十一年二月，帝御經筵，詢用人之法。道周請培養人才，且言治邊當審形勢，說甚具。六月，楊嗣昌奪情入閣。道周同日上三疏，其一劾嗣昌。疏曰：『天下無無父之子，亦無不子之臣。衛開方不省其親，管仲至比之豭狗；李定不了繼母憂，宋臣共指之為人梟。令遂有不持兩服，坐司馬堂如楊嗣昌者！為人臣者，其家父母不幸委棄，而儼衣冠、擁輿從，飛揚喑叱、抗顏僚友之前，此豈人理所應有也乎？今宣大督臣盧象升，父殯戴途，不視含殮，槌胸飲血以俟奔喪，而廷臣動推闊遠難移之人以緩其事。象升請附近撫臣權攝其事，于理可通；今又忽有并推在籍守制之旨。夫使守制者可推，是聞喪可以不去；聞喪者可不去，是為子者可不孝、為臣者可不忠。即使人材甚乏，奈何使不忠不孝者連苞引蘗種其不祥，以穢天下乎」？其一論新推宣大督臣陳新甲曰：「臣前閱邸報，見推宣大督臣有并推在籍守制之旨。陛下憂邊甚急，求才甚殷；廷臣不任驅使，及于兇人，臣竊痛之。及知會推為陳新甲，新甲守制未終，又聞其走邪徑、托捷足；天下即甚無才，未宜假借及此。夫輕爵祿而言破格，毋寧重爵祿而杜幸門；輕破格以飾功名，毋寧慎幸門以飾道德。古有忠臣孝子無濟于艱難者矣，未有不忠不孝而可進于功名道德之門者也。何必使被棘負涂者祓不祥以玷王化哉」？其一劾遼撫方一藻，則力詆和議之非。時七月三日也。帝疑道周以不用怨望，而搢紳勃溪語欲為鄭鄤脫罪；乃御平臺，召內閣諸大臣，并及道周。帝與諸臣語所司事畢，召道周前曰：「凡無所為而為者謂之天理，有所為而為者謂之人欲。爾三疏適不用之時，可謂無所為乎」？道周俯伏對曰：「圣學淵微，非臣所及。然論天人，分在義利。為利者以功名爵祿私之于己，事事專為己私，此為人欲。為義者以天下國家為心，事事在天下國家，此為天理。臣三疏皆為天下國家，非為一己功名爵祿；臣自信無所為也」。帝曰：「先時何不言」？曰：「先時御史林蘭友、科臣何楷皆有疏。二人，臣同鄉，心嫌不言」。帝曰：「今獨不嫌耶」？對曰：「臣所奏關天下綱常、邊方大計。今更不言，后將無及。且臣即緘默可以濫叨升斗，所惜陛下之綱常名教……」。語未竟，嗣昌驟進曰：「綱常二字，不敢不剖明。君為臣綱、父為子綱，君臣固在父子之前。臣父臣母皆受君恩無所逃，臣又逃于何所？臣四疏力辭。聞黃道周人品學術為人宗師，意必有持正之言可使臣終制；不謂其自言不如鄭鄤，臣始絕望」！道周曰：「故事：諫官論執政，執政出聽對仗，讀彈文。臣雖非言巨，然未有大臣當上前爭辨、不許盡言者」。帝復護嗣昌曰：「對君有體，嫚罵何也」？對曰：「臣疏豭狗、人梟語不無過激，幸明主故得直言。禮義廉恥，國之四維。臣為一己之私，緘默取富貴足矣」。帝曰：「無端污詆大臣，總有所為」。對曰：「宋臣司馬光有言：「臣若有專司則有不言，如為論思則無不可言者」。臣為侍從論思之臣，誠不忍見圣世有奪情之事，故言』。帝曰：「如此，又言不如鄭鄤，何也」？對曰：『匡章棄于通國，孟子不失禮貌；孔子自云辭命不如宰予。臣亦謂文章不如鄭鄤』。帝曰：「章子不得于父，豈鄤杖母之比？爾言不如，豈非朋比」？對曰：『眾惡必察』。帝曰：『陳新甲諳練軍情，爾言其走邪徑；豈嗣昌一薦為邪徑邪』？對曰：『臣不識陳新甲。但人心邪，則行徑皆邪。奪情一事，呼群引類為之，使成奪情世界，豈非邪徑？臣今日不言，后有言者，則臣之恥也』。帝復詰問久之。道周曰：『宋人惡李定不丁母憂，賜孝子粟帛風之。臣若救鄭鄤，則參嗣昌非所以救鄤也』。帝默然。有簡命出候旨。道周曰：『臣今日不盡言，則臣負陛下。陛下今日殺臣，則陛下負臣』。帝曰：『爾一生學問止成佞耳』！復命起。道周起，復跪曰：『臣請剖明忠佞。夫人臣在君父之前獨立敢言為佞，將阿諛順旨為忠耶？敢爭是非、辯邪正為佞，將容悅緘口為忠邪？忠佞不分則邪正不明，為政之大戒。帝曰：『問此遁彼，非佞而何』！叱之出。嗣昌曰：『皇上所諭，誠誅意之法。道周冒盛名，望為優容』。帝乃召文武諸臣咸聆戒諭而退。是時。帝憂兵事，謂可屬大事者惟嗣昌。而道周守經既失旨，奏對又不屈，怒甚，欲加重罪；終以其名高，未決。會劉同升、趙土春繼劾嗣昌，將予重譴，而部擬道周譴顧輕。嗣昌懼論己者將無已時也，陰構劾道周者。刑部主事張若麒謀改兵部，遂劾道周群黨籍籍，歸過君父。于是貶道周六級，為江西按察司照磨，而若麒得兵部。
十三年，江西巡撫解學龍薦所部官，推獎道周備至。故事：但下所司，帝不覆閱。而大學士魏照乘惡道周甚，擬旨責學龍濫薦。帝怒，立削學龍籍，并道周逮下刑部，責以黨邪亂政，并杖八十。詞連編修黃文煥、吏部主事陳天定、工部司務董養河、中書舍人文震亨，并系獄。戶部主事葉廷秀、監生涂仲吉救之，亦系獄。尚書李覺斯讞輕，嚴旨切責。再擬謫戍煙瘴，帝猶以失出，除覺斯名，移道周等鎮撫司；掠治煉鍛無所得，仍還刑部獄。刑部尚書劉澤深等言：「道周罪擬永戍至矣，過此惟論死。論死，非封疆、則貪酷，未有以擬建言者。道周建言蒙論，非我皇上覆載之量也。且陛下豈有積恨道周？萬一圣意轉圜，而臣已論定，悔之何及」？仍以原擬上，乃永戍廣西。
十五年二月出京，疏請便道攜家省墓。八月，帝召輔臣人文華殿，手一編從容問曰：「張溥、張釆，何如人也」？對曰：「讀書好學人也」。帝曰：「溥已死、釆小臣，科道何亟稱之」？對曰：「其胸中自有書，科道以其用未竟而惜之」。帝曰：「亦未免偏」。時楊嗣昌既死、周延儒再當國，方參月公議，欲為道周地；即對曰：「即黃道周亦不免偏。徒以其善讀書，人人惜之」。上默然。蔣德璟、黃景昉、吳甡復交言道周博學清修，在獄手書孝經跋語，仰頌圣德；且家貧子幼，可憫念，乞免永戍。延儒曰：「皇上心同天地，既赦道周，便可徑用，豈但移戍」。帝微笑不答。次日，敕閣議還其原秩。道周在途疏謝，乞宥學龍、廷秀。疏上，已別有旨赦免。帝召見道周，道周見帝泣曰：「臣不自意復得見陛下。臣故有犬馬之疾，請賜假歸」。許之（按年譜，復官謝疏稱聞盲十月朔日，即以是月還山，不載人京事；今據明史）。歸，構明誠堂講學，為朋誠之會。
福王稱號南京，起道周吏部侍郎，道周不出。馬士英諷之曰：「人望在公；不起，欲從史可法擁立潞王耶」？乃趨朝。九月，拜禮部尚書，協理詹事府事。明年三月、遣祭告禹陵。臨行上言：「今欲東收兗濟、北略漳河，然后問洛陽之鐘簴、埽承德之松楸，上規天壽；此曠日持久，其道誠難必。臣愚。計得一沈鷙之將，籍士三萬、赍糧百日，出贛榆韋橋、東逾破車、度臨朐、歷博興，直上鹽山，抵滄州。此間千四百里，皆荒曠如升虛邑；惟臨朐、安邱、樂安、陽信之間稍有屯聚，可因糧而食。盡七晝夜至武清，度白溝，出其不意從天而下。然后致陛下哀痛之意，祭告灑埽于十二陵，與長安下士拭淚而覲九廟。還則分兵兩道：一下臨清以收兗濟、一下邯鄲以收彰衛，其用力甚少，奏功甚巨。此耿弇所發憤于祝阿、劉裕所歡呼于大峴也』。不報。未歸而南京敗。道路傳福王在黃得功軍，道周上奏太后，請趣馬士英統黔兵至黃得功軍迎福王，速召金華江右兵及閩中潰旅令立功自贖。俱不報。
潞王監國杭州，道周上箋，請召劉宗周、姜日廣、高弘圖、楊廷麟、劉同升以收人心，論馬士英、阮大鋮賣君賣國罪。潞王不能用。不十日而亡。會鄭鴻逵護唐藩至，六月十三日，道周謁唐王于桐廬舟中。時諸將爭欲入閩，道周上箋：「請暫駐衢州以通兩路；西約虔臺以為犄角，北立信州之鎮以通大關，東治三寨之舟以通海道，而西北塞五虎、杉關以斷建昌，北塞清湖、江山以扼小關。閩中險絕，五代以來，割據者率偷安自保，不足自拔」。啟上而唐王已過仙霞嶺。馳書福建巡撫張肯堂、巡按吳春枝；時二臣猶豫未決，得書，乃奉王入省，閏六月初八日行監國事。而道周在浦城，追不及，又所持論與諸勛貴不協，乃遣人入賀，而身從洪塘間道歸里。唐王令人邀于道，初九日入謁。時危疑未定，道周以為不稱號無以收拾遠邇、號召天下，乃偕諸臣民于七月朔日勸進。庶事草創，凡大小禮節皆道周區畫裁定。晉少保兼太子大師、吏部尚書、武殿大學士。繼賜號奉天翊運中興宣猷守正文臣光祿大夫上柱國少傅兼太子太保，兼吏兵二部尚書、武英殿大學士如故。會賜宴，鄭芝龍爵通侯，欲位道周上，眾議抑芝龍，芝龍怒。道周疏求去，唐王慰留再四。乃疏薦蔣德璟，林欲揖及朱繼祚、黃斌卿、李世奇、紀文疇、蔡鼎等，而請身行邊。其時兵食大柄皆仰給芝龍，王徒擁空名，藉道周為重。道周亦知事不可為，每進見，相對泣下。王雖允道周行，責無兵與餉。
二十二日朝餞啟行，道周提空札數十，手書獎語，激以忠義，所至召募。八月三日至延平得秀才陳雄飛、應士〈金英〉及王加封、成仲治等；至建寧，得高萬榮、應天祥，而漳州中書舍人魏榘斌、諸生劉淳、戶部員外張天維、諸生商應椿、蔡春溶、張瑞鐘、監紀推官洪榜、賴繼謹皆先后統兵繼至；抵崇安，得曹樟及莆田秀才林堯佐。道周區為十營，營三百八十四人；合關外漳南二營，成十二營。是時朝議不欲道周出關，請留駐鎮守，內清奸宄之萌、外蓄在山之勢。適廣信知府解立敬、知縣蔣元士、鄉紳詹兆恒、王孫蕃等俱遣人迓道周，遂以九月十九日出關。
十月朔。抵廣信。而徽州已破；廣信士民請道周入城。時居民離竄，公儲私積俱盡。道周乃因講學集耆老子弟，勸助軍實，軍賴以濟。而信州詹兆恒、俞益華、金華鄭守書、常山呂繼望、東鄉張受祿等皆以師來。一時幾及萬人，軍聲頗振。是月九日，分遣諸將，一出撫州，一出婺源，一出休寧。上疏曰：「臣前陛辭，稱便宜行事，不以兵車；臣實愚昧，徒藉高皇之靈、陛下之威，非謂臣能空手措餉也。自臣為此言，怨謗沓至，阻卸橫生；炎涼既分，肘踵盡見。以四千之卒，給三月之餉，而臣之心血皮骨消磨盡矣、今存兵不過四營、馬不過十匹。無高國之鼓、九合之助，而欲以樽俎仁義坐收其功，真為韋跗君子所齒冷也」。二十三日，戰敗于婺源，王加封、李忠遠死焉。既而休寧、撫州之師并潰，士氣不堪再鼓，廣信亦無固志。道周乃疏請命方國安以萬眾搗徽州，解廣信之危，成牽制之功。王命方國從嚴州、鄭鴻逵從馬金，兩路出師；悉不應。道周召諸將計曰：「與其坐而潰散，無以掃朝廷，不如一戰決也」。
十二月六日，復自廣信攻婺源。至家坊，聞樂平巳破，凡所募皆不至，信州士民請道周歸；道周以成師而出，義不反顧，獨與樂平、德興二縣鄉勇千余鼓行而前。二十四日，自新建至一都之明堂里，清兵至；道周策馬，令中書賴繼謹督戰。參將高萬榮不受節度，遽引兵登山。清兵抄出其后，軍潰。乃以所佩招征印及帝赍「良弼」印付中書陳駿音疾馳還，被執。輿至婺源，留七日，不食，繼進水漿。踰年，正月十二日，至新安，復絕粒，不死。二十四日至江寧，幽別室中，從容著詩文數卷。適賴繼謹寄書回，道周不復為書，附其后曰：「蹈仁不死，履險若夷；有隕自天，舍命不渝」。三月五日臨刑，過東華門，坐不起；曰：「此與高皇帝陵寢近，可以死矣」。監刑者從之。從者乞數語遺家，乃裂衿，嚙指血大書曰：「綱常萬古，節義千秋；天地知我，家人無憂」！門人蔡春溶、賴繼謹、趙士超及沙縣丞六合毛玉潔繼至，抱頭哭曰：「師魂少須，吾輩即來矣」！遂同日死。道周首至徽州，門人陸自嚴以千金購得之，合身首殯金陵；后長子麑與門客趙之璧扶襯歸葬。事聞，唐王贈文明伯，謚「忠烈」，賜祭；妻封一品夫人、長子子中授錦衣衛指揮、次子成錦衣衛正千戶、三子和尚寶司丞、四子平中書舍人。有司立廟，一在漳浦曰「報忠」、一在福州曰「憫忠」。
道周之學，深于天人之際，極博窮微，皆本六經。海內從問業者千人，教之必以忠孝。立朝所指陳，深中時弊。論才守、別忠佞，足為萬世龜鑒。卒之成仁致命，為一代元人。所居銅山在孤島，有石室，學者稱石齋先生。乾隆四十一年改謚「忠端」。道光五年，以閩浙總督趙慎畛等請，從祀文廟（洪恩撰傳、南疆繹史、崇禎朝記事、明外史、明史）。
何楷
何楷字符子，晉江人。生有異質，書過目不忘。天啟乙丑進士。值魏忠賢亂政，不謁選，歸建紫芝書院讀書。衛故有海埠，苦豪右征稅，言于監司永革之。