九年，成功取仙游，復取揭陽、普寧。清鄭親王世子濟渡率師平海，調各澳船出泉州，圍虎頭，戰不利。夜狂風大作，船相觸損壞過半。攻金門白沙寨，成功迎敵，退入泉港。施郎、黃梧以事前后降清，督師入奏，詔以前授成功海澄印授梧；薦施郎為副將，改名瑯。成功既墮安平鎮及漳州府漳埔、長泰、同安諸縣城，集諸將議曰：「本藩欲北上爭衡，因失海澄中止。今貝勒輿總督駐漳州，福州必虛；我乘南風抵閩安，取福州，則漳泉下游悉為我有」。遂以甘輝為帥、萬禮副之，統杜輝、陳斌等十五鎮北上攻閩安，守將望風遁。成功聞報，命前提督黃廷率陳鵬守廈門、洪旭同兄泰守金門，自與王秀奇等將大隊舟師入南臺，奪其橋；再戰再勝，進圍福州。分兵守烏龍江，以御泉、漳救援之師；西據洪塘水口，以截延、建餉道；北守連江北嶺，以遏溫、臺；惟南面近水不為備。巡撫宜永貴與副將田勝議分兵守烏樓，成功每攻城，輒為烏樓炮石所傷；乃并力攻烏摟，破之。城中益懼，參將張國威請于巡撫，出原任藩司周亮工、副將王進于獄，問以破敵之策。亮工曰：「城外營壘相連，獨東南一角疏防，令王進將步騎暗過鼓山，出路通橋，以襲南臺海船；令一軍伏南門、一軍伏西門，出不意突擊，破之必矣」。夜三鼓，開水部門，繞鼓山而出。天明，鳴螺掩殺，城上發大炮，伏兵齊起。成功諸營出不意。拋棄器械旗幟下船，解椗退屯閩安。十二月，攻羅源，復攻寧德芝龍再遣家人謝表謁督師，請勸成功投誠。巡撫佟岱致書成功，謝表赍書至寧德曰：「天下巳定，徒勞無益」。成功叱曰：「小人焉敢鼓唇舌」！表悚然不敢復言。清督師聞寧德之警，遣阿克襄往援。成功亦慮督師乘間攻廈門，令甘輝斷后。殺阿克襄。乃遣謝表歸，而致書其父曰：「吾父禍福存亡，兒料之熟矣；前言巳盡。但謝表日夜跪哭，謂無可回復，不得不因前言而申明之。大丈夫光明正大，豈肯效詐偽之所為？茍就機局，取笑當時。誠能略其小而計其大，益地足食插我弁眾，罷兵息民，彼無詐、我無虞，如此則奉清朝正朔，無非為民生地也、為吾父屈也。文官聽部選、錢糧照前約，又非徒為生民計、為吾父屈他。將兵安插得宜，則清朝無南顧之憂；海外別一天地，兒效巢、由、嚴光優游山林，高尚其志耳。兒志已堅而言尤實，毋煩再投；乞赦不孝之罪焉」。

十一年，攻溫州，謀大學入長江，令部將施舉招撫松門漁船為鄉導。舉至定海關，遭風入港，遇清水師，大戰死。七月，以洪旭、陳輝守金、廈，命陳斌、盧謙等守閩安之羅星塔，自領舟師北上。攻黃巖，知縣劉登龍投江死。進圍臺州，知府齊維藩獻城降。清總督李率泰遣標將張蘊玉以三千人潛渡長樂港，過羅星塔，截海師歸路，而后合兵進攻，余程戰死，陳斌、盧謙援絕出降。成功聞閩安不守，慮失兩島，乃命陳堯策屯狼崎，自回廈門攻鷗汀寨，克之。

十二年，桂王在滇遣使冊封成功為延平郡王、招討大將軍，賜尚方劍，便宜行事。九月，成功取象山。

十三年，桂王入緬甸；成功乃約兵部張煌言大舉北上，以圖牽制。抵崇明，總兵梁化鳳斂兵堅守。成功欲順風取瓜洲，煌言曰：「崇明為江海門戶，有懸洲可守，先定之以為老營；脫有疏虞，進退可據」。成功曰：「崇明城小而堅，取之必淹日月。今先取瓜洲，破其門戶、截其糧道，腹心潰則支體隨之，崇明可不攻而破也」。乃遣監紀劉澄密通江南提督馬逢知，而請煌言以所部兵為前軍鄉導過江陰，舟楫蔽江而上。六月丁酉，至丹徒。壬寅泊焦山祭天旗蓋袍服用赤色，望之如火；癸卯祭地，望祀山川岳瀆，用黑色，望之如墨。甲辰，吉服祭太祖畢，縞素祭祟禎、隆武帝，用白色，望之如雪。慟哭誓師，三軍皆泣下。江南結大木為筏，覆以土，上可馳馬；旁有木柵穴而置炮，亦名「木浮營」，船遇之立碎。又于金、焦間鐵鎖斷之，名「滾江龍」。成功與諸將議曰：「瓜鎮為金陵門戶，宜先破之」。令馬信、余新奪譚家洲，材官張亮督泅水者斬滾江龍；自率親軍與中提督甘燀、左提督翁天佑，建大將旗鼓，直搗瓜洲。清操江朱衣佐、城守左云龍率兵一萬拒之；見海舟蒙白絮，揚帆直上，近滾江龍，測復下炮擊之，不傷一艘；循環者數次，而滾江龍已斷。蓋海舟內藏泅水人，且以誘炮矢也。度炮且盡，成功麾兵大進。周全斌率兵士帶甲浮渡登岸，身中五矢，氣益奮，斬云龍于橋下，擒衣佐。正兵鎮韓英奪門入。登城樹幟。全斌望見，陷西北隅以入，譚家洲及木柵兵望風潰。成功以劉猷守瓜洲、柯平督理江防，而悉師攻鎮江。守將告急于南京將軍，以鐵騎千人赴援，大言海賊不足畏也，憍躁欲戰。而海舟忽上忽下，京軍駐南則泊于北、駐北則泊于南，隨之三日夜不息。酷暑遇雨，人馬饑疲。海軍分五隊，皆步卒。凡騎兵遇步卒，勒馬退數丈，加鞭突前，敵陣動則沖之，步卒自相踐踏；以此常勝。至是施之海師，則嚴陣屹然不動。團牌自蔽，望之如堵。合戰良久，海師白旗一揮，兵即兩開如退避狀，或伏于地。江南師謂其將遁也，馳軍突前。忽發大炮，擊死千余人，乃退保銀山。成功夜令陳魁統鐵人軍逼柵，守兵見之，不敢出戰。射之，則箭不能入。鐵人冒死進，柵遂破。遲明，江南師復分五路，壓其壘而軍。成功令發大炮，多鼓鈞聲，江水騰沸；江南兵下馬殊死戰。薄午，海師益奮。江南提督管效忠沖其陣入之而陣變。首尾相應。效忠負旗而走，遂大敗，所部四千人存者百四十人，走南京；嘆曰：「吾自滿洲人中國十七戰，未有如此死戰者也」！鎮江守將獻城降。癸丑，成功饗將士于京峴山，命將分守，徇屬邑皆下之。癸亥登舟傳檄，丙寅至觀音門，戊辰至儀鳳門登岸，軍于獅子山。朱衣佐之披擒也，成功曰：『此腐儒也，殺之污吾劍』。縱之；歸言于總督郎廷佐曰：「彼眾不過數萬、船不過數百，請卑詞寬限以驕其心」。乃遣人說成功曰：「我朝有例，守城過三十日，罪不及妻孥；乞寬三十日之限』。潘庚鍾曰：『孫子有云：卑詞者，詐也；無約而請和者，謀也。此緩兵之計也』。成功以累捷，頗有驕色。有閩人林某犯法逃江南，具言二十三日為成功誕辰，諸將卸甲飲酒，乘之可破。崇明副將梁化鳳赴援，與城守；聞之，夜穴神策門，引五百騎突犯余新營。海師出不意，驚潰，余新入蕭拱宸營。化鳳乘之，拱宸亦敗，余新被擒。翁天馳救之，而化鳳已入城矣。成功調姚國泰、楊祖、藍衍、楊正屯山上，甘輝、張英伏谷內，林勝、陳魁列山下，陳鵬、蔡祿往來接應。質明，移帳。化鳳率驍騎薄楊祖營，祖奮力迎敵，三合三卻，藍衍戰死；陳鵬、蔡祿救之不及。而化鳳從山上馳下，鵬、祿軍亦潰。清師乘勝掩殺，海舟師咸搖動，惟左右提督、虎衛軍、右沖鋒、援剿后鎮軍得全。癸未，成功至鎮江，大慟曰：『是我輕敵，非爾等之罪也』！遂棄瓜鎮，泊排沙嶼，今馬信、韓英督舟師堵江口，周全斌、黃昭、吳豪為后鎮。梁化鳳歸祟明，成功攻之不克，乃回師廈門，上表待罪，立廟祀死事諸人。

十四年，清命將軍達素、總督李率泰搜金、廈兩島，檄碣石總兵蘇利、南洋總兵許龍、饒平總兵吳六奇會師島上。成功以陳鵬守高崎，遏同安；鄭泰出浯州，遏廣東；自勒諸將遏海門。總督旗牌張應雄之弟德為成功廚人，應雄以孔雀膽遺德，屬俟會宴時殺成功并諸將佐；德許諾，屬其徒王四為之。四下藥，則身戰栗。捧盤者環立，迫促弗及下；捧者去，乃安。如是者屨。乃告其父耀。耀大驚曰：「事主而害之，不忠也；受托而背之，不信也。寧為負信，不可不忠」！乃首之，誅張德。將軍達素與李率泰受陳鵬降，密通款飛催蘇利等會師海門。成功令諸將碇海中流，侯中軍號炮迎擊。令未畢，漳船猝至，諸將莫敢先發。閩安侯周瑞為閩師所乘，與陳堯策死之。陳輝見事急，舉火，閩師躍人舟者焚焉，輝跳而免。日向午。成功執旗劍問左右曰：「流平否」？曰：『流平矣』。曰：『流平則潮轉，潮轉則風隨之』。令舉炮起碇。俄東風大盛，成功手自搴旗，引巨艦橫擊之。鄭泰自浯嶼回擊，風吼濤立。一海皆動，軍士踏浪如飛。北人不諳水性。眩暈顛仆不成軍，遂大敗。其出閩安赴陳鵬約者，恃有內應，涉水爭先。鵬部將陳蟒不與謀，曰：「事急矣」！麾部下迎擊。殿兵鎮陳璋聞炮，以為鵬令也，亦鼓噪乘之。鵬愕然，不得已齊出，遂大捷。閩師死者千六百余人，滿洲精卒數百人降，蘇利等還，達素自殺。竟成功之世，無敢言覆島者。