東林黨議神宗萬歷二十一年二月，京察竣。三月己未，刑科給事中劉道隆論吏部稽勛司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊于庭，臺省交謫。而吏部曲為解，僅議一職方主事袁黃非體。上責吏部回奏，尚書孫
钅龍言：“淳熙臣鄉人，安貧好學，非有先容之助。于庭任西事有功，尚書石星亦言之，臣不忍以功為罪。且既命議覆，自有異同。惟各原其心，求歸于當。若知其無罪，以科、道之言而去之。昧心欺君，臣不能為。”上以不引罪，奪俸三月，考功郎中趙南星鐫三秩調外，淳熙等并罷。劉道隆以不指名，亦奪俸。钅龍乞休，不許。钅龍復奏曰：“人臣之罪，莫大于專權，國家之禍，莫烈于朋黨。夫權者，人主之操柄，人臣所司謂之職掌。吏部以用人為職，進退去留屬焉，然必請旨而后行，則權固有在，不可得專也。今以留二庶僚為專權，則無往非端矣。以留二京職為結黨，則無往非黨矣。臣任使不效，徒潔身而去，俾專權結黨之說終不明于世，將來者且以臣為口實，又大罪也。”因請乞骸骨歸。先是，內計去留，先白閣臣。钅龍及南星力矯之，王錫爵不悅。钅龍既被譴，都察院左僉都御史王汝訓，通政使魏允貞，大理寺少卿曾干亨，禮部郎中于孔兼，員外郎陳泰來，主事顧允成、張納陛、賈巖，國子助教薛敷教俱論救。禮部郎中何喬遠、主事洪啟睿復合疏言之。孔兼、允成、敷教俱謫外。甲子，禮部員外郎陳泰來疏曰：“臣通籍十七年，四歷京察。部權自高拱、張居正以來，尚書惟張氵、嚴清，選郎惟孫钅龍、陳有年頗能自立，余則唯唯吶吶，濫觴于楊魏，而掃地于劉希孟、謝廷き。今復借拾遺熒惑圣怒，即去時之故智，將來必挈權以阿閣臣，而后為不專權；必植黨以附閣臣，而后為不結黨。”上怒，降泰來。癸未，左都御史李世達請宥泰來等。不聽。南星、淳熙、于庭、黃各削籍。
四月辛丑，吏部尚書孫钅龍罷。九月，吏部右侍郎趙用賢罷。先是，用賢為檢討，生女三月，中書舍人吳之佳約以幣。及用賢諫張居正奪情削籍，之佳為御史，
過吳門，用賢往餞，不為禮，因反幣，終字女蔣氏。之佳子鎮亦他娶，不相及也。用賢負氣節，素不為王錫爵所善。鎮訟之，罷用賢，之佳亦降。戶部郎中楊應宿議趙用賢絕婚非是。行人高攀龍申救，得罪諸臣，語侵閣臣，指應宿為諂諛，應宿遂吁攀龍，并及吏部文選郎劉四科、趙南星、顧憲成等。錫爵封應宿疏上。閏十一月甲午，行人高攀龍上言：“大臣則孫钅龍、李世達、趙用賢去，小臣則趙南星、陳泰來、顧允成、薛敷教、張納陛、于孔兼、賈巖斥。近李楨、曾干亨復乞歸，選司孟孔鯉又削籍矣。中外不曰輔臣不附已，則曰近侍不利用正人。果謂出于圣怒，則諸臣自化鯉而外，未見忤旨，何以皆至罷斥也？皇上有去邪之果斷，而左右反得行其冒嫉之私，皇上有容言之盛心，而臣下反遺以拒諫之誚，為圣德累不小。”丙申，都察院左都御史孫丕核“楊應宿激而罵，高攀龍疏而易言”。命降應宿湖廣按察司經歷，攀龍揭陽縣典史。仍諭建言諸臣：“時事艱難，不求理財、足兵、實政，乃誣造是非。部院公論所出，今后務持平核實。”
二十二年正月丁亥，吏部推閣臣王家屏、沈鯉、陳有年、沈一貫，左都御史孫丕揚，吏部右侍郎鄧以讠贊，少詹事馮琦。不允。初，閣臣王家屏以諫冊儲罷歸。至是，上諭有“不拘資品，堪任閣臣”語，吏部遂以家屏等名上。上覽不懌，下旨詰責，以宰相奉特簡，不得專擅。吏部尚書陳有年爭之，以為冢宰總憲廷推，自有故事，王家屏為相有名，若宰相不廷推，將來恐開快捷方式，因乞骸骨。上命馳驛還籍，以孫丕揚代之。辛卯，以沈一貫、陳于陛為禮部尚書兼東閣大學士，直文淵閣。調文選中顧憲成。給事中盧明陬、逯中立先后疏救，上益怒。憲成削籍，讠商明陬、中立按察司知事。甲午，禮部郎中何喬遠，奏救憲成，謫廣西布政司經歷。先是，國本論起，言者皆以“早建元良”為請。政府惟王家屏與言者合，力請不允，放歸。申時行、王錫爵皆婉轉調護，而心亦以言者為多事。錫爵嘗語憲成曰：“當今所最怪者，廟堂之是非，天下必欲反之。”憲成曰：“吾見天下之是非，廟堂必欲反之耳！”遂不合。然時行性寬平，所斥必旋加拔擢。一貫既入相，以才自許，不為人下。憲成既謫歸，講學于東林，故楊時書院也。孫丕揚、鄒元標、趙南星之流，蹇諤自負，與政府每相持。附一貫者，科、道亦有人。而憲成講學，天下趨之。一貫持權求勝，受黜者身去而名益高。此東林、浙黨所自始也。其后更相傾軋，垂五十年。
二十三年秋七月己卯，巡按直隸御史趙文炳劾吏部文選郎中蔣時馨幸進鬻爵。下廷議，尚書孫丕揚代時馨辨。丙戌，時馨削籍。時馨貪黷，初知新喻，調嘉魚，遷南京大理寺評事。故為敝衣冠，從鄒元標講學，歷考功、文選二司。及被劾，請廷質。且曰：“戎政、兵部左侍郎沈思孝庇浙江海道丁此呂，避察不得，又求少宰不得，遂同諭德劉應秋、大理右少卿江柬之等，詆李三才授趙文炳冀陷太宰而代之。”上怒其瀆辨。甲午，逮故浙江海道副使丁此呂。蔣時馨既斥，孫丕揚為釁由此呂，沈思孝以此呂建言不宜察。丕揚遂上此呂訪單，貪婪贓跡，雖建言無幸脫理。命逮下獄。對簿之日承服，朱砂床具等累累。丕揚遂與思孝交惡矣。八月，沈思孝言：“孫丕揚庇屬負國。”丕揚乞休，不允。十一月丁丑，工部{厶貝}外郎岳元聲言：“言官攻言官，大臣攻大臣，不若俱罷之。”
二十四年八月癸亥，大學士張位乞罷，不許。時吏部尚書孫丕揚乞休，疏二十上。言：“權官坐謀，鷹犬效力，義難再留。”以位黨丁此呂、沈思孝也。上責丕揚無大臣體，宜協恭毋相抵牾。閏八月，吏部尚書孫丕揚、右都御史兼兵部侍郎沈思孝罷。
二十七年五月丁巳，以光祿寺卿李三才為都察院右僉都御史，巡撫鳳陽。二十九年九月戊午，禮部尚書兼翰林院學士沈鯉、朱賡兼東閣大學士，值文淵閣。時廷推九人，上已點朱國祚、馮琦，而沈一貫
密揭二臣年未及艾，曷少需之，先爰立老成者。賡得入。鯉先任禮部，與申時行左，請告，上不許。吏科都給事中陳與郊因疏劾鯉，鯉求去益力。上私語曰：“沈尚書不曉我意。”遂有是命。
三十一年夏四月，楚王華奎與宗人華走氐 等相訐，章下禮部。初，楚恭王隆慶初，廢疾薨，遺腹宮人胡氏孳生子華奎、華璧。或云：內官郭綸，以族人如奴產子壽兒，及弟如言妾子尤金梅所出，并入宮，長為華奎，次華璧。儀賓汪若泉嘗訐奏，事下撫、按。王妃堅持之，乃寢。華奎既嗣楚，華璧封宣化王。華走氐素強御，忤王。走氐 妻又如言女，知其詳。走氐遂盟宗人二十九人入奏：“楚先王風痹，不能御內，乃令宮婢胡氏詐為身。臨蓐時，抱妃兄王如言子為華奎，又抱妃族王如舍人王玉子為華璧，皆出于妻恭人王氏口。王氏，如言女，故知之。二孽皆不宜冒爵。”章入，通政司沈子木持未上。六月，楚王劾宗人疏亦至。事下部。禮部右侍郎郭正域曰：“王奏華走氐事易竟。華走氐 奏王非恭王子，亂皇家世系，事難竟。楚王襲封二十年，何至今始發？而又發于女子骨肉之間？王論華走氐一人，而二十九人同攻王。果有真見，出真情否？王假，則華走氐當別論；王真，則華走氐 罪不勝誅。”沈一貫以親王不當勘，但當體訪。正域曰：“正域江夏人，一有偏徇，禍且不測。非勘則楚王跡不白，各宗罪不定。王跡勘，各宗罪，不勘，人于何服！”時正域右宗人，而輔臣沈鯉又右正域。戶部尚書趙世卿、倉場尚書謝杰、祭酒黃汝良皆謂王非假。一時閣、部互相齟齬。給事中姚文蔚劾郭正域故王護衛中人，修怨謀陷王。都察院右都御史溫純劾御史于永清、給事姚文蔚，刺及沈一貫。九月己巳，刑科都給事中楊應文、給事中錢夢皋各劾郭正域，夢皋并及次輔沈鯉。俱不報。上卒以王為真，而正域罷去。尋楚府東安王英燧、武岡王華增、江夏王華煊等，請復勘假王，不聽。時票楚事皆朱賡，二沈引嫌不出。
十一月，妖書事起，沈一貫疑郭正域為之。錢夢皋遂直指正域，且及輔臣沈鯉。陜西道御史康丕揚將例轉，內監賈忠貞語丕揚，乘妖書可免，丕揚遂起而佐之。后歸獄生光，得解。
三十三年春正月，考察京官。時主察，當屬吏部左侍郎楊時喬，輔臣沈一貫憚其方嚴，請以兵部尚書蕭大亨主筆。疏上，上以時喬廉直，竟屬之。時喬與都御史溫純力持公道，疏上，留中。三月辛巳，吏部趨計疏，中旨留被察給事中錢夢皋、御史錢一鯨等。復論：“京察科、道，不稱職者甚眾，豈皆不肖？必有私意。朕不得無疑。”蓋以一貫私人被詰責也。時喬、純言：“察處科、道，萬歷二十一年科七人，道七人。二十七年，科五人，道九人。今議處科四人，道七人，皆參眾矢公。而圣諭嚴切，臣等無狀，宜罷。”上不問。南京總督糧儲尚書王基以拾遺自辨，上特留之。夏四月，刑科給事中錢夢皋復論楚事，請削前侍郎郭正域籍，并言左都御史溫純黨庇。工科給事中鍾兆斗例轉，亦誣奏純。純乞休。大理少卿徐宗浚、吏部都給事中侯慶遠、御史孔貞一等皆論夢皋違禁妄辨，吏部左侍郎楊時喬亦言之。俱不報。五月，侯補職方郎中劉元珍劾“沈一貫偏置私人，蒙上箝下。錢夢皋妄奏求容，士林不齒”。一貫、夢皋皆疏辨。夢皋謂元珍為溫純鷹犬。降一級，調極邊。六月，吏部員外郎賀燦然言：“被察科、道，與溫純皆當去。”南京吏科給事中陳良訓，御史蕭如松、朱吾弼，各論王基、錢夢皋、鍾兆斗必不可留，沈一貫結近侍，陽施陰設。秋七月，兵部主事龐時雍直攻沈一貫欺罔誤國。于是太子太保都察院左都御史溫純致仕，錢夢皋、鍾兆斗各避疾，京察始得奏。尋謫賀燦然、龐時雍，奪朱吾弼俸，拾遺南京戶部尚書王基免。時有布衣在一貫坐，夢皋戲之曰：“昔之山人，山中之人。今之山人，山外之人。”布衣應聲曰：“昔之給事，給黃門事。今之給事，給相門事。”識者噱之。
三十四年夏六月，吏科給事中陳良訓、御史孫居相劾沈一貫奸貪。大學士沈一貫、沈鯉并致仕。一貫連歲乞休，疏八十上，始允。鯉居位四載，嘗列天戒民窮十事，書之于牌，每入閣，則拜祝之。或讒鯉為咀咒，上命取觀之，曰：“此非咀咒語也。”妖書事起，危甚，賴上知其心，得無恙。及放歸，得旨不如一貫之優。各賜金幣，鯉半之。出都日，猶有讒其衣紅袍閱邊者，中官陳矩為解乃已。孫居相奪歲俸，陳良訓鐫三級調外。
三十五年五月，以禮部左侍郎李廷機、南京禮部右侍郎葉向高為禮部尚書兼東閣大學士，直文淵閣。又諭朱賡召舊輔王錫爵。時顧憲成移書向高言：“近日輔相，以模棱為工，賢否溷淆。”引張禹、胡廣為戒。廷機故出沈一貫門，人多疑之。給事中王元翰、胡忻、曹于汴、宋一韓，御史陳宗契等，交章劾廷機。廷機故清介，而攻之者詆為輦金奧援，御史葉永盛極辨之。廷機伏闕辭，不允。上下旨切責元瀚等。
秋七月，總督漕運李三才請補大僚，選科、道，用廢棄。其論廢棄曰：“諸臣祗以議論意見一觸當路，永棄不收，總之于皇上無忤。今乃假主威以錮諸臣，又借忤主之名以飾主過。負國負君，莫此為甚。”參政姜士昌赍表入京，奏別遺奸，錄遺逸。遺奸指王錫爵、沈一貫。朱賡又曰：“古今稱廉相，必稱唐楊綰、杜黃裳。然二賢皆推賢好士，惟恐不及。而王安石用之，驅逐諸賢，竟以禍宋。”時李廷機有清名，故士昌規及之。賡、廷機上疏辨，降士昌廣西僉事。御史宋燾論救，謫平定州判，加謫士昌興安典史。
三十六年五月，禮部主事鄭振光劾輔臣朱賡、李廷機大罪十有二，指一貫、賡、廷機為過去、現在、未來三身，布置接受，從風而靡。上以其誣詆，謫普安州判。
九月，先是，王錫爵辭召，手疏言：“皇上于章奏一概留中，特鄙棄之，如禽鳥之音不以入耳，然下以此愈囂。臣謂君父至尊，必自立于無過之地。請幡然降旨，盡除關稅，召還內差，散內庫之有余，濟邊儲之不足，天下必歡呼踴躍，以頌圣德。留中章疏，亦自有緩急。如推補九卿，以吏部、都察院為先，庶官以科、道為急。科、道考選久停，與其故裁抑，留不肖，以塞賢者之涂，孰若稍疏通，簡新進，以決舊日之壅。此今日攬權上策也。”時疏甚密，而都御史李三才鉤得之，泄言于眾，謂錫爵以臺、省為禽獸。于是南京戶科給事中段然首論錫爵與朱賡密揭，擅權亂政。不報。
起孫丕揚太子少保、吏部尚書。十月壬戌，起吏部文選郎中顧憲成為南京光祿少卿，辭不至。丙寅，工科給事中何士晉劾錦衣衛左都督王之楨為輔臣爪牙心腹，
亟宜顯斥。禮科給事中張鳳彩、刑科都給事中蕭近高、給事中張國儒交章糾王錫爵、朱賡。國儒言：“臺、省五十余人，共糾朱賡奸狀，而尚書趙世卿曲媚之。”俱不報。十一月壬子，朱賡卒于官。賡性淳謹，同鄉沈一貫當國，善調護，故妖書、楚獄，其禍不蔓。賡卒，廷機當首揆，言路益攻之。廷機決計不出，葉向高獨相，而攻廷機者未已也，遂移居演象所之尊武廟。乞放，凡五年，至萬歷四十年，始得請。寒暑閉門無履跡。