《溫疫論》亦作《瘟疫論》，系溫病專書。2卷，補遺一卷。明·吳有性撰。書成于1642年（崇禎15年）。書中討論瘟疫證治，吳氏謂“溫”、“瘟”二字沒有區別，都屬于溫熱病范圍，因以“溫疫”名書。書中闡明了瘟疫與傷寒相似而迥殊的新見解，認為“溫疫之為病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一種異氣”（又稱癘氣、戾氣）。指出瘟疫自口鼻而入，伏于膜原，其邪在不表不里之間；其傳變有九。又列舉溫疫與傷寒相反的十一種情況（如脈、舌等的不同），提出溫疫先里后表，里通表和的治療總原則，創用達原飲、三消飲等方劑予以調治，開后世治溫疫一大法門。原書2卷未多加詮次，很象是隨筆記錄而成。清代編《四庫全書》時，將下卷安神養血湯、太極丸等條，以及成書后陸續補入的正名、傷寒例正誤、諸家瘟疫正誤等篇，并為一卷，以作補遺。《四庫全書總目提要》評此書曰：“瘟疫一證，始有繩墨之可守，亦可謂有功于世矣。”同時指出書中不足為：“其謂數百瘟疫之中，乃偶有一傷寒；數百傷寒之中，乃偶有一陰證，未免矯枉過直。”該書問世后，流傳甚廣，康熙年間日本即有刊本，國內翻刻本及闡釋發揮之書甚多，建國后有多種鉛印書及評注本。