《語類》：“問天地之氣，當其昏明駁雜時，理亦隨而昏明駁雜否？曰：理卻只恁地，只是氣如此。又問：若氣如此，理不如此，則是理與氣相離矣。曰：氣雖是理之所生，然既生出，則理管他不得。如這理寓于氣了，日用運用間，都由這個氣。只是氣強理弱。”朱子之意，蓋亦如橫渠，謂氣之清虛者無礙，無礙則神；重濁者有形，有形則不免有礙也。如人，稟天地之氣以生，元依據這個理。然形質既成，則其所受之理，即不免隨其形質之偏，而有昏明之異。至此，則理亦不能超乎形氣，而自全其善矣。所謂“管他不得”也。然此固非理之罪，所謂“理卻只恁地”也。
又：“可機問：大鈞播物，還是一去便休？還有去而復來之理？曰：一去便休耳，豈有散而復聚之氣。”此說與伊川“天地之化，自然生生不窮，更何資于既斃之形，已反之氣”同。殊與質力不滅之理相背，不免陷于斷絕之譏。
朱子之論陰陽，亦以為同體而異用，與橫渠同。語錄曰：“陰陽只是一氣。陽之退，便是陰之生。不是陽退了，又別有個陰生。”答楊元范曰：“陰陽只是一氣。陰氣流行即為陽，陽氣凝聚即為陰。非直有二物相對”是也。
陰陽亦人之觀念，而非實有其物，故逐細分析，可以至于無窮。（人非分別不能認識。凡人所認識，皆有彼此之分，即可以陰陽名之）此理朱子亦見及。《語類》：“統言陰陽只是兩端，而陰中自分陰陽，陽中亦有陰陽。乾道成男，坤道成女。男雖屬陽，而不可謂其無陰；女雖屬陰，而不可謂其無陽。人身氣屬陽，而氣有陰陽；血屬陰，而血有陰陽”云云。此說殊有裨于實用。知此，則知大小善惡等，一切皆比較之詞，而非有一定之性質。以臨事，不滯固矣（如人之相處，凌人為惡，見凌于人為善，此通常之論也。然世實無凌人之人，亦無見凌于人之人，視所值而異耳。甲強于乙，則凌乙，而乙不敢凌甲。則甲為凌人之人，而乙為見凌于人之人。然丙弱于乙，乙又將凌之；丁更強于甲，亦不免凌甲；則甲又為見凌于人之人，乙又為凌人之人矣。知此，則知世無真可信之人，亦無真可托之國。同理，亦無真不可信之人，真不可托之國。吾國當日俄戰前，群思倚日以排俄；德日戰后，又欲結美以攘日；近日高唱打倒帝國主義，則又不分先后緩急，欲舉外人一切排之；皆不知此等理誤之也。故哲學思想真普及，則群眾程度必增高）。
凡言學問，必承認因果。因果者，現象界中，自然且必然之規律也。此規律，以時間言，則不差秒忽；以空間言，則不爽毫厘；此為舊哲家所謂數。朱子之思想亦如此。《語類》云：“有是理，便有是氣；有是氣，便有是數。”又云：“數者，氣之節候”是也。
理學家之所謂理，非普通人之所謂理也。普通人之所謂理，乃就彼所知之事，籀繹得之，約略言之而已。至理學家之所謂理，則必貫通萬事而無礙，乃足以當之。蓋就知識言，必于萬事萬物，無所不曉，而其所知乃真；以行為言，必其所知既真，而所行始可蘄其不繆也。此等思想，在今日科學既明，固已知其徒存虛愿。然在昔日，哲學家之愿望，固多如是。職是故，理學家之于物理，亦多有格致之功。以此雖非急務，固亦在其學問之范圍內也。朱子之好學深思，實非尋常理學家所及。故于物理，探索尤勤，發明亦多。衡以科學，固多不足信。然自是當時哲學家一種見解，而于其學問宗旨，亦多有關系，固不可以不知也。今試略述其說如下：
朱子推想宇宙之生成，亦以陰陽五行之說為本。其言曰：“天地始初混沌未分時，想只有水火二者。水之滓腳便成地。今登高而望，群山皆為波浪之狀，便是水泛如此。只不知因什么事凝了。初間極軟，后方凝得硬。問：想得如潮水涌起沙相似。曰：然。水之極濁便成地。火之極清，便成風云雷電日星之屬。”又曰：“大抵天地生物，先其輕清，以及重濁。天一生水，地二生火，二物在五行中最輕清。金木重于水火，土又重于金木。”又論水火木金土之次曰：“竊謂氣之初，溫而已。溫則蒸溽，蒸溽則條達，條達則堅凝，堅凝則有形質。五者雖一有俱有，然推其先后之序，理或如此。”又曰：“天地初開，只是陰陽之氣。這一個氣運行，磨來磨去。磨得急了，便拶許多渣滓。里面無處出，便結成個地在中央。氣之清者，便為天，為日月，為星辰，只在外常周環運轉。地便在中央不動，不是在下。”又曰：“造化之運如磨。上面常轉而不止。萬物之生，似磨中撒出。有粗有細，自是不齊。”又曰：“晝夜運而無息，便是陰陽之兩端。其四邊散出紛擾者，便是游氣，生人物之萬殊。如磨面相似。其四邊只管層層散出。天地之氣，運轉無已，只管層層生出人物。其中有粗有細，如人物有偏有正。”朱子設想宇宙之生成如此。
又推想宇宙之毀壞。其見地，亦與舊說所謂渾沌者同。《語類》：“問天地會壞否？曰：不會壞。只是相將人無道極了，便一齊打合，混沌一番，人物都盡。此所謂不壞者，即是壞。但不斷絕了。”“或問：天地壞也不壞？曰：既有形氣，如何不壞？但一個壞了，便有一個生得來。凡有形有氣，無不壞者。壞已復生，不知其極。天地亦不能不壞，壞已不能不生。氣之作用如此。”又曰：“萬物渾淪未判，陰陽之氣，混合幽暗。及其既分，中間放得開闊光朗，而兩儀始立。邵康節以十二萬九千六百年為一元，則是十二萬九千六百年之前，又是一個大開辟，更以上亦復如此。真是動靜無端，陰陽無始。小者大之影，只晝夜便可見。五峰所謂一氣大息，震蕩無垠。海宇變動，山川勃湮。人物消盡，舊跡大滅。是謂洪荒之世。嘗見高山有螺蚌殼，或生石中。此石即舊日之土，螺蚌即水中之物。下者卻變而為高，柔者卻變而為剛。”云“有形有氣，無不壞者。天地亦不能不壞，壞已不能不生。”可見其深信物理規則。又謂“雖壞而不斷絕”，“動靜無端，陰陽無始”；則其說，雖置之認識論中，亦無病矣。
生物之始，朱子亦以意言之。《語類》：“問初生第一個人時如何？曰：以氣化。二五之精，合而成形，釋家謂之化生。如今物之化生者甚多，如虱然。”又曰：“生物之初，陰陽之精，自凝結成兩個，一牝一牡。后來卻從種子漸漸生去，便是以形化。”
張子以鬼神為二氣之良能，程子以鬼神為造化之跡，朱子則兼取其說。《語類》：“問：《近思錄》既載鬼神者造化之跡，又載鬼神者二氣之良能，似乎重了？曰：造化之跡，是日月星辰風雨之屬。二氣良能，是屈伸往來之理。”又曰：“且就這一身看，自會笑語，有許多聰明知識，這是如何得恁地？虛空之中，忽然有風有雨，忽然有雷有電，這是如何得恁地？這都是陰陽相感，都是鬼神。看得到這里，見得到一身只是個軀殼在這里，內外無非天地陰陽之氣。如魚之在水，外面水，便是肚里面水；鱖魚肚里水，與鯉魚肚里水一般。”又曰：“以二氣言，則鬼者，陰之靈也；神者，陽之靈也。以一氣言，則至而伸者為神，反而歸者為鬼。日自午以前是神，午以后是鬼。月自初三以后是神，十六以后是鬼。草木方發生來是神，凋殘衰落是鬼。人自少至壯是神，衰老是鬼。鼻息呼是神，吸是鬼。”如此，則宇宙之間，一切現象，無非鬼神矣。故曰：“以功用謂之鬼神，以妙用謂之神。”
如此，則所謂鬼神，初不足怪，亦不必以為無何則？不足怪，自不待以為無也。朱子論世俗所謂鬼神怪異者曰：“雨露風雷，日月晝夜，此鬼神之跡也。此是白日公平正直之鬼神。若所謂有嘯于梁、觸于胸，此則所謂不正邪暗，或有或無，或去或來，或聚或散者。又有所謂禱之而應、祈之而獲，此亦所謂鬼神。同一理也。問：伊川言鬼神造化之跡，此豈亦造化之跡乎？曰：皆是也。若論正理：則似樹上忽生出花葉，此便是造化之跡；又如空中忽然有雷霆風雨，皆是也。但人所常見，故不之怪。忽聞鬼嘯鬼火之屬，則便以為怪。不知此亦造化之跡，但不是正理，亦非理之所無也。”又曰：“如起風、做雨，打雷、閃電，花生、花結，非有神而何？自不察耳。才說見鬼神事，便以為怪。世間自有個道理如此，不可謂無，特非造化之正耳。此為得陰陽不正之氣，不須驚惑。所以夫子不語怪，以其明有此事，特不語耳。南軒說無便不是。”此等說，今日觀之，未為得當。然在當日，無實驗科學可據；而自古相傳之說，其勢方盛，勢難遽斷為無。故雖有哲學思想者，于神怪之說，亦多認其有，而以物理釋之（如王仲任即其人也）。其說雖未得當。然其務以平易可據之理，解釋奇怪不可思議之事，則固學者所有事，而與恒人不同者也。