解剖結構

爬行動物身體結構和內部器官構造的很多特點都反映了它們對環境的適應。其中一個特點使它們擺脫了對水域環境的依賴，即皮膚堅硬且覆有鱗片，能夠防止水分流失。同樣，它們的腎臟也有利于保持水分，因為其尿液很少。它們新陳代謝緩慢，不咀嚼直接吞食獵物。

消化器官

爬行動物有完整的消化系統，經由嘴、咽、食管、胃和長長的腸道，通向泄殖腔（消化器官的末端，具有排泄和生殖功能）。蜥蜴和蛇的泄殖腔是一個橫向的管道，而烏龜和鱷魚為縱向泄殖腔。有附腺，如肝臟和胰腺。蛇類的肝臟是它們最大的內部器官，位于心臟和胃之間，可以伸長以儲存食物。消化后，所有的器官恢復原狀。無唾液腺，通過消化酶進行機械和化學消化，新陳代謝緩慢。

爬行動物的消化過程比哺乳動物慢很多，需要消耗很多能量。從某種意義來講，與其說是它們的缺點，倒不如說是生物進化的優勢：鱷魚和蟒蛇并不是每天都進食，只需緩慢消化一頓大餐，就可以生存幾個月。食管和胃很容易膨脹，使它們能夠毫無困難地吞食大型獵物。

吞食獵物時，并不咀嚼，經常通過其生命石——胃石消化獵物，這些胃石能夠幫助它們在體內磨碎食物。