冬十月乙亥，閻敬銘請終制，不許。官軍獲直、東股匪朱登峰等，悉誅之。丙子，捻首張總愚由魯山、南召南竄。己卯，陶茂林軍解鳳翔圍，實授茂林甘肅提督。命丁憂總兵成祿留營。撤退李泰國，以赫德辦理總稅務司。辛巳，粵匪竄龍勝，總兵胡元昌死之。甲申，諭駱秉章分軍剿瞻對，疏通藏路。諭阻法教士入藏傳教。丁亥，朝陽馀匪竄擾昌圖。詔臣工力求節儉。趣賈洪詔赴昭通。以捐備馬匹賞紥薩克臺吉明珠爾多爾濟貝子銜。戊子，李云麟軍失利，粵匪陷陜西山陽。張總愚竄鄧州。賴、曹諸酋竄鳳縣、兩當。庚寅，左宗棠軍擊敗杭州、馀杭踞賊。壬辰，藍逆陷眛厔。癸巳，上釋服逾期，祁俊藻、倭仁、李鴻藻請黜浮靡以固圣德。懿旨：“屏斥玩好游觀興作諸務，祁俊藻等其各朝夕納誨，養成令德，以端治本而懋躬行。”逆酋古隆賢就撫，收復石埭、太平、旌德。曾國荃等軍復秣陵關。丙申，桂軍復容縣。丁酉，程學啟等軍攻克滸墅關。己亥，官軍剿昌圖匪失機，諭責玉明諱飾。辛丑，英桂遷福州將軍，以沈桂芬署山西巡撫。癸卯，李秀成援蘇州，李鶴章等軍擊敗之。命富明阿幫辦僧格林沁軍務。是月，免廣西永安等州廳縣被擾新舊額賦。
十一月丙午，奉天匪竄吉林，玉明等會剿。皖軍復懷遠及蚌埠。丁未，僧格林沁督諸軍攻剿苗沛霖，誅之。李鴻章督軍復蘇州，粵酋郜云官等降。加鴻章太子少保銜，程學啟世職，并賞黃馬褂。戊申，逆酋楊友清等以高淳、寧國、建平、溧水降。李云麟等復山陽。粵軍復信宜。己酉，劉典等軍復昌化。庚戌，藍逆竄商南。癸丑，張總愚竄淅川。甲寅，僧格林沁軍復下蔡、壽州。丙辰，李鴻章誅郜云官等，遣散降眾。丁巳，李鶴章軍克無錫、金匱。庚申，李續宜卒。丘縣匪張本功等糾眾抗糧，捕誅之。實授閻敬銘山東巡撫。沠陽回眾降。壬戌，官軍復潁上、正陽。癸亥，馬化龍陷寧夏、靈州。論平苗逆功，復李世忠職。曾國荃軍克淳化等隘，進駐孝陵。丙寅，官軍克嘉善張涇匯。丁卯，逆回圍寧夏滿城。庚午，蘇軍復平湖。賊目以乍浦、嘉善降。是月，免山東泗水等州縣災擾錢糧，直隸武清等州縣被災額賦。賑吉林打牲烏拉災。
十二月丁丑，提督江忠義卒于江西軍次。庚辰，蘇軍克平望。辛巳，唐訓方罷，以喬松年為安徽巡撫。戊子，以唐友耕為云南提督，令赴昭通。辛卯，譚廷襄言統籌黃河下游地勢，請瀎支渠以減漲水，培土埝以衛民田。諭劉長佑、閻敬銘會同籌辦。癸巳，陜回、粵匪紛竄甘境。甲午，允蘇、松、太漕糧減價折徵。乙未，上御撫辰殿大幄，賜蒙古王公宴，賞賚有差。每歲皆如之。復彰化，臺灣兩路賊平。丙申，翁同書加恩遣戍。命左宗棠剔除浙東地丁積弊。飭陜、鄂、川會剿漢南逆匪。是月，免山東、陜西被擾州縣新舊額賦，并孝義等廳縣倉糧。
是歲，朝鮮入貢。
三年甲子春正月癸卯朔，上率王大臣慶賀兩宮皇太后，禮成，御太和殿受朝。自是每歲皆如之。甲辰，李鴻章軍擊常州援賊于奔牛鎮，大捷。丙午，鳳翔回民乞撫，許之。商南匪竄鄖西。調湖北石清吉軍赴陜。援陜川軍失利于青石關。庚戌，河南捻匪竄隨州。癸丑，豫軍剿張總愚于趙莊山口，失利。己未，官軍復修文及冊亨。庚申，調直、晉兵援寧夏。諭阿拉善旗禁蒙民與回匪勾結。甲子，李世賢竄績溪。丙寅，命都興阿赴綏遠會辦防務。富明阿赴揚州接辦軍務。己巳，浙軍復海寧。彰化匪首戴萬生伏誅。粵匪竄石泉、漢陰、寧陜。是月，免安州等處歉收逋賦。
二月壬申朔，官軍復漢中留壩。黔軍復龍里。乙亥，粵匪竄廣信、建昌。庚辰，寧夏回匪犯中衛等處，熙麟分兵援之。壬午，廣東三山土匪平。癸未，粵匪陷鎮安，旋復之。丁亥，多隆阿圍眛厔久未下，切責之。停山東畝捐，從閻敬銘請也。戊子，桂軍克蒼梧等縣。庚寅，曾國荃等軍克鍾山石壘，合圍金陵。蔣益澧軍復桐鄉。粵匪偪閩境，張運蘭軍援之。壬辰，豫軍克息縣、光州賊寨。甲午，粵匪竄廣豐、弋陽。庚子，陜南匪竄內鄉。
三月壬寅，程學啟等軍克嘉興。贛軍復金豨。江南軍復溧陽。陜軍克眛厔，多隆阿以傷賜假，穆圖善暫督軍務。雷正綰等軍進剿逆回。川匪藍二順竄洵陽。丙午，僧格林沁統全軍赴豫，進至許州。江南軍復廣德。嘉義匪首林贛晟伏誅。己酉，戈登攻金壇受創，命慰問。岑毓英等軍克他郎、鎮沅。庚戌，命多隆阿督辦陜、甘軍務。壬子，蔣益澧各軍克復杭州及馀杭。加左宗棠太子少保銜，賞益澧黃馬褂，尋予世職。甲寅，免杭、嘉新復各地錢糧二年。命穆圖善幫辦多隆阿軍務，暫署欽差大臣。川軍攻松潘匪，復疊溪營城。丁巳，滇軍復景東、元謀及楚雄。癸亥，贛匪竄福建。乙丑，逆首藍大順伏誅。丙寅，浙軍復武康、德清、石門。諭左宗棠收養杭州難民。己巳，提督程學啟卒于軍。庚午，張總愚竄鎮平。甘肅回匪馬三娃陷赤金堡，官軍剿平之。是月，免貴州各府廳州縣被擾逋賦。
夏四月辛未朔，日有食之。壬申，鮑超軍復句容。丙子，命都興阿赴定邊接統訥欽所部各軍，進剿寧靈踞匪。丁丑，李世賢等竄江西。鮑超軍復金壇。捻、粵各匪合竄棗陽。陜南匪竄河南，陷荊子關。戊寅，湘軍會復古州。辛巳，覈減紹興浮收錢糧，著為永例。甲申，李鴻章督軍克常州。馮子材等軍復丹陽。以故朝鮮王李世子熙襲爵，命侍郎皂保、副都統文謙往封。丙戌，以侍郎薛煥、通政使王拯互訐，均予降調，并申誡臣工。官文赴安陸督師，嚴樹森辦省城防守。庚寅，多隆阿卒于軍。命都興阿督辦甘肅軍務，雷正綰幫辦之。辛卯，贛軍解玉山圍。癸巳，嚴樹森以官文劾降，以吳昌壽為湖北巡撫，唐訓方署之。命楊岳斌督辦江西、皖南軍務。辛卯，僧格林沁會楚軍剿粵、捻于隨州，大敗之。丁酉，以江防下游肅清，裁汰師船，并弛封江之禁。戊戌，粵匪陷弋陽。陜南粵逆竄德安府，僧格林沁軍追剿之。己亥，申誡統兵大臣奏報粉飾。是月，免武進、陽湖本年額賦。
五月庚子朔，黔匪陷長寨、定番、廣順，旋復之。甲辰，粵匪竄天門、應城、德安、隨州。乙巳，粵匪陷寧化，旋復之。熙麟病免，以楊岳斌為陜甘總督，都興阿署之。丁未，允日斯巴尼亞立約通商，命薛煥、崇厚充全權大臣，妥為辦理。諭李鴻章撥勁旅助攻金陵。己酉，李世賢犯撫州，官軍擊走之，復弋陽。賞戈登黃馬褂、花翎，并提督章服，汰留常勝軍，撤遣外國兵官。辛亥，官軍復都江、上江等城。粵匪竄逼西安。癸丑，褫劉蓉、李云麟職，留任。命穆圖善留西安會籌防剿。黔匪竄秀山。戊午，鮑超乞假葬親，詔慰留。李世賢陷宜黃、崇仁，南昌戒嚴。庚申，回匪陷狄道，旋復之。壬戌，粵匪竄黃陂，官文移軍孝感。癸亥，懿旨瑞常、寶鋆、載齡、單懋謙、徐桐輪直進講治平寶鑒。粵匪再陷建寧、寧化，旋復之。丁卯，雷正綰軍復平涼。戊辰，諭疆吏不分畛域，會緝邊匪。命李恒嵩、劉郇膏與丹使璧勒在上海換約。己巳，桂軍克貴縣賊巢，潯州肅清。
六月壬申，申誡各部院大臣毋得仍前泄沓。癸酉，粵匪竄麻城、黃岡。丁丑，雨。蘇軍復長興。黔軍復普安。馬如龍、岑毓英各軍剿迤西回匪，復中甸、維西、思茅、威遠及石膏井等賊巢。戊寅，庫車漢、回亂，辦事大臣文藝、回子郡王愛默特死之。安置哈薩克眾于齋桑淖爾東南。戊子，贛軍克貴溪賊壘。曾國荃軍克金陵外城。辛卯，雨。回匪陷布古爾、庫爾勒。諭撤訥欽等軍。癸巳，浙軍復孝豐。戊戌，官軍克復江寧，洪秀全先自盡，其子福瑱遁，獲賊酋洪仁達、李秀成，江南平。遣醇郡王詣文宗幾筵代祭告。上詣兩宮賀捷。論功，晉封曾國藩一等侯；曾國荃一等伯，加太子少保銜；提督李臣典一等子，賞黃馬褂；蕭孚泗一等男：均賞雙眼花翎。按察使劉連捷等賞世職，升敘有差。命戮洪秀全尸，傳首各省。論各路剿賊功，封僧格林沁子伯彥訥謨祜為貝勒，官文一等伯，李鴻章一等伯，駱秉章一等輕車都尉，均賞雙眼花翎，加楊岳斌、彭玉麟太子少保，并鮑超均一等輕車都尉，都興阿、富明阿、馮子材騎都尉，魁玉云騎尉。回逆陷喀喇沙爾，辦事大臣依奇哩等均死之。是月，免福建建寧等縣屬被擾逋賦。
秋七月庚子，以江南平論功，晉封議政王恭親王子載澂貝勒，載瀎不入八分輔國公，載瀅不入八分鎮國公，加軍機大臣文祥太子太保銜，寶鋆、李棠階太子少保銜，加恩宗親及御前大臣、內務府大臣，馀賚錄有差。辛丑，以歲逢甲子，詔停句情實人犯。諭：“江南新復，民生彫敝，有司招徠撫恤之。其軍務未靖諸省，統兵大臣、督撫等須激厲將士，奮勉圖效。”俄兵入科布多卡倫，執委員及紥薩克。壬寅，禁宗室、覺羅潛住外城。甲辰，追論附苗沛霖罪，總兵博崇武等戍新疆，按察使張學醇戍軍臺。粵匪竄踞羅田。桂匪陷歸順。己酉，詔修明太祖陵。裁江北釐金。復兩淮鹺務。庚戌，實授沈桂芬山西巡撫。以鄭敦謹為河東河道總督。辛亥，丹國換約成。壬子，洪仁達、李秀成伏誅。汪海洋竄踞許灣。癸丑，洪福瑱入湖州。鹽茶、固原回匪復叛，北竄寧靈，擾中衛、靖遠，撒回句結陷循化廳，吐魯番屬托克遜漢、回亦變亂。甲寅，戶部侍郎吳廷棟言金陵告捷，請益加敬懼，嘉納之。丁巳，以廣西道梗，止越南入貢。奇臺漢、回作亂，古城、烏魯木齊同時不靖。文光等軍進援庫車，失利，覆于烏沙塔克拉，死之。庚申，狄、河回匪結撒回擾河州。贛軍復崇仁、東鄉。辛酉，復金豨。壬戌，祁俊藻因病乞休，命仍以大學士銜直弘德殿。官軍獲昌圖盜匪劉發好等，誅之。癸亥，復鄭親王、怡親王襲爵。錄已故諸臣功，予胡林翼一等輕車都尉，李續賓二等輕車都尉，塔齊布、張國樑、江忠源、程學啟三等輕車都尉，加賞江忠濟、羅澤南、多隆阿、曾國華一云騎尉。贛軍復宜黃，甲子，克許灣。乙丑，僧格林沁敗賊麻城。曾國荃乞病，溫諭止之。李臣典以傷卒于軍。是月，免江蘇、安徽各屬被擾逋賦。
八月己巳朔，定諸王位次，著為令。贛軍復南豐，庚午，烏魯木齊參將反，提督業普沖額死之。伊犁危急，調塔爾巴哈臺喀爾喀蒙兵援之。諭劉蓉專辦陜西軍務，穆圖善統所部赴甘，與雷正綰籌辦軍務。趣楊岳斌即赴陜甘任。辛未，諭張集馨赴固原、鹽茶辦撫回事宜。癸酉，蘇、浙官軍會克湖州及安吉。乙亥，贛軍復新城，陳炳文降。辛巳，官軍復廣德。賞郭松林世職，楊鼎勛、周盛波黃馬褂。貴縣匪平。擢劉銘傳為直隸提督。壬午，回匪陷古城漢城。癸未，雷正綰軍克張家川賊巢。甲申，僧格林沁剿羅山竄賊失利，都統舒通額等死之。丁亥，云南巡撫賈洪詔以藉病規避，褫職。己丑，調土謝圖汗、車臣汗蒙兵赴烏魯木齊等處助剿。壬辰，浙軍追賊于昌化、淳安，擒賊酋黃文金等誅之。以林鴻年為云南巡撫。癸巳，詔新疆各路大臣分別剿撫。以回郡王伯錫爾聯絡各城殺賊，嘉獎之。庫爾喀喇烏蘇等處回匪亂，官軍失利。甲午，命麟興辦烏里雅蘇臺立界事宜。乙未，僧格林沁剿賊失利，總兵巴揚阿等死之。丙申，雷正綰攻蓮花城不利，回匪復陷固原。丁酉，河、狄回匪竄犯蘭州及金縣。
九月己亥朔，劉銘傳各軍擊敗寧國等處竄匪。庚子，贛軍復雩都。以李云麟乞病規避，褫職，撤所統隴軍。壬寅，曾國荃以疾乞免，允之。命馬新貽為浙江巡撫，留辦安慶防守事宜。癸卯，命穆圖善幫辦都興阿軍務。甲辰，楊岳斌乞病，溫諭止之。李世賢犯南安，官軍擊走之。乙巳，回匪陷葉爾羌，署參贊奎棟死之，喀什噶爾、英吉沙爾武弁同叛。己酉，西寧回眾降。庚戌，張家川回匪犯慶陽。辛亥，贛賊竄南雄。壬子，粵匪陷開化，竄江西。黃、麻匪竄商城。乙卯，日斯巴尼亞換約。丙辰，諭內務府力求撙節。命札克通阿署哈密大臣。丁巳，西寧回匪復叛。戊午，粵匪蔡得榮等竄陷階州。庚申，詔修曲阜圣廟及各省學宮。辛酉，修浙江海塘。甲子，捻匪竄蘄水，鄂軍失利，總兵石清吉死之。乙丑，俄兵闌入阿爾泰淖爾。丁卯，沈桂芬請籌費移屯以恤旗民。