中國古代的城墻出現很早，都是以夯土筑成。由于夯土是一層一層筑成的，因而層次分明，甚至連夯窩都還保留，很容易識別。在尼雅No.2遺址的土丘，看不出夯土的層次，顯然不是人工筑成。土丘上部爛泥狀的黃土，是由于風蝕作用所致，不是人有意堆積的。況且以爛泥堆積城墻的方法，在中國還沒有前例。因此，這兩座土丘應是自然形成的結果。在黃土層堅硬的地區，風蝕作用可以塑造各種奇形怪狀的地貌，其中有的極像城堡，有風蝕城堡之稱。風蝕城墻，也是風蝕作用的一種表現形式。
古代的王城，多是正方形或長方形，四面都有城墻。如果No.2上述土丘是城墻的話，由于它在No.2遺址的南方，應是南城墻。此外，在No.2的東方、西方、北方還應當有城墻，才能組成一個方形或長方形的城池。然而，迄今為止卻沒有發現東城墻、西城墻、北城墻，這說明No.2南方的土丘是孤立的、偶然的現象，不會是城墻。
再退一步說，如果土丘是城墻，No.2便應當是精絕國的王城。作為王城，國王居住生活之處，必須有華麗的宮殿，雕梁畫棟，才能顯示出國王至尊的地位。浮雕梁頭、柱頭的現象，在尼雅的其它房址中屢有發現，然而在No.2卻沒有發現。又如在No.3的墻壁上有彩色的裝飾畫，地上發現有彩色地氈的殘塊，還有浮雕的木椅，顯示出房主人有很高的身份；在No.4發現有裝飾獅頭、馬腿、鳥翼的木椅和吉他，也顯示了房主人的高貴身份。但是，在No.2房址中除了文書以外，卻沒有見到這類珍貴的生活器物，這都反映出No.2并不是高貴人士所居住的地方，更不像是國王所居住的王宮所在。
如果我們將尼雅遺址中，比較講究的房址綜合分析，那么，王宮之所在應當具備以下的條件：
房址的規模比較大，應當有十余個房間，各種生活設施比較齊全，大廳、廚房、豎爐等應有盡有；
房間應有華麗的裝飾，如彩色壁畫，彩色的地氈；
房間內應有浮雕藝術的桌、椅、床等高貴的家俱；
房間內應有金、銀、玉裝飾品的殘跡；
房梁和房柱應有浮雕裝飾，有雕梁畫棟的氣氛；
房址周圍應當有涼亭、果園、水塘之類，作為國王散步游玩的場所；
房址應當地處交通方便的地方，距尼雅河不會太遠，甚至就在尼雅河邊，便于取水用水。
王城可以有土筑的城墻，但是不一定必須要有土筑的城墻。在東北地區，曾有以木柵欄組成的木城。古代尼雅地區森林資源豐富，取之方便，王城也可以是木城，甚至是比較講究一些的紅柳籬笆墻。
尼雅王城在何處？這是一個尚未解決的問題。隨著尼雅考察研究的深入進行，這個問題將來是可以解決的。
4.留給人們的思考
尼雅遺址上的古代居民，曾創造了相當高的古代文明。然而現在的尼雅，卻淪為沒有生命的死亡廢墟。這滄海桑田的變化，給每一個進入尼雅考察的人，都提出了一個巨大的問號，這就是尼雅的巨大變化是怎樣發生的？尼雅廢棄的原因是什么？
有生命的東西，都離不開水。無論是對動物，或植物，都是如此。作為人類來說，對于水的需求，要比其它動物、植物更為迫切。我們不必說現在北京、天津等大城市嚴重缺水，影響了城市的正常生活，準備實施南水北調的計劃，即使是在沒有現代工業的古代，人們的衣食住行也需要大量的水。到過沙漠的人都知道，在這里水比其它食物還要重要，死于沙漠的人，大部分是干渴而死的。
古代尼雅人是以農業耕種為生，當時的農業耕種，完全是一種水澆地。沒有尼雅河水的灌溉，耕種即無法進行。現在的尼雅遺址范圍內，全部都處于干涸狀態，見不到一滴水。河流干涸了，森林枯萎了，蒼蠅、蚊子、老鼠都見不到了。在這種情況下，人類自然無法生存，要離開這里。因此，尼雅河下游河水的消失、干涸，是引起尼雅文明衰落的基本原因。斯坦因在考察尼雅遺址以后，曾指出尼雅河“河道干涸，三角洲無可置疑的后移，應必然是遺址放棄的直接的或惟一的原因”。斯坦因的看法是很有道理的。
尼雅河的退縮，已經成為千真萬確的事實。然而尼雅河的退縮又是什么原因造成的呢？這是需要研究解決的重要問題。
尼雅河同和田河、克里雅河、牙通古孜河、安迪爾河一樣，都是發源于南部的昆侖山，由高山冰雪融化所形成。在民豐、于田、策勒、和田之間的315國道上旅行，可以清楚地看見昆侖山上白皚皚的冰雪，它就是這些河流的水源。冰雪融化的多少，直接決定了河流的水量。冰雪融化得多，河水就充足，流程也就越長；冰雪融化得少，河水就貧乏，流程也就隨之而短。
昆侖山上冰雪融水的多少，受氣溫的影響。氣溫高，雪水就多，氣溫低，雪水就少。氣溫的變化，主要是由大氣環流決定的，常常出現周期性的變化。據我國著名的氣象學家竺可楨的研究，周代的氣候比較寒冷，前后持續了一、二百年。到春秋時期，氣候又變暖和了，歷經戰國時期，一直持續到西漢時期。到了東漢時期，氣候又轉冷，一直持續到魏晉南北朝時期。當時南京出現了冰房，說明相當寒冷。
從春秋到西漢，溫暖的氣候持續了八百多年。在此期間，冰山積雪自然要大量融化。于是，發源于昆侖山的各河流，呈現河水充足的局面，尼雅河自然也不例外。這是西漢時期尼雅經濟昌盛，漢軍大肆屯田耕種的重要條件。自東漢氣候轉冷，但是這種變化要有一段過程，并不是短期內即下降到低谷。由于氣候轉冷，冰山積雪的融量減少，尼雅河水逐漸萎縮，農業灌溉用水出現了短缺不足，這在尼雅出土的文書中，是有所記載的。由于水源的不足，官府采取了管水、節水的措施。征收水費，就是管水、節水的一種表現。尼雅出土的文書，主要是東漢至魏晉時期的遺物，所記載的缺水，就是這個時期的情況。自此以后，尼雅河水的退縮在不斷加劇，最后退縮到現在的大麻扎附近。
有一種看法，認為尼雅文明的衰落，是由于民族間的爭斗和戰爭所引起的。在尼雅出土的文書中，屢見蘇毗人威脅的記載。有一件文書稱為了防止蘇毗人的掠奪，曾將“州邦之百姓安置于城內”；又有一件文書說：“現有眾多的蘇毗人已到達納縛縣”。有人據此提出，尼雅人是受到蘇毗人的威脅，而逃往其它的地方。這種說法有些不近情理，當時的尼雅是在于闐國的管轄之下，于闐國怎么能坐視不救？于闐國在尼雅設立有州縣，怎么能允許尼雅人全體逃亡？再說尼雅人世代居住于此，又怎么能輕易地放棄自己的家園？許多歷史的事實都表明，在一個民族遭到侵略的時候，為了保衛自己的家園，勢必要同敵人進行拚死的戰斗。然而在尼雅遺址中，有那么多的房舍，卻都沒有見到戰火的痕跡，說明這里沒有發生過大規模的戰爭。于闐統治尼雅，也是武力威脅的結果，但是，尼雅人卻沒有逃亡。為什么蘇毗人的威脅，卻可以使他們逃亡呢？這恐怕很難說出道理來。
再退一步說，如果說尼雅的地理環境沒有發生惡化的話，即使是尼雅人離開了這里，也會有別的民族到這里居住。這樣的例子很多，例如西遼河流域，原是鮮卑人所居。鮮卑人走后，契丹人來居住；契丹人走后，女真人來居住；女真人走后，蒙古人來居住。這里始終沒有中斷過人類活動。然而尼雅人走后，這里卻沒有發現再有別的民族來居住。這就說明了一個很清楚的道理，尼雅河下游嚴重缺水、少水，人類已經再也無法在這里繼續居住生活了。
如果說尼雅的廢棄與人類有關的話，那么可以說是尼雅人的活動破壞了這里的地理環境，引起沙漠化的結果。尼雅河是在黃土層上流動，黃土層是不漏水的。在尼雅人的耕種破壞了黃土層以后，導致地下的粉沙層暴露出來。粉沙層的透水性很強，河水流到粉沙層上，就會漏入地下，變得無影無蹤。在河水非常充足的條件下，河水挾帶的泥土會沉積下來，形成黃土河床，這需要很長很長的時間。由于尼雅河水的流量不斷減少，它已經失去了這種沉積作用。因此，我們可以說尼雅人的活動，對于尼雅河的退縮產生了一定的影響。
尼雅文明衰落了，尼雅人離開了尼雅，但是尼雅人不會消失，而是遷移到其它地方居住生活。至于尼雅人是什么時候離開尼雅的？尼雅人離開尼雅以后，遷移到什么地方去了？現在的尼雅人是什么人？尼雅人與現在的維吾爾人有無關系？這些重要的問題，由于資料的不足和研究水平所限，目前還很難作出確切地回答。