萬元吉馳疏：『吳三桂牌至濟寧，稱奉大清攝政王旨，取江南』。廷議款使已行，不為意。豪格兵入青州及東昌、臨清，張鳳翔棄城走，王鰲永招兗州、泰安復降。豪格尋以兵入登州、萊州，總兵楊武等潰遁。路振飛方圍董學禮于宿遷，學禮潛降于豪格；降將夏成德來援，振飛解圍還，成德陷贛榆。值振飛以憂去，田仰代之，盡反所為；諸義兵皆散。詔書又禁天下勤王，聞者解體。
時闖賊黨出雒陽，攻李際遇；行偽牌于東昌，言以三十萬眾入曹縣、金鄉。參將夏有光言賊踞平陽，盡徙潞安、太原紳士于西安；略得其實。
秋八月，史可法閱軍淮南，遂及鳳、壽。
光祿寺少卿沈廷揚固請以海運舟為水師衛長江，不報。至是，或請自海道以兵北伐，廷揚嘆曰：『果是策行，愿作前軍』。復不行，而使運米十萬石餉吳三桂；廷揚不可，不許。
兗東兵備道郭正中言北兵取山東地，貴州巡撫范礦疏蜀狀（詳后）。
左懋第至滄州，聞吳三桂已降，封平西王；使人以宏光帝冊命予之，告行意。三桂不發書，以獻多爾袞；多爾袞怒。
馬士英假危疆名，以越其杰巡撫河南，兼潁、亳二州軍務（詳「馬阮」）。史可法請山東、河南、江北能守地衛民，得檄為官，無避本州島。
刑部侍郎賀世壽疏兵狀。萬元吉疏：『流賊入秦，垂涎東南。轉盼秋深，出商、漢則徑襲襄城，出宋、豫則窺江北。兵民積怨，民必迎賊以拒兵；兵既疑民而又畏賊，上游之兵趨而下、江北之兵渡而南，金陵備稀，何以堪此？今舌戰徒紛，不謀實備；不知諸臣置陛下何所』？前后所疏皆痛切，亦卒如其言。凌駉請乘機北伐；亦不聽。委政群小，日夕荒淫，遂翻「逆案」，復東廠。識者知必敗。
是月，復贈吳三桂父母官，命王永吉戴罪督山東軍務。時共知三桂降，劉孔昭等以自飾（詳「馬阮」）。
使都督陳謙封叛將鄭芝龍為南安伯，征其兵入衛，閩遂以亡（詳下）。
阮大鋮既陳長江三要、兩合、十四隙疏，命為兵部添設右侍郎。尋晉僉都御史，巡視江防。
時阿濟格盡取山西地，擊李過于府谷，走之。降將楊方興陷濟寧，明山東、西地盡沒。
九月，高杰襲黃得功于儀真；史可法和解之（詳「四鎮之亂」）。
以張福成為都督僉事，充山東、河北總兵官；實無能為。尋命黃斌卿屯九江，黃蜚屯蕪湖、采石，鄭鴻逵屯鎮江。加王之綱蕩寇將軍，鎮河南；都督曹友義總黃河水師。命黃得功移軍桐皖，劉良佐趨歸德、開封，杜宏域諸軍屯廬州、鳳陽、池州、太平；移金聲桓兵攻楚、豫。命凌駉聯絡河南、北直軍務。出白金十五萬，使越其杰往河南募兵、屯田；盡干沒之。以王瀠為右僉都御史，巡撫登萊。江東之地并沒。
尚書黃道周諷；馬士英曰：『不入，將立潞藩乎』？乃受命陳進取九策；報聞。明年，自請祭禹陵。瀕行，上疏：『今欲東收兗、濟，北略漳河，西取應安，然后問洛陽掃成德之松楸，上規天壽，其道誠難。得一沉鷙之將，簡兵三萬、赍百日糧，出贛榆之韋橋，東逾破車、度臨朐、歷博興、上鹽山、抵滄州千四百里間，皆荒曠如墟邱，惟臨朐、安邱、樂安、陽信之間稍可因糧，盡七晝夜力，則可自武清渡白溝，祭十二陵而覲九廟。還分為二：一下臨清以收兗、濟，一下邯鄲以收彰、衛；用力少而功甚巨』。不聽。
時監軍宋劼疏：『臣民茍安江介，非所以保江介；諸臣茍存富貴，非所以保富貴』。工科李清言：『天下財賦，秦、晉屬賊，燕、代屬清，兗、豫成甌脫，閩、廣無幾，徽、寧殫于安、蕪兩撫，常鎮竭于京口二鎮養兵；上用者，惟蘇、松、江、浙。且昔以天下供天下，不足；今以一隅供天下，豈有余乎』？其言至晰，不聽。
河南巡按陳潛夫入覲，言『王業不偏安，山東、河南未陷之地，尺寸不可自棄。其間堡塞，大者萬余、小者十人，皆引領以待官軍。今四鎮之兵且數十萬，而齊、魯、汴、豫若安堵，誠命藩鎮以一軍出潁、壽，一軍出清、徐，使天下知朝廷不忘中原之心，則人心思奮。更以爵賞鼓之，俾自為守；而我以銳師濟之，寬則以耕、急則以守。汴梁義勇，臣糾集之，旬日可十余萬；容臣自將為天下先，則河南五郡可復，然后畫河為固。南絡荊、楚，西控秦關，北臨趙、魏，上之恢復可期，否亦永保江、淮：此今之至計也。兩淮之上，何事多兵？督、撫紛紜，并為虛設。若不外拒、專意內守，舉甲兵、土地之利委之他人，恐江、淮亦未可保』！不報。及還，過其居，一省墓；馳五日，至開封。以劉洪起最忠勇，請以為掛印總兵；不許。
丙午，史可法疏，以李成棟充徐州總兵官，賀大成為藩標先鋒總兵官，陸遜之為大梁屯田僉事，胡蘄中知睢州，冷時中通判開封，李長康為開封推官，經略中原；使所部總兵李世榮守泗州，張天祿屯瓜洲，許大成將忠貫營，李棲鳳駐睢寧，劉肇基駐高家集，張士儀駐王家樓，沈通明駐白洋河，馬應魁為中軍副將，翟天魁、陶匡明為旗鼓，以胡茂楨、李本深為高杰前鋒，進軍開封。以汪一誠為參將，以副使黃鉉、主事何剛、知縣吳道正分司糧餉、知縣應廷吉軍前監紀。又分諸汛地，聽鎮將擇利；以宿遷至王家營號絕險，自任之。疏請餉。馬士英、阮大鋮忌之，置不應；促之，亦不報。惟檄使出師；可法言：『不食之卒，豈能殺賊』？并不聽。由是益困。又忿諸臣獵名位，而以邊疆錢谷為自憋，或托病棄官去。因言：『今日之勢，必專主討賊復仇；舍籌兵餉無議論，舍治兵餉無人材』。皆不聽。
以左懋第北行，止邱磊等于山東、河北，毋敗和事。
是月，許都黨復亂，平之。
降臣方大猷等日議取江南，修漕運、聚芻牧，南逼淮、泗。
冬十月，以降賊臣張縉彥總督北直、山西、河南、河北軍務。縉彥以兵部尚書降，復逃歸，倡言殺賊。宏光帝信之，使以原官為總督，便宜行事。給事中利瓦伊樾劾之，且曰：『總督何官，顧畀賊乎』？不聽。又以降賊臣黃國琦監王永吉軍，施鳳來行鹽揚州。一切紊亂。
時湖北、偏沅、四川皆亂于賊（詳后），閩中亦蜂亂。漳、贛賊犯汀州之古田鎮，殺掠甚酷：聚群兒甕中，沸湯縻之；或刳孕婦，射男女為笑樂。復有群絨自興、泉入漳州，粵中賊亦盛。有賊稱閻王總，往來江西、福建，與諸賊應；撫巡張肯堂等捕之。
劉澤清疏：『準塔兵在沂、郯，贛榆、沭陽、沛縣、邳州、睢州、單縣、開封、歸德皆敵騎；請使邱磊濟海收登、萊，馬化豹、柏永馥即故清河城修守之』。
馬士英請以隆禮接北使，錫王永吉以斗牛服，暫之河上料理；山東、河北戰守，俟左懋第歸，請進止。從之。
定江北督撫及四鎮額兵各三萬、湖北巡撫額兵萬、京營兵一萬五千，銀米三、四十萬，輕重勢失。又無糧，左良玉疏承德將士餓且死，趙之龍言黔兵萬里荷戈缺餉三月；惟切責部臣。
始，馬士英征黔兵迂道徽州、寧國，兵民相殺；金聲桓等力劑之，乃已。
越其杰至河南，盡反陳潛夫所為，貪墨以濟。時開封、汝寧間列寨數百，劉洪起長之；及洛陽李際遇、南陽蕭應訓，皆為潛夫所結。是月，應訓復南陽及泌陽、舞陽、桐柏，使其子三善告捷于潛夫；飲之酒，授以告身、簪花，鼓吹導出之。三善喜過望。卻謁其杰，覷其賄；及見，踞坐；詰之，詆為賊。三善泣而去。潛夫按諸寨，皆列仗鼓吹送迎；其杰至，閉不納。其杰譖之馬士英，歲終征潛夫還，以凌駉代之。
是月，閩、粵賊攻云霄，破之；官軍至，賊走大埔。高杰將王之綱入睢州，杰發徐州（詳「四鎮之亂」）。
十一月，史可法帥師北伐。至鶴鎮，諜報夏成德陷海州，分道沭陽、邳州、遂入宿遷；又陷豐縣，知縣劉燧走死。明日，可法次白洋河；使劉肇基、李棲鳳援宿遷。成德兵遁，遂復宿遷。越數日，成德復以兵圍邳州，推官沈泠之固守；再使肇基往，屯于城北。成德兵屯城南，遙謂泠之曰：『好守而城，毋為人得』！相持半月而去。肇基復贛榆、沭陽、海州。可法以告，馬士英笑之。
劉澤清疏作壕堡守河（詳「四鎮之亂」）。分王燮、田仰、王永吉汛，自安東至于徐州，隸蕭縣、碭山于史可法，開封、歸德于越其杰。俟左懋第歸，議之。俄田仰疏滿洲兵已入莒、沂，降將趙福星陷宿遷，哨馬及贛榆、沭陽。乃命王永吉總督河防，率澤清、高杰以守；張縉彥、王燮分布河北。移王瀠駐淮上，黃得功、劉良佐擇地而軍，援邳、宿。
史可法既戒期，求甲杖、糧糗，皆不得；疏言：『三月以來，陵廟荒蕪、山川鼎沸，遂成鼠竄，一矢未加；臣備員督師，死不足責。昔晉之東也，其君臣日圖中原，僅存江左；宋之南也，其君臣盡力楚、蜀，僅保臨安。蓋偏安為恢復之地，未有偏安而能自立者。大變之初，黔黎飲泣、紳士悲歌；今暮氣矣。提塘之報，皆謂清兵必南，水則募檄囗〈口虒〉船、陸軍分列精銳；而我河防百未一備，人心渙散、威令未行，復仇之師不及于關陜、討賊之詔不逮于北庭，一似君父之仇置之度外。遂使北朝加我僭逆、羈我使臣、躪我邊境，和議之事必不可成。皇上即菲食卑宮、臥薪嘗膽，尚懼不及；況不然乎？夫將之克敵者，氣也；君之收將者，志也。廟堂之志不奮，則行間之氣不張。昔少康痛心以出竇、光武拊膺于河北，卒能纘服，奄有萬方。臣愿陛下為少康、光武，不愿左右之臣以晉元、宋高為言也。先皇帝死于賊、恭皇帝亦死于賊，此千古未有之痛；在北之臣死賊既鮮、南方之臣討賊無多，此千古未有之恥。夫庶民之家，父兄被殺，尚思得而甘心；況在朝廷，顧可膜視？請責臣及諸鎮悉簡精銳，直指秦關；懸上賞以待有為、假便宜而責成效。至于討賊復仇，最苦無食；宜使內庫、一切催解悉供軍需。其余不急之工、可已之費，一切報罷；左右貢獻、朝夕燕衎，一切謝絕。蓋賊一日未滅，即深宮曲房、玉食錦衣，豈能安享哉』！又言：『江北有四鎮、有督師、有按撫、有屯撫、有總督，敵寇若至，何益毫末』？且憤諸將位崇無斗志，請責成進戰。每一疏成，循環諷誦，聲淚俱下；聞者無不感激。而宏光帝于廟門及皇陵災、鳳陵地三震，略不省。而命太監高起潛督江北餉，許黃斌卿移軍安慶以避左良玉。加叛將劉承允右都督，遂亂廣西（詳「兩廣之亂」）。
初，御史沈荃宸疏：『疆場之情日變，臣下泄沓日深，幾不知宗社孔棘、國事阽危。歲餉所入六百余萬，淮、徐四鎮及督師之兵費已二百四十余萬；江楚藩鎮督府、京營、京口、江浦之兵所需，豈異淮、徐？小民賣女鬻男，有司吸髓敲骨，慮猶不足。此非陛下臥薪嘗膽時耶？且北望山陵，麥飰無展；中原、河北，淪為異域。設東南更啟烽煙，則稅駕何所』？至是，以王永吉等久無功，奮疏劾之曰：『永吉失機之將，先帝拔為總督；乃不救國危，奉身先竄。張縉彥驟典中樞，率先從賊。如二人者，即赤族亦不為過。陛下屈法用之，而逡巡觀望，何以見先帝于地下？昌平巡撫何謙，失陷諸陵；河道總督黃希憲、山東撫巡邱德祖、魯化龍，豈容偃臥家園』。詔逮謙等，釋永吉、縉彥勿問。
以許定國掛鎮北將軍印，鎮守開封、宛、洛；卒致睢州之變（詳「四鎮之亂」）。
是月，左懋第自北歸至滄州，多爾袞使執之；而縱陳洪范還，和議遂絕。洪范乞降，且請南歸，誘劉澤清等以降叛；慮懋第發其狀。馬紹瑜尋降，懋第抗節死（詳「東南殉節」）。
十二月，陳洪范至，言北兵且至。廷臣惟主抗節不合時變、使臣將命不能委曲以詆懋第；宏光帝曰：『朝廷大費金錢，期與滅賊，何惟抗節？我宜自強。款和原不足恃，諸臣其秣馬厲兵以待』！洪范又誣黃得功、劉良佐陰乞降，而請加恩其從官。戴英劾之曰：『今正使陷敵而群吏進爵，不可』。乃止。
以邊事急，詔王永吉防河北、張縉彥防河南；復使李際遇任維揚至河、王之綱自永城至蘭陵、許定國自寧陵至蘭儀、劉洪起自祥符至汝州、曹友義任邳州以西、張士儀任邳州以東（際遇、宏范以陰降，眾不知）。史可法嘗議屯田邳、宿，使秦士奇筑黃河墻以巨炮。其境綿長，土又疏，不能任重。其客言不可，不聽；卒無濟。馬士英侈言『北兵縱至，賊勢尚強，豈無后慮？且赤壁三萬、淝水八千，足定江左；況今兵力百倍于昔，痛飲黃龍，在諸臣之刻厲耳』。淮遠侯常延齡請守九江，又請自討賊；不許。大學士王鐸請視師江北，以復仇為名；亦不許。惟使高起潛以勇衛營屯浦口；曰：『督師已行，汝為之應；有警而后行』。起潛亦不出。史可法至夏鎮，聞邳州被圍凡三日；高杰、劉澤清皆告急，可法以兵援之。詔旨亦至。可法疏：『使旋，和議無成；曩以全力御賊，今將分力以御清。唐、宋門戶之禍，與國終始；有心者方以為危身之場，無識之人轉為快意。夫事有甚為戕我君父、覆我邦家者乎？釋此不問，而日尋干戈于心忍乎？和既不成，惟有戰耳；戰非諸將之事，而誰事乎？閫外視廟堂、廟堂視皇上，尤望深思痛憤，無然泄沓』！凡七上疏，皆不報。
高杰至徐州，程繼孔伏誅（詳「四鎮之亂」）。