林爽文亂臺灣，閩中求良將于浙，提督陳大用以忠毅應；遂入閩，護海壇鎮總兵，掩捕南日、湄洲之賊數十人，余黨解散。會鄰海有民船被盜，誤指海壇者；被參革職。忠毅出家財，募鄉勇，率子弟操舟，出擒盜首林權等數十人。又擊盜陳營于大岝；盜善火器，忠毅回舟據上風，以長竿系月鐮斷其帆繚，須眉皆燎；躍入盜船，斬獲以歸。福郡王平臺灣歸，加禮，善遇之；檄郡縣曰：『李某用火藥，所在支與之』！海盜林明灼、陳禮禮等入浙，戕參將張殿魁；總督屬忠毅捕之，遂獲之。奏功，以游擊起用。

五十五年，署銅山參將；選鋒自隨，作商人裝，屢獲賊。明年，丁父憂，去官。

五十九年，補海壇游擊，仍留銅山。六十年，安南夷艇始入閩，閩人驟駭。忠毅以小船入，擊之三澎，救商船；賊舍商拒兵，忠毅麾兵伏船內，待賊炮盡，過賊東，發一炮碎其舟。余盜夜相逼，公計寡不敵，乃以八船首尾緪為一。詰旦，賊東來，則以東一舟應之至八；西來，亦如之。回環至暮，賊乃去。

嘉慶二年，授澎湖副將、定海鎮總兵。純皇帝召見，諭曰：『汝勤于捕盜，故有此授』。三年，至定海。時定海累更盜，患艇夷登岸劫擄婦女，官士嬰城；至是，始有所恃。夏，擊盜于衢港，窮追入山東界，獲之。秋，攻盜于普陀；明年秋，擊盜于潭頭：皆斬獲無算。秋，閩盜鳳尾引夷艇入浙，共百余艘；忠毅追擊至溫州，沈其一艇。守備許松年等三船困于賊，忠毅返舟入賊圍，救出之；窮追至廣東甲子洋遇蔡牽，再擊之。總督玉德、巡撫阮元奏其事，奉旨：『李長庚奮勇，為賊所畏懼。此次追剿，洋面風濤，亦不得不稍為持重。李長庚為杰出之員，總宜用于要處；弗令往返奔波，徒勞無益』！復奉旨賞戴花翎。

五年五月，至寧波，與巡撫阮元、提督蒼保議造大艇船三十以攻夷盜。六月，夷盜大小七十船復入浙。阮元謂賊多，非會剿不可；會剿，非有謀勇者為統帥不可。于是奏以忠毅為總統，得旨允行。忠毅既統水師，遂條申軍令曰：『一、定海鎮船居中軍，用黃旗，總領用五色方旗；黃、溫二鎮居左，用紅旗，總領用五色尖旗；閩鎮居右，用白船，總領用五色尖旗。一、中軍船晝行插五色旗，夜懸三燈；將領二燈、弁兵一燈。中軍旗起頭篷之后，掌進號一次者紅旗行，二次者白旗行，三次者黃旗行。一、遇賊船，無論何鎮先見者，即插本色旗，使后船見之；仍視中軍所持五色方旗所指，前后四方隨指追攻。若中軍掛五色旗于大篷者，收兵。一、各鎮雖分三色旗，又于本色旗心黏他色，以別其隊。何隊犯令，即罪其領隊者。一、中軍船高插五色旗者，收澳；夜中軍船放火號三枚、各總領二、弁兵一，亦收澳。支更譙警，夜見有外船近者，鳴金一陣，各船互傳；見盜近，乃擊之，毋遠而亂。若收澳旋須行者，中軍插三色旗，各船毋放杉板船入海。一、遇大盜宜安靜，前后左右以旗進退之，遲者、亂者按以軍法。既追盜，盜返篷擊我，我毋避；如有船陷賊，本隊遲救者罪其長。一、追捕遇無風時，必加櫓；若心怯，將篷或松、或緊者，罪之。前船若速，必回待后船；后船不加速而亦回住者，罪之。一、泊舟，各總領船插黑旗；禁縱兵上岸。一、中軍傳將備出黃旗，傳千把、外委出藍旗，傳隊目、柁工出紅旗。一、兵船獲盜船，以盜賊物為賞。兵船遇礁門必魚貫，爭先者罪舵工』。六月，安南夷艇鳳尾盜六、七千過閩入浙，逼臺州松門，將登岸；巡撫阮元勒兵于太平松門，擊之。二十二日，忠毅率師至海門，將會黃巖鎮謀攻取；夜颶風起，明日風益甚，盜船覆溺于松門外，僅余二、三船漂出外海。海門兵船亦多損；忠毅船隨潮溢入田，掛木而止。賊在松門據破船及泅水登岸者，黃巖鎮率松門兵縛桴，合水陸悉攻，俘之；獲安南四總兵印及偽爵侯倫貴利，磔之。又獲安南王敕，擲還安南。自是，夷艇不復入浙海。秋，忠毅以夷寇雖滅，閩盜尚有水澳蔡牽；乃修船往來閩、浙間，屢獲劇盜李出、丁郭、林俊新、楊烏、李車黑、陳帖、李廣、高英等船。冬，擢福建水師提督。總督玉德以忠毅福建人，奏請回避；奉旨調浙江提督。

六年，新艇成，忠毅入閩駕歸浙。初，阮元以造艇銀鉅萬全付忠毅曰：『船乃兵將所寄命，文官不善于工，請公自造之』！忠毅曰：『公不疑我，我當任之』。命守備黃飛鵬及族人齎銀入閩造艇。至是，艇成，名曰「霆船」，最堅壯；加以大炮，兵威大振。夏，擊蔡牽于岐頭、東霍等洋，擒獲甚伙。七年春，獲盜張如茂船于浙潭頭，獲徐業船于閩東滬。是時，水澳等賊以次殄滅，海盜畏霆船，勢頗戢。

八年正月，蔡牽匿定海北，忠毅以舟師掩至，牽僅以身免；追至閩，糧藥盡、篷索朽，遣其黨干道員慶徠乞降于總督。總督不虞其詐，招撫之；牽又言：『果許降，勿令浙兵由上風來逼我』！總督調浙兵居下風，牽以其閑繕器備物，揚帆去。總督大怒，趣浙兵擊之，已無及矣。十一月，擊牽于三沙，沈其船一；牽北竄，蹙之于溫州南麂，奪其船二、沈其一、焚其一，斬獲無算。

是年，兼攝定海鎮凡十閱月。蔡牽畏霆船，厚賂閩商更造船之大于「霆」者，令商載貨出海濟牽用；商歸岸，偽報被劫。牽得大船，遂能渡橫洋，渡臺灣。九年夏，劫臺臺米數千石及大橫洋臺灣船。會閩、粵間盜朱濆斷糧，牽分米飽之；遂與濆合八十余大船，猝入閩海。溫州總兵胡振聲以二十四船入閩運船工木，總督遽檄振聲擊之；振聲陷于濆，死之，賊勢甚熾。六月，玉德、阮元會奏：請忠毅總統閩、浙水師，以溫州、海壇二鎮為左右翼，專捕蔡牽。秋，牽、濆同入浙。八月，追及之于馬蹟；牽、濆結為一陣，忠毅督兵沖貫其中，盜分東西竄；逐至盡山，沈其二船，斃牽船盜數十人，俘余船五十余人。終以牽船高未獲，遁去。牽責濆不用命，濆怒，先返；自是，牽、濆始分，牽亦少衰。忠毅建議：禁商造大船，無為盜齎。十二月，濆結粵盜伺金、廈；忠毅擊走之，奪其船二于甲子洋。牽擾臺灣，奉旨調福建水師提督，責捕牽。