人敘述明代思想家一般止于劉宗周，佛教、道教部分則歸入佛教史、道教史，天主教部分多付諸闕如。本書的目的是論述明代重要哲學家的思想內容，佛教、道教、天主教這些大的思想文化活動是明代哲學不可缺少的內容，特別是明代宗教生活世俗化，儒釋道互相影響、互相包容的情況下，把它們作為這個斷代的內容來敘述就顯得很有必要，也很有理據。本書不把佛教、道教、天主教當作中國宗教史的一部分，而是當作中國哲學史的一部分；不選取特別專門的宗教內容，而選取更具普遍性的哲學內容。如佛學部分，儒釋關系、性相關系、禪凈關系這些關乎中國哲學發展的更一般的問題是論述的中心，特別專門的佛學問題可以從佛教史著作中得到解決。道教也是這樣，過于專門的問題，如外丹燒煉等一概不涉及，著重論述明代道教關于性命、道氣及與精神修養、身體煉養有關的哲學問題。天主教傳入一章，重點在中西文化發生碰撞的哲學根據和文化觀念、思維特點的不同及其根源上。這些都是明代思想文化史上的大事，明代哲學全史性的著作對此不能沒有論述。

此外，黃宗羲、方以智、王夫之這幾位思想家所處的時代，一般籠統稱明清之際，而在斷代哲學史著作中有不同的分法，有的將他們放在清代敘述。本書認為，將黃宗羲、方以智、王夫之放在明代哲學史中更為合理。這是因為，從時間上說，李自成入北京，明朝滅亡的這一年（1644），這幾位思想家都已成學，而南明政權則又延續了近二十年，這段時間是這幾位思想家哲學創作的鼎盛期。特別是他們都經過戰亂的顛沛流離，感亡國之痛，傷民生多艱。他們存續中國文化的情結，他們的著作中表現出的問題意識，都是明代思想的延續。如黃宗羲，他的老師劉宗周是明末大儒，劉宗周已開始對明代儒學進行總結，并且懲先天良知派諱言功夫徑任本體發生的流弊，起而糾正當時學風的苦心是很明顯的。黃宗羲表達他的哲學思想最鮮明而透徹的是《明儒學案》，《明儒學案》對各思想家的評論，基本觀點完全承襲了劉宗周。他著力凸顯的先天后天、本體功夫諸問題，也都是典型的明代問題。把黃宗羲放在明代哲學中并且直承劉宗周而論述是自然的、合理的。方以智也是如此，他早年雅好博物，兼習通幾之學，甲申國變后四處流亡，思想發生了很大變化。不得已出家后，他的思想充滿了酸楚、詭誕及捉摸不定感。代表他后期思想最重要的著作《東西均》完成于南明永歷六年（1652）。他的具有綱領性的“三一”模式此時已經成熟。而他的思想淵源最主要的是家傳易學，這都是明代學術的延續。王夫之倉皇逃難，竄身瑤峒中，以中華文化承續者、創新者的自覺意識進行學術創造活動。他的重要著作都是在隱居湘西草堂時著成的，此時他差不多與世隔絕。“六經責我開生面，七尺從天乞活埋”表明了他開創中國文化新形態的壯心和對明遺民身份的肯認。這幾位大思想家都受明亡的刺激，有糾正文化弊端、創新思想學術的意愿。這些問題放在明代學術文化的大背景中來考慮更恰當些。清代學術的開端，大約要待清室統治初定，招攬漢族知識分子參與學術活動，知識分子在心理上大體接受了這個異族統治的王朝并逐步打消了反清復明的意欲才算真正開始。基于這些考慮，本書把黃宗羲、方以智、王夫之這幾位思想家列入明代哲學史來論述。

感到不足的是，一部完整的明代哲學史還應包括明代經學中的哲學方法論問題。但理出明代經學的發展線索并找出其中方法論的演變及其發生的根據是個頗費時日的課題，這一部分本書暫告闕如。