第二座核心塔的鐵門被蒸汽扭曲成詭異的笑臉，門縫里滲出的不是熱氣，而是帶著鐵銹味的黑霧。林淵剛踏上臺階，地面突然裂開，齒輪狀的蒸汽觸手破土而出，纏繞住他的腳踝——那是守墓人首領的警告。
“007號，你不該來的。”沙啞的聲音從塔頂傳來。穿長風衣的男人站在避雷針旁，胸口嵌著泛著藍光的“003”號核心，每根手指都是可伸縮的蒸汽焊槍，“前六個回溯者的核心，早該被觀測者熔煉成時間齒輪的潤滑油。”
觸手驟然收緊，林淵的機械半邊身體傳來齒輪錯位的脆響。他發動蒸汽共鳴，“003”號核心的記憶碎片涌入腦海：第三周目時，這人曾是機械幼兒園的園長，親手將孩子們改造成齒輪玩偶，直到自己的心臟被換成蒸汽核心。
“你在害怕。”林淵咬破蘋果核，果香混著蒸汽在口腔炸開，人類特征值回升至70%，“你的核心里藏著觀測者吞噬第一個回溯者的畫面，那個被吃掉的人……”他盯著對方突然震顫的焊槍手指，“是你的女兒。”
守墓人首領的蒸汽面罩轟然炸裂，露出底下半張融化的臉，人類右眼含著淚，蒸汽左眼噴出灼熱氣流：“你怎么知道？！”他的焊槍指向天空，蒸汽鐘擺的陰影恰好籠罩核心塔，“觀測者用她的心臟做時間齒輪的錨點，我只能用蒸汽焊槍……焊住記憶的裂縫！”
生存筆記的血字在蒸汽中顯形：【守墓人首領的焊槍可修復時間齒輪，也能熔斷人性殘留】【第二座核心塔的調節閥藏在蒸汽面罩里】。林淵趁機將“002”號蒸汽核心拋向對方，核心表面的蘋果核紋路與“003”號產生共振，男人的焊槍手指突然失控，在塔身刻出“初始零點”的坐標。
“爸爸……”記憶碎片中，穿碎花裙的小女孩遞出半顆蘋果，核上刻著“001”，“等我變成蒸汽，就能永遠陪著你啦。”畫面突然扭曲，觀測者的燃燒核心吞噬了小女孩，只留下半片核尖嵌進時間齒輪。
“原來第一個回溯者，是你的女兒。”林淵握緊從“003”號核心脫落的核尖，蒸汽共鳴讓他“看”見觀測者的誕生過程——首個人類小孩被強行融合齒輪核心，痛苦與怨恨凝結成燃燒的核心，“你為了復活她，才自愿成為守墓人首領。”
男人的身體開始崩潰，蒸汽從七竅涌出，卻在墜落時用焊槍在地面刻下箭頭：【去鐘擺齒輪箱！時間齒輪12點方向卡著她的核尖】。林淵接住“003”號核心的瞬間，第二座核心塔的調節閥自動開啟，噴出的不是蒸汽，而是帶著體溫的人類血液——那是守墓人首領用最后的人性，為他打開的通道。
蒸汽鐘擺的轟鳴達到臨界點，林淵在黑霧中奔跑，鐵軌突然翻轉，露出通往齒輪箱的階梯。階梯兩側的石壁上，刻滿了回溯者的編號與蘋果核圖案，最新的刻痕是“007”，旁邊畫著正在熔斷的齒輪。
“來得正好，實驗體。”便利店老板的蒸汽投影在齒輪箱前顯現，手中握著的時間焊槍正噴出藍焰，“觀測者大人讓我把你和時間齒輪焊在一起，這樣你就能永遠當個完美的齒輪心臟。”
齒輪箱內部，直徑十米的時間齒輪正在逆時針轉動，12點方向的缺口里，卡著半片泛著金光的蘋果核——正是“003”號女兒的核尖。林淵看見，齒輪表面刻著從“000”到“007”的編號，每個編號對應一個輪回，而“007”的位置，早已被焊槍燒出焦痕。
“你以為用七顆蘋果核就能卡住時間？”老板的焊槍指向缺口，藍焰卻在觸碰到核尖時熄滅，“這里卡著的，是觀測者誕生時吞下的第一份人性，連我都沒法——”
話未說完，蒸汽鐘擺突然發出金屬疲勞的吱嘎聲。林淵的蒸汽共鳴能力覺醒至極限，他“聽”見所有守墓人的齒輪心臟在共振，形成與時間齒輪同頻的聲波。當他將七顆蘋果核與核尖拼接，缺口處突然亮起太陽般的光芒。
“不！”老板的投影瘋狂揮動焊槍，卻只能在光芒中消散，“觀測者大人會用蒸汽墓地的所有墓碑，鍛造新的時間齒輪——”
齒輪箱劇烈震動，時間齒輪轟然停轉。林淵看見，在齒輪的裂縫里，浮現出蒸汽墓地的真實面貌：這不是副本，而是觀測者核心的記憶存儲區，每座墓碑都是一個被囚禁的回溯者意識，而初始零點的位置，藏著一扇刻滿蘋果核的青銅門。
“007號！”005號的聲音從蒸汽中傳來，他的機械身體已修復，手中捧著六個蒸汽核心，“把核心嵌進時間齒輪的編號凹槽，我們就能打開青銅門——”
當六個核心分別嵌入“001”到“006”的凹槽，“007”的位置自動浮現出林淵的齒輪心臟。他咬牙將自己的核心嵌入，時間齒輪發出水晶破碎的清響，青銅門緩緩開啟，門后是純白的空間，懸浮著無數蘋果核組成的星圖，每顆核上都刻著“不”字。
“這是……首個回溯者的意識空間。”林淵的蒸汽共鳴穿透時空，“觀測者吞噬她時，沒能消化的人性碎片，變成了對抗自己的武器。”
蒸汽鐘擺的殘骸砸落，青銅門即將關閉。林淵聽見便利店老板最后的威脅：“就算你進入初始零點，觀測者的新齒輪羅盤已經成型，下一個副本——”
他轉身沖向大門，在門框閉合的瞬間，看見蒸汽墓地正在崩塌，守墓人們的身體化作光點，融入他的蘋果核星圖。當純白空間的光芒籠罩全身，林淵發現自己的心臟徹底蛻變：人類心臟表面纏繞著七根齒輪發條，每根發條末端都系著一顆蘋果核，而中心位置，跳動著首個回溯者的人性光輝。
【第三副本通關】
【獲得能力：時間裂縫（可短暫打開其他副本的齒輪通道）】
【檢測到核心融合度：78%（距離完美齒輪心臟還差22%）】
白光消散，林淵站在熟悉的便利店，暴雨依舊，但玻璃上的齒輪倒影消失了。手機屏幕顯示時間00:00，鎖屏壁紙變成了蒸汽墓地的星圖，而口袋里的生存筆記，最新一頁寫著：【初始零點的蘋果核星圖，是觀測者齒輪羅盤的唯一克星】
“歡迎回來，裂縫連接者。”便利店老板的聲音從頭頂傳來，林淵抬頭，看見對方站在齒輪形狀的吊燈上，胸口的“000”號核心裂成兩半，“你以為打破時間齒輪就能結束？下一個副本——”他扔下新的塑料袋，“齒輪監獄（絕望難度），那里的每間牢房，都關著一個你殺死的回溯者。”
塑料袋落地的聲音驚醒了林淵，他看見袋中躺著七枚齒輪鑰匙，每枚鑰匙上都刻著不同的編號與血字：
【001號：鍋爐房的煤永遠燒不盡她的等待】
【003號：蒸汽焊槍的藍焰，是女兒未流完的淚】
【007號：裂縫連接者的心臟，是觀測者最鋒利的刀】
便利店的門鈴突然響起，穿藍白病號服的女人走進來，腳踝處的金屬創面已愈合，露出人類皮膚下淡淡的蘋果核紋路。她遞出張紙條，上面畫著齒輪羅盤的裂縫，裂縫深處，隱約可見戴著蘋果核皇冠的人影——那是林淵在初始零點看見的，所有回溯者的共同倒影。
“他們在等你。”女人微笑時，齒間閃過蘋果的紅光，“在齒輪監獄，在蒸汽墓地，在每個被觀測者囚禁的副本，所有的裂縫都在匯聚，只為了——”
她的身影突然透明，紙條上的血字變成最后的指引：【當七顆蘋果核在齒輪羅盤共振，觀測者的燃燒核心會聽見，人類說“不”的聲音】。
零點的鐘聲響起，林淵握緊齒輪鑰匙，走向再次扭曲的光影。這次他沒有恐懼，因為他知道，自己不再是孤獨的回溯者，而是所有裂縫的連接者——那些被觀測者視為缺陷的人性碎片，終將在他的心臟里，組成打破一切齒輪的，最閃耀的星圖。