4.“錚錚”革命者
1903年，章太炎從日本回到上海，被蔡元培聘為學社教員。不久之后，鄒容在日本無法立足，也投奔到蔡元培這里。蔡元培安排妥當，還為鄒容籌款，幫他出版《革命軍》。5月27日，章士釗被聘為《蘇報》主筆，陳范讓他大膽辦報，不要顧及太多。
學社的活動及《蘇報》的高論并非順利。清廷和督撫大員，對蔡元培等人的活動，極其妒恨，這從他們之間的信函和公文就可看出。清朝駐滬大臣呂海寰下令，緝拿以蔡元培、吳稚暉等人為首要對象。這次緝拿，對于清廷來說不算什么，他們早已圖謀糾纏革命志士，只是礙于租界法律，只得間接進行。
隨著鄒容《革命軍》以及章太炎《駁康有為論革命書》等著作的發表，最終引起一場軒然大波。蔡元培后來回憶道：“戊戌政變之后，黃遵憲留在上海，北京政府想逮捕他，而租界議會以保護國事犯自任，不果逮。自是人人視上海為北京政府權力所不能及之地，演說會之所以成立，《革命軍》《駁康有為政見書》之所以能出版，皆由于此。”
在這樣的情境之下，上海和工部局多次交涉，而工部局并未同意，只是由租界巡捕房傳訊蔡、吳、章等人，傳訊內容基本相當：你們只是讀書人，說一些批評罷了，要是沒有軍火，他們要逮捕你們，我們會保護你們的。然而清政府壓力不斷增大，遂對這些“眼中釘”必須加以懲治。
就在此前，中國教育會和愛國學社卻似內部分裂。學社的名氣越來越大，原本經濟拮據，眼下資金狀況逐漸改觀，學生不甘心由教育會代管財務，欲謀獨立，他們之間的矛盾逐漸僵化。此外，在愛國學社和教育會主要領導人物中，也存有矛盾，如鄒容、吳稚暉、章太炎之間的矛盾，尤為激烈。
部分人認為，學社乃教育會一部分，遭到了學社學生的強烈反對。他們發表文章稱：“會社實為平行的兩團體，曾相互贊助，應互相幫助，學社主人不是教育會，應由自身掌管，與教育會非隸屬關系”。
蔡元培身為教育會副會長，見學生有如此做法，大失所望，鑒于梁啟超競辦《時務報》的前車之鑒，他便與會長黃宗仰商談，提出讓學社分立，這一提議得到了黃宗仰的同意。
可此時章太炎卻持反對態度，而吳稚暉則袒護學生。在學社的各項活動中，吳稚暉影響很大，從演說到辦機關報，在力主改選教育會會長、籌集經費等方面，他都有參與。吳、章間的思想文化分歧難以避免。可總的來說，愛國學社影響甚大，從張園演說到創立機關報，甚至改選教育會長，學社的功勞不可無視。
會、社分立引發的章吳矛盾，讓蔡元培心灰意懶，加之官方彈壓之風日急，他接受兄長的建議，辭去當前職務前往青島，學習德文。不想僅十幾日的工夫，“《蘇報》案”發生，《蘇報》被封，章太炎等人被刑拘，其余人四處逃避，愛國學社就此終結。顯然，這場鎮壓行動，是清官方和租界同謀所為，目的是抑制革命派。
王朝的末世，人心渙散，清政府早已如軟泥一般，隨時可能垮臺。就連查案的俞明震，也求網開一面。同是學界中人，他對蔡元培仰慕已久，不愿傷及“士類”，這也等于給章、陳等人透露消息，令他們有早作準備的機會。
蔡元培去青島的原因，一是家人的勸說，二是為了謀求進一步發展。他在《口述傳略》中說：
“方孑民盡力于愛國學社時，其兄鑒清亦在上海，甚危之。與戚友商議，務使孑民離開上海。
“然孑民對于學社，方興高采烈，計無所出。及其決計脫離學社，于是由沈乙齋君從容勸其游學，孑民言游學非西洋不可，且非德國不可，然費安從出。沈未吾當為君籌之。其后告以湯、張、劉、徐等，均每月貸款若干，可以成行。于是，探行程于陳敬如君，則謂是時啟行，將以夏季抵紅海，熱可不耐。蓋以秋季行，且盍不先赴青島習德語。于是有青島之行……
“孑民到青島不及一月，而上海《蘇報》案起，不涉孑民。案既定，孑民之戚友，以為游學之說，不過誘孑民離上海耳。今上海已無事，無游學之必要，遂取消每月貸款之議，而由孑民之兄，以上海有要事之電，促孑民回。既回，遂不能再赴青島，而為外交館譯日文以自給。”
在青島期間，蔡元培經陳范介紹，結識了《膠州報》的主辦人李幼闡，學習德語。后又從師以德國教士，繼續苦學。經過德國文學的洗禮，蔡元培對西洋哲學產生了濃厚興趣，并希望有機會留學德國。同年秋冬時節，蔡元培應召回到上海。親友答應資助他留學，實為促其離開上海罷了，此時的上海，謠傳頻頻，但危險不復存在，蔡元培便暫時放棄留學之事，仍舊譯日文，維系生計。
蔡元培經過一番歷練，雖行事開始隱蔽又講求策略，可涉足革命的程度絲毫不減。中國教育會和愛國女校屢受沖擊，但依然存在。他借此機會，聯結同道中人開展活動。獄中的章太炎、鄒容，蔡元培也會定期探訪。
是年冬天，沙俄占領奉天，拒俄風波再起。隨后，蔡元培、劉師培、葉瀚等人發起成立“對俄同志會”，并與陳鏡泉等人聯合創立《俄事警聞》，意在研究拒俄運動宣傳之事。
《俄事警聞》，起初由王季同出任主編，蔡元培負責日文稿件撰述，報紙只用干支紀日，棄用清朝年號，并附注西歷，采用白話文為文體，此為報界清新激進之作。
有了《蘇報》的教訓，《俄事警聞》不談論革命，而是將民族激情放在首位，以啟發民智，喚醒大眾。后來，由于俄日戰爭爆發，報紙又增加版面，改名為《警鐘》，由蔡元培出任主編。
擴版后的《警鐘》，提出讓國人參考日俄戰爭，深思熟慮，同時不忘揭穿俄國虛無黨的歷史，給國人暗中灌輸革命思想。連續多天，《警鐘》刊載日文譯稿《俄國虛無黨源流考》，與該報的“抵御外侮，恢復國權”的宗旨所背離。
革命之心涌動不止，蔡元培懷揣著熾熱的心，隨時都可能爆發出來。
因工作量很大，蔡元培撰報半年之久，常常因經費不濟而大費周章，他僅憑堅定的意志苦苦支撐。在這段辦報生涯中，蔡元培留下了一些極具代表性的文章，如1904年2月連載于《俄事警聞》的小說——《新年夢》。
該文筆觸樸實，描述記錄主人公“中國一民”在新年之際做上黃粱美夢，暢想60年后的中國國泰民安，描繪出一幅大同社會的奇妙景象，內容豐富，寫實與虛構一體。作者的愛國憂愁、強國之夢貫穿全文。蔡元培自述道：“是時西洋社會主義家，廢財產，廢婚姻之說，已流入中國，孑民深信之……揭《新年夢》小說以見意。”
這篇小說清晰地反映了蔡元培當時的政見和立場及思想取向，在清末知識界獨具代表性。正是他的這段撰報，使得不久前還自號“民友”的志士，意識到：“吾亦一民爾，何謂民友？”遂從“周馀黎民，靡有孑遺”兩句中，各取一字，改號“孑民”，以表救亡圖存之心。
1904年7月，蔡元培回到愛國女校，重擔校長職務，遂辭去《警鐘》日報的職務，由汪允宗接替。
征程漫漫，前路未卜，蔡元培卻以一顆炙熱之心，不斷喚起民眾凝固的熱血，求之沸騰、燃燒，終致光復中華。
5.光復到同盟
1904年，在蔡元培生平中是很重要的一年。是年，在組建光復會的同時，蔡元培參與了暗殺行動。這件事的起因，源于民粹派的思想。
在《警鐘》日報上連載的《俄國虛無黨源流考》中的虛無黨，是俄國對國內資產階級、小資產階級民主革命黨派以及一切反對現行制度的個人、集團及思想流派的一個統稱，而民粹派是其中的代表，民粹派提出“到民間去”的口號，號召反對沙俄專制統治，發展村社，竭力提倡個人恐怖主義，用暗殺手段解決問題。
當時，從國內到國外，都在醞釀暗殺活動。這種思想，不但對社會影響極大，對蔡元培的影響也很大，他認為暗殺是一種很快改變社會的有效方式。故此，后來他參加了暗殺團。他參加暗殺團的另一相關原因是，在此之前，東京留學生發起拒俄義勇隊，受到阻撓，便改為軍國民教育會，又遭到壓制，不得已而改為秘密行動。
軍國民教育會主要由黃興、楊篤生負責，以“鼓吹、起義、暗殺”三種手段同清政府抗爭。1904年上半年，該會組成暗殺團，其中多為留日學生，他們立志從暗殺下手，推翻清朝統治。決定暗殺的第一個目標，為頑固派后臺——慈禧太后。
暗殺團作了些準備工作之后，便潛回北京。他們在慈禧太后出沒多之處監視了相當長的時間，卻始終找不到機會，只好轉到上海，再謀對策。就在此時，蔡元培經暗殺團成員何海樵介紹，加入該組織。參加暗殺團的還有他的堂弟蔡元康、鐘觀光、俞子夷、王季同、孫少候等。此外，還有一些革命新人，如章士釗、陳獨秀等。
據陳獨秀記載：“吾初次和蔡先生共事，是在清朝光緒末年，那時楊篤生、何海樵、章行嚴等，在上海發起一個學習炸藥以圖暗殺的組織，行嚴寫信招我，我由安徽到上海，便加入了這個組織，住上海月余，天天以楊篤生等試驗炸藥。這時，孑民先生也常常來實驗室練習，聚談。”
關于研制炸藥，情況大致是這樣：
蘇鳳初先給團員上炸藥理論課，然后試制。一段時間過后，炸藥研制成功，可沒有彈殼來裝。蔡元培托人制彈殼，不久，黃興等人從日本帶來彈殼，然后試放炸彈，沒有成功。之后，楊篤生來到少還，熱心研制炸彈，蔡元培同別人做改良彈殼工作。一番努力過后，研制仍未成功。楊篤生憤然北行，結識了吳樾等人，讓蔡元培介紹其參加暗殺團。一段時間過后，吳樾因事不能即來。
不久，出國考察憲政的五大臣被殺，便是吳樾等人所為。
1905年，蔡元培不再擔任女校校長職務。當時教育會骨干蔣維喬，在《中國教育會之回憶》中說：“《蘇報》案后，教育會雖不能如上半年之公開鼓吹革命，然內地之運動革命者，皆以教育會及愛國女校為秘密接洽機關。”
蔡元培也說：“余長愛校，前后數次。凡革命同志，徐伯蓀，陶煥卿、楊篤生、黃克強諸君到上海，余與從弟國親及龔薇生等，恒以本校教員資格，借本校為招待接洽之機關。”這些記述，足以表明中國教育會、愛國學社、愛國女校雖有缺陷，但無論在教育史上，還是在革命史上，其意義都非同凡響。
蔡元培為了聚集革命力量，發動武裝起義，因此在參加暗殺團的同時，還參與發起光復會。
早在1903年，黃興、陳天華就曾進行革命活動。他們在長沙組建華興會，并聯絡湖南會員，準備于長沙發動武裝起義，并告訴蔡元培此計劃的內容，讓他在長江下游活動，積蓄力量，隨時籌謀起義。
1904年，蔡元培同華興會首腦在上海會晤，商議起義大事，決定在11月16日舉行起義。
革命形勢日益發展強悍，為了配合長沙起義，蔡元培和陶成章等浙江革命黨人聯系緊密，共同商定以華興會為榜樣，成立一個新組織，即“光復會”。光復會的宗旨是：“光復漢族，還我山河，以身許國，功成身退。”由蔡元培擔任會長。
蔡元培在浙江地區聲望很高，自他任此會長后，光復會的成員大增，眾多革命志士、知識分子紛紛加入，包括：秋瑾、柳亞子、黃炎培、林少泉、趙聲、劉光漢、吳春陽、馬宗平、陳伯平等人。
為了進一步壯大聲勢，該會決定在浙江會黨中發展。蔡元培“不耐人事相擾”，將聯絡會長的任務交給陶成章、徐錫麟等人。陶成章負責聯系金華、嚴州等諸府會黨；徐錫麟負責聯系嵊縣、天臺諸會黨；敖嘉熊負責聯系溫、臺處諸府會黨。
徐錫麟與陶成章原本各自為陣，互不相謀，但在蔡元培的撮合下，也攜起手來，開創了浙江兩派革命黨人合作的新局面。
1905年夏，孫中山從歐洲回到日本，與黃興等革命黨人會合。有感于革命的發展，需要革命團體的聯合，欲將興中會、華興會、光復會等融合起來，組成新的革命團體。各方面積極響應，東京方面開始籌備。至此，革命形勢如火如荼。
7月30日，籌備會在日本召開，會議通過“驅除韃虜，恢復中華，創立民國，平均地權”綱領。8月20日，中國同盟會在日本東京正式成立，孫中山被推舉為總理，黃興出任執行部庶務。
10月27日，蔡元培經何梅樵介紹，加入該會。不久，黃興從日本帶回委任書，正式任命蔡元培為中國同盟會上海分會會長。
比起分散的各會，同盟會的建立無疑是整個革命整體的集中，在會員人數、革命力量上都大為增加，這是中國革命史上極為重要的時刻。
蔡元培任分會會長之后，積極開展工作。在此期間，發展了不少會員，包括黃炎培、周怒濤等人。
黃炎培在《吾師蔡孑民先生哀悼辭》中回憶道：
“民國成立前七年乙巳秋，吾師忽召至其寓廬，鄭重而言曰：‘我國前途至危，君知之矣。強鄰虎視于外，清廷魚爛于內，欲救亡，舍革命無他道。君謂然乎？’則敬答曰：‘然。’曰：‘欲革命，須組織，否則，力不集，事不成。今有會焉，君亦愿加盟乎？’則敬答曰：‘茍師有命，何敢不從。’期以某日深夜宣誓，出誓文，中有句：‘建立民國，平均地權，驅除韃虜，光復中華。’吾師即指‘平均地權’句說明其理由。小子卒在吾師之前，宣誓加盟焉……”
彼時，不再任光復會會長的蔡元培，將職務交到陶成章手中。陶成章出國后，又委托給徐錫麟、秋瑾負責。不過，革命活動還在繼續，他們成立光復軍，約定在皖、浙兩省同時起事。可就在此時，徐錫麟刺殺巡撫恩銘攻占軍械局，在安慶被捕；7月15日，秋瑾在紹興被捕，后二人都英勇就義。