被載入正史的是最先傳出來的“闔宮自焚說”。

《太宗實錄》記載說，朱棣攻破南京城，率領(lǐng)眾人抵達(dá)金川門。“諸王文武群臣父老人等皆欲出迎，左右悉散，惟內(nèi)侍數(shù)人而已”。看著身邊幾個內(nèi)侍，建文帝不禁嘆息說：“我還有什么臉面見他？”遂“闔宮自焚”。朱棣進(jìn)宮后，到處尋找建文帝，最后在一片灰燼中找到一具面目全非的尸體，有人說這就是建文帝。于是朱棣令人以皇帝的禮儀將其埋葬。奪取皇位這一年，朱棣在給朝鮮國王的詔書中說：“高皇帝棄群臣，建文嗣位，權(quán)歸奸慝，變亂憲章，戕害骨肉，禍幾及朕。于是欽承祖訓(xùn)，不得已而起兵，以清敦惡。不期建文為漢奸逼脅，闔宮自焚。”假惺惺地表明，自己不過是想要“清君側(cè)”而已，根本沒有想到會導(dǎo)致建文帝的自焚。

首位創(chuàng)“焚死”說的是清代的王鴻緒，他在其所著的《明史稿·史例議》中花了大量篇幅專門論述建文帝必定是焚死之說。此外，清代的學(xué)者錢大昕在作《萬斯同傳》的時候，也采用了這個說法。至于永樂年間的《實錄》和清代修編的《明史》，也都是重復(fù)這個說法。建文帝自焚而死一說大有蓋棺定論之意。

但是，大多數(shù)人認(rèn)為焚死說不可信，他們認(rèn)為建文帝并沒有喪生火海中。這些人從“正史”的字里行間，找到了另外一些蛛絲馬跡。其中最能引起人們懷疑的即是《明史》。

《明史·恭閔帝本紀(jì)》中關(guān)于建文帝死亡的記載如下：“都城陷，宮中起火，帝不知所終，燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”人們以此為發(fā)端，提出疑問：既然是“不知所終”，怎么能辨認(rèn)出那個被燒得面目全非的尸體就是建文帝？而既已發(fā)現(xiàn)了帝尸，為何又說是“不知所終”？這種自相矛盾的記載難道不值得人懷疑嗎？更有人認(rèn)為這段話根本就是含混的話語，因為“帝后尸于火中”似乎可以理解成僅僅得到了皇后的尸體。而康熙帝年間補纂《明史本紀(jì)》稱：“棣遣中使出后尸于火，詭言帝尸。”則更為明確地道出當(dāng)時根本就沒有找到建文帝的尸體，不過是“詭言”而已。

于是，另外一種說法就出現(xiàn)了，說在朱棣攻破南京那天，建文帝正欲拔刀自刎，被身邊人救下，然后由程濟(jì)等貼身親信22人帶領(lǐng)，從地道或御溝中逃跑了。那么，逃走后的建文帝又匿向何方？有人說他由宮中的主錄僧溥洽為他削發(fā)，假扮成和尚，藏匿于某處寺院了。當(dāng)然，也有南逃至海外的種種傳聞。

眾多說法中流傳較為廣泛的是出家為僧說。有記載說，建文帝在南京城被攻破后出亡為和尚，晚年還曾經(jīng)返回京師，去世后埋葬于北京西山。在《明史·程濟(jì)傳》中寫道：“金川門啟，濟(jì)亡去。或曰帝亦為僧出亡，濟(jì)從之，莫知所終。”在《明朝小史》中的記述則更為生動：“高皇大漸時，封鑰一小匣，甚固，密授帝，戒以遇危難始啟。及靖難兵入城，啟之，乃楊應(yīng)能度牒也。遂削發(fā)披緇，自御溝中逃出。”從此，建文帝以僧人身份四處流浪，直到朱棣死后才回歸。建文帝在朱棣死后回歸的故事在明代王鏊《震澤紀(jì)聞》及其他明代四家記述中有傳奇般的記載。據(jù)說，這個流浪四方多年的老僧在宮內(nèi)安然地度過了最后的日月，死后葬在北京西山，未加封號，號稱“天下大師”。

記載這段故事的王鏊生于1450年，同“老僧”出現(xiàn)的時間相近，后來又做了戶部尚書、文淵閣大學(xué)士的高官，其說基本可信。

關(guān)于建文帝并沒有死的消息在社會上的廣泛流傳，對朱棣來說震動自然很大。他當(dāng)然知道，自己是冒著“奪嫡”和“篡位”的罪名登上皇位的，正式的皇帝在世或者出逃，對他的帝位是一個極大的威脅。為了安定人心，他一方面不得不煞有其事地發(fā)布建文帝已死的詔書，另一方面又不得不根據(jù)傳聞中的蛛絲馬跡苦苦尋覓。關(guān)于朱棣尋找建文帝的故事自然有很多。

如《明史·姚廣孝傳》說，84歲高齡的姚廣孝病危的時候，永樂皇帝親自到廣壽寺看他，姚廣孝說：“和尚溥洽關(guān)押太久，希望能夠放掉他。” 溥洽是誰？就是皇宮里的主錄僧，他就是傳聞中替建文帝剃頭改裝，被認(rèn)為知道建文帝下落的人。這樣一個和尚被關(guān)押16年，可見永樂皇帝對建文帝的下落有多么擔(dān)心。《明史·胡瀅傳》則記載了永樂皇帝派遣胡瀅暗察建文帝下落一事。永樂二十一年，以尋訪仙人張三豐為名、通行天下州郡鄉(xiāng)邑遍訪建文帝下落的胡瀅還朝時，已經(jīng)就寢的永樂皇帝深夜召見他，直到四更才出。這再次暴露了朱棣的緊張。

還有人說鄭和之所以下西洋，其主要目的也是尋找建文帝的下落。《明史·鄭和傳》記載：“成帝疑惠帝（建文帝）亡海外，欲蹤跡之，且欲耀兵異域，示中國富強。”看來，朱棣自己也認(rèn)為“不知所終”才是建文帝結(jié)局的最真實的結(jié)論。

隨著時間的推移，建文帝的遺跡屢有發(fā)現(xiàn)，隨之而來的便是新的疑問和謎團(tuán)。著名歷史學(xué)家顧頡剛在北大求學(xué)期間，居然在頤和園后面的紅山上，找到了“前明天下大師之墓”。1928年的《藝林旬刊》還刊出了“明建文帝衣缽塔”及云南武定獅山佛寺塑造的“明天下大師像”的照片，照片的圖注肯定地說：“天下大師者，明建文帝也。”看來，建文帝下落之謎，仍然是史學(xué)家及對此有興趣的讀者探究的一個話題。