1831年8月漢斯羅教授想推薦達爾文去參加一次環球旅行，于是給他去了一封信。他告訴達爾文說，政府要派一只船前往南美洲最南端做地形調查，途中將訪問南海的許多島嶼，然后經印度群島返航。作為一個博物家如果失去這個利用船上先進測量儀器的機會，將會很遺憾。

達爾文非常想接受這個聘請。但是父親卻堅決反對，他只好回信謝絕了聘請。

父親雖然不同意達爾文的旅行，但他后來又說：“如果有一個理智的人讓你去參加，我就不反對。”

第二天一早，達爾文就到美爾堂的舅父家，本來是準備去打獵。但當他把漢斯羅來信的建議和自己的心情，向舅父一家人說了。舅父一家都主張他接受邀請去旅行，不要錯過了這個機會。舅父要他一起坐馬車趕回希魯茲伯里去同他父親商談，因為舅父認為達爾文接受建議隨“貝格爾”號出海航行是明智的行為。在達爾文父親的心目中，達爾文的舅父是世界上最有見識的人士之一，因此，達爾文的舅父一開口，他父親立刻就極其和藹地表示同意達爾文去航海考察了。達爾文覺得自己應說些什么來對父親的許可表示感謝，讓父親能夠放心，因此就安慰父親說：自己要改掉在劍橋大學時揮金如土的毛病，上了“貝格爾”艦以后，在花錢方面，一定要拿出神奇的本領來，決不超出父親允許給的定額。可他父親卻付之一笑，反駁說：“可是他們大家都對我說過，你花錢的本領才是真大哩！”

得到了父親的許可，第二天達爾文便離家前往劍橋，去見漢斯羅。達爾文同漢斯羅見面后得知，他的一位名叫伍德的熟人，是費茨·羅伊的密友，伍德也向費茨·羅伊推薦過達爾文。但是費茨·羅伊表示不喜歡和達爾文一起工作。這對達爾文來說，不啻于當頭一棒。他肯定這次旅行告吹了，但是他還是按原計劃，來到了倫敦，并且抱著僥幸的心理去拜訪了費茨·羅伊艦長。費茨·羅伊熱情地接待了他，為自己的信解釋說，當時他希望他的朋友切斯捷爾先生能同他一道去。就在達爾文來之前五分鐘，他收到了切斯捷爾謝絕前往的通知。所以，這個位置還是空缺的，達爾文來填補這個空缺是再好不過了。很久以后，當他們成了好朋友時，費茨·羅伊向他坦白說，他當時差一點因為達爾文的鼻子長得難看而拒絕。因為自己是拉法捷爾的狂熱崇拜者，而拉法捷爾曾教導他說，有著像他這樣鼻子的人，不具備航海所需要的精力和決心。顯然他當時是把擔憂藏在心里，否則不會立即同意的。達爾文喜歡費茨·羅伊那種熱情直率。而對于費茨·羅伊來說，他現在最關心的是是否有一個能夠在旅行中共患難的知己，要是旅伴不好的話，將是他最大的不幸。他把自己的書籍和自己船艙里的用具及武器拿出來與達爾文共同使用，他還讓達爾文同他一起用餐。因為他認為有必要先小人后君子，所以還告訴他，軍艦小、住處擠、伙食差。費茨·羅伊還補充說：“我想一個人住一間艦長室，我認為是應該的。如果您同意這一點的話，我們就算達成了協議；如果不同意，那我們就分道揚鑣。”

他們開始討論探險、航線，以及旅行收獲等問題。惟一遺憾的是，海軍部決定這次航海的目的地只是南美洲和火地島的海岸。環球旅行只是費茨·羅伊個人的計劃，海軍部一直未同意這個計劃。達爾文決定，如果環球旅行能夠得到批準，他就為自己定一份詳細的旅行計劃。至于費用問題，費茨·羅伊告訴達爾文：“您一年要付的伙食費是三十英鎊。加上在艦上所需的全部裝備費用，您的花費應該不會超過五百英鎊。”費茨·羅伊擔保說，如果達爾文實在受不了海上的惡劣天氣，隨時可以返回。如果他愿意，在測量研究期間，達爾文有權使用一艘小船，還有權上岸搜集標本。

在費茨·羅伊這里，一切都很順利。達爾文從他那里出來后，又來到了海軍部，同水文地理學家博福爾特進行了討論。博福爾特告訴他，他已被編入了供糧名冊，所以能領取和其他軍官相同的費用。博福爾特還告訴他說有希望經太平洋和印度洋返回。

達爾文對這位才二十三歲、矮個子、黑皮膚、長相不錯的年輕艦長的第一印象很好。艦上的其他工作人員有：兩個尉官——季·韋爾姆和布·謝利萬，一名醫生，十名軍官，一名水手長，四十二名水兵和八名少年見習水手。此外，艦上還有一個專門看管儀表、天文鐘和其他儀器的人，一名美術家和一名繪圖員斯托克斯，一名曾去過火地島的傳教士和三名火地島人。

在漢斯羅的推薦下，達爾文請教了幾位旅行家以便購買航海用具。達爾文在準備行裝的同時，還抽時間學習了如何確定地方的經緯度。因為每逢舉行國王加冕典禮儀式時，所有的店鋪一律停業，所以他們的購買工作只得中斷。由于“貝格爾”號的啟程日期一推再推，于是達爾文9月22日回到了希魯茲伯里，與父親和姐妹們小聚。10月2日他離開家，在倫敦購買東西為航行做準備。10月24日，他來到“貝格爾”號停泊地普利茅斯，等待啟航。

達爾文在9月份曾去參觀過“貝格爾”號，那時的它讓人難以相信能經得住環球旅行，它甚至沒有桅桿。被重新改造后的軍艦，布局更加合理，船體更加堅固，也更便于船員使用，無論是安全系數還是方便程度都大大提高了。當達爾文在10月份再次來到普利茅斯時，船員們正在忙著給船首部分刷油漆和裝修船艙。達爾文很快就同這些軍官水手打成了一片。他還同斯托克斯在普利茅斯近郊散了幾次步，一起測量太陽的高度、使用磁性儀器。有時會碰上討厭的下雨天，一般在這種情況下，達爾文就呆在家里讀點書。在其他日子里，他有時同費茨·羅伊在一起，有時和水兵們一起用餐，或同他們在一起做一些觀測，有時同博物學家們以及魚類學家哈米爾頓·斯米特還有物理學家哈里森在一起。