通過考古和研究，直到晚期智人階段，現代人類出現以后，人類才慢慢地擴展到地球的更廣大地區，進入美洲，再進入大洋洲（這和北美印第安人、瑪雅人和《圣經》的預言中的學說有些相同，即人類經歷過洪水泛濫的毀滅，只剩下居住在海拔幾千米以上的人活了下來，又逐漸地使人類繁衍開來）。這樣就對印第安人的來源，進行了各種探究和推理。在各種推理學說中，可大致歸納為兩種，即土生論（尚無有力證據）和遷徙說。遷徙說中，得到最普遍公認的，是亞洲人最早遷徙到了美洲，即亞洲的華北古人類，是印第安人的祖先（如瑪雅人和蒙古人有關）。

印第安人的祖先，由亞洲的東南部和東部，沿著太平洋沿岸向北，經過冰河時代的白令海峽（最新考古在白令海峽一帶發現據今4萬年左右獵人應用的石鏃等器物）大陸橋（當時還是未沉入海底的陸地），進入了盡是原始森林的美洲。然后，他們從洛基山西側沿太平洋岸南下，并從洛基山北部進入哈得遜灣以西，及美國中部和太平洋沿岸地區，一路向南，并于1萬年前，到達了美洲的最南部阿根廷（生活于11000年前阿根廷南部人類使用的工具、食用丟棄的駱駝骨頭和一些洞穴中的文化遺物）。

執這種說法的，其主要證據是楔狀石核。在中國華北虎頭梁村遺址中，曾發掘出了200多件楔狀石核，而在北美的阿拉斯加的阿克馬克遺址也出土了石核，這兩種遺址的石核類型和加工方法，竟完全相同，而在時間上，虎頭梁遺址，顯然早于阿克馬克。這說明美洲的石核技術，源自于華北。這一推論，被俄羅斯考古學家所證實。他在臨近北美的堪察加半島楚克奇地區考察時，發掘出了大量的石器（石鏃、石刀等），證明舊石器時代前，就有狩獵者在此活動，這說明是有中國人經過堪察加半島的楚克奇地區，穿越白令海峽去美洲的。

加拿大的學者托馬斯·約翰遜教授認為，美洲印第安人的祖先，是在1.2萬年前由北京周口店逐漸遷徙過去的。他的根據是，近20多年來有海洋學家在喬治亞海峽（加拿大）的冰磧物里，找到了一些右手使用的原始工具（與舊石器時代周口店的石器相似），在加拿大沿海地區找到的一尊玄武巖小塑像（模樣極像北京周口店人）；另外還有在一個山洞（美國新墨西哥洲），和在智利南部發掘出的一座據今3萬年前的印第安人遺址中，發現的2萬年前的尖狀石器。他認為，未來的海洋學家，將會在海底深處和海洋沉積層發現更多的實物，來對此進一步地論證。

對美洲印第安人的祖先是亞洲人遷徙到美洲去的這一觀點，還有很多不同的見解：中國學者認為，是距今4萬至5萬年前，東北亞人經過白令海峽進入了北美洲美國亞利桑那州立大學教授保羅·馬丁認為，亞洲人是在末次冰河期（1.3年前），到達阿拉斯加的；秘魯學者認為，是早在7萬年前或5萬年前的冰河末期遷徙而來的，而路易斯·利基堅持時間應是在7.5萬年至1萬年間，威廉·H·諾爾特認為，應該是從14萬年前，這種遷徙就開始了。

關于如何渡過白令海峽的這一問題，根據對古地質學的研究，在第四紀（特別是在末次冰河期），氣候變冷，海平面下降130米至160米，白令海峽（水深只有幾十米）便浮出水面，成為一座聯接亞洲和美洲的大陸橋（古地理學稱“白令及亞”），這種狀態一直持續到2.5萬年至1.5萬年前。那時候，美洲阿拉斯加一帶氣候溫和，野物眾多（如猛犸、象、駝鹿、馴鹿、麝牛、綿羊等），獵人們追逐著動物，穿越過白令海峽到了美洲（1932年在美國阿拉斯加育空河一帶發現了許多猛犸象化石，表明這一帶曾經是狩獵的地方）。

其實即便是海峽，人也是可以逾越的。海峽最窄處（威爾士角）還不足35公里，中間有兩個小島（克拉特曼諾夫島和克魯遜什特恩島，相距4公里），海峽又很淺（今平均水深42米，最深處52.1米），如果海水下降40多米，便能與陸地相連，人渡過不是難事。

遷徙說還有幾種說法：

（一）來自于歐洲說。一種說法認為，歐洲人通過大不列顛島和格陵蘭島，逐漸地進入美洲；另一種說法認為，歐洲人是通過一塊傳說中已經沉入大西洋底的大陸進入歐洲；還有一種說法，認為歐洲人是穿過烏拉爾山，經過西伯利亞，再渡過白令海峽進入美洲的；也有學者提出，是從高加索遷移到遠東，再由西伯利亞或蒙古沙漠移入美洲。

（二）有學者認為，印第安人和猶太人面貌很相像，他們可能是傳說中失蹤的猶太人的后裔。

以上兩種說法，都還缺少有力的證據，況且在舊石器時代，格陵蘭島還是厚厚的冰川，后來又發生過大面積海浸，把歐亞大陸徹底分開。至于沉入大西洋的大陸，恐怕早已經是1000萬年以前的事了。有人根據在北美出土的4處具有高加索人特點的遺骨，認為印第安人的祖先是高加索人，這種說法未得到公認。有人認為這些遺骨是日本的阿努人，或者其它和高加索人有相同特征的人的遺骸。

除了遷徙說，還有一種本土論，認為印第安人是美洲大陸本土源生的人類，世界各個地方都有人類誕生。這種說法目前尚無證據，只是一種猜測和想象。