中學(xué)時(shí)代，當(dāng)醫(yī)生的父親對(duì)達(dá)爾文的表現(xiàn)日益不滿。有一天，父親嚴(yán)厲地對(duì)他說：“你關(guān)心的只是打獵、玩狗、捉老鼠，這樣下去你會(huì)使自己以及我們?nèi)叶济墒軔u辱的?！敝袑W(xué)沒畢業(yè)，父親就叫達(dá)爾文退了學(xué)。1825年10月，父親把達(dá)爾文送到了哥哥伊拉司馬斯就讀的蘇格蘭的愛丁堡大學(xué)學(xué)習(xí)。

父親希望達(dá)爾文在大學(xué)醫(yī)學(xué)系通過系統(tǒng)的學(xué)習(xí)，走上子承父業(yè)的道路，將來成為一名優(yōu)秀的醫(yī)生。達(dá)爾文在還沒進(jìn)愛丁堡大學(xué)以前的夏天，就已經(jīng)在故鄉(xiāng)護(hù)理了許多窮苦的病人，主要是兒童和婦女。他在了解病人的病史時(shí)，總是盡可能詳細(xì)地記下每一個(gè)病人的癥狀，再把它讀給父親聽。盡自己的所知回答父親提出的一些問題。然后按照父親開出的藥方去配藥。病人多時(shí)，他甚至一次同時(shí)護(hù)理了12名病人。達(dá)爾文的這些表現(xiàn)，讓他父親感到達(dá)爾文將來一定會(huì)成為一名不錯(cuò)的醫(yī)生。

達(dá)爾文和哥哥到愛丁堡后，租住在洛西安街馬卡烏夫人的寓所。

愛丁堡大學(xué)里的教師上課差不多都是照本宣科。這樣的教學(xué)方式使達(dá)爾文認(rèn)為，教師還不如直接讓學(xué)生閱讀課本。枯燥乏味的講授，簡直使人難以忍受。唯一使他感興趣的，是霍普的化學(xué)課。由于講授人體解剖學(xué)的教師講得單調(diào)乏味，使達(dá)爾文對(duì)這門課程十分厭惡，對(duì)自己動(dòng)手解剖也就不上心了。后來當(dāng)達(dá)爾文在科學(xué)研究中需要用上這門本領(lǐng)時(shí)，他才感到后悔。

去醫(yī)院實(shí)習(xí)，是學(xué)生們經(jīng)常的課程。有兩次，在愛丁堡醫(yī)院手術(shù)中實(shí)習(xí)時(shí)，達(dá)爾文親眼看到了糟糕的手術(shù)場面：鮮血淋漓的病人，尖厲、痛苦的嚎叫；滿頭大汗的醫(yī)生，繁忙、緊張的操作。站在旁邊實(shí)習(xí)的達(dá)爾文實(shí)在難受得呆不住了，急忙離開了手術(shù)室。這時(shí)，離病人能利用哥羅仿麻醉劑減輕痛苦的日子還早得很。那慘痛的情景，多少年后還一直在達(dá)爾文的記憶中浮現(xiàn)。

由于課堂學(xué)習(xí)的乏味，達(dá)爾文的目光移向了學(xué)校的圖書館。在這知識(shí)的海洋里，達(dá)爾文貪婪地吮吸著他感興趣的各種知識(shí)，他跑圖書館借書的次數(shù)是同學(xué)中最多的。一年過去了，達(dá)爾文的哥哥從愛丁堡大學(xué)畢業(yè)了。和相伴相依的哥哥分別后，17歲的達(dá)爾文就過著無人管束的生活了。他同幾位愛好自然科學(xué)的青年交上了朋友。在當(dāng)時(shí)的愛丁堡大學(xué)校園里，存在著各種學(xué)派和學(xué)術(shù)團(tuán)體。很多青年學(xué)者活躍在各種學(xué)術(shù)討論中。

在達(dá)爾文的朋友中，有一個(gè)是魏爾納派地質(zhì)學(xué)家，叫恩斯瓦斯。他能說會(huì)道，對(duì)很多問題都懂得一些，但他學(xué)識(shí)膚淺。另一位朋友醫(yī)學(xué)博士科爾斯屈里姆則與恩斯瓦斯性格完全不同。他篤信宗教，對(duì)人彬彬有禮，十分善良，一本正經(jīng)。他對(duì)海洋生物學(xué)很有研究，后來還發(fā)表過幾篇優(yōu)秀的動(dòng)物學(xué)論文。

達(dá)爾文還有一位比他大十多歲的朋友葛蘭特，他也是醫(yī)學(xué)博士。這個(gè)人對(duì)人態(tài)度冷淡而且刻板，不是相知，定會(huì)感到很難打交道。但是在這種外表下，卻包含著火一樣的熱情。有一次葛蘭特在同達(dá)爾文一起散步時(shí)，忽然熱情奔放，竭力贊揚(yáng)拉馬克及其進(jìn)化觀點(diǎn)。達(dá)爾文聽了，十分驚訝。這倒不在于葛蘭特所贊揚(yáng)的進(jìn)化觀點(diǎn)，因?yàn)檫_(dá)爾文早就讀過類似觀點(diǎn)的、他祖父著的《生物規(guī)律學(xué)》，以及其他人的進(jìn)化觀點(diǎn)和對(duì)進(jìn)化觀點(diǎn)的贊揚(yáng)，而是葛蘭特談起這些，那眉飛色舞的神態(tài)與平時(shí)的刻板冷淡簡直判若兩人。

達(dá)爾文還有一些漁民朋友，他經(jīng)常和他們一起去捉牡蠣。采捕機(jī)從河底捕捉牡蠣的同時(shí)還捕捉了許多其他的動(dòng)物，他對(duì)這些動(dòng)物進(jìn)行了研究。這一年他主要研究了某些軟體動(dòng)物的產(chǎn)卵情況和軟體動(dòng)物的幼蟲，并簡要了解了珊瑚蟲和海鰓。根據(jù)他的筆記記載，他同另一位同學(xué)科利茨特里姆曾經(jīng)一起觀察過一條魚的產(chǎn)卵情況。在這個(gè)時(shí)期，達(dá)爾文還向一個(gè)黑人學(xué)習(xí)制作鳥類標(biāo)本，這個(gè)人曾同鳥類學(xué)家沃捷爾道一起工作過。這些都加深了達(dá)爾文對(duì)鳥類研究的興趣。

達(dá)爾文在同學(xué)中又結(jié)交了許多像他一樣熱愛自然科學(xué)的新朋友。他積極參加普利尼學(xué)生自然史學(xué)會(huì)的工作，拉近了他與這些朋友們的距離。他幾乎每場必到地參加該學(xué)會(huì)的會(huì)議，不止一次地在辯論時(shí)發(fā)言，其中有一次他就自然分類問題和種類特征問題發(fā)了言。達(dá)爾文于1827年3月27日在普利尼學(xué)會(huì)上做了有關(guān)觀察海洋生物的兩項(xiàng)報(bào)告：首先，他在一種小群體苔蘚動(dòng)物的卵上發(fā)現(xiàn)有纖毛。根據(jù)這一發(fā)現(xiàn)，證明苔蘚動(dòng)物的“卵子”原來是一個(gè)周圍布滿了許多顫動(dòng)纖毛的幼蟲。其次，他發(fā)現(xiàn)，一種卵膠囊或是水蛭所產(chǎn)卵的卵袋被當(dāng)時(shí)的人們當(dāng)做藻類植物發(fā)育階段的黑色小球狀體了。在下一次會(huì)議上達(dá)爾文展示了一個(gè)帶有卵袋、卵子和幼蟲的水蛭標(biāo)本。他在筆記中又詳盡地?cái)⑹隽诉@些發(fā)現(xiàn)。

葛蘭特還帶著達(dá)爾文參加魏爾納學(xué)會(huì)的一些會(huì)議。達(dá)爾文在這些會(huì)議上聽到了美國鳥類學(xué)家奧久邦關(guān)于北美鳥類習(xí)性的報(bào)告，學(xué)到了很多知識(shí)。達(dá)爾文還經(jīng)常參加其他一些學(xué)會(huì)，如“皇家醫(yī)學(xué)會(huì)”和“愛丁堡皇家學(xué)會(huì)”。達(dá)爾文在1826年和1827年過了兩個(gè)“快樂”的暑假。這期間，他經(jīng)常和朋友一起游玩，有時(shí)一天要走50千米的路，雖然有點(diǎn)累，但對(duì)達(dá)爾文后來的旅行探索是一個(gè)很好的鍛煉。達(dá)爾文最喜歡的還是打獵，他經(jīng)常到舅舅喬賽亞·韋季武德的莊園或到奧溫先生的武德高茲去打獵。有時(shí)達(dá)爾文也會(huì)去梅爾的“喬斯舅舅”那里和親戚朋友們一起聚會(huì)。他十分喜歡“喬斯舅舅”那清晰的頭腦和坦率的性格。

盡管大學(xué)的必修課程對(duì)達(dá)爾文來說仍然是呆板枯燥的，但他那早在童年時(shí)代就表現(xiàn)出來的對(duì)自然科學(xué)的興趣卻得到了進(jìn)一步的培養(yǎng)和發(fā)展。他結(jié)交了一些年輕的自然科學(xué)家，研究并考察了分布在海岸邊的動(dòng)物群，學(xué)習(xí)并掌握了一些研究自然界的新方法，參加了由大學(xué)生們組成的普利尼學(xué)會(huì)，并且訪問了其他一些自然史學(xué)會(huì)。他的校外興趣——打獵以及在游玩和旅行中所得到的鍛煉，為他成為一個(gè)野外博物學(xué)家打下了基礎(chǔ)。

達(dá)爾文對(duì)醫(yī)學(xué)根本不感興趣，既不上課，又不考試，也不實(shí)習(xí)，父親再次對(duì)達(dá)爾文失望了。無奈之際，他同兒子進(jìn)行了一場嚴(yán)肅的談話，建議他去學(xué)習(xí)做一個(gè)牧師。這時(shí)，達(dá)爾文已是一個(gè)虔誠的基督教徒，甚至也喜歡將來做一名鄉(xiāng)村牧師。但他還是慎重地考慮了一段時(shí)間，當(dāng)確認(rèn)他能夠把所有的教義都當(dāng)做真理時(shí)，他同意了父親的建議，并開始閱讀一些神學(xué)方面的書籍。