作為德國空軍最精銳的突擊力量，第11航空軍下轄第7空降師、第22機降師和滑翔突擊團，裝備有約500架Ju-52運輸機和80架滑翔機，總兵力約3萬人。由于此時第22機降師滯留在羅馬尼亞無法按時趕到集結地點，德軍最高統帥部無奈之下臨時決定將缺乏機降作戰系統訓練的第5山地步兵師劃歸給第11航空軍。德軍具體作戰部署是：島上作戰由第7空降師師長薩斯曼中將統一指揮，他將親率第7空降師傘兵第3團和第2團（欠第2營）在雷西姆農和干尼亞空降，占領當地機場、蘇達灣；第7空降師傘兵第1團和傘兵第2團2營在伊拉克利翁空降奪取機場；滑翔突擊團在馬拉馬空降奪取機場和港口；第5山地步兵師為戰役預備隊，機降或海運上島增援。

此時克里特島上約有希軍1.4萬人、英軍3萬人，在總兵力上占有一定優勢。但由于島上地形復雜，僅在北部地區建有一條公路，并不利于守島部隊的抗登陸防御作戰。雖然英國情報機關在德軍行動之前收集了大量德軍即將實施大規模空降作戰的情報，但克里特島守軍指揮官卻認為德軍主力會從海上登陸，空降部隊只不過是為了奪取機場和港口而已，因此將防御重點放在了蘇達灣和馬拉馬機場上，而沒有對各個機場的設施進行破壞。后來的事實證明，這些機場為德軍最終占領克里特島提供了非常大的便利。

出師不利

1941年5月20日凌晨4時30分，搭載德軍空降部隊的運輸機群開始起飛，“水星行動”正式拉開了序幕。但薩斯曼和師部乘坐的滑翔機從希臘基地起飛20分鐘后，就將一架戰斗機與運輸機連接在一起的拖索撞斷，滑翔機隨即失控栽向了地面，薩斯曼和師部成員全部喪生，直接導致德國空降部隊的行動陷入了巨大混亂之中。清晨5時許，德國空軍轟炸機群飛臨克里特島上空，對馬拉馬、伊拉克利翁機場和干尼亞市區實施了猛烈的空中轟炸。兩個小時后，滑翔突擊團首先飛臨馬拉馬機場，采用滑翔機和傘降的方式實施登陸。80架滑翔機中的大部分順利在塔威拉尼蒂斯河河谷著陸，之后德軍傘兵主力從西面向機場發起了攻擊，余下的傘兵則開始了奪取塔威拉尼蒂斯河大橋的戰斗。該橋是島上唯一一條公路上的唯一一座橋梁，具有十分重要的軍事價值。經過約30分鐘的激戰，德軍攻占了大橋。傘降的滑翔突擊團士兵在下降過程中就遭到了地面火力的巨大殺傷，少量成功降落的傘兵也由于被地面守軍分割包圍而處境危急。早先對馬拉馬機場實施攻擊的德軍也出師不利，在奪取機場附近制高點的戰斗中損失慘重，戰局處于僵持狀態。

與此同時，傘兵第3團到達干尼亞附近的加拉圖斯地區上空。由于地面被守軍釋放的煙幕彈和飛揚的塵土所覆蓋，加上猛烈的防空火力，使得Ju-52運輸機飛行員無法準確定位空降地點，導致傘兵著陸面積非常分散，無法在短時間內完成集結以形成戰斗力，不得不就地組織工事抵御守軍的攻擊，人員傷亡慘重。此時，德軍指揮部由于與島上作戰部隊失去了通信聯絡，并不知道第一攻擊波遭到了巨大損失，于是開始準備第二攻擊波，向雷西姆農和伊拉克利翁實施空降攻擊。

下午16時，傘兵第2團第1、第3營在雷西姆農實施空降。由于空降區域聚集了160多架運輸機，現場異常混亂，傘兵多在倉促情況下跳出機艙，因而很難在預定地面集結。到了黃昏時分，第2團已傷亡400多人，但仍沒能奪取雷西姆農機場。傘兵第2團由于運輸飛機延誤，遲至17時才趕到伊拉克利翁實施機降，同樣在付出了重大傷亡之后還是無法順利奪取機場。

扭轉戰局

1941年5月21日凌晨，滑翔突擊團經過一晝夜的激戰，終于奪取了馬拉馬機場，這成為克里特島戰役的轉折點，德軍利用該機場持續向島上運送增援部隊，第5山地步兵師的到來徹底扭轉了德軍在戰役初期非常不利的戰局。5月22日夜間，德軍還試圖使用摩托艇載運登陸步兵從海上實施增援，但在途中遭到英國軍艦的攔截，絕大部分被擊沉。5月23日白天，德國空軍對克里特島附近海域的英國艦隊實施了重點打擊，擊沉2艘巡洋艦和1艘驅逐艦、擊傷2艘巡洋艦和2艘戰列艦。面對如此重大的損失，英國海軍地中海艦隊司令不得不下令艦隊撤到埃及的亞歷山大港，克里特島上的英國軍隊失去了海上支援，處境更加艱難。

獲得克里特島制空權和制海權之后，德軍開始向島上大規模輸送人員裝備和補給物資，地面攻擊力度也開始加大。至5月24日傍晚時分，德軍已經完全占領克里特島西部地區，并向東快速推進。5月25日德軍再次在克里特島東部空投傘兵增援部隊，4天之內就先后攻下了干尼亞、蘇達灣、雷西姆農機場和伊拉克利翁機場。面對克里特島守軍即將全線崩潰的現實，英國從亞歷山大港派出了以“無畏”號航空母艦為首的艦隊前往克里特島進行支援。掌握了制空權的德軍并沒有給這支艦隊任何機會，“無畏”號航空母艦和1艘戰列艦、1艘驅逐艦被炸成了重傷，不得不中途撤回。眼見無力回天，英軍從5月28日晚開始乘船撤向埃及，至5月31日共撤出1.7萬人，再次上演“敦刻爾克式的奇跡”。在此期間，為了掩護守軍撤退，英國海軍付出了巨大代價，1艘巡洋艦和3艘驅逐艦被擊沉、5艘巡洋艦和3艘驅逐艦被擊傷。6月1日，希臘軍隊殘部約6000人來不及撤走，全部被德軍俘虜。6月2日，德軍占領了整個克里特島。

在克里特島登陸戰役中，德軍共陣亡約4000人，傷1萬人，損失飛機220架。第7空降師的傷亡人數超過了全師總人數的3/4，在很長一段時間內不能再進行大規模的空降作戰。由于德國空降部隊在這一場戰斗中傷亡慘重，克里特島因此被稱作是“德國傘兵的墳墓”。從那之后，希特勒禁止再次進行大規模的空降作戰。

大西洋潛艇戰

戰爭爆發前，德國海軍擁有56艘作戰潛艇，但其中有10艘還未完成最后的戰備檢驗，24艘為250噸級的小型潛艇，剩下來僅有22艘適合在大西洋海域作戰。當時德國的造船廠都在開足馬力建造大型水面艦艇，建造潛艇對他們來說只是個“副業”而已。

初戰告捷

德國入侵波蘭后的第三天晚上，德國海軍U-30號潛艇在赫布里底群島以西約200海里的海域使用魚雷將英國“雅典娜”號客輪擊沉。此時英國雖然已經向德國宣戰，但依然幻想德國能夠立即停止在波蘭的軍事行動，所以并沒有對德國采取任何形式的進攻。面對德國潛艇在大西洋上的突然襲擊，英國可以說是既沒有預想到，也沒有準備好。“雅典娜”號被擊沉之后，在希特勒的親自授意下德國矢口否認與此事有關，并刪除了U-30號潛艇航海日志上與“雅典娜”號客輪有關的所有信息，甚至還反咬一口宣稱該事件是由丘吉爾精心策劃的“苦肉計”。一貫強硬的希特勒為什么在這件事情上會遮遮掩掩呢？主要是因為與強大的英國皇家海軍比起來，此時德國海軍的實力還是太弱，希特勒說起話來自然底氣不足。

此時擔任德國潛艇部隊司令的是卡爾·鄧尼茨少將，他認為“第一次世界大戰肯定了潛艇在反海上貿易戰中的作用。潛艇很適合執行這種任務，它能闖入敵人的海上交通海區，而無須事先取得這個海區的制海權。二等海軍中，由于海軍兵力有限，沒有別的手段去突擊更強大的海軍國的交通線，所以應當使用潛艇”。鄧尼茨生于1891年，19歲那年加入德國海軍，隨后在巡洋艦上服役。第一次世界大戰中，鄧尼茨被調至德軍潛艇部隊，曾經在地中海和大西洋海域作戰。戰后鄧尼茨繼續在海軍服役。希特勒掌權之后，鄧尼茨被委派重建德國潛艇部隊，隨后擔任德國潛艇部隊司令，獲海軍準將銜。鄧尼茨是“無限制潛艇戰”的積極鼓吹者，主張德國海軍應重點發展潛艇部隊，以抗衡英國海軍龐大的水面艦隊。在德軍潛艇的戰前演練中，鄧尼茨一改潛艇自第一次世界大戰以來單獨作戰的傳統，倡導多艇結群合同作戰的戰術，這就是日后給盟軍海上交通線帶來巨大麻煩的“狼群戰術”的雛形。

大西洋海戰爆發之后，雖然手頭上的兵力有限，但鄧尼茨還是為希特勒帶來了不少驚喜。1939年9月14日，德軍U-39號潛艇在赫布里底群島以西150海里處成功逼近英國“皇家方舟”號航空母艦，德軍發射的魚雷在英軍船舷旁爆炸，后者幸運地躲過了一劫。3天后，U-29號潛艇在愛爾蘭附近海域將缺乏保護的英國“勇敢”號航空母艦擊沉。10月14日，U-47號潛艇潛入蘇格蘭北部奧克尼群島的英國海軍基地斯卡帕灣，將“皇家橡樹”號戰列艦擊沉。至1939年年底，英國共損失船只221艘，其中被德國潛艇擊沉114艘（約42萬噸位），占到了總損失數量的一半以上。鄧尼茨的“無限制潛艇戰”在讓英國感到前所未有恐慌的同時，也讓希特勒看到了潛艇作戰的巨大潛力，于是采納了鄧尼茨大力發展潛艇部隊的建議，開始全面實施大批量建造作戰潛艇的計劃。這時候，鄧尼茨開始考慮全面實施戰前就已制訂的“狼群戰術”。德國機械化部隊橫掃歐洲大陸之后，鄧尼茨先后在挪威和法國沿海地區建立了潛艇基地，這比從本國基地繞道英國北部進入大西洋的航程縮短了約450海里，極大提高了德國潛艇部隊的作戰能力。

可怕的狼群

1940年7月，德國開始在北海和大西洋中部海域實施“狼群戰術”，保持每天平均有10～15艘潛艇在這些海域活動。這些潛艇平時在英國運輸船隊可能往來的海上交通線上待命，一旦發現單獨航行的運輸船，只要有可能就立即進行攻擊。如果發現運輸船隊有武裝護航艦船進行掩護，則馬上通過無線電直接向在洛里昂的德軍潛艇司令部報告護航運輸船隊的位置、規模、航向和航速等重要信息，并與之保持接觸。德軍潛艇司令部接到情報之后，立即調集附近海域的其他作戰潛艇駛往該海域增援。當在護航運輸船隊的周圍聚集到足夠數量的潛艇之后，德國人就會馬上開始攻擊。這些潛艇集中發射魚雷之后，就迅速下潛以躲避護航艦船深水炸彈的攻擊。當護航艦船的攻擊結束之后，德國潛艇群還會繼續跟蹤運輸船隊并伺機進行再次攻擊，直至該船隊到達港口為止。

10月17日，一艘德國潛艇在羅卡爾以北海域發現了由錫德尼駛向北海的編號為SC-7的英國慢速護航運輸船隊，隨即召喚了另外5艘潛艇前來。恰好此時編號為HX-79的英國快速護航運輸船隊也駛入了該海域，德國潛艇群立即對這兩個船隊進行了攻擊。戰斗結束之后，英國運輸船隊被擊沉30余艘，德國潛艇則全身而退。這場海戰是德國潛艇部隊在大西洋海戰期間所取得的最大一次勝利。1941年2月，鄧尼茨對原有的潛艇群攻擊戰術進行了改進，改由6～8艘潛艇事先埋伏在英國護航運輸船隊可能通過的航線上，各艇之間相隔30海里實施戰斗巡邏。從1940年7月至1941年3月間，德國潛艇擊沉盟軍運輸船380余艘，“狼群戰術”獲得了空前的成功。

面對日益嚴重的德軍潛艇威脅，英國自1941年4月開始在冰島建立護航艦艇基地，以便能充分獲得駐冰島的英國海岸空軍的保護。同時還在英國海軍艦艇上裝備無線電側向儀和雷達，以測定德國潛艇的方位，從而及時發現和規避潛艇的攻擊。針對英國人的應對措施，鄧尼茨決定從5月8日開始放棄之前制訂的事先集結的作戰方式，轉而將潛艇部隊“化整為零”，將其分布到更大范圍的海域內，這樣既利于自我保護，也有利于潛艇的作戰機動性。5月份是德國潛艇“狼群戰術”實施的頂峰時期，這個月英國總計被擊沉了32萬噸位的運輸船，因而被英國官方稱作是第二次世界大戰中最困難的一段時期。

1941年6月，為了配合德國在蘇聯戰場的地面行動，德國海軍開始抽調部分潛艇前往波羅的海攔截駛往蘇聯北方的運輸船隊。盡管此時在大西洋海域的德國潛艇數量有所減少，但其所獲得的戰績依然令人吃驚。U-107號潛艇在當年4月到6月間共擊沉14艘運輸船，創造了整個戰爭期間潛艇作戰的最高紀錄。1942年4月，德國海軍擁有288艘潛艇，其中在大西洋戰場就集中了81艘，此時對于鄧尼茨來說可謂兵強馬壯。