牟文綬縱兵嘩掠，建德、東流遂不守；方國安日攻擊銅陵、南陵間，荼毒無藝。吳適嚴劾之，蔡奕琛擬票下適獄。張孫振言『適為東林嫡派，又復社魁，宜速誅之』。俄國亡，適得脫。

五月壬午朔，宏光帝不視朝；責馬士英戴己：『今若此，將焉置我』！士英無一策，惟請召黔兵走貴陽。越數日，群臣集內閣議降，士英與焉（詳前）。

庚寅，馬士英以宏光帝去，亦盡室遁。以黔兵四百自衛，稱奉太后；遇錢謙益，言『有母在，不獲死』，遂遁之溧水。諸人掠其家及其子錫所，立盡。阮大鋮亦被掠，姬妾星散。楊維垣遁，為怨家所殺。張捷聞王鐸被毆狀，懼而自縊。劉孔昭走入海，錢謙益、蔡奕琛、李沾以下則皆降；趙之龍尤首禍（見前）。

士英走至廣德，知州趙景和曰：『彼不奉王而奉太后，詐也』。拒不納。士英攻破之，殺景和，大掠而去。迂道吉安，浙江巡撫張秉貞詢其狀，知州黃翼圣以為真，乃備法駕迎太后，以總兵署為行宮，召籍諸臣。彭遇颽亦逃至，以為僉都御史，募兵兩浙。俄而劉宗周、熊汝霖自浙至，痛責士英，無以應，惟日盼江上捷。居數日，阮大鋮、方國安、楊文驄先后至，為言宏光帝已被執；士英秘之。

六月，黃道周言：『自五月十一迄今再旬矣，行在未知所適。首輔馬士英擁兵自衛，士民詰問，則云上在黃得功軍。士英知上在而輕離，則不臣；不知而訛言，則罔上茍生：神人所共憤也』。俄聞多鐸兵進嘉、湖，士英走紹興，至于杭州。原任九江僉事王思任疏：『南都之敗，由主上寬仁，信用奸相馬士英，盡天下大計付之。而士英公竊太阿，肆無忌憚，窺上之微有以中之：上嗜飲，則進囗〈酉靈〉醁；上悅色，則獻妖淫；上喜音，則供優鮑；上好玩，則列珍奇。以為君逸臣勞，盡推疆事于史可法；而又忌之，事事掣肘。每一出朝，招集無賴，賣官鬻爵。四方狐狗愿出其門者，一望見費千金、一注籍費千金；乃至文選、職方乘機打劫，巡撫、總督現兌即題。其余編頭修腳、服錦橫行，又不足數。皆由士英獨任朝綱，朝廷篤信之至于斯也。今事急矣！政本閣臣可走乎？兵部尚書可逃乎？不戰、不守，身擁重兵，稱護太后，豈圣駕不待護歟？一味欺蒙，此豪杰所以解體也。太后宜趣上照臨，立斬士英之首，傳示各省，以為誤國欺君者戒』。復與士英書，責其『定策之后，政本自由，不知戰守之事，祗知貪墨之謀；酒食逢君，門墻結黨。兵叛則束手無謀，敵至則先期逃避；致令乘輿播越，宗社邱墟。即啄長三尺，何以自明？以思任上計，莫如明水一盂，自刎以謝天下。若但求首領，則當立解樞機。如或逍遙河上、潦倒煙霞，作賈似道故轍，千古笑齒已經冷絕；再不然，如伯嚭之渡江，則我越乃報仇雪恥之邦、非藏垢納污之地，思任當先赴胥濤，乞白馬素車以拒』。士英愧憤，不能答。劉宗周復言于分巡寧紹臺道于穎曰：『不斬士英，無以收既潰之人心』。穎再請，不報。宗周欲穎即斬之，穎辭外臣不可殺宰相。張國紀曰：『亡天下者，必此人也！請誅之』。不報；太息而去。時共以太后為真云。

俄博托入浙江，士英、大鋮走錢塘；滿洲軍擊之，死數百。聞魯王監國于紹興，將入謁，群臣競請殺之；鄭遵謙慮其結方國安，請少遲。黃宗羲言：『孔子猶欲誅陳恒，諸君自不能殺之耳』。莊元宸言：『不斬士英，國事必不可為』。士英不敢往，依國安軍；使乞和于降將張存仁，不許。大鋮別執朱大典于金華，士民檄逐之，亦還；入國安軍，掀髯談兵，大為所愛。士英以大鋮壞留都，己獨受惡，頗與相左；然無如何。大鋮復煽國安軍與大典惡，宣言隆武帝將重科浙江糧；其實無之。

冬十一月，馬士英部潰于余杭、國安潰于富春山。尋合兵渡錢塘，列陣江涘；珠喇瑪等擊之，士英走屯于東赭山朱橋范村，大肆劫掠，無復軍狀。

順治三年（隆武二年）春正月，馬士英請朝于閩。隆武帝以士英罪大，敕守關將拒之。士英七疏自理，終不許。章正宸言：『不殺士英，何以立國』！有李遽者，士英私人也；與隆武帝有舊，密稱其有兵材，宜使過。鄭芝龍、方國安更力薦，詔以為事官，居國安軍。阮大鋮忿監國不之用，說國安并擅諸餉，破壞義兵；于是孫嘉績、熊汝霖諸軍多不得食，遂為亡浙之本。

二月，隆武帝使御史陸清源以白金十萬犒浙軍，馬士英、阮大鋮蹴方國安縱掠之；執清源幽之軍，使趙體元殺之（詳「殉節」）。大鋮又使國安檄隆武帝十大罪；監國魯王大學士張國維嘆曰：『自我戕毒，禍不遠矣』！大鋮復構朱大典于國安，言其多財，索餉四萬；不從，以兵擊之。屢戰不已，閩、浙道梗。

夏四月，博托次錢塘，方國安遁（詳「浙海遺兵」）。馬士英從至楓橋，斷之以拒追者。有石書「方馬止于此」；心動，共謀執監國魯王降。遣其心腹將守之；其人忽病，監國得脫。國安及方逢年降，阮大鋮亦與謝三賓等降。士英獨自新昌間道走太湖，依吳易；大鋮為博托招之書，致厚爵；士英不答。大鋮、國安、逢年從博托攻金華，朱大典誓守；大鋮思泄忿，見城南隅新筑，導博洛炮轟之，屠之南。

時大鋮、逢年、國安陰疏于隆武帝，乞反正為內間；及努山追隆武帝于順昌，獲御舟得大鋮等疏，博托使殺之。大鋮方以老健夸諸降者，聞之，墜崖死。逢年、國安斬于市，亦戮大鋮尸。士英尋被執，送漢岱斬于蘇州；妻子給兵士（或曰：士英之兵久而盡潰，為僧臺州；被執，斬于杭）。

馬士英奸回之質，挾主而升；阮大鋮狐狗之徒，脂梯而躐。阮無馬或幸廢，馬無阮或罪輕。馬之扱阮，同氣也，亦刺于助金；阮之結馬，假手也，而未及反噬。而一為司徒之銅臭，一隸斐豹于丹書。其密也，則酥乳不足喻其融；其丑也，則廁溷不能喻其臭。天禍衛國，其以此夫？宏光帝德其奉翼、益以荒淫，鐵券誓書，封譬亭散；燕子箋劇，國乃平章。宜其班坐絕席，門生天子耶！夫福王大仇未復，共主旋殉；鼎折祚遷，勢合家國。此即召對連日，旰食宵衣撫此偏疆，恐不復物；況于閉目拱手乎？于是冰山發焰，宦海橫流；其始也，逆黨用人，中旨授職。因之甫、杞在位，逢、咸掛冠；朝盡私徒，坐無佳士。繼乃東林詔獄，將閭呼天；傳檄滣江，推轂朝右：宵小勢迫，朝廷不可問矣。姜曰廣、高宏圖、張慎言、徐石麒雖復正色師表一時，史可法、袁繼咸、陳潛夫、凌駉雖復竭忠化碧千古，以及勛裔有常延齡、布衣若何光顯，追忠折檻、流痛鼎湖，而宦官、強藩表里鉤接，銜沙射影、伎倆縱橫：秦檜甚忌三將、唐宗任寵八關，小人覆餗，斯其巨也！錢塘歷歲，楓橋叛將既送南朝，更燼于越。南山之急追唐帝、青州之計款隋文，豈惟附逆之輩，遺禍明世；抑亦梟獍之類，厥惡貫盈矣。延平、新昌有似忠義，而泰山、鴻毛其實敻別。蓋已作淵首，復效殷頑；勢直兩窮，性歸反復。豈謂納我者無二心、滔天者罪可貰歟？總之，馬士英奸庸無狀、阮大鋮狡橫絕倫；至于群徒生嗟閹黨、耄弗改圖，燃冀死灰、計求晝錦，彪虎全翻、元黃立渙。恭王母子終始亡國，魏、崔權禍流浸南都；惠卿為安石護法、方成謂禍水滅火，遙溯萌孽，不為刻說焉！予尤慨亡明之臣，并起甲科，負材雋異，升沉計迫，面目全非。既已挫跌，徼幸窟穴，率德改行，縱或無望，而急則相依、懼乃自計，鄭國亡而子亦不利，劉禪降而皓已伏誅，剝床解衣，釋怨固圉，泥塑雖譏，刃頓弗顧乎？卒乃南山罄竹、姑孰燒糧，兵勢一交，立身無所。雖決計奔降，幸不死左。然而奔黔、走皖，兩人固不相謀；入浙、趨閩，萍合而頗自悔。公孫之倒行逆施，阮乃老且益悖；黎侯之流離瑣尾，馬真窮無所之。小人之才，可以徼亂而不能臨事；小人之計，祗于目睫而保不死亡。盱衡此輩，昭然發蒙矣。至于多寶建閣、道學鉗名，巨羅匿金、盲人憚入：似道之丑正黷貨、祖珽之忘恥覆國；俯仰前事，頗若同符。即仆射文學之稱、悅生清供之致，亦天毒其躬，才不可恃爾。若夫張捷、維垣，實死奔亡，與禍俱斃。乃有大書深刻以為忠徇，豈黨惡議降而矢音抗節乎！置棺入隧，誣世獵名，其若遺臣之說何！