自此之后，光復(fù)會(huì)遭到破壞。不過，陶成章、章太炎又在國外重振旗鼓，到辛亥革命期間，光復(fù)會(huì)的力量又重新崛起。
孫中山在電文中說過：“光復(fù)會(huì)有徐錫麟之殺恩銘，熊成基之襲安慶，近者功上海、復(fù)浙江、下江陵，則光復(fù)會(huì)新舊部人皆與有力，其功表見與天下。”孫中山對(duì)蔡元培的貢獻(xiàn)是給予肯定的，雖說蔡元培已離開光復(fù)會(huì)，但他的功勞不可磨滅。
后來毛澤東也稱贊蔡元培“光復(fù)會(huì)、同盟會(huì)之民族領(lǐng)袖”，這樣看來，中國共產(chǎn)黨人也沒忘記蔡元培的革命工作。
幾年來，蔡元培因熱衷救國而涉足革命，雖說熱情很高，但終歸還是不能忘情學(xué)術(shù)。是時(shí)，蔡元培的革命目標(biāo)顯得模糊起來，他不禁感到一片茫然。
此時(shí)，蔡元培心中涌出另一個(gè)念頭——出國。他曾自述當(dāng)時(shí)的心情：“在上海所圖，皆不成，意頗倦。”
1906年春天，蔡元培離開黃浦之畔，回到故鄉(xiāng)，在紹興學(xué)務(wù)公所擔(dān)任了所長，推動(dòng)邵屬八縣的教育發(fā)展。
4月下旬，學(xué)務(wù)公所正式成立，蔡元培在培訓(xùn)師資之后創(chuàng)立了師范學(xué)校，但經(jīng)費(fèi)問題始終未能解決，遂辭職。隨后，他回鄉(xiāng)興學(xué)，為期兩月，之后又準(zhǔn)備返回上海。期間，他收到友人來信，得知清政府將派翰林院編檢出國留學(xué)，友人讓蔡元培也一并進(jìn)京登記。
早有留學(xué)之心的蔡元培聞聽此消息，怦然心動(dòng)，這一機(jī)會(huì)無異于天降餡餅。如此，他于6月先去上海，迎送章太炎遠(yuǎn)赴日本，隨后參加鄒容死難周年紀(jì)念會(huì)，了卻其墓前修建紀(jì)念塔的心愿。這些年的滬上革命，也就在此畫上了句號(hào)。
6.初圓柏林夢(mèng)
蔡元培供職翰林院之時(shí)，就曾閱讀過許多新學(xué)著作和譯本書籍，因此對(duì)國外的一些情勢(shì)有一定的了解，但他所讀書籍有局限性，不能說是廣泛。
在改良運(yùn)動(dòng)中，新學(xué)中所體現(xiàn)的新思想深深吸引著他，他對(duì)此羨慕不已，繼而開始對(duì)新學(xué)有了新的認(rèn)識(shí)。他對(duì)西方文化的態(tài)度也是極其的贊賞，融會(huì)貫通之后，便獨(dú)有一番深刻見解。這些認(rèn)知，都在潛移默化中影響著蔡元培。
對(duì)那些淺嘗輒止者的浮泛議論，蔡元培常常表現(xiàn)出深深的鄙視。他曾說過，學(xué)術(shù)不精，就不要拿出來論道。顯而易見，蔡元培著迷西方文化，是有意把中西文化相對(duì)比、攀援，這從側(cè)面顯示了他的思維取向。
蔡元培努力學(xué)習(xí)外文，擴(kuò)大知識(shí)領(lǐng)域，他的親友勸其游學(xué)時(shí)，他說道：“游學(xué)，非西洋不可，且非德國不可”。如此明確的學(xué)習(xí)目標(biāo)，才促成他德國的苦學(xué)之路。蔡元培選擇德國，其原因大多還是因德國的文化地位。在整個(gè)歐洲來說，德國文化都可以說是一個(gè)代表，而德國也是蔡元培深深著迷的地方。
蔡元培懷著復(fù)雜的心情，回到闊別多年的京城，到翰林院銷假。然而有留學(xué)之心，卻沒有機(jī)會(huì)，蔡元培為此極為苦惱，畢竟翰林院的生活不是他向往的。但幸運(yùn)之神最終還是眷顧了他。
蔡元培在《致汪康年函》中說：
“弟此次進(jìn)京銷假，本為最不安之事。徒以留學(xué)德意志之志，抱之?dāng)?shù)年，竟不得一機(jī)會(huì)。忽見報(bào)仔學(xué)部又咨送翰林游學(xué)東洋之舉，不能不為之心動(dòng)。初亦恐進(jìn)京而事不成，徒折吾節(jié)。故初則電詢陳介公，后又電詢王書公，其復(fù)函稱非進(jìn)京銷假不得圖。王書翁到滬面談，并催弟速行。因此7月進(jìn)京，此亦日暮途遠(yuǎn)之為，不意竟成夸父逐日之失……蓋弟數(shù)年來，視百事皆無當(dāng)意。所耿耿者，惟此游學(xué)一事耳。”
可見，蔡元培的留學(xué)意念十分強(qiáng)烈。信中所說的陳介公、王書公，即陳介石和王書衡，二人皆為蔡元培好友。然而，天不遂人愿，等蔡元培到了京城，翰林院的人卻認(rèn)為，遠(yuǎn)離家鄉(xiāng)，漂泊海外，甚是辛苦，所以，大都不愿意出行，加上清政府資金短缺，于是改派日本。
蔡元培聽到此消息，原本在心中勾勒的“德國夢(mèng)”消失了，一瞬間，他的心涼了一大半，難道去德國就這么難嗎？
蔡元培不想去日本，只好暫留京城。雖說翰林院不能提供條件，但蔡元培依然堅(jiān)定留德，想去感受不同的文化。他的同鄉(xiāng)勸其私費(fèi)留學(xué)，且答應(yīng)為之籌資。蔡元培很是歡喜，便申請(qǐng)自費(fèi)留學(xué)，同時(shí)出任譯學(xué)館國文教員，并傳授西洋歷史，期間靜候?qū)W部的批準(zhǔn)。
1907年6月，清政府派駐德公使孫寶琦前往德國赴任。孫寶琦之弟孫寶瑄，是蔡元培的故交，于是蔡元培請(qǐng)求孫寶瑄幫忙，希望其能做些疏通工作，并親自登門拜訪他，愿意在使館任職員，以便留學(xué)。
沒想到孫寶琦慷慨解囊，他答應(yīng)每月資助蔡元培三十兩銀子，且不必去使館任職。同時(shí)，商務(wù)印書館和蔡元培商定：等他在海外時(shí)，若定期為之編撰教科書，每月便獲酬百元，以留家用。蔡元培對(duì)此激動(dòng)不已。
臨行前，蔡元培將一切安排妥當(dāng)，隨從孫寶琦，踏上了通往歐洲的路途。
有人說，蔡元培能成功出國，在很大程度上得益于友人的幫助。的確如此，蔡元培一生交友甚廣，所交之士也多為學(xué)界名人、前輩，在許多事情上，都能助其一臂之力。
不僅在此事上，日后蔡元培主掌北大時(shí)，便更能體現(xiàn)其交友廣泛的一面。
此番，蔡元培毅然放棄了公費(fèi)求學(xué)日本的機(jī)會(huì)，堅(jiān)持去德國深造，這是源于他的一個(gè)念頭：“救中國必以學(xué)”，而“世界學(xué)術(shù)德最尊”，所以“游學(xué)非西洋不可，且非德國不可”。他計(jì)劃，準(zhǔn)備至少用5年時(shí)間在德國“專修文科之學(xué)，并研究教育原理，及彼國現(xiàn)行教育之狀況”。
懷揣著這樣夢(mèng)想的蔡元培，此時(shí)心情頗為復(fù)雜：一方面是面對(duì)陌生的國家，陌生的面孔，國內(nèi)外的差異，以及西洋學(xué)術(shù)，自己是否能學(xué)載歸來？這種種問題，無不困擾著他激動(dòng)不已的心；另一方面，德國即便是“世界學(xué)術(shù)之尊”，倘若運(yùn)用他們的教育方式，是否能適應(yīng)當(dāng)下的中國？
留學(xué)伊始，蔡元培的種種心跡，似乎暴露了他似憂似喜的心境，從長遠(yuǎn)角度看，這反映的是他教育救國的宏圖大志。對(duì)他而言，這只是個(gè)開始，更艱巨的任務(wù)還等著他去完成。
赴德留學(xué)，蔡元培共耗費(fèi)4年半的時(shí)光。第一年是在柏林度過。此時(shí)的蔡元培，已年過40。可這個(gè)心懷偉大抱負(fù)的有志者，卻堅(jiān)持要苦讀西洋學(xué)術(shù)。當(dāng)務(wù)之急，是補(bǔ)習(xí)德語，只有過了語言大關(guān)，蔡元培才能在此基礎(chǔ)上深造。然而此時(shí)的他，年齡較大，他又要怎樣補(bǔ)習(xí)德語呢？
當(dāng)時(shí)，與蔡元培留學(xué)德國的同行者還有齊壽山和錢方春，并與他住在一起。齊壽山的同學(xué)顧夢(mèng)余，早于他們來德，在德國有些人脈。得知蔡元培的情況后，便為其選定德語老師，爾后，蔡元培按時(shí)聽課，學(xué)習(xí)德語。
那一階段的蔡元培整日繁忙，盡管身居海外，但還是有眾多事務(wù)纏身。
他在《自寫年譜》中寫道：“在柏林一年，每日若干時(shí)習(xí)德語，若干時(shí)教國學(xué)，若干時(shí)為商務(wù)編書，若干時(shí)應(yīng)酬同學(xué)，實(shí)苦應(yīng)接不暇。德語進(jìn)步甚緩，若長此因循，一無所得而回國，豈不可惜！”
的確如此，繁雜的事務(wù)始終牽動(dòng)著蔡元培的思緒，他已非年少，對(duì)語言的學(xué)習(xí)不比少時(shí)容易，再加上在國外，每一分錢都要努力得來，故此蔡元培德語遲遲不能進(jìn)步，也就不足為奇了。
孫寶琦考慮到蔡元培的經(jīng)費(fèi)緊張，便介紹他去講授國文，每月還有可觀的報(bào)酬。蔡元培也積極主動(dòng)，利用不少時(shí)間編譯書籍，郵寄回國。
留德生活緊張而又忙碌，但這并非蔡元培臨行前的向往，甚至與他所想大相徑庭。最初的這段時(shí)間，是他海外生活最為乏味、最為枯燥的歲月。不過，人生最需要的就是歷練。不經(jīng)歷風(fēng)雨，怎么能見到彩虹？沒有被磨煉過的人，又怎能獲得成功？
蔡元培的憂慮只是暫時(shí)的，在這些“風(fēng)雨”過后，迎接他的是美麗的明天。他所期盼、所向往的，自有漸漸實(shí)現(xiàn)之日。
7.萊比錫之“光”
蔡元培對(duì)在柏林一年的生活很是不滿，于是，他和齊壽山離開柏林，遷居萊比錫，在萊比錫大學(xué)學(xué)習(xí)。
萊比錫大學(xué)，曾名為“萊比錫卡爾·馬克思大學(xué)”，歷史悠久，該學(xué)校的檔案資料室，還存有蔡元培在校聽課的資料，記載了蔡元培所學(xué)的課程多達(dá)40余門，涉及哲學(xué)、文學(xué)、心理學(xué)、文明史、人類學(xué)等眾多領(lǐng)域。說起蔡元培的聽課之道，可謂是“凡時(shí)間不沖突者，皆聽之”。
學(xué)校的馮德教授，蔡元培記憶最為深刻。這位教授的心理學(xué)和哲學(xué)史，讓蔡元培興趣濃厚。馮德教授是實(shí)驗(yàn)心理學(xué)的奠基人，他在萊比錫大學(xué)創(chuàng)辦了心理學(xué)實(shí)驗(yàn)室，舉世矚目。蔡元培對(duì)他甚是推崇，以至于三個(gè)學(xué)期，均選其課程。
另外，蘭普來西教授的史學(xué)課，蔡元培也甚是喜愛。蘭普來西是史學(xué)界的革新者，有著名的《德意志史》流傳天下。他用進(jìn)化史的觀念，劃分人類社會(huì)的進(jìn)化階段，闡釋種種矛盾的演化與趨勢(shì)。其講史注重美術(shù)，尤其是雕刻、壁畫這類造型藝術(shù)，所講極具史學(xué)價(jià)值。
蔡元培深受其啟發(fā)，主動(dòng)參加了他創(chuàng)辦的研究所，討論文明史和世界史，并接受比較文明史方面的訓(xùn)練。
蔡元培的時(shí)間總是極其緊張，一邊要學(xué)習(xí)德語和德國文學(xué)，一邊又要聽課。他對(duì)時(shí)間抓得很緊，學(xué)習(xí)的認(rèn)真程度也非一般人所能及。蔡元培曾在《致吳敬恒函》中描述當(dāng)時(shí)的情形：
“來此已逾三年，拾取零星知識(shí)，如于滿屋散錢中，暗摸其一二而無從聯(lián)貫；又或拾得他人棄擲之錢串，而曾不名一錢，欲摸索一二相當(dāng)之錢以串之，而顧東失西，都無著落，惟終日手忙腳亂，常若債負(fù)與日俱增，而不知所屆。偶或悍然不顧，引我無目的之樂天觀，以強(qiáng)自派遣，則弟之避債臺(tái)也。蓋弟從前受中國讀書人之惡習(xí)太深，年來雖痛自洗濯，而終未能脫去。又生平有小題大做之脾氣，詳于小則不能遺其大，自知其失而終不能改，故沉游于苦海之中不能渡也。所幸半傭半丐之生涯，尚可勉強(qiáng)過去。再歷數(shù)年，或者摸得之散錢稍富，而漸有適當(dāng)于斷爛錢串者，得聯(lián)合以為小小之結(jié)束，則庶幾不負(fù)故人之期望矣。”