永歷皇帝
福州既失，兩廣總督丁魁楚與廣西巡撫瞿式耜會議監國；而閣學兵部尚書呂大器自閩至、原任兵部尚書李永茂以守制并至。式耜首言監國永明王賢，且為神宗嫡孫，應立。永明王諱由榔，桂王之子。初封衡陽，以寇亂徙寓梧；會桂王已薨，永明猶在衰絰中也。于十月十四日監國，改元永歷。以肇慶府署為行宮，推置僚署有差。魁楚、大器俱為大學士，式耜以吏部右侍郎兼閣學、掌銓事；魁楚兼戎政、大器兼中樞，永茂請終制。而福建舊相蘇觀生、何吾騶俱遁回廣東，與布政使顧元鏡于十一月擁立隆武弟唐王聿囗〈金粵〉監國，年號紹武；以都司署為行宮。
會贛州敗書至，司禮太監王坤趨永歷移梧避之。式耜謂：『今日之立，為祖宗雪仇恥，正宜奮大勇以號遠近。東人復不靖，茍自懦，外棄門戶、內釁蕭墻，國何以立』？爭之不得，遂移梧。
尋還肇慶。故大學士陳子壯書達式耜，請力馘蘇而趣兵東。永歷遣兵科給事彭耀往諭之。耀，粵東人，舊為秦令，有能聲；譬曉倫序監國先后、國家仇讎利害。觀生等殺耀于市，日集兵向肇慶。右司馬林佳鼎督兵靖東郊，東將詐降，陷佳鼎沒于水，東人益獗。
式耜疏言：『草昧之初，惟養圣德、修紀綱、慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徠賢俊為首務』。王坤者，固北閹；自南都失而入閩。隆武遣出，茲用司禮秉筆。有戶部郎中周鼎瀚，內批改給事中；瞿式耜力言不可，不聽?！惨浴郴浹彩雇趸侮吇浂剑瑢ご讯Γ瑫x少司馬，掌中樞（大器先以病去矣）；內批：陞化澄為大司馬。式耜疏言：『化澄誠賢，有廷論；斜封墨敕，何可為例？請補部疏，尚得體』。蓋汲汲為閹預慮也。
晉永茂大學士；茂守制，僉請專知經筵，不入直。茂疏薦十五人為十五省鄉望。疏上，王坤啟視，殊不悅。未幾，十四人皆朱之，山西道御史劉湘客一斥。永茂怫然曰：『朝廷方以經筵責茂，茂以十五省人進，非私也；斥湘客者，斥茂也』。即日解舟去。式耜疏言：『大臣論薦，新朝盛事。司禮輒去取其間，無以服御史，何以安大臣』？王坤復疏薦海內碩卿數十人；式耜又言：『司禮抑人不可，薦人更不可』。吏部都給事劉鼒等疏論坤內臣，不得薦人。永歷怒，叱逐鼒等；式耜力持之，得復用。
御史童琳參都御史周光夏越資序、題差用，私亂臺規非法；命廷杖琳。式耜力救，得免。
陞翰林院檢討方以智為中允。改御史劉湘客為編修，充經筵講官；坤不悅湘客，且疑劉鼒疏出以智手。以智放舟去（時十二月十五日）。
清總兵李成棟兵薄廣州，命前鋒數十人以紅布裹頭扮作廣軍，直至城下，奪門而入；副將杜永和擒紹武并周王、益王、遼王等，盡斬之。蘇觀生伏誅，顧元鏡、何吾騶皆投誠，百姓薙發歸順。時有石、馬、徐、鄭四姓聯囗〈舟宗〉海上，花山楊光林亦擁眾數萬，水陸交訌，民不聊生。成棟相機剿撫，于二十三日發兵往南韶而親下肇慶。
二十五日聞報，式耜請視師，督戰士駐峽口。王坤復請永歷西避之，式耜爭之不聽，遂駕小艇上西峽。
丁亥正月朔，至梧州。時丁魁楚惑于奸弁蘇聘，從梧西走岑溪；王化澄走潯州。隨行者，止式耜一人。
是月十六日，成棟克定肇慶，隨發副將楊文甫、張月領兵克取高、雷、廉三郡；即于二十九日一鼓而入梧州，廣西巡撫曹燁出降，梧屬俱遍令納印。及南雄、韶州二府報捷，別遣副將閻可義等前赴瓊州。
二月，永歷抵桂林。式耜肅殿陛，敕守御；誕告楚、蜀各鎮：粵西居山川上游，桂誠可都，疏請道里之可達桂林者。王錫袞、文安之為相，周堪賡、郭都賢、劉遠生為六卿。時給事中丁時魁疏論新政，烺烺石劃；召掌禮科。給事中金堡素有清直聲，終制，敕召還。何騰蛟晉閣學督師。
而丁魁楚在岑溪屯兵千余，清人招之不服；乃水陸設伏，大戰藤江，丁兵敗，魁楚中箭死之。隰江、平樂相繼投降，高、雷、廉三府俱報捷。四月，清兵渡海克瓊州。
方警報之疊至也，王坤又趣永歷往楚。式耜上疏，言勝敗存亡、山川要害甚激切；略曰：『駕不幸楚，楚師得以展布，自有出楚之期；茲半年之內，三、四播遷，民心、兵心狐疑局促，如飛瓦翻手散而覆手合』。又曰：『在粵而粵在、去粵而粵危。我進一步，則人亦進一步；我去速一日，則人來亦速一日』。又曰：『楚不可遽往，粵不可輕棄。今日勿遽往，則往也易；今日若輕棄，則更入也難』。又曰：『海內幅員，止此一隅。以全盛視西粵，則一隅似??；而就粵西恢中原，則一隅甚大。若棄而不守，愚者亦知其拱手送矣』。擎跪涕泣，不可挽。無已，請身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉節制。式耜仍疏請暫駐全州，以扼楚、粵之中。
當平樂之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，沖入文昌門，城中大恐。時焦璉自全甫歸，從者數百人控弦提刃，與清兵接戰；稍卻之。清兵屯陽朔，遍野俱薙發。式耜與璉危城孤守，疏詣全，征安國公劉承胤兵。承胤初從武岡入護，猶持正守法，逐司禮王坤為弄權，面叱周鼎瀚為奉寺鼻息；故雅重式耜，發兵數千援桂。未幾，承胤請金吾郭承昊、馬吉翔、嚴云從封伯；御史毛壽登駁參金吾無矢石功，何得援邊鎮例晉五等？
吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚語，為董卓、囗〈榷，氵代木〉、泛之議，激承胤怒，偪永歷立命廷杖，而縛壽登、湘客及御史吳德操、給事中萬六吉于午門外。會諸臣申救，得免；壽登等俱落職。承胤益橫，脅劫永歷幸武岡。式耜疏留全陽，曰：『聞郊社禮成，即圖移駕；不知移駕將回桂林耶？抑幸武岡、辰、沅耶？今日原以恢復兩粵為心，則不徒西粵未恢不可移動，即東粵未恢亦且當駐全也』。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主還蹕桂林之議也。承胤諸部至桂，挾餉不出兵。式耜搜括庫藏而外，捐囊萬金；夫人邵亦捐簪珥數百。兵卒不肯出，與焦兵主客不和，譁變擊斗，掠市而去（為五月十四日）。永歷竟駐武岡。
五月二十五日，清兵偵兵變，積雨城壞，環攻桂城；吏士皆無人色。璉負創奮臂呼督師、撫按，肘羽腹石，分門嬰守；用西洋銃擊中馬騎。尋出城戰，奮勇擊殺。自辰抵午，不及餐；式耜括署中米蒸飯分哺之，士卒俱樂用命。明日復出戰，清兵旋去。式耜先令路將馬之驥伏于隔江犄角接應，固圍倍慎。是三月之內，危于清、亂于兵，式耜一手指揮，璉乃得底定。璉久將桂，得桂人心；式耜國士遇之，故獨得璉死力。
以保桂功，進式耜兼太子太師、臨桂世伯；式耜辭不拜。疏上不允，復請告自劾；言『自二月十五日以迄五月二十九日，凡百六日中，遇變者三，皆極危險；變故當前，總辦一「死」字，亦遂不生恐怖、不起愁煩。惟是臣之病，不獨在身而在心、不徒在形而在神；身與形之病可療也，心與神之病不可醫也』。又疏再請返蹕全陽，卒不聽。乃督璉恢朔、下平；邦傳由賓、柳亦及潯，并復梧。至八月，具疏上言粵西全定，請還桂林，昭告興陵。
時巡道嚴起恒以儀表魁梧，拜大學士。
督師何騰蛟駐衡州、堵胤錫駐長沙。詎清三王平定長沙，而衡州相繼盡失。總兵黃朝選、楊國棟等被執，尸幾斷流。八月二十四日，武崗復敗。永歷又播越入粵，次柳州。式耜累疏，極言『不可他移一步。滇、黔地荒勢隔，忠義心渙。三百年之土地僅存粵西一線，且山川形勝、兵馬糗糧俱有可恃』。時督師何騰蛟、新輔嚴起恒及劉湘客咸至桂，南安侯郝永忠率兵驟至，宜章伯盧鼎亦至自楚，式耜復疏，極言『柳州猺獞雜處，地瘠民貧，不可久駐；慶遠壤鄰黔、粵，南寧地偪交彝，不可遠幸』。時騰蛟與永忠、鼎、璉等俱分防任汛。
會土司覃裕春子鳴珂與道臣龍文明構兵，永歷復次象州。式耜與騰蛟、起恒、湘客等籌畫調和主客，集永忠、璉誓于神，刻期出師；宜章鼎與滇鎮總兵趙印選遂各分路駐全。全洲戰勝，諸帥連營而軍。清兵因次楚。
十一月，永歷自象州抵桂，式耜與起恒并相。司禮龐天壽七月請催兵下梧，久在粵；舊司禮王坤被承胤逐者復入。自武崗至柳、至象，票擬皆金吾吉翔手也。式耜疏請永歷攬大權、明賞罰、嚴好惡、親正人、聞正言，威德兼行，以服遠近；時謂名言。