九月戊寅（初十日），諭吏部、兵部：『向來海寇竄踞臺灣、出沒島嶼、窺伺內地，擾害生民。雖屢經剿撫，余孽猶存；沿海地方，烽煙時警。邇者黔、滇底定、逆賊削平；惟海外一隅，尚梗王化。爰以進剿方略咨詢廷議，咸謂海洋險遠、風濤莫測，長驅制勝，難計萬全。朕念海氛未靖，則沿海居民勿獲休息；特簡施瑯為福建水師提督，前往相度機宜，整兵進征。該提督忠勇性成，韜鈐夙裕；兼能洞悉海外形勢，力任克期可奏蕩平。遂訓練水師、整頓戰艦，揚帆冒險直抵澎湖，鏖戰力攻，大戰賊眾，克取要地，立奏膚功。余眾潰遁臺灣懾服兵威，乞降請命；已經納土登岸，聽候安插。自明朝以來逋誅積寇，始克殄除。濱海遠疆，自茲寧謐。此皆該提督矢心報國，大展壯猷，籌劃周詳，布置允當；建茲偉伐，宜沛殊恩。施瑯，著加授靖海將軍；封為靖海侯，世襲罔替，以示酬庸。前進剿云南官員曾各加一級，兵丁賞賚一次；頃因該提督所統官兵出海進剿，勤勞堪念，已經照云南例加級賞賚。復思官兵遠抵海疆，冒險剿寇，非滇、黔陸路用兵可比；著再各加一級，兵丁賞賚一次，以示特加優渥至意』。

冬十月己亥（初二日），予澎湖陣亡平陽總兵官左都督贈太子太保朱天貴祭葬，謚「忠壯」。

丁未（初十日），九卿、詹事、科道以海寇底定，請加尊號。上曰：『加上尊號，典禮甚大。臺灣屬海外地方，無甚關系；因從未向化、肆行騷擾，濱海居民訖無寧日，故興師進剿。即臺灣未順，亦不足為治道之闕。朕觀古來史冊，盛世無屢赦之事；此時雖頒赦加恩，小民未必均沾實惠。治天下之道，但求平易宜民而已，何用矜張粉飾！且吳三桂剿后，頒赦未久；今又以升平行赦，殊覺太煩！但愿以平治之道圖久安長治，不愿煩擾多事。可將此意傳諭九卿，科道、詹事知之』。尋大學士奏：『臣等遵旨傳諭諸臣；諸臣言臺灣雖在海外，乃海賊歷年占踞，憑恃其險，侵擾沿海居民；今皇上指授廟略，剿撫兼施，海賊遂爾向化；皇上威德加于海外，自古以來未有能及。臣等非不知皇上以易簡之道治天下，不尚粉飾；惟皇上功德實越古昔帝王，非加上尊號無以慰臣民仰戴之愿』。上曰：『海賊，乃癬疥之疾。臺灣僅彈丸之地，得之無所加、不得無所損。若上尊號、頒恩詔，即入于矜張粉飾矣。不必行』。

乙丑（二十八日），福建提督施瑯奏：『舟山等處偽總兵有兵丁船只在海島者，俱遣人招撫；令聚集一處，以杜奸宄』。上曰：『施瑯所奏招積各島船只，籌劃周詳，甚為可嘉！此等見在海島船只及偽官兵丁，著施瑯嚴加確察，俱行收撫；務盡根株，毋貽患』！

命吏部侍郎杜臻等在閩、粵、江、浙勘沿海邊界，招墾荒地，復諸遷民業。

十二月丙辰（十九日），調施維翰為福建總督（由浙江調）。

康熙二十三年甲子（一六八四）春正月丁亥（二十一日），福建提督靖海將軍侯施瑯奏：請設臺灣鎮守官弁。上問大學士等曰：『爾等之意若何』？李霨等奏曰：『據提督施瑯奏云：臺灣有地數千里、人民十萬，棄之必為外國所踞；奸宄之徒竄匿其間，亦未可料。臣以為守之便』。上曰：『臺灣棄取，所關甚大。鎮守之官，三年一易，亦非至當之策。若徙其民人，又恐失所；棄而不守，尤為不可。爾等可會同議政王大臣、九卿、詹事、科道再行確議具奏』。尋議政王大臣議覆：行令福建督、撫、提、鎮詳議。從之。

三月辛未（初五日），浙江巡撫金鋐奏：海上烏洋舟山偽將軍黃錫鵬、周云隆、偽都督阮繼先率偽官百員、兵四千一百余名投誠。

壬申（初六日），以福建投誠偽將軍劉國軒為直隸天津總兵官。

夏四月丁酉（初二日），天津總兵官劉國軒陛辭；上諭：『臺灣地方阻聲教者六十余年，爾素懷忠誠，值施瑯督兵進剿，首先歸命。是以特授為總兵官，以示優眷。但天津地方近在畿輔，與別省不同。爾宜加意撫輯，使兵民相安，盜賊屏跡。且爾從閩海來，并無親知故舊，當盡職以副朕懷』。又諭：『朕嘉爾海外倡率歸誠，且孤身遠來；今當赴任，殊為可念！故于常例之外，賜爾白金二百兩、表里二十疋、內廄鞍馬一匹，以示異數』。

己酉（十四日），差往福建料理錢糧侍郎蘇拜會同福建督、撫、提督等奏：『臺灣地方千余里；應設一府、三縣，設巡道一分轄。應設總兵官一、副將二、兵八千，分為水陸八營。澎湖應設副將一、兵二千，分為二營。每營各設游、守、千、把等官』。從之。

辛亥（十六日），九卿等議準：『工部侍郎金世鑒奏：皇上德威遐布，海外悉寧。浙江沿海地方，請照山東諸處見行例，聽百姓以裝載五百石以下船只往海上貿易、捕魚；豫行稟明該地方官，登記姓名、取具保結，給發印票，船頭烙號。其出入，令防守海口官員驗明印票、點明人數；至收稅之處，交與該道計貨之貴賤、定稅之重輕，按季造冊報部。至海口官兵，請于溫、臺二府戰船內各撥二十只，平定臺灣所獲哨船撥八十只，令其分泊，防守巡邏』。從之。

五月丙寅朔，調王國安為福建總督，裁浙江總督。

秋七月乙亥（十一日），奉差福建、廣東展界內閣學士席柱復命，奏曰：『臣往海展界，福建、廣東兩省沿居民群集跪迎；皆云『我等離舊土二十余年，已無歸鄉之望。幸皇上威德，削平寇盜，海不揚波。今眾民得還故土，保有家室，各安生業；仰戴皇仁于世世矣』。上曰：『百姓樂于沿海居住，原因海上可以貿易、捕魚。爾等明知其故，前此何以不準議行』？席柱奏曰：『海上貿易，自明季以來，原未曾開，故不準行』。上曰：『先因海寇故，海禁不開為是。今海氛廓清，更何所待』？席柱奏曰：『據彼處總督、巡撫云：臺灣、金門、廈門等處雖設官兵防守，但系新得之地；應俟一、二年后，相其機宜，然后再開』。上曰：『邊疆大臣，當以國計民生為念。向雖嚴禁，其私自貿易者何嘗斷絕。凡議海上貿易不行者，皆總督，巡撫自圖射利故也』！席柱奏曰：『皇上所諭極是』。......

丙子（十二日），召問學士席柱曰：『朕前日未曾問及提督萬正色、施瑯；伊等品行若何』？席柱奏曰：『陸路提督萬正色為人忠厚和平，居官亦優』。上曰：『萬正色前督水師時，奏臺灣斷不可取；朕見其不能濟事，故將施瑯替換，令其勉力進剿，遂一戰而克。萬正色、施瑯二人，今相睦否』？席柱奏曰：『二人陽為和好，陰為嫉妒』。上曰：『施瑯何如』？席柱奏曰：『施瑯人材頗優，善于用兵；但行事微覺好勝』。上曰：『粗魯武夫，未嘗學問；度量褊淺，恃功驕縱：此理勢之必然也』。

八月乙卯（二十二日），以黃桂為福建按察使（由江南驛鹽道遷）。

九月甲子朔，諭大學士等：『向令開海貿易，謂于閩、粵海邊生民有益。若此二省民用充阜、財貨流通，各省俱有裨益。且出海貿易，非貧民所能；富商、大賈懋遷有無，薄征其稅，不致累民，可充閩、粵兵餉，以免腹里省分轉輸協濟之勞。腹里省分錢糧有余，小民又獲贍養。故令開海貿易。今若照奉差郎中伊爾格圖所奏，給與各關定例款項于橋道、渡口等處概行征稅；何以異于原無稅課之地，反增設一關科斂乎？此事恐致擾害民生。爾等傳諭九卿、詹事、科道會議具奏』。

丙子（十三日），兵部題：『原任福建總督姚啟圣修理兵船、兵器，浮冒錢糧四萬七千余兩，應行追賠』。得旨：『姚啟圣攻取臺灣，著有勞績；著免其追賠』。

己丑（二十六日），兵部等衙門遵旨會議：『續順公沈瑞，于康熙九年襲伊叔沈永興公爵。康熙十三年，逆賊劉進忠反，沈瑞被擄臺灣，雖受偽印，但其時沈瑞年纔十二，尚在幼小，且不忘國恩，協謀內應，以待我大兵至。康熙二十年十一月，為同謀偽鎮朱友出首，全家被害；此公爵仍應世襲。俟查明應襲之人，具題承襲』。從之

冬十月丁巳（二十五日），弛海禁，惟不得以火藥、軍器出洋。

十二月甲辰（十三日），先是，侍郎蘇拜等奏：『鄭克塽、劉國軒、馮錫范、明裔朱桓等，俱令赴京；其武職一千六百有奇、文職四百有奇，或愿回籍、或愿授職，應聽部察例議敘。兵四萬余人，愿入伍、歸農，各聽其便』。上命鄭克塽家口親族及劉國軒、馮錫范本身家口，俱令遣發來京。其偽官并明裔朱桓等，俱于附近各省安插墾荒。余如議』。至是，鄭克塽等至京。上念其納土歸誠，授鄭克塽公銜，劉國軒、馮錫范伯銜，俱隸上三旗；仍令該部撥給房屋、田地。

康熙二十四年乙丑（一六八五）春二月乙未（初五日），以張汧為福建布政使（由貴州按察使遷）。

戊午（二十八日），命大學士明珠等傳諭天津總兵官劉國軒曰：『朕撫御寰區，聿臻治理。止臺灣余孽一線尚存，雖屬小島未平，猶慮海濱弗靖；爾劉國軒身為渠黨，乃能仰識天時，勸令鄭克塽納土來歸，朕心嘉悅！授爾總兵官之任。聞爾家口眾多，棲息無所。京城房舍，人有定業；況價值不貲，爾安從得之。今賜爾第宅，俾有寧居，以示優眷』。

三月乙丑（初五日），正黃旗漢軍公鄭克塽題：請敘鄭聰等投誠功；部議不準。上諭大學士等：『大兵進剿，鄭聰等同鄭克塽即獻臺灣投誠；久踞海島之寇，盡行消滅。伊等，著準其議敘』。

丁亥（二十七日），福建提督侯施瑯奏：請恤賞進剿澎湖傷亡兵丁；部覆毋庸議。

上諭大學士等：『凡軍功議敘恤賞，俱關緊要。如遲延日期、往返咨查，恐奸宄之徒舞文作巧，易生弊端。朕思此等貧兵，早給一日恤賞，使得早受一日實惠。此后，著一概速行議恤』。

夏五月庚申朔，戶部議準：『郎中塞楞額奏：福建設爐二十座鑄錢，將明代舊錢悉行銷毀』。上諭大學士等：『舊錢流布，不止福建一省，他省亦皆有之。止可聽其從容銷去；若驟為禁止，恐不肖之徒借端生事，貽害平民，亦未可定。所奏不準行』。

秋八月戊戌（初十日），以孔興洪為福建按察使（由直隸口北道遷）。

雍熙二十五年丙寅（一六八六）春三月癸酉（十九日），以田慶曾為福建按察使（由河南河北道遷）。

夏四月癸巳（初九日），以張仲舉為福建巡撫（由湖南布政使遷）。

冬十二月戊午（初八日），予臺灣殉難續順公沈瑞暨妻鄭氏及拖沙喇哈番沈珽各祭葬。

丙寅（十六日），福建提督張云翼奏：『水師提督施瑯于泉州公廨建立御書碑亭，各官不便行走』。得旨：『朕賜御書，原以裦施瑯之功，榮寵其一身一家；于伊家左右，猶可立碑。今乃于公所建立，不獨張云翼一人出入未便，即合省文武大僚亦皆震悚回避。此特借端招搖，該部嚴飭施瑯不得于公所立碑』。

己巳（十九日），以張永茂為福建布政使（由廣西按察使遷）。

康熙二十六年丁卯（一六八七）春三月乙酉（初七日），大學士等奏：『臣等遵旨傳諭九卿等集議應行、應改事務，諸臣僉云：『皇上夙夜孜孜勤求治理。政務俱已全備、寰宇已極升平；并無應行、應革事件。前輔政大臣時，各省皆有總督；自皇上親政以來，酌裁總督員缺，惟設江南江西一總督、廣東廣西一總督、云南貴州一總督、湖南湖北一總督、四川陜西一總督、福建浙江一總督。后將浙江福建總督缺，改為福建總督；然浙江、福建皆系近海地方，請仍改福建總督為浙江福建總督，似屬有益』。從之。

調王新命為浙江福建總督（由江南江西總督遷）。

夏四月乙亥（二十八日），準福建臺灣府鄉試另編字號，額中一名；從陸路提督張云翼請也。

康熙二十七年戊辰（一六八八）春三月己丑（十六日），調王新命為河道總督（由福建浙江總督調）。

丙申（二十三日），以王隲為福建浙江總督（由江西巡撫遷）。

壬寅（二十九日），諭兵部尚書張玉書、刑部尚書圖納、左都御史馬齊曰：『前李光地曾奏：「德格勒、徐元夢所學甚博、作文甚優，漢官亦不能及」。德格勒奏：「李光地用為總督、提督，令同伊母赴任，始肯就職；若用于別任，必不來也」。朕因其互相陳奏，欲辨虛實。從前將德格勒親加考試，其文見存；今李光地已來京，爾等可將德格勒試卷宣示九卿，并以問李光地』。于是張玉書等傳集九卿公閱德格勒試卷，奏稱：『德格勒之文，詞語粗鄙，毫無文氣。詰問李光地，亦自甘妄奏之罪。請將李光地下部議處』。上曰：『李光地本應治罪；念其任學士時，凡議事不委順從人。臺灣之役，人皆謂不可取；李光地獨言可取：此其所長。除此事外，別無妄奏之處；姑從寬免，令仍為學士』。