三、南北朝時期

東晉太元十一年（386），鮮卑首領拓跋珪收集舊部復國，同年遷都盛樂（今內蒙古和林格爾縣北），稱魏王，史稱北魏。皇始三年（398）遷都平城（今山西大同市）。北魏從后燕、夏奪取大部分疆域，又先后滅北燕、北涼，到太武帝拓跋燾在位時（424—451）基本統一北方。孝文帝太和十七年（493）遷都洛陽。

1．北魏

北魏剛統一北方時的疆域大致北至今中蒙邊界稍北，至正光三年（522）前，大體與秦漢北界相同，陰山一帶還達到了更北，控制了陰山北麓。蒙古高原和今葉尼塞河上游、貝加爾湖一帶有柔然、高車（敕勒）、契骨等部族，其中柔然與北魏為鄰，最為強大，在今蒙古杭愛山脈東段車車爾勒格一帶建有可汗庭。北魏的東界已退至遼河以西，控制著今大凌河下游，遼東成為高句麗的范圍。北魏的西戎校尉駐在扜泥（今新疆若羌縣），控制著焉耆（今新疆焉耆回族自治縣）和鄯善一帶，但未能擴展到西域其他地區。南界在今黃河以南，占有今河南中部及山東西北局部。南朝宋元嘉二十七年（450，北魏太平真君十一年）北伐失敗，魏軍反擊，一度到達建康對岸長江邊，從此疆域擴展至淮河一線，南朝僅保住今江蘇北部。但北魏在西部失去對西域的控制，退至伊吾（今新疆哈密市）。

2．西魏

北魏永熙三年（534，梁中大通六年），孝武帝討伐權臣高歡未成，出奔關中，依靠宇文泰在長安建都，史稱西魏。

3．東魏

高歡另立元善見為帝，遷都鄴（今河北臨漳縣西南），史稱東魏。東、西魏界線大致在黃河、今山西西南、河南西部、湖北北部。

東魏武定五年（547，梁中大同二年），侯景以河南地降梁，使梁的疆域擴大到淮河以北。此時吐谷渾首領夸呂（529—591在位）稱汗建國，540年（西魏大統六年）以伏俟城（在今青海湖西岸布哈河口附近）為都。西魏的西域部分為吐谷渾所占，西界退至敦煌。

武定八年（550，西魏大統十六年，梁大寶元年），高歡廢孝靜帝自立，國號齊，史稱北齊。

西魏廢帝二年（553，梁承圣二年），西魏攻取梁益州，次年攻下梁元帝所在的江陵（今湖北江陵），其疆域增加今湖北西部、重慶、四川。今貴州和云南名義上也隨益州的歸屬而成為西魏疆域，實際已為當地民族所據。西魏劃出江陵附近數縣，立蕭詧為梁帝，作為附庸，史稱后梁。北齊天保八年（557，梁太平二年）北周取代西魏。北周驅逐在今甘南、川北的羌人，置宕昌郡，這是中原政權首次在該地設置的正式政區。北齊奪取南朝江淮間地，陳的北界已退至長江。

4．南朝

東晉以后，南方先后建立宋、齊、梁、陳四個政權，其南部疆域始終處于收縮狀態。西南少數民族聚居區雖自漢武帝時已設置郡縣，但中央政權的行政控制往往只限于政區治所周圍與交通線沿線。三國時，蜀國諸葛亮曾一度大力開發，實際控制區有所擴大，但在西晉時期，一些政區已名存實亡。由于東晉和南朝一直忙于防御北方和對付內部的權力之爭，顧不上對西南轄區的經營和開發，加上地方官治理不當，甚至殘酷壓迫當地民族，規模不等的反抗時有發生。梁太清二年（548）侯景之亂爆發，寧州刺史奉命救援京師，離開治所。當地爨蠻豪族乘機而起，在550年脫離梁朝。在其影響下，周圍地區紛紛自立，今四川長江和大渡河以南、湖南西部已無南朝郡縣存在。

192年（一說137），東漢最南端日南郡象林縣人區逵建林邑國，漢朝南界從北緯13度退至北緯16度一線。三國時期，林邑又向北擴張，吞并西卷縣，推進至北緯17度。大約在南朝后期，林邑又占日南郡剩余3縣，南朝南界退至北緯18度。