三十四年，升任福建浙江總督、兵部右侍郎仍兼都察院右副都御史。陛辭日，陳奏海防諸務；圣祖訓諭移晷，賜大蟒朝服暨弓矢等物。星馳赴閩，行次杭州，聞百姓罷市十余日，云因浙省鹽法原有老少背負，小票與大引并行以贍無產業貧民，課隨時上而價較輕，市賣亦不致壅滯；大引富商謀禁止之以專其利，賄科員條奏，云小票盡改為大引，歲可增課六萬余，部覆請下其奏于督、覆議覆。窮黎聞之，驚惶失措；會聚仁、錢等二十二縣數萬人于省城，日環官署號呼。當事以威制之，因鼓噪罷市閉門已經旬矣。世隆至，集闔省官吏商之，猶有以增課為言者；世隆笑曰：『朝廷痌瘝民隱，每遇災荒，蠲租、賑粟嘗不下百萬兩；豈肯因六萬之課，絕此無告之窮民耶』！遂曉諭眾民『各回安業，不可聚集生事；當俟覆奏為行止，必不苦汝等』！于是眾皆解散。世隆遂執議會同巡撫題覆，依舊兼行小票；至今未改。閩省濱大海二千余里，島嶼錯雜，逋寇出沒其中，為商民害久矣。自「海逆」鄭克塽降后，要區猶設重兵；巡防戰艦，在所必需。舊例：三年一修，越九年再造；以初造發營之年月為差等。于是修船之役，歲歲滋擾，日久弊生；甚且每當修期，武弁趣有司斂金與之，即濫收船印領，習成故套。又以部撥修值不敷，輒派取民間，倍入中飽，所派不下二、三十萬兩。世隆訪知其詳，遂委員通查修造諸艦，大率外加涂飾、中多朽腐，無濟實用。因思營造果堅，至三年修期，即以部值修艌有余，何至朽敗速而費無底止！乃檄行眾有司相商，公捐俸資預辦材料、匠工，以次調各營船至福州之福港，委干員董其事，克日興工；每旬親臨相視，指示要略。首尾一年，戰艦煥然，工速而費廉，遄發巡防。仍大張曉諭，明示止用部價已足修理之用，嗣后不許派累民間；遠近奉為成法，至今兩省士大夫、商民無不交口稱頌者。三十六年，遇歲歉收，富室、大賈閉倉以要高價；于是繕疏『請蠲賦，并請動帑二十萬，委官糶米于江、浙，由海運至閩平糶。閩省賦稅不敷兵餉，歲撥他省銀協濟；一遇倉卒，率無以應。請即將平糶帑銀存貯司庫，以備不時發給』。皆奉俞旨。閩俗好鬼，家奉五帝；會區一隅，有祠七十二所。計一歲之中，作酒社戲場三千余部，其他香幣、牲牢之費無算。世隆蒞任，即行禁止；言『百姓競祀五帝，于禮為僭；其神又名「五顯」，是淫祠也』。三十七年，一賤隸稱五帝附身，大言『欲游江南，爾民須造船二百只供應』。一時愚民互相煽惑，傾城倒巷，計口斂錢；尤苛刻孕婦，派銀倍之。其船雖以紙為之，而彩繪鮮新，帆檣、鉦鼓、幾案、簾帷種種備具，每船約費銀三、四百兩；迎神、送神，鼓吹填咽，闔境若狂，莫可禁遏。世隆密飭轅役緝造言賤隸，發有司鞫之，盡得其妄；因加嚴創，并行各屬，令速毀其祠?；蛟唬骸航K湯巡撫曾拆淫祠，先經入告；今獨不循舊例耶』？世隆謂『祠非奉敕所建，拆毀以正淫俗，乃職分當行；何必大張其事』！即檄各州、縣拆祠毀像，永行禁絕。距省城八百里，有山崇奉五顯人，遂稱為五顯嶺；廟貌之麗，甲閩中。是日，臺符未到，野火自起，與會城諸祠同日灰燼，人尤奇之；皆謂「邪不勝正，捷于影響」云。是年，圣祖親總六師，平定漠北；凱旋，世隆具摺奉賀，溫綸敕慰，并賜御書「凱旋」詩扇一柄。清字「親征方略」一冊，奉圣旨令將軍、副都統等官得知；世隆隨鋟板宣示，使海隅文武臣工皆得仰窺神武布昭、永清沙漠之概焉。先是，浙江巡撫奏開鼓鑄制錢，屬吏奉行非法，減錢分數，謀將輕本射重利；于是私鑄者蝟集，每錢不及七、八分，壅滯不行，貿易者斗爭搶奪。三十八年，自杭郡延及嘉、湖、寧、紹，一望罷市，投狀者至毀巡撫轅門、碎藩司公案，穢言辱罵；官吏莫知所為。是歲，圣祖南巡，世隆以迎鑾赴杭；甫抵江，千萬人迫愬，輿擁不行。訊得其故，乃諭之曰：『此事非一言可禁，亦不能一時見效。官爐已鑄二年，出錢不下千百萬貫；私鑄者隨之，為數倍多。我意且將官爐停鑄，所有小錢發銀收買。爾百姓仍揀擇舊錢交易，以漸消磨，其重大者自然入市矣』。于是，民皆歡呼叩頭而散。次日，給發庫銀萬兩，設兩廠收錢，市肆帖然寧靜。封爐之頃，有以未經奏聞為慮者；世隆曰：『是不知事之緩急，膠柱鼓瑟之論也。指日法駕臨杭，萬一小民群聚叫閽，斯時執事者何以解散之？恐所關甚重，不止沖突儀仗之嫌！況圣仁如天，靡遠弗照；豈以奏請稍后，罪我輩哉』！遂竟行封。因隨至江南之無錫，于道左迎駕，顧問移時，扈行而南；特賜上用綴東珠夏帽、貂裘銀鼠褂及人葠等珍物數十種，又賜御書「岳牧之任」四大字匾額及御書臨米芾「凈名齋記」一卷、臨米芾「閶門舟次」詩綾一幅、「耕織圖」二冊、「淵監齋法帖」十冊。至蘇州，面奏請改貢物折色；言『往例各省本色物料，刊載全書，因本地所產，征解交部；蓋古昔任土作貢之法。但今昔異時，水土變遷，往往昔有今無；當事者惟按籍而求以足歲額，日久奸生，官吏恣其營私，民人苦于奉公。竊見都下為四方總會，山珍海錯無不畢集；較之出處，購易而值平。于是領解微員，率由椽吏得職，嫻于弊竇；但勒取本地高價，輕齎入京購納，事不難而獲利饒。請忖更定：除京師無可購取者，仍令各地辦解本色；其凡有可貨買者，令照「全書」額價征解銀兩，以杜叢奸』。圣祖命繕疏以上。疏入，特敕該部將各省本色詳明造冊呈覽；凡應解本色、應解折色者，皆圣祖御筆親注，計減天下征解本色十之七。十一月，疏言：『浙江鄞縣沿海田地，向藉塘閘御潮。今塘閘被水沖倒，決去田地一千七十余畝；其額征銀米，請永行豁免』！特旨從之。

四十二年，移督兩廣。廣東北阻層山，南濱大海；東自南澳迤西至安南界，連延五千余里。瀕海島嶼，難以呼名紀數；逋誅作奸之徒，往往流毒商民，劫財殺人，官兵不能立擒、有司望洋嘆息。更查年來提防粵海之師甲天下，而小大蒙蔽，恣其披猖。乃先調取水師各弁，問其船，則曰朽爛無用矣；問其兵，則曰登陸分防矣。蓋水師戰艦自二十八年發營以來，從未修艌；船既不可居，則不免分駐內地以遙作聲援。所以海面賊舟，得肆行無忌。于是委能員詳查各口岸緩急情形，繪圖呈核，盡知其要。七月，疏定廣東營制；言『粵東自南澳起，經碣石鎮與虎門協接界止，海面幾二千余里，守汛遼闊。今應將遙對南澳之澄海協添設船只，與南澳對峙巡防。又海門一所最為緊要，應改為海門營；移達濠營游、守、千、把駐扎于此，分防廣、錢二澳。達濠營亦系要汛，即移海門所守備改為達濠營守備。至甲子二所乃險要?？?，從前止千總一員；今應將鎮左營移駐甲子所，與碣石鎮聯絡防守。又吳川營隔海百余里有碙州一島，宜設立專營。龍門協屬之干體營名為水師，向駐于陸地，可歸并廉州營；將干體營兵令白鴿塞守備一員、千總一員、把總二員統之，駐扎碙州，改為碙州營；白鴿塞徑以千總領營，照舊管束。平海大鵬一所至順德地方，外有香山、虎門二協，內有省會之兵，應裁去順德總兵官，止留中軍游擊，改為順德營；其鎮標左營改為平海營、右營為大鵬營』。下部議行。于是分設要害，捐資委員往廣州暨閩省督造外海、內河戰船三百余艘，配兵出洋搜擒；一敗賊于泥濘，再殺賊于安海，三擊賊艘三十余只于瓊南，共陣斬、生擒五六百人。于是賊勢衰息，奔竄于安南之江萍。復勒勁兵追殺，賊計窮蹙，遂相率投誠前后二千有奇，船只、軍器收獲無算。嗣后南溟半萬里，未有以劫奪聞者?；浭∽皂樦纬跄暌攒婘馕淳?，分遣藩王駐防，一切儲需多問之民間；于是有「均平」之設。然其雜派倍于正供，追呼之擾相仍，平民疲于應付；豪猾因緣為奸，借曰「均平」，實則不均、不平。世隆核算，每年約有三十余萬無名之征；于是召僚屬，諭使力為革除。人懷雞肋之戀，支吾抵飾，經年無定論。世隆毅然揭示列款，通行禁革；官吏有仍蹈故轍者，隨訪實指參數員，置之于法。于是州、縣肅然，粵民咸赴轅門焚香叩謝，并求立碑各州、縣門以垂永禁；世隆依所請行。又粵省地丁之外，有糧米二十余萬石，皆購本色以供軍糈。緣「全書」載有折征數目，每石征銀自五錢至二兩四、五錢不等，蓋明代相沿之數；然輕重徑庭，并無定例。四十余年，每至部駁，因遵照「全書」征銀以七錢為采買之價，余銀充餉，計歲得羨余七萬兩有奇。其議已行三年矣，然出入收納，曲折既多、加扣不少，遇旱潦則商賈裹足而民人束手，致誤挽輸；且民間有米賤賣以輸之官、官司收銀遠糴以給其兵，賠墊無由，抑勒不免：官吏、軍民交困，折征甚不便。世隆晝夜精思，詳悉利弊；繕疏入告，求復征本色、停征余銀。流入，圣祖面諭九卿問粵人之為京官者，僉以為至當；遂得俞旨。即揭示所屬，照收本色；不特歲省銀七萬余兩少紓民力，亦于秋成可供待哺之兵。是歲，賜御書「千葉荷池」詩扇一柄，御筆朱批有「廣東濕熱，得此清明之風，當愈加少壯」之語。四十六年，以賊犯蔡三十三案，部議嚴切，奉旨解任。世隆去粵，官兵、士民夾道焚香，攜持哭送，津涂為之壅塞；世隆再三撫慰，始得解纜。方屆上元，鄉城數里罷不懸燈焉。時圣祖以閱河南幸，世隆兼程趨進，跪迎于蘇州；天語詢問年齒，顧謂左右云：『誰謂渠老邁？步履如此，尚壯健矍鑠』；蓋有譖言其老者也。隨奉旨，令扈從圣駕還京。

未幾，即補授湖廣總督。世隆念湖廣本產米之鄉，賈人輒貪利竊買，轉賣他省，米價日高，而民多乏食；于是首禁盜糶，務令米價常平。又楚省錢法不行，雜以私鑄小錢；擔負小民奔走終日，不足餬口。乃嚴禁私鑄，兼用往歲在浙中收毀小錢成法，倡捐萬金，收買傾銷聚銅變價，再購再毀。數遷轉間，而私鑄無存，民得資生。湖南萬山盤錯，苗人數出擄掠，世隆輕裝親閱塹塞，相度情形，移置營堡；凡再更寒暑，部署悉定，可為法守。四十七年十二月，條奏防守紅苗二款：『一、沿邊安設塘汛已經周密，惟盛華哨起、至鎮溪所一帶山高箐密，難于了望；應于鎮筸官兵內酌撥八百名，另設四營分駐，每日派官一員帶兵五十名游巡。設有奸宄，可以即行追捕。一、舊日苗來內地生事，民往苗叢被劫；今以塘汛為界址，苗除納糧買賣外，不得擅入塘汛之內，民亦不得私出塘汛之外。違者各照例治罪，并將地方官員處分。再，內地奸民與苗人結親，往來勾通，不可究詰。嗣后如有前弊，應斷離異，仍按律定罪，永行禁止；地方有司，亦坐以失察之罪』。疏入，奉旨：『依議』。漢口鎮失火，自薛家嘴起綿亙至鐵關止，被災者數千戶，死傷無算；災民露處，世隆惻然。不謀諸屬吏、不動支倉榖，捐俸賑濟，瘡痍以起。四十九年冬，內陞刑部尚書。聞命星馳北行，武昌城為之罷市，攀留不獲。瀕行，鹺商集積年舊規八萬兩為贐；峻卻之。入京進覲，會湖廣新督鄂海同陛見，圣祖顧謂鄂海云：『郭世隆任督、撫二十年，所至為政清靜，無一點瑕疵，今特陞正卿。爾服官宜效之，毋負朕訓旨也』！

在部勤慎靜重，各司郎官定稿說堂，從無疾言遽色；同官亦推服。蒞刑部未及二年，以前任「失查流民陳四」一案，部議革職。五十二年，恭遇圣祖萬壽六十誕辰覃恩，復還原職。與宴暢春園，圣祖親賜法醞，顧謂眾大臣曰：『當年挑選才能之人，僅有凱音布、郭世隆二人而已』。慰諭周至。

嗣以衰老退居涿州，每歲水圍，必趨迎圣駕；圣祖問『為何不著仙鶴補服』？回奏：『尚書二品，無宮保銜；例不得著』。特旨準著仙鶴補服。五十四年，賜御書「農民苦行」詩扇一柄，眷注存問不衰。

世隆明習「國書」，曾繙繹「五經」及日用名物、象數，匯成卷帙；今坊間刊行「清書大全類書」等，率多取材世隆所纂。又著有「奏疏」二十卷及評閱「史記」、「通監」，并存于家。

康熙五十五年九月，卒；年七十有三。子十四人，俱登仕籍。雍正二年，崇祀湖廣名宦祠。

——見「碑傳集」卷十九「康熙朝部院大臣」（下之上）。