高中生偵探工藤新一，有一天與青梅竹馬毛利蘭到公園玩，無意間看到兩名行動詭異的黑衣人，工藤新一在跟蹤時，因為一時大意被同伙從背后襲擊，隨即被灌下了毒藥，當他醒來時……

雖然身體縮小，但頭腦依舊靈活，從此工藤新一化身成為江戶川柯南寄宿在毛利蘭家里，暗中調查黑衣組織，并且尋找解藥。

在這段時間里，工藤新一遇見了同樣是服用了毒藥的宮野志保，變小后化名灰原哀，（原黑衣組織成員，代號：Sherry，雪莉。）

APTX4869，全稱APOPTOXIN4869(日文:アポトキシン4869)，是由黑衣組織成員宮野志保開發出的新型毒品，而她與工藤新一服下的，正是此毒藥的半成品。

宮野志保因為不滿組織殺害了自己的至親，便決定脫離組織因此被囚禁，而她正是服下了毒藥才逃了出來，并且一直在躲避著組織成員琴酒的追殺！

……

不久后，經過灰原哀的努力，便研發出了APTX4869的半成品解藥，是由白干中提取的成分，不過限制只有二十四小時。

工藤新一為了隱藏身份，請灰原哀假扮成江戶川柯南，而他便服下了解藥半成品，變回了高中生模樣，暫時解除了蘭的疑慮。

只是，由于工藤新一在校園里推理解決了一樁案子而大出風頭，以至于身份暴露，更在修學旅行的時候，真面目出現在了電視上。

為此，黑衣組織也愈發確認，那個高中生偵探根本就沒有死，只是變成了小學生，并且化名為江戶川柯南。

……

“哼！偵探游戲該結束了，工藤新一！”

琴酒與伏特加守在毛利偵探事務所門口，看著毛利蘭牽著一個小孩走了出來，頓時間露出了陰冷的目光。

“嗯？”

此時，柯南也感受到了一股殺氣，頭皮發麻，背后直冒冷汗。

“柯南，你怎么了？”

毛利蘭看著他滿頭大汗的樣子，略顯擔憂，俯下身子道：“柯南，你是不是身體不舒服啊？”

“啊？沒有了，小蘭姐姐。”

柯南被毛利蘭直視著，有些羞澀的敷衍道。

“不好！我有一種非常不好的預感，難道是，那群黑衣人？”

隨即，柯南皺起了眉頭，轉頭看到了那輛車，沉聲道：“可惡！果然是他們，小蘭姐姐你先回去！”

說完，柯南便奮不顧身地往那輛車方向跑了過去。

“柯南……嗯！”

毛利蘭正想說什么，還沒等她開口，忽然間眼前一片漆黑，隨即就昏了過去。

“有好戲看了，我們走吧！”

琴酒扔下煙頭，快速地坐上副駕駛，伏特加立馬踩下油門飛馳而去。

“可惡！這群家伙已經盯上了蘭，看來我的身份已經暴露了！”

恍惚間，柯南的臉色變得十分難看，快速轉身，卻發現毛利蘭早已不見蹤影！

“糟了，難道蘭被他們給……蘭！！！”

柯南顧不了那么多，返回家拿出滑板，踩下開關一路飛馳，嚇得路人一身冷汗。

柯南按下眼鏡上的搜索按鈕，在不遠處就發現了那輛車，這或許是琴酒的陰謀，他的目的就是為了引誘柯南上當。

“大哥，你說的沒錯，那小子果然跟上來了！”

伏特加從反光鏡里看到了柯南的身影：“現在我們該怎么辦？”

“讓他繼續追吧，我倒要看看，一個毛頭小子，能夠有多大的能耐！”

琴酒的眼神中陰冷無比，帶著一股濃濃的殺氣：“這個女孩果然是他最重要的人，為了女人如此沖動，大名鼎鼎的名偵探也不過如此嘛！”

伏特加將車開到了郊外一座廢棄的工廠內，毛利蘭在工廠的二樓，雙手被捆綁著無法動彈。

“這里？這兒是哪兒？我怎么會在這兒？”

迷迷糊糊之中，毛利蘭睜開眼睛，卻發現眼前漆黑一片，她也無法判斷自己所在何處。

此時，柯南也已經到達目的地，角落里隱藏的狙擊手正朝著他開了一槍，柯南躲閃不及，子彈從他的胳膊上擦了過去。

“名偵探，你果然來了！”

這時，琴酒緩緩地走了出來，看著眼前矮小的柯南，露出一抹輕蔑的表情：“工藤新一，就憑你現在這樣，能夠救出那個女孩嗎？”

“趁早放棄抵抗吧，興許我還愿意留你們一具全尸！”

“哼，好久不見了，琴酒，我就是工藤新一！”

柯南將雙手插在褲兜里，很是平靜地說道：“你既然已經知道了我的身份，那沖我來便是，為何要傷害無辜的人？”

“無辜？”

琴酒冷笑道：“你或許還沒搞清楚狀況吧？那個叫毛利蘭的女孩，已經不止一次壞我大事，她可是一個比你更加有趣的對手。”

“工藤新一，好好看著吧，真正的好戲，還在后頭呢！”

“納尼？”

柯南緊皺著眉頭，此時在黑衣組織成員的包圍下，他根本無能為力，也不知道蘭的狀況如何，現在除了憤怒，也就只能趕緊想辦法找到蘭的所在位置。

警署

“目暮，你告訴我，蘭在哪兒？她被誰綁架了？告訴我！你告訴我！”

毛利小五郎收到了一封神秘的書信：你女兒在我手中！

看著這行字的毛利小五郎嚇得酒都醒了，隨即又接到了目暮的電話，確認了小蘭被人綁架的消息。

毛利小五郎抓著目暮的衣領，撕心裂肺地吼道：“小蘭，她究竟被誰給抓了？告訴我，我一定要去把小蘭救出來！”

“毛利老弟，你冷靜點，這次咱們遇到的不是一般的犯罪團伙！”

目暮看著毛利小五郎說道：“這次的一伙人，讓國際警方都束手無策，并且還是世界組織監查的對象，我猜想，他們應該是世界警方通緝的黑衣組織成員。”

“黑……黑衣組織？”

毛利小五郎聽到這話，嚇的渾身直冒冷汗：“這個組織可是出了名的殺人不眨眼，小蘭是怎么惹到這伙人的？”

“嗯？我猜這件事應該跟工藤新一有關吧！”

目暮警官說道：“我聽說工藤新一一直在調查黑衣組織，所以才不怎么露面，可能是那些人察覺到了什么，所以才抓住小蘭，以此要挾他！”

“毛利老弟，請你務必要放心，我們一定會把小蘭給救出來的！”