朱子于四書皆有注，乃一生精力所萃。其于義理，誠有勝過漢儒處，不可不細讀也。欲窺宋學之藩者，讀此四書之注亦甚好。朱子注四書，《大學》分經傳，顛倒原次；《中庸》雖無顛倒，分章亦不從鄭氏，故皆謂之“章句”。《論》《孟》則聚眾說，為之注解，故稱“集注”。朱子注此四書之意，別著《或問》以發明之；然其后于《集注》又有改定，而《或問》于《大學》外未及重編。故《或問》與《四書注》，頗多抵牾；《文集》《語類》中，有言及注四書之意者，亦不能盡合，不得據《或問》以疑四書之注也。
《論語》有《魯論》《齊論》及《古論》之別。《魯論》篇次與今本同。《齊論》別有《問王》《知道》二篇。二十篇中，章句亦頗多于《魯論》。《古論》云出孔壁，分《堯曰》后半“子張問”以下，別為一篇，故有兩《子張》；篇次亦不與《齊論》《魯論》同。張禹受《魯論》于夏侯建，又從庸生王吉受《齊論》；擇善而從，號曰《張侯論》，已亂《齊》《魯》之別；鄭玄就《魯論》篇章，考之《齊》《古》為之注，則并《齊》《魯》《古》三者之別而泯之矣。魏何晏集諸家之說，并下己意為《集解》，盛行于世；即今《十三經注疏》所采之本也。梁時，皇侃為之作疏。宋邢昺疏，即系據《皇疏》刪其支蔓，附以義理者。《梁疏》后亡佚，迄清代乃得之日本焉。《古論》云有孔安國注，今見《集解》所引，蓋亦王肅所偽，其后此注亦亡；清時，歙縣鮑氏，云得其書于日本，重刻之，則又六朝以來偽物也。《論語》一書，皆記孔子及孔門弟子言行，說頗平易可信。書系雜記，無條理。《正義》篇篇皆言其總旨及章次，殊屬不必也。清儒作新疏者，有劉寶楠《論語正義》。
《孟子》一書，存儒家大義實多。他姑勿論，民貴君輕之義，非《孟子》即幾于泯歿不傳。此外道性善、明仁義，亦皆孔門大義，至可寶貴。康有為謂《孟子》傳孔門大同之義，荀卿只傳小康；合否今姑勿論，要其為書，則遠出荀卿之上，非他儒書所得比并，真孔門之馬鳴龍樹矣。又《孟子》書中，存古經說甚多。其言《春秋》處，今人已多知之；言《尚書》處，則知者較鮮。予按《萬章上》篇，言堯舜禪讓事，無一不與《書大傳》合者；蓋今文書說，亦民貴君輕之大義也。若無此義，則《堯典》一篇，誠乃極無謂之物矣。古有趙岐注，頗無味。阮氏《校勘記》指其注“摩頂放踵”處，與《文選注》所引不合，疑亦有竄亂也。疏題宋孫奭，實邵武士人所偽，已見前。清儒作新疏者，有焦循《正義》，博而精。
《孝經》一書，無甚精義。姚際恒《古今偽書考》以為偽書。然其書在漢時，實有傳授，且《呂覽》即已引之，則姚說未當。此書于甚精義，而漢儒顧頗重之者，漢時社會宗法尚嚴，視孝甚重。此書文簡義淺，人人可通，故用以教不能深造之人。如后漢令期門、羽林之士通《孝經》章句是也。（緯書云：“志在《春秋》，行在《孝經》。”《六藝論》云：“孔子以六藝題目不同，指意殊別，恐道離散，后世莫知根原，故作《孝經》以總會之。”可見漢人重此之心理）此書亦有今、古兩本。今文注出鄭玄，傳自晉荀昶；古文出于劉炫，多《閨門章》四百余字。唐《開元御注》用今文，元行沖為之作疏。宋邢昺《疏》，即以《元疏》為藍本。清儒治此者，有皮錫瑞《孝經鄭注疏》。此書無甚深義，一覽可也（孔門言孝之義，長于《孝經》者甚多）。
《爾雅》乃訓詁書，后人亦附之于經。其實非也。張楫《上廣雅表》謂“周公著《爾雅》一篇。釋文以為釋詁。今俗所傳二篇，或言仲尼所增，或言子夏所益，或云叔孫通所補，或云沛郡梁文所考”，要之皆無確據。予按古人字書，共有三種：（一）四言或三七言韻語，自《史籀篇》以下皆然。王國維說。乃古人識字之書，與今私塾教學童讀《三字經》《千字文》同法。（此事蓋沿之自古，予別有論）（二）以字形分部，如今之字典，始于許慎之《說文解字》。（三）《爾雅》，今之詞典也。此本抄撮以備查檢，后人相傳，亦必有增改，無所謂誰作。今此書訓詁，幾全同《毛傳》，《釋樂》同《周官·大司樂》，九州異《禹貢》而同《周官》，則古學既出后之物。《釋獸》中狻麂即獅子，出西域；囗鳩出北方沙漠，翠生郁林；囗囗出樂浪、潘國；囗囗蝦出穢邪頭國；皆非戰國前所有，明為后人增益。正如《神農本草經》有漢郡縣名耳。此書專治小學者，宜熟讀之；否但粗加涉獵，隨時查檢即可。清儒新疏，有郝懿行《義疏》、邵晉涵《正義》兩種。
論讀子之法
“吾國書籍，分為經、史、子、集四部；而集為后起之物，古代只有經、史、子三者。經、子為發表見解之書，史為記載事物之書。”已見前。逮于后世，則子亡而集代興。集與子之區別，集為一人之著述，其學術初不專于一家；子為一家之學術，其著述亦不由于一人。勉強設譬，則子如今之科學書，一書專講一種學問；集如今之雜志，一書之中，講各種學問之作皆有也。
子書之精者，訖于西漢。東漢后人作者，即覺淺薄。然西漢子書之精者，仍多祖述先秦之說；則雖謂子書之作，訖于先秦，可也。然遠求諸西周以前，則又無所謂子。然則子者，春秋、戰國一時代之物也。其故何邪？予謂專家之學興而子書起，專家之學亡而子書訖。春秋戰國，專家之學興起之時也。前乎此，則渾而未分；后乎此，則又裂而將合。故前此無專家之學，后此亦無專家之學也。請略言之。
諸子之學之起源，舊說有二：（一）出《漢志》，謂其源皆出于王官。（二）出《淮南·要略》，謂皆以救時之弊。予謂二說皆是也。何則？天下無無根之物；使諸子之學，前無所承，周秦之際，時勢雖亟，何能發生如此高深之學術？且何解于諸子之學，各明一義，而其根本仍復相同邪？見下。天下亦無無緣之事，使非周秦間之時勢有以促成之，則古代渾而未分之哲學，何由推衍之于各方面，而成今諸子之學乎？此猶今人好言社會主義，謂其原出于歐洲之馬克思等可；謂由機械發明生財之法大變，國民生計受外國之侵削，而國內勞動資本階級亦有劃分之勢，因而奮起研究者多，亦無不可也。由前則《漢志》之說，由后則《淮南》之說也。各舉一端，本不相背。胡適之撰《諸子不出于王官論》，極詆《漢志》之誣，未免一偏矣。
人群淺演之時，宗教哲學，必渾而不分；其后智識日進，哲學乃自宗教中蛻化而來。吾國古代，亦由是也。故古代未分家之哲學，則諸子之學所同本；而未成哲學前之宗教，則又古代不分家之哲學之根源也。必明乎此，然后于諸子之學，能知其源；而后讀諸子書，乃有入處。
宇果有際乎？宙果有初乎？此在今日，人人知非人智所逮，哲學家已置諸不論不議之列。然此非古人所知也。今人競言“宇宙觀”“人生觀”，其實二者本是一事。何則？我者，宇宙間之一物；以明乎宇宙之真理，然后我之所以自處者，乃皆得其道矣。故古人之所研究，全在哲學家所謂宇宙論上也。
吾國古代之宇宙論，果如何乎？曰：古之人本諸身以為推。見夫人之生，必由男女之合也，則以為物亦如此；而仰觀、俯察，適又有蒼蒼者天，與摶摶者地相對；有日月之代明，有寒暑之迭更——在在足以堅其陰陽二元之思想。于是以為天地之生物，亦如是而已矣。故曰：“物本乎天，人本乎祖。”（《禮記·郊特牲》）
然哲學所求之原因，必為“最后”，為“唯一”。求萬物之原因，而得陰陽二元，固猶非“一”；非“一”，則非其“最后”者也。然則陰陽之源，又何物耶？夫謂萬物厘然各別，彼此不能相通者，乃至淺之見；不必證以科學，而亦能知其非是者也。人日食菽飲水而后生，又或豕承為酒以為食。方其未飲食時，菽自菽，水自水，豕自豕，酒自酒，人自人也；及其既飲食之后，則泯然不復見其跡焉。人三日不食則憊，七日不食則死。然則人與動植礦物，異乎？不異乎？且也，“眾生必死，死必歸土。骨肉斃于下，蔭為野土；其氣發揚于上為昭明，焄蒿凄愴。”（《禮記·祭義》）然則人與天地，是一乎？是二乎？（古以天為積氣所成）故謂萬物厘然各別，彼此不能相假者，至淺之見；稍深思之，而即知其非是者也。此固不待證之以科學也；古之人亦知此也，乃推求萬物之本原，乃以為天地萬物皆同一原質所成，乃名此原質曰“氣”。
《易大傳》曰：“精氣為物，游魂為變。”“精”者，凝集緊密之謂。《公羊》莊十年：“確者曰侵，精者曰伐”，注“粗囗囗，粗也。精，猶密也”是也。魂者，人氣。蓋同一氣也，古人又以為有陰陽之分。陽者性動，輕清而上升；陰者性靜，重濁而下降。（《左》昭七年疏引《孝經說》曰：“魂，蕓也。”“蕓”蕓動也。《廣雅·釋天》：“三氣相接，剖判分離；輕清者上為天，重濁者下為地。”）其在于人，則陽氣成神，是曰魂；陰氣成形，是曰魄。故魂亦氣也。上言氣，下言魂，變詞耳。“游”者，游散。《韓注》。構成萬有之原質，循一定之律，而凝集緊密焉，則成人所知覺之物，是曰“精氣為物”；循一定之律而分離游散焉，則更變化而成他物，是曰“游魂為變”而已矣。此其在人，則為生死。然非獨人也，一切物之成毀莫不如是，即天地亦然。故古人論天地開辟，亦以氣之聚散言之。《易正義八論》引《乾鑿度》：有太易，有太初，有太始，有太素。太易者，未見氣；太初者，氣之始；太始者，形之始；太素者，質之始”是也。職是故，古人乃以萬物之原質即氣。凝集之疏密，分物質為五類，是為“五行”。五行之序，以微著為漸。《尚書·洪范》疏所謂“水最微為一，火漸著為二，木形實為三，金體固為四，土質大為五”也。（益以（一）有形無形；（二）有質無質；（三）同是有質也，而剛柔大小不同，為分類之準。猶今物理學分物為氣體、液體、固體也）然則宇宙間一切現象，無所謂有無，亦無所謂生死，只是一氣之變化而已。氣之變化，無從知其所以然，只可歸之于一種動力。然則此種動力，乃宇宙之根源也。故曰“易不可見，乾坤或幾乎息”也（《易·系辭》）。
故此種動力，古人視為偉大無倫。《易》曰：“大哉乾元，萬物資始，乃統天。”《公羊》何注曰：“春秋以元之氣，正天之端。天不深正其元，則不能成其化。”《老子》曰：“有物混成，先天地生；寂兮寥兮，獨立而不改，周行而不殆；可以為天下母。吾不知其名，字之曰道。”皆指此種動力言之。夫如是，則天地亦遵循自然之律而動作而已；非能貴于我也，更非能宰制我也。大而至于天地，小而至于蚊虻，其為一種自然之質，循自然之律而變化，皆與我同也。故曰：“天地與我并生，萬物與我為一。”（《莊子》）然則中國古代之哲學，殆近于機械論者也。
此等動力，固無乎不在，是之謂“神”。《易·系辭》曰：“神無方而易無體。”（盈天地之間皆是，則不能偏指一物為神，故無體）又曰：“陰陽不測之謂神。”（盈天地之間皆是，自然無論男女、雌雄、牝牡皆具之；男女、雄雌、牝牡皆具之，則無復陰陽之可言矣）又曰：“唯神也，故不疾而速，不行而至。”又曰：“無思也，無為也，寂然不動，感而遂通天下之故；非天下之至神，其孰能與于此？”（言其充塞乎宇宙之間，故無從更識其動相）亦指此等動力言之也。此等動力，既無乎不在，則雖謂萬物皆有神可也，雖謂物即神可也。故曰：“鬼神之為德，其盛矣乎。體物而不可遺。”（《禮記·中庸》）神即物，物即神，則孰能相為役使？故曰“吹萬不同，使其自己；咸其自取，怒者其誰”也。（《莊子·齊物論》）然則中國古代之哲學，又可謂之無神論，謂之泛神論也。
此等哲學思想，為百家所同具。至東周以后，乃推衍之于各方面，而成諸子之學焉。蓋其時世變日亟，一切現象，皆有留心研究之人。而前此一種哲學，入于人人之心者既深，自不免本之以為推。其源既同，則其流雖異，而仍必有不離其宗者在。此周秦諸子之學，所以相反而相成也。今試略舉數端以明之。